楊 素 陳妙金 顧 清 孫奇男 張小斌
(1.浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院數(shù)字農(nóng)業(yè)研究所 杭州310021;2.寧波市奉化區(qū)水蜜桃研究所)
桃是我國(guó)最古老的果樹(shù)樹(shù)種之一,也是我國(guó)第三大落葉果樹(shù),栽培面積和產(chǎn)量?jī)H次于蘋(píng)果和梨。桃樹(shù)因具有結(jié)果早、豐產(chǎn)穩(wěn)定性好、對(duì)土壤條件要求不嚴(yán)、栽培管理容易等特點(diǎn)倍受栽培者青睞[1]。葉片是植物進(jìn)行呼吸作用、光合作用和蒸騰作用的主要器官,葉面積大小、葉形、葉色、葉長(zhǎng)和葉寬等信息是植物生長(zhǎng)狀態(tài)診斷中重要的參數(shù),也是研究植物栽培技術(shù)、生理生化、遺傳育種等內(nèi)容的重要形態(tài)指標(biāo)[2]。建立準(zhǔn)確、快速的葉面形態(tài)指標(biāo)測(cè)定方法,對(duì)于調(diào)整群體結(jié)構(gòu)、指導(dǎo)植物栽培密度及合理施肥具有重要的意義[3]。DUS(特異性、一致性和穩(wěn)定性)測(cè)試是植物新品種保護(hù)和品種審定以及品種登記中的重要環(huán)節(jié)[2],該測(cè)試需要對(duì)多個(gè)性狀進(jìn)行測(cè)試,其中包括葉片的長(zhǎng)度、寬度、長(zhǎng)寬比、面積、RGB顏色、葉形、葉色等參數(shù)。
傳統(tǒng)的葉面積測(cè)定方法主要有網(wǎng)格測(cè)量法和復(fù)印稱重法,但是這兩種方法都費(fèi)時(shí)費(fèi)力,且測(cè)量誤差較大。而對(duì)于葉形、葉色等指標(biāo),肉眼觀察的方法個(gè)人主觀性較強(qiáng),容易產(chǎn)生視覺(jué)疲勞,測(cè)量誤差較大。利用掃描儀掃描植物葉面,然后借助Photoshop、R2V、Mapinfo、ArcGIS 等軟件進(jìn)行分析,可以準(zhǔn)確獲得葉片信息,受到越來(lái)越多的專家學(xué)者的推崇[4]。但是這些軟件通常比較復(fù)雜,難于推廣,應(yīng)用受到限制。鑒于此,本文研究開(kāi)發(fā)了一款可視化的桃樹(shù)葉片圖像考種分析系統(tǒng)軟件,利用該系統(tǒng)可以快速簡(jiǎn)便地獲取植物葉片的詳細(xì)參數(shù)。
桃樹(shù)葉片圖像考種分析系統(tǒng)是專為農(nóng)業(yè)科研工作者量身定制的可視化葉片圖像采集與分析軟件,適用于DUS考種、葉片開(kāi)展、害蟲(chóng)取食等試驗(yàn)分析。該系統(tǒng)可以通過(guò)分段掃描采集或打開(kāi)葉片圖像,通過(guò)RGB多通道灰度處理和二值圖可視分析,精確分割葉片,快速獲取多葉長(zhǎng)度、寬度、長(zhǎng)寬比、面積、RGB顏色、葉形、葉色等參數(shù),還可以對(duì)圖片進(jìn)行剪裁、保存及輸出,對(duì)葉片自動(dòng)編號(hào)及查看特定編號(hào)葉片的分析結(jié)果等。此外,當(dāng)葉片內(nèi)出現(xiàn)孔洞時(shí),可選擇剔除孔洞計(jì)算葉片面積,分析的結(jié)果可以按列、行或者Excel文件導(dǎo)出。
將樣品葉片放入便攜式掃描儀中進(jìn)行掃描圖像采集。該方式可根據(jù)葉片大小調(diào)整掃描距離,加快掃描進(jìn)度,提高葉片圖像采集的效率。掃描儀直接通過(guò)USB線纜供電和圖像數(shù)據(jù)傳輸,方便了田間直接采樣掃描分析。
葉片掃描包括正常葉片和孔洞葉片的掃描。
1.2.1 正常葉片。系統(tǒng)通過(guò)灰度處理和二值圖可視分析,精確分割葉片并進(jìn)行編號(hào)(圖1),點(diǎn)擊任意編號(hào)即可顯示該葉片的長(zhǎng)度、寬度、長(zhǎng)寬比、面積、RGB顏色、葉形、葉色等參數(shù)。
圖1 正常葉片分析界面
1.2.2 孔洞葉片。當(dāng)葉片中存在孔洞時(shí),默認(rèn)計(jì)算整個(gè)葉片面積(包含孔洞),此時(shí)葉片測(cè)量面積比實(shí)際面積要大。選擇“剔除孔洞”功能后分析結(jié)果將自動(dòng)減去孔洞部分面積,保證測(cè)量面積與實(shí)際面積一致,確保測(cè)量結(jié)果的準(zhǔn)確性(圖2)。
圖2 孔洞葉片分析界面
每一片葉的長(zhǎng)度、寬度、長(zhǎng)寬比、面積、RGB顏色、葉形、葉色等參數(shù)及所有葉片的平均值均會(huì)顯示在輸出結(jié)果中。所有結(jié)果數(shù)據(jù)可全部導(dǎo)出到Excel中,也可選中行導(dǎo)出部分葉片的考種數(shù)據(jù),通過(guò)“復(fù)制行”、“復(fù)制列”還可導(dǎo)出特定行或列的考種數(shù)據(jù)。
分析結(jié)果可按列數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,以葉片長(zhǎng)度為例,選中“長(zhǎng)度(mm)”列后葉片長(zhǎng)度按照降序或升序進(jìn)行排列,其右側(cè)欄會(huì)自動(dòng)顯示葉片長(zhǎng)度的測(cè)量總數(shù)、平均值、方差、標(biāo)準(zhǔn)差。極差、遞增率、變異系數(shù)和最小值。
圖3 系統(tǒng)技術(shù)方案
系統(tǒng)技術(shù)方案如圖3所示。
系統(tǒng)分析結(jié)果生成后及時(shí)保存在數(shù)據(jù)庫(kù)中結(jié)果表(表1)內(nèi),防止數(shù)據(jù)意外丟失。其中圖片名稱對(duì)應(yīng)用戶打開(kāi)的圖片文件名(掃描圖則為掃描時(shí)間),序號(hào)對(duì)應(yīng)圖內(nèi)多張不同的葉片,剩余字段則對(duì)應(yīng)葉片的多個(gè)參數(shù)值,依此數(shù)據(jù)可方便導(dǎo)出。
系統(tǒng)在Microsoft Visual Studio 2008中基于C#.net4.0開(kāi)發(fā),數(shù)據(jù)庫(kù)采用Microsoft Access2007,圖像處理部分基于Emgu CV2.4.10實(shí)現(xiàn)了葉片各項(xiàng)指標(biāo)圖像分析功能。在圖像處理上,灰度化默認(rèn)采用RGB 三色通道灰度值,也可選擇使用加權(quán)值法,二值化則采用OTSU閾值法;在參數(shù)提取上,根據(jù)輪廓最小外接矩形測(cè)量葉片長(zhǎng)寬值,基于葉片長(zhǎng)寬比區(qū)分圓形、橢圓形和披針形等形狀,通過(guò)比較樣品葉色RGB與標(biāo)準(zhǔn)色RGB 的最小歐式距離分析葉色,從而保證分析結(jié)果的準(zhǔn)確性。
表1 系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)
與傳統(tǒng)方法相比,桃樹(shù)葉片圖像考種分析系統(tǒng)具有如下優(yōu)點(diǎn):(1)自動(dòng)化程度高。不易受人為因素影響,測(cè)量結(jié)果更加準(zhǔn)確;(2)效率高。相比傳統(tǒng)方法,該系統(tǒng)大大節(jié)省了人工測(cè)量和數(shù)據(jù)二次錄入時(shí)間,節(jié)省人力和時(shí)間成本;(3)信息量豐富。除了葉長(zhǎng)、葉寬以外,還能同時(shí)獲得面積、RGB顏色、葉形、葉色等參數(shù),有利于對(duì)植物葉片的生長(zhǎng)狀況進(jìn)行全面分析,對(duì)于指導(dǎo)作物育種和栽培具有重要意義。