肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae，K.pneumoniae)屬于腸桿菌科克雷伯菌屬成員，它引起的感染僅次于大腸桿菌，是位居第二位的條件致病菌。在臨床上，K.pneumoniae能夠引起醫(yī)院內(nèi)感染或社區(qū)獲得性感染，導(dǎo)致肺炎、上呼吸道感染、尿路感染、血流感染、傷口或手術(shù)部位感染、腦膜炎或其他部位感染。近年來，由K.pneumoniae引起的嚴(yán)重耐藥性問題受到了人們極大的關(guān)注。β-內(nèi)酰胺酶類抗生素和氨基糖苷類抗生素是常用的臨床治療K.pneumoniae感染的藥物。但是，多重耐藥K.pneumoniae，尤其是耐碳青霉烯類K.pneumoniae(carbapenem-resistantK.pneumoniae，CRKP)的出現(xiàn)，使K.pneumoniae感染的治療面臨嚴(yán)峻挑戰(zhàn)。多黏菌素(包括黏菌素)是治療由耐碳青霉烯類抗生素腸桿菌科細(xì)菌所致嚴(yán)重感染的最后一道防線。耐藥性問題不僅在人源肺炎克雷伯菌上，而且在動(dòng)物源肺炎克雷伯菌上也很嚴(yán)重。但是，目前國內(nèi)外研究主要集中在對(duì)動(dòng)物源肺炎克雷伯菌耐β-內(nèi)酰胺類基因、耐碳青霉烯類基因和耐黏菌素基因等重要的耐藥性基因檢測(cè)上，缺少對(duì)動(dòng)物源肺炎克雷伯菌的耐藥譜研究。自然轉(zhuǎn)化是細(xì)菌水平基因轉(zhuǎn)移的3 種主要形式之一，可以實(shí)現(xiàn)細(xì)菌間遺傳物質(zhì)交流。目前有關(guān)肺炎克雷伯菌是如何借助自然轉(zhuǎn)化獲得耐藥基因的機(jī)制尚不清楚，對(duì)這一過程的闡釋將有助于進(jìn)一步解析肺炎克雷伯菌獲得耐藥性基因的分子機(jī)制。

近期發(fā)表于《Journal of Antimicrobial Chemotherapy》 上的一項(xiàng)研究對(duì)豬源肺炎克雷伯菌染色體DNA 和質(zhì)粒中的耐藥基因，耐藥基因的遺傳環(huán)境和自然轉(zhuǎn)化促進(jìn)耐藥基因的獲得機(jī)制進(jìn)行探究。作者從患有肺炎的病豬肺臟中分離出一株肺炎克雷伯菌。藥敏結(jié)果顯示這一株肺炎克雷伯菌對(duì)氨芐青霉素、環(huán)丙沙星、卡那霉素、紅霉素、阿奇霉素、氯霉素、磷霉素和黏菌素等均耐藥。進(jìn)一步對(duì)該菌株進(jìn)行全基因組測(cè)序和生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)該菌株屬于ST1 型，其染色體DNA 與四川大學(xué)華西醫(yī)院從患有肺炎的病人唾液中分離的肺炎克雷伯菌WCHKP095845 的堿基序列同源性高達(dá)98 %。作者推測(cè)肺炎克雷伯菌不僅通過肉產(chǎn)品等由豬感染人，而且通過餐廚剩余物等由人感染豬。這說明耐藥基因可以在人和豬之間傳播。通過對(duì)該菌株染色體DNA 中的耐藥基因進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)染色體DNA 中攜帶blaSHV-187，ble，catA，fosA和oqxA/oqxB等耐藥基因。該菌株攜帶3 個(gè)重要的質(zhì)粒，分別屬于Inc-FIIK5-FIB，IncI1 和IncX4 型質(zhì)粒。IncFIIK5-FIB 型質(zhì)粒攜帶aadA2，mph(A)，sul1和aph(3')-Ia等耐藥基因。IncI1 型質(zhì)粒攜帶aadA22和erm(B)等耐藥基因。IncX4 型質(zhì)粒不攜帶耐藥基因。進(jìn)一步的研究揭示，這3 種質(zhì)粒是攜帶耐碳青霉烯類基因和耐黏菌素類基因等耐藥基因的重要載體。因此，耐藥基因在肺炎克雷伯菌通過自然轉(zhuǎn)化的方式被獲得后可通過同源重組的方式整合到這3 種質(zhì)粒中。此外，生物信息學(xué)分析表明這3 種質(zhì)粒能夠在人、動(dòng)物和環(huán)境中腸桿菌科細(xì)菌中傳播。

該研究還從肺炎克雷伯菌染色體DNA 中鑒定出ComEA 和ComEC 等自然感受態(tài)相關(guān)蛋白，第Ⅵ型分泌系統(tǒng)(T6SS)及其TfoX 和QstR 等信號(hào)通路調(diào)控蛋白。作者推測(cè)自然感受態(tài)和T6SS 介導(dǎo)的殺菌機(jī)制共同促進(jìn)肺炎克雷伯菌的基因組進(jìn)化，尤其是耐藥性基因的獲得。

評(píng)論論文來源：Chen Fu-guang, Zhang Wan-jiang,Schwarz Stefan, et al.Genetic characterization of an MDR/virulence genomic element carrying two T6SS gene clusters in a clinical Klebsiella pneumoniae isolate of swine origin [J].J Antimicrob Chemother.2019 Mar 21.pii: dkz093.DOI: 10.1093/jac/dkz093