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        5個樹莓品種的DNA多態(tài)性分析及其親緣關(guān)系

        2018-12-27 09:56:30楊靜慧劉艷軍張桂霞黃晗達(dá)
        天津農(nóng)林科技 2018年6期
        關(guān)鍵詞:親緣樹莓條帶

        王 葳,劉 婷,楊靜慧,劉艷軍,張桂霞,黃晗達(dá)

        (天津農(nóng)學(xué)院 園藝園林學(xué)院,天津 300384)

        樹莓(Rubus corchorifolius Linn.f)又名懸鉤子、覆盆子,為薔薇科懸鉤子屬的聚合漿果。樹莓果實中除含有人體所需的糖、有機酸、維生素C及礦物質(zhì)外,還富含黃酮、花青素、SOD、鞣花酸和水楊酸等多種保健成分,可以提高人體免疫力和抗氧化防衰老[1-2],即具有營養(yǎng)和醫(yī)藥療效的雙重價值。因此,被列為世界第三代水果[3],具有很高的開發(fā)價值。

        中國樹莓屬植物種類繁多、分布復(fù)雜。但是,研究開發(fā)較少,大多數(shù)品種處于野生狀態(tài),遺傳背景復(fù)雜,開發(fā)出來的品種較少[4]。國外樹莓以北美的加拿大和美國研究較多,也培育出了一批優(yōu)良品種。因此,了解現(xiàn)有樹莓品種的親緣關(guān)系對研究和利用樹莓屬植物種質(zhì)資源具有十分重要的意義。

        利用RAPD-PCR技術(shù)對樹莓親緣關(guān)系進(jìn)行評價的方法已日趨成熟。如Graham和McNicol[5]對國外13種不同的樹莓屬植物,李媛媛等[6]對31份野生樹莓資源的親緣關(guān)系進(jìn)行了RAPD 多態(tài)性分析,分類結(jié)果與通過植物學(xué)性狀等進(jìn)行分類的結(jié)果基本一致[7]。因此,通過葉片細(xì)胞DNA的RAPD多態(tài)性分析可以比較好地了解不同品種間的親緣關(guān)系,進(jìn)行生物品種的鑒定、系譜分析及進(jìn)化關(guān)系的研究等。本研究以期對目前北方出產(chǎn)主要栽培的海爾特茲、凱歐、莎妮3個樹莓品種,與引進(jìn)的加拿大樹莓和南方黑樹莓之間的親緣關(guān)系進(jìn)行對比,以了解其習(xí)性,為生產(chǎn)和育種提供依據(jù)。

        1 材料和方法

        供試的5個樹莓品種分別為加拿大黑莓、凱歐、莎妮、海爾特茲和南方黑樹莓,于2011年栽植于天津市西青試驗園中,每品種栽植3行,每行12株。栽植株行距為1 m ×2 m。試驗地為黏壤土,pH值8.5,土壤含鹽量為0.25%,土壤肥力中等。實施常規(guī)管理。

        基因組DNA的提取采用改良的CTAB法進(jìn)行DNA提取[8]。

        試驗所用RAPD-PCR試劑盒購買于北京鼎國昌盛生物技術(shù)有限責(zé)任公司。體系優(yōu)化包括模板濃度的優(yōu)化和退火溫度的優(yōu)化。經(jīng)過優(yōu)化后的反應(yīng)體系為:總體積25 μL,RAPD引物1 μL,dNTP0.5μL,10×PCR buffer 2.5 μL,ddH2O19.5 μL,Taq 酶 0.5 μL,DNA 模板 1 μL。預(yù)變性:94 ℃,4 min;循環(huán)次數(shù):42次(變性:94 ℃,30 s;退火:37 ℃,30 s;延伸:72 ℃,80 s);延伸:72 ℃,10 min;終止溫度:4 ℃。

        瓊脂糖凝膠電泳:電泳方法見表1。

        表1 DNA樣品及其PCR產(chǎn)物電泳方法

        RAPD條帶分析和數(shù)據(jù)處理:將電泳圖譜上同一位置的DNA條帶的有無進(jìn)行統(tǒng)計,有帶記為“1”,無帶記為“0”,形成1、0數(shù)據(jù)矩陣,計算各條引物的擴增條帶、多態(tài)性條帶以及多態(tài)性百分率[9]。根據(jù)公式GS=2NXY/(NX+NY)計算遺傳相似系數(shù)[10],其中NX、NY是樣本X和YPCR擴增產(chǎn)物的DNA條帶總數(shù),NXY是樣本X和YPCR擴增產(chǎn)物的共有條帶數(shù)。用NTsys2.1軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,生成聚類圖[11]。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 不同樹莓品種RAPD-PCR擴增的引物篩選和多態(tài)性分析

        試驗以20條10堿基引物對5個不同品種樹莓基因組DNA進(jìn)行了隨機引物的多態(tài)性擴增,從中選取了7條多態(tài)性高、重復(fù)性好的引物用于本試驗,分別是B4、B8、B10、B11、B15、B17、B18。結(jié)果發(fā)現(xiàn)7條引物對不同品種樹莓基因組DNA進(jìn)行擴增所得條帶的相對分子質(zhì)量集中在120 bp~2 000 bp之間,共擴增出65條帶,其中有60條多態(tài)性條帶,多肽率達(dá)到了92.3%。平均每條引物擴增條帶數(shù)為9.29條,平均多態(tài)性條帶數(shù)為8.57條,表明多態(tài)性較好。不同引物擴增出的條帶數(shù)和多態(tài)性條帶數(shù)及多肽百分率各不相同,B11號引物擴增出的條帶數(shù)最多,為11條;其次是B15號引物,擴增出10條;再次是B4、B10、B17、B18引物,均擴增出9條;最低為B8號引物,擴增出8條,而且7對引物所產(chǎn)生的多態(tài)性都非常豐富,其中B8、B10、B15號引物的多態(tài)性條帶達(dá)到了100%,B17號引物的多態(tài)性條帶最低為77.8%。以上數(shù)據(jù)表明各品種樹莓在RAPD分子水平上具有豐富的多態(tài)性(圖1和表2)。

        圖1 不同品種樹莓基因組DNA的擴增結(jié)果

        表2 RAPD引物對各品種樹莓葉片DNA的擴增條帶統(tǒng)計

        2.2 不同樹莓品種的聚類分析及親緣關(guān)系

        UPGMA聚類分析的結(jié)果表明(圖2),試驗中5個樹莓品種的DNA在遺傳距離為0.75的位置上可以聚為3類,其中,加拿大黑莓樹莓為第一類,南方黑樹莓為第二類,其他3個品種(海爾特茲、凱歐、莎妮)樹莓為第三類。表3顯示,5個品種中凱歐和莎妮的親緣關(guān)系最近,遺傳相似系數(shù)為0.933,加拿大黑莓與凱歐、莎妮的親緣關(guān)系較遠(yuǎn),遺傳相似系數(shù)分別為0.600、0.533,與海爾特茲的親緣關(guān)系最遠(yuǎn),遺傳相似系數(shù)只有0.400。海爾特茲與凱歐和莎妮的親緣關(guān)系較近,遺傳相似系數(shù)分別為0.800、0.867,與南方黑樹莓的親緣關(guān)系較遠(yuǎn),遺傳相似系數(shù)為0.600;南方黑樹莓與凱歐和莎妮的親緣關(guān)系較遠(yuǎn),遺傳相似系數(shù)分別為為0.571、0.500。

        圖2 不同品種樹莓聚類圖

        表3 不同品種樹莓遺傳相似系數(shù)矩陣

        2.3 不同樹莓品種的植株形態(tài)結(jié)構(gòu)差異與親緣關(guān)系的比較

        RAPD的分析結(jié)果為加拿大樹莓與其他品種的親緣關(guān)系最遠(yuǎn),其次是南方黑樹莓,其余3個品種親緣關(guān)系較近,又以凱歐和莎妮親緣關(guān)系較近,這與其植株形態(tài)結(jié)構(gòu)差異大有較好的一致性。就形態(tài)特征而言,加拿大黑莓植株較為直立型,而其他4種樹莓都是匍匐型;加拿大黑莓和南方黑樹莓沒有刺,其他3種樹莓均有密度不同的刺。南方黑樹莓與莎妮和凱歐相比,其葉片較薄,普通的背腹型葉片。而莎妮和凱歐為等面葉,具有典型的旱生植物葉片的結(jié)構(gòu)。另一個試驗顯示,凱歐和莎妮這2個品種形態(tài)上、解剖結(jié)構(gòu)上也十分相似[12]。

        3 結(jié) 論

        RAPD多態(tài)性分析結(jié)果其葉片的形態(tài)特征和解剖結(jié)構(gòu)的研究結(jié)果有較好的一致性。

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