常旭卉,賈書剛,王淑平*,周志強
(1.中國科學(xué)院大學(xué)資源與環(huán)境學(xué)院,北京 100049;2.廣西師范學(xué)院,北部灣環(huán)境演變與資源利用教育部重點實驗室,南寧530001)
抗生素在保障人類健康、促進(jìn)畜禽養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展等方面起重要作用。我國畜禽養(yǎng)殖較為發(fā)達(dá),經(jīng)預(yù)測,到2020年每年畜禽糞便的產(chǎn)量將達(dá)到42.4億t[3],畜禽糞便農(nóng)用造成的抗生素和抗生素抗性基因(Antibi?otic resistance genes,AGRS)的污染問題已經(jīng)引起了廣泛的關(guān)注。世界衛(wèi)生組織(WHO)早在2000年的報告中就將抗生素抗藥性列為本世紀(jì)人類在健康領(lǐng)域面臨的重大挑戰(zhàn)之一[5]。
畜禽養(yǎng)殖業(yè)長期使用獸用抗生素以促進(jìn)動物生長、預(yù)防和治療動物疾病等,但約25%~75%的抗生素未被機體吸收而隨糞尿排出體外進(jìn)入環(huán)境[8]??股貧埩魰T導(dǎo)土壤中ARGs的產(chǎn)生和積累[9-11]。飼料中的抗生素會顯著改變腸道中的微生物群落結(jié)構(gòu),導(dǎo)致腸道中含有抗生素抗性基因的微生物顯著增加[13]。進(jìn)一步的研究表明,動物腸道內(nèi)的抗性細(xì)菌隨著糞便排出體外后,其攜帶的抗生素抗性遺傳信息可以借助于整合子、轉(zhuǎn)座子、質(zhì)粒等可移動遺傳單元(Mobile genetic elements,MGEs),通過水平基因轉(zhuǎn)移(Horizon?tal gene transfer,HGT)機制轉(zhuǎn)移到環(huán)境微生物中,最終通過直接接觸或生物富集給人類健康帶來巨大的威脅[5,11,14-19]。
已有研究表明,家養(yǎng)雞較養(yǎng)殖場雞的腸道菌群更具多樣性,且抗生素抗性基因在養(yǎng)殖場雞的腸道菌群中分布更廣泛[13],說明動物腸道中含有豐富的耐藥菌和抗性基因,腸道內(nèi)的ARGs隨糞尿排出體外,造成畜禽糞便中ARGs的檢出。現(xiàn)有許多學(xué)者在畜禽糞便中檢測出大量ARGs,如鄒威等[22]對華北地區(qū)天津市和河北省不同類型、不同規(guī)模的養(yǎng)殖場糞便進(jìn)行檢測,研究結(jié)果發(fā)現(xiàn),四環(huán)素抗性基因、磺胺類抗性基因、大環(huán)內(nèi)酯抗性基因的檢出頻率達(dá)到100%,其他的抗生素抗性基因檢出頻率基本都在80%以上。ARGs隨畜禽糞便進(jìn)入土壤環(huán)境,同時畜禽糞便中殘留的抗生素,也會進(jìn)一步誘導(dǎo)ARGs產(chǎn)生,造成土壤中ARGs的檢出。研究表明,在畜禽養(yǎng)殖場及周邊土壤檢出大量的抗性基因,李錦等[24]發(fā)現(xiàn)在遼寧地區(qū)畜禽糞便和周邊土壤中,磺胺類和四環(huán)素類抗性基因均普遍存在,其中磺胺類抗性基因sulⅠ和sulⅡ在兩種介質(zhì)中檢出率均為100%。同時,也有研究表明畜禽糞便作為有機肥農(nóng)用不僅會增加農(nóng)田系統(tǒng)中抗性基因的豐度,并通過測序發(fā)現(xiàn)糞肥施用也會增加土壤中抗生素抗性基因的多樣性[10,14,25-28]。
目前整合子(Integron)在廣泛的環(huán)境介質(zhì)中被頻繁檢出,其中I類整合子在各類環(huán)境中最為常見,攜帶的抗藥基因盒目前發(fā)現(xiàn)100種以上[19,29],也有研究表明整合子與ISCR(Insertion sequence common re?gions)耦合可以進(jìn)行水平轉(zhuǎn)移[5,30-31]。Dang等[33]研究發(fā)現(xiàn),海河沉積物中Ⅰ類整合子intⅠ與磺胺類基因sulⅠ的相對豐度之間存在顯著相關(guān)性,并證實sulⅠ在環(huán)境中的水平傳播與intⅠ的介導(dǎo)有關(guān)。趙祥等[35]通過對山東4個地區(qū)長期使用糞肥的9個典型設(shè)施菜地土壤中的ARGs和MGEs進(jìn)行檢測和相關(guān)分析,發(fā)現(xiàn)可移動元件總量intⅠ與磺胺類抗性基因及大環(huán)內(nèi)酯類抗性基因呈現(xiàn)極顯著相關(guān)。ARGs可借助MGEs進(jìn)行水平轉(zhuǎn)移,ARGs不僅影響了土壤環(huán)境,還會對農(nóng)產(chǎn)品甚至人類健康造成危害。
白洋淀區(qū)域畜禽養(yǎng)殖業(yè)十分發(fā)達(dá),按照原國家環(huán)境保護(hù)總局發(fā)布的[2004]43號文件提供的系數(shù)測算,鴨糞年排放量達(dá)21.33萬t[37]。我國每年生產(chǎn)的氟喹諾酮類抗生素(Fluoroquinolones,F(xiàn)Qs)有一半是用于畜禽養(yǎng)殖。Zhao等[39]檢測發(fā)現(xiàn)畜禽糞便中環(huán)丙沙星、恩諾沙星的含量每千克達(dá)到幾十微克。Li等[41]對白洋淀區(qū)域河流及底泥中的氟喹諾酮類等22種抗生素進(jìn)行檢測,發(fā)現(xiàn)底泥中氟喹諾酮類抗生素含量達(dá)到65.5~1166 μg·kg-1。
針對以上情況,本研究選擇環(huán)丙沙星作為研究對象,借助室內(nèi)培養(yǎng)試驗,采用基因擴(kuò)增技術(shù)檢測培養(yǎng)81 d土壤中的ARGs和MGEs的濃度,并進(jìn)一步對ARGs、MGEs與土壤理化性質(zhì)之間的相關(guān)性進(jìn)行分析,探究糞源環(huán)丙沙星對潮土中ARGs的影響,以期為科學(xué)評價氟喹諾酮類抗生素的環(huán)境風(fēng)險和糞肥安全合理施用提供理論依據(jù)。
供試土壤為潮土,在土壤系統(tǒng)分類中為干潤雛形土(The ustic cambosols)。2012年7月采自河北省某地?zé)o污染表層(0~20 cm)土壤,土壤有機質(zhì)27.1 g·kg-1,堿解氮 103 mg·kg-1,有效磷 3.26 mg·kg-1,pH 值7.99,土壤中無環(huán)丙沙星檢出。
采集新鮮土樣過2 mm(10目)篩,充分混勻后放置于人工氣候箱中25℃恒溫培養(yǎng)一周,使土壤中微生物活化。然后取土裝盆(培養(yǎng)盆規(guī)格為頂部直徑12.0 cm×底部直徑8.5 cm×高10.0 cm),每盆裝350 g鮮土,其中含鴨糞的處理則按干土4%比例添加;調(diào)節(jié)每個培養(yǎng)盆中土壤含水率至田間最大持水量70%左右,置于人工氣候箱中25℃非密閉培養(yǎng),并模擬實際光照周期變化(晝夜各12 h),每日通過稱重法補充因蒸發(fā)損失的水分,以保持恒定的土壤含水量。
試驗共設(shè)置5個處理,每個處理3次重復(fù),分別為Ⅰ:CK(對照);Ⅱ:CIP(外源添加CIP);Ⅲ:DF(添加不含CIP的鴨糞);Ⅳ:DF+CIP(在Ⅲ的基礎(chǔ)上外源添加CIP);Ⅴ:DF(CIP)(糞源CIP)。其中,含CIP的3個處理中每盆CIP的初始含量保持一致,均為17.15 mg·kg-1。試驗所使用的鴨糞從同時飼養(yǎng)的兩批鴨子獲得,一種是不含環(huán)丙沙星的鴨糞;另一種是喂含環(huán)丙沙星的飼料所得到的鴨糞。試驗選取培養(yǎng)81 d的土樣進(jìn)行檢測[43]。
1.3.1 土壤DNA提取
稱取約0.500 g供試土樣,用FastDNASpin Kit for Soil(MP Biomedicals,USA)試劑盒,按照生產(chǎn)商提供的方法提取土壤總DNA,再用1%的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳驗證。提取的土壤DNA樣品用微量核酸蛋白質(zhì)分析儀(Nanodrop 2000)檢測濃度和純度,所提取的DNA樣品的A260/A280值在1.8~2.0之間,表明DNA純度較高。
1.3.2 ARGs和MGEs的PCR定性檢出
本試驗選取共6大類抗生素27種ARGs,包括四環(huán)素類抗性基因(tetA、tetB、tetC、tetD、tetE、tetG),磺胺類抗性基因(sulⅠ、sulⅡ、sulⅢ),氯喹諾酮類抗性基因(qnrA、qnrS),氨基糖苷類抗性基因[aacC2、aacC4、aadA1、aadA2、aadB、aadD、aac(3)-Ⅰa、aac(3)-Ⅱa、aph(3)-Ⅱa],氯霉素類抗性基因(Cat1、CmlA、Flor)及β-內(nèi)酰胺類抗性基因(CTX-M、OXA、SHV、TEM);4種MGEs,包括整合子intⅠ、intⅡ,插入序列共同區(qū)域(Insertion sequence common regions,ISCRs)orf 513 和ISCR2以及細(xì)菌16S rRNA基因進(jìn)行了PCR檢測[15]。具體目標(biāo)基因及引物序列見表1,引物合成由北京新科開源基因科技有限公司完成。
PCR(Polymerase chain reaction)反應(yīng)總體系 25 μL,包括:10×PCR Buffer 2.5 μL,dNTP Mix 2 μL,10 μmol·L-1上下游引物各1 μL,r-Tap 酶0.25 μL,模板DNA 2 μL,純水補足至25 μL。擴(kuò)增條件為:94 ℃預(yù)變性6 min;95℃變性30 s,55℃退火40 s,72℃延伸1 min,共36個循環(huán);72℃延伸7 min。取5 μL擴(kuò)增后產(chǎn)物,利用1%瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測。將目的基因的PCR陽性產(chǎn)物送至美吉生物公司進(jìn)行測序,測序結(jié)果與NCBI數(shù)據(jù)庫進(jìn)行BLAST同源性比對,證實與已發(fā)表相似序列的同源性在95%~100%。
1.3.3 ARGs和MGEs的q-PCR定量檢測
采用實時熒光定量PCR技術(shù)(Real-time fluores?cence quantitative PCR,q-PCR)對土壤樣品中的ARGs和MGEs的豐度進(jìn)行測定。q-PCR選用Thermo Scientific公司生產(chǎn)的Maxima SYBR Green/ROX qPCR Master Mixture(2X),將標(biāo)準(zhǔn)品用純水按10倍進(jìn)行5~6個梯度稀釋,每個樣品設(shè)置3個平行,同時設(shè)置無模板陰性對照,反應(yīng)在ABI-7300儀器上進(jìn)行。反應(yīng)體系包括:SYBR Mix 12.5 μL,10 μmol·L-1上下游引物各0.5 μL,模板 DNA 1 μL(約 1~10 ng),純水補足至 25 μL。反應(yīng)程序為:95℃預(yù)變性10 min;95℃變性30 s,55℃退火40 s,72℃延伸1 min,80℃收集熒光信號1 min,共進(jìn)行40個循環(huán);72℃延伸10 min;PCR擴(kuò)增完后按照儀器自帶程序進(jìn)行溶解曲線繪制。定量PCR產(chǎn)物用1.0%的瓊脂糖凝膠電泳檢測特異性。
1.3.4 土壤理化性質(zhì)的測定
土壤有機質(zhì)采用水合熱重鉻酸鉀氧化-比色法測定[47],有效磷采用Olsen法測定[47],堿解氮采用堿解擴(kuò)散法測定(LY/T 1229—1999),pH采用1∶5土水比測定。
本試驗主要用到的儀器包括:人工氣候箱(寧波江南儀器廠:RXZ-430E)、凝膠電泳成像分析系統(tǒng)(BIO-RAD:Universal HoodⅡ)、電泳儀(JUNYI:JY3000+)、PCR 儀(BIO-RAD:T100TM Thermal Cy?cler)、生物安全柜(蘇潔凈化:BHC-1300ⅡA/B2)、快速核酸提取儀(MP:FastPrep-24)、超微量分光光度計(Thermo Fisher Scientific:Nanodrop 2000)、Real Time PCR System(ABI-7300)。主要的試劑包括:環(huán)丙沙星(Sigma公司)、Fast DNA Spin Kit for Soil試劑盒(MP 公司)、10×PCR Buffer(Mg+plus)、dNTP Mix?ture、r-Taq DNA Polyersss(TaKaRa公司)。
表1 基因種類及引物序列信息Table 1 Gene types and information of primer sequence
抗生素抗性基因的拷貝數(shù)的計算:根據(jù)目的基因標(biāo)準(zhǔn)品的拷貝數(shù)和其擴(kuò)增的CT值計算標(biāo)準(zhǔn)曲線,代入樣品CT值得到土壤樣品中各目的基因的拷貝數(shù),并以基因拷貝數(shù)/土壤質(zhì)量(g,干土)為單位進(jìn)行分析。質(zhì)粒濃度換算成每微升質(zhì)粒溶液所攜帶的絕對模板拷貝數(shù)的公式為:
copies·μL-1=[x/(a+b)×660]×10-9×6.02×1023
式中:x為質(zhì)粒濃度,ng·μL-1;a為載體長度,bp;b為目的基因長度,bp。生成標(biāo)準(zhǔn)曲線的R2值應(yīng)大于0.98,越接近于1,結(jié)果可信度越高;擴(kuò)增效率E=10-1/斜率-1,E的范圍應(yīng)在0.8~1.2,越接近于1越理想。
采用IBM SPSS Statistics 22對數(shù)據(jù)進(jìn)行方差分析,并用軟件中的偏相關(guān)分析方法進(jìn)行分析,當(dāng)P值小于0.05或0.01時,表明在95%或99%的置信區(qū)間內(nèi)具有統(tǒng)計學(xué)意義上的顯著差異。用Origin 9.0作圖。
本研究對不同處理土壤中32種基因進(jìn)行檢測,包括6大類抗生素(四環(huán)素、氟喹諾酮、磺胺、氨基糖苷、氯霉素及β-內(nèi)酰胺類)抗性基因,4種可移動遺傳元件(整合子intⅠ、intⅡ,插入序列共同區(qū)域orf 513和ISCR2)以及細(xì)菌16S rRNA基因。對比分析以上基因在各處理中的檢出差異,結(jié)果如表2所示。在調(diào)查的32種基因中共檢出4大類6種抗性基因(tetG、sulⅠ、qn?rA、qnrS、aadA2、aadD)和1種可移動遺傳元件(intⅠ)。各處理土壤中氟喹諾酮類、磺胺類、四環(huán)素類的檢出率分別為2/2、1/3和1/6(檢出基因數(shù)目/檢測基因數(shù)目);氨基糖苷類抗性基因在CK、CIP及DF處理中檢出率為1/9,在DF+CIP、DF(CIP)處理中檢出率為2/9。在所檢測的4種MGEs中僅檢出intⅠ,在各處理中的檢出率為1/4。同時各處理中均檢出16S rRNA,檢出率為1/1。
表2 不同處理土壤中ARGs、MGEs及16S rRNA的檢出種類及檢出率Table 2 Types and detection rates of ARGs,MGEs and 16S rRNA in soil of different treatments
為了進(jìn)一步研究不同處理土壤中ARGs和intⅠ的濃度特征,以及糞源環(huán)丙沙星對土壤中ARGs、intⅠ和細(xì)菌的影響,本試驗利用q-PCR技術(shù),選取各處理中檢測率較高的基因(根據(jù)表2的PCR檢出結(jié)果),包括四環(huán)素類抗性基因(tetG)、磺胺類抗性基因(sulⅠ)、氨基糖苷類抗性基因(aadA2)、氟喹諾酮類抗性基因(qnrA)、Ⅰ類整合子(intⅠ),對不同土壤樣品中的目標(biāo)基因進(jìn)行定量分析。各目的基因標(biāo)準(zhǔn)曲線的R2在0.985~0.995之間,擴(kuò)增效率E在0.88~1.01之間。圖1即為不同處理土壤中各目標(biāo)基因的絕對豐度。
2.2.1 不同處理土壤中ARGs、intⅠ和細(xì)菌的濃度特征
培養(yǎng)81 d后,土壤中不同目標(biāo)基因在不同處理中絕對濃度范圍波動較大,在 107~1016copies·g-1之間(圖1)。各處理中氟喹諾酮類抗性基因qnrA的檢出濃度在1010~1011copies·g-1之間,與CK相比,DF、DF+CIP、DF(CIP)處理中qnrA絕對豐度均顯著增加(圖1b,P<0.05)。在CK、CIP處理中四環(huán)素類抗性基因tetG和磺胺類抗性基因sulⅠ的檢出濃度均在109~1010copies·g-1之間(圖1c、圖1e),氨基糖苷類抗性基因 aadA2的檢出濃度在 107~109copies·g-1之間(圖1f);在DF、DF+CIP和DF(CIP)處理中tetG檢出濃度較高(檢出濃度在1012~1014copies·g-1),其次是 sulⅠ(檢出濃度在1012~1013copies·g-1)和aadA2(檢出濃度在 1011~1012copies·g-1);施加鴨糞的 3個處理與 CK、CIP處理相比,tetG、sulⅠ、aadA2的絕對豐度均增加3~4個數(shù)量級,且差異均達(dá)到顯著水平(P<0.05)。在DF、DF+CIP 和 DF(CIP)處理中intⅠ的檢出濃度為1013copies·g-1左右(圖1d),16S rRNA檢出濃度在1016copies·g-1左右(圖1a),與CK、CIP處理中intⅠ的濃度(1012copies·g-1左右)和16S rRNA的濃度(1015copies·g-1左右)相比均增加1個數(shù)量級,且差異均達(dá)到顯著水平(P<0.05)。綜合上述分析,添加鴨糞的處理均顯著增加了土壤中tetG、sulⅠ、aadA2、intⅠ和16S rRNA的絕對豐度(P<0.05)。已有研究證明畜禽糞便作為有機肥農(nóng)用會增加土壤中抗性基因的豐度。Schimitt等[27]研究發(fā)現(xiàn)施用豬糞后土壤中磺胺類和四環(huán)素類抗性基因數(shù)量明顯增加。Zhu等[52]對飼喂抗生素的豬糞以及施用豬糞的土壤進(jìn)行檢測,發(fā)現(xiàn)有63種ARGs相比對照顯著增加。黃福義等[14]利用高通量熒光測序?qū)λ就林?95個ARGs進(jìn)行了定量分析,發(fā)現(xiàn)未施豬糞的對照組檢出66個抗性基因,施豬糞組檢出107個抗性基因,并且約一半ARGs顯著富集,表明豬糞施入不僅會增加土壤中ARGs的豐度,也會增加土壤中ARGs的種類,并改變土壤中抗生素抗性基因多樣性。
圖1 不同處理對土壤中抗生素抗性基因、intⅠ和總細(xì)菌基因的影響Figure 1 Effects of different treatments on antibiotic resistance genes,intⅠand 16S rRNA in ustic cambosols
2.2.2 糞源環(huán)丙沙星對土壤中細(xì)菌、不同類型ARGs和intⅠ的影響
單獨施加環(huán)丙沙星對土壤中不同種類ARGs的影響不同。CIP與CK處理相比,qnrA絕對豐度顯著增加(圖1b,P<0.05);tetG的絕對豐度增加4.97×109copies·g-1,sulⅠ、aadA2、intⅠ和 16S rRNA的絕對豐度分別降低1.13×109、1.30×108、3.69×1011copies·g-1和9.54×1013copies·g-1,但差異均未達(dá)到顯著水平(圖1a、圖 1c、圖1d、圖1e、圖1f);說明培養(yǎng)81 d后,單獨施加環(huán)丙沙星會增加土壤中qnrA的絕對豐度,但對tetG、sulⅠ、aadA2、intⅠ和細(xì)菌豐度無顯著影響。
糞源環(huán)丙沙星和等量鴨糞基礎(chǔ)上外源添加環(huán)丙沙星處理對培養(yǎng)81 d土壤中細(xì)菌影響不同。經(jīng)檢測DF(CIP)和DF+CIP處理中環(huán)丙沙星的殘留量為7.68、4.09 mg·kg-1。DF(CIP)、DF+CIP與DF處理相比,16S rRNA的絕對豐度分別減少1.51×1015、0.99×1015copies·g-1,差異均達(dá)到顯著水平(P<0.05),說明鴨糞中殘留的環(huán)丙沙星對細(xì)菌存在抑制作用。且與DF處理相比,DF(CIP)處理對細(xì)菌的抑制作用強于DF+CIP處理。此結(jié)果與周志強等[55]用磷脂脂肪酸方法檢測的不同處理對土壤中細(xì)菌的變化情況一致。DF+CIP、DF(CIP)與CK相比,土壤中細(xì)菌的絕對豐度均顯著增加,主要原因為鴨糞對細(xì)菌數(shù)量的增加高于環(huán)丙沙星對細(xì)菌數(shù)量的抑制。
糞源環(huán)丙沙星和等量鴨糞基礎(chǔ)上外源添加環(huán)丙沙星處理對培養(yǎng)81 d土壤中不同種類ARGs和intⅠ的影響不同。DF(CIP)、DF+CIP與CIP處理相比,qnrA絕對豐度均顯著降低(P<0.05),DF(CIP)、DF+CIP處理中鴨糞降低了土壤中的qnrA的豐度;與DF處理相比,DF+CIP處理土壤中qnrA絕對豐度顯著增加(P<0.05),DF(CIP)處理中 qnrA 絕對豐度降低0.78×1010copies·g-1,但差異未達(dá)到顯著水平;即 DF(CIP)處理中殘留的環(huán)丙沙星對土壤中qnrA無顯著影響,DF+CIP處理中殘留的環(huán)丙沙星會增加土壤中qnrA的豐度(圖1b)。DF(CIP)、DF+CIP與CIP處理相比,tetG絕對豐度均顯著增加(P<0.05),DF(CIP)、DF+CIP處理中鴨糞增加了土壤中tetG絕對豐度;DF+CIP、DF(CIP)與DF處理相比,tetG絕對豐度均顯著降低(P<0.05),即DF(CIP)、DF+CIP處理中殘留的環(huán)丙沙星降低了土壤中tetG的絕對豐度(圖1c)。DF(CIP)、DF+CIP與CIP處理相比,sulⅠ、aadA2絕對豐度均顯著增加P<0.05),DF(CIP)、DF+CIP處理中的鴨糞會增加土壤中sulⅠ、aadA2絕對豐度;DF+CIP與DF處理相比,sulⅠ、aadA2絕對豐度分別增加3.08×1012、0.54×1011copies·g-1,但差異未達(dá)到顯著水平;DF(CIP)與DF處理相比,sulⅠ、aadA2絕對豐度均顯著增加(P<0.05),即DF(CIP)處理中殘留的環(huán)丙沙星會增加土壤中sulⅠ、aadA2絕對豐度(圖1e和圖1f)。DF+CIP、DF(CIP)與CIP處理相比,intⅠ絕對豐度均顯著增加(P<0.05),DF+CIP、DF(CIP)處理中鴨糞會增加土壤中intⅠ絕對豐度;DF+CIP、DF(CIP)與DF處理相比,intⅠ絕對豐度均降低,但差異未達(dá)到顯著水平,表明CIP+DF、DF(CIP)處理中鴨糞對土壤中intⅠ絕對豐度無顯著影響(圖1d)。
綜合上述DF(CIP)和DF+CIP處理中鴨糞和殘留的環(huán)丙沙星對ARGs和intⅠ影響的分析,DF(CIP)、DF+CIP與CK處理相比,土壤中qnrA、tetG、sulⅠ、aadA2、intⅠ的絕對豐度均顯著增加,說明在本試驗中,培養(yǎng)81 d后DF(CIP)和DF+CIP處理均增加了土壤中qnrA、tetG、sulⅠ、aadA2、intⅠ的絕對濃度。與DF處理相比,DF(CIP)、DF+CIP處理均顯著降低了土壤中tetG的絕對豐度(P<0.05);DF(CIP)處理顯著增加了土壤中sulⅠ和aadA2的絕對豐度(P<0.05);DF+CIP處理顯著增加了土壤中qnrA的絕對豐度(P<0.05)。
本試驗中DF(CIP)與DF+CIP處理對土壤中同種ARGs的影響存在差異。DF(CIP)與DF+CIP處理相比,qnrA、tetG、16S rRNA的絕對豐度顯著降低(圖1a、圖1b和圖1c,P<0.05),sulⅠ、aadA2的絕對豐度顯著增加(圖1e和圖1f,P<0.05)。這兩個處理中ARGs豐度不同的原因可能是由于DF(CIP)給鴨子飼喂CIP后,CIP造成鴨子腸道中微生物群落結(jié)構(gòu)和多樣性的改變,排出的污染的鴨糞與外源添加CIP的鴨糞中微生物組成和結(jié)構(gòu)多樣性存在差異,施用后對土壤中ARGs產(chǎn)生不同的影響,具體還需進(jìn)一步研究分析。
CK處理中均有不同種類ARGs的檢出,其中qnrA、sulⅠ、tetG的濃度較高,檢出濃度在109~1010copies·g-1之間。這一方面是由于土壤中微生物的內(nèi)在抗性,F(xiàn)arias等[58]研究發(fā)現(xiàn)在自然環(huán)境中,即使沒有抗生素存在,ARGs也存在于微生物群落中。樓晨露[10]在不施用豬糞的土壤中也檢測到較高濃度的tetA、tetG、sulⅠ和 sulⅡ,相對豐度在 10-4~10-3之間,與 Ji等[16]研究的檢出結(jié)果一致。另一方面可能是由于外界環(huán)境污染,李娟等[59]對北京地區(qū)7個典型傳統(tǒng)的養(yǎng)豬場廢水、周邊土壤中氟喹諾酮類耐藥基因的污染情況進(jìn)行監(jiān)測,從養(yǎng)豬場廢水和土壤中均檢出了qnrD、qepA、oqxB、qnrS和oqxA等耐藥基因。高敏等[60]研究發(fā)現(xiàn),養(yǎng)殖場糞便是空氣中ARGs的重要來源,且養(yǎng)殖場舍內(nèi)濃度遠(yuǎn)高于舍外。
影響抗性基因的產(chǎn)生和轉(zhuǎn)移的因素有很多。理論上抗生素作為抗生素抗性基因的直接選擇壓力,兩者之間存在一定的相關(guān)性,但并不是唯一因素。越來越多的研究表明,其他環(huán)境因子,如重金屬、其他非對應(yīng)抗生素、pH、有機質(zhì)、可移動遺傳元件等也都對ARGs產(chǎn)生影響。本試驗對5個處理中各目的基因絕對拷貝數(shù)與16S rRNA絕對拷貝數(shù)的比值進(jìn)行計算,得到目標(biāo)基因的相對豐度,再利用偏相關(guān)分析對土壤樣品中各類型ARGs、intⅠ的相對豐度與土壤理化性質(zhì)的相關(guān)關(guān)系進(jìn)行分析,分析結(jié)果如表3所示。
本試驗中不同種類的ARGs與intⅠ的相關(guān)性不同(表3)。在固定其他變量影響的情況下,intⅠ與sulⅠ、aadA2均呈極顯著正相關(guān)(P<0.01),與qnrA呈顯著負(fù)相關(guān)(P<0.05),與tetG無相關(guān)性。Selvaraj等[61]發(fā)現(xiàn)在鏈霉素壓力下,有氧生物反應(yīng)器中intⅠ與氨基糖苷類抗性基因存在顯著相關(guān)性。趙祥等[35]發(fā)現(xiàn)長期使用糞肥的設(shè)施菜地土壤中可移動元件總量intⅠ與磺胺類及大環(huán)內(nèi)酯類抗性基因呈現(xiàn)極顯著相關(guān)。Shi等[62]研究表明在intⅠ的可變盒中,未檢測到任何的四環(huán)素類抗性基因,進(jìn)一步探究發(fā)現(xiàn),在土霉素壓力下,某些四環(huán)素類抗性基因可能是通過轉(zhuǎn)座子進(jìn)入到質(zhì)粒,從而進(jìn)行細(xì)菌之間的水平轉(zhuǎn)移。上述研究結(jié)果均與本研究結(jié)論一致。趙祥等[35]研究表明在長期使用糞肥的9個設(shè)施菜地土壤中檢測到intⅠ和多種氟喹諾酮類抗性基因(qepA、qnrB、qnrS),分析表明intⅠ與氟喹諾酮類抗性基因無相關(guān)性,與本試驗中qnrA與intⅠ呈負(fù)相關(guān)性的結(jié)果有區(qū)別,原因有待進(jìn)一步分析。
本試驗中不同種類的ARGs與土壤理化性質(zhì)的相關(guān)性不同(表3)。在固定其他變量影響的情況下,qnrA與CIP殘留量呈極顯著正相關(guān)(P<0.01),sulⅠ、aadA2、tetG與CIP殘留量均無相關(guān)性;TetG與有機質(zhì)呈極顯著正相關(guān)(P<0.01),qnrA、sulⅠ、aadA2與有機質(zhì)均無相關(guān)性;土壤中各ARGs與有效磷、pH之間均無相關(guān)性。已有研究表明土壤中ARGs與土壤理化性質(zhì)存在相關(guān)關(guān)系。王鳳花等[63]發(fā)現(xiàn)四環(huán)素類抗生素不僅與四環(huán)素類抗性基因具有相關(guān)性,與氨糖苷類、磺胺類抗生素性基因也存在相關(guān)性,此結(jié)果也與本試驗中添加鴨糞和CIP,增加了土壤中sulⅠ、aadA2相對豐度結(jié)果類似。同時,王鳳花等[63]在含有高濃度四環(huán)素抗生素殘留的再生水澆灌后的土壤樣品中,檢測出高濃度的四環(huán)素類和磺胺類抗性基因,也檢測出intⅠ和轉(zhuǎn)座酶基因。趙祥等[35]發(fā)現(xiàn)長期使用糞肥的設(shè)施菜地土壤中重金屬含量與氟喹諾酮類抗性基因呈極顯著相關(guān)。樓晨露等[10]研究表明在對長期定量施用豬糞的稻田土壤中四環(huán)素類與磺胺類抗生素抗性基因的相對豐度與土壤pH、有機質(zhì)、重金屬As、Cd、Cu、Zn之間存在相關(guān)性。
(1)本試驗中共檢出6種抗生素抗性基因(tetG、sulⅠ、qnrA、qnrS、aadA2、aadD)和1種可移動遺傳元件(intⅠ),不同處理土壤中檢測到的目的基因基本一致。DF(CIP)和DF+CIP處理對土壤中細(xì)菌和不同種類ARGs的影響不同。DF(CIP)、DF+CIP處理均顯著降低了土壤中16S rRNA、tet G的絕對豐度;DF(CIP)處理顯著增加了土壤中sulⅠ、aadA2的絕對豐度;DF+CIP處理顯著增加了土壤中qnrA的絕對豐度。DF(CIP)與DF+CIP處理相比,土壤中qnrA、tetG和細(xì)菌的絕對豐度顯著降低,sulⅠ和aadA2的絕對豐度顯著增加,原因有待后續(xù)研究。
(2)不同種類的ARGs與intⅠ、土壤理化性質(zhì)的偏相關(guān)性不同。土壤中intⅠ與sulⅠ、aadA2呈正相關(guān),與qnrA呈負(fù)相關(guān),與tetG無相關(guān)性。QnrA與CIP殘留量呈極顯著正相關(guān),sulⅠ、aadA2、tetG與CIP殘留量均無相關(guān)性。TetG與有機質(zhì)呈極顯著正相關(guān),qnrA、sulⅠ、aadA2與有機質(zhì)均無相關(guān)性。土壤中各種ARGs與有效磷、pH之間均無相關(guān)性。
表3 土壤中ARGs、intⅠ及土壤理化性質(zhì)的偏相關(guān)分析Table 3 The partial correlation analysis of ARGs,intⅠand soil physicochemical properties