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        基于ITS系列分析鑒定野生靈芝屬菌種*

        2018-04-10 10:36:26嚴(yán)俊杰柯麗娜張志鴻賴碧梅
        中國(guó)食用菌 2018年2期
        關(guān)鍵詞:靈芝菌種真菌

        袁 濱,嚴(yán)俊杰,柯麗娜,張志鴻,賴碧梅

        (1.漳州市農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所,福建 漳州 363005;2.福建農(nóng)林大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,菌物研究中心,福建 福州 350002)

        漳州位于福建省東南部,地處東經(jīng)117~118、北緯23.8~25之間,轄區(qū)地勢(shì)由北西向東南傾斜,西北多山,東南瀕海,氣候溫和,屬亞熱帶季風(fēng)性濕潤(rùn)氣候,自然條件獨(dú)特,環(huán)境條件復(fù)雜多樣,食用、藥用菌資源豐富[1]。筆者從南靖等地采集、分離到多個(gè)野生大型真菌菌種,同時(shí)成功馴化栽培部分菌株,如編號(hào)為西靈5的靈芝屬(Ganoderma)菌株,其子實(shí)體朵形漂亮,出芝整齊,產(chǎn)量較高,極具開(kāi)發(fā)利用價(jià)值。該試驗(yàn)以分離菌種為材料,通過(guò)ITS序列克隆與分析,對(duì)其進(jìn)行分子鑒定和栽培出菇試驗(yàn),旨在鑒定其遺傳進(jìn)化關(guān)系,進(jìn)而為開(kāi)發(fā)利用當(dāng)?shù)匾吧秤?、藥用菌的菌種資源提供研究基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        1.1.1供試菌種

        試驗(yàn)菌種如表1所示。

        1.1.2培養(yǎng)基

        表1 供試菌種Tab.1 Introduction of tested strains

        液體培養(yǎng)基:去皮土豆200 g,切塊后加水煮爛(約25 min),再用紗布過(guò)濾去掉土豆渣,定容至1 L,然后加入葡萄糖 5 g·L-1、蔗糖 15 g·L-1、磷酸二氫鉀2 g·L-1、硫酸鎂1 g·L-1,熔化后再定容至1 L即可。固體培養(yǎng)基:液體培養(yǎng)基中加入瓊脂粉18 g·L-1。pH 自然,121℃滅菌 20min。

        1.1.3試劑

        DNA提取試劑:CTAB抽提液:2%CTAB,EDTA (pH8.0) 20 mmol·L-1, Tris-HCl(pH8.0) 100 mmol·L-1, NaCl 1.4 mol·L-1; CTAB 沉 淀 液 : 1%CTAB, EDTA (pH8.0)10 mmol·L-1, Tris-HCl(pH8.0) 50 mmol·L-1;CTAB/NaCl(200 mL):去離子水 150 mL,NaCl 8.2 g,CTAB 20 g,65℃加熱攪拌,定容至200mL;TE緩沖液:EDTA 1mmol·L-1,Tris-HCl 10 mmol·L-1。其他:DNA Marker、10×buffer、rTaq酶、dNTPs等均購(gòu)自寶生物工程(大連)有限公司,其它試劑均為進(jìn)口或國(guó)產(chǎn)分析純?cè)噭?。ITS引物和內(nèi)切酶,購(gòu)自上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司,稀釋后濃度為10mol·L-1。

        1.2 方法

        1.2.1菌絲體分離純化

        將采集回來(lái)的子實(shí)體進(jìn)行組織分離,挑尖端菌絲2次,獲得純培養(yǎng)物,保藏于冰箱,工作溫度4℃。

        1.2.2菌株的分子鑒定

        (1) 基因組DNA的提取

        將7個(gè)菌株接種于液體培養(yǎng)基,26℃培養(yǎng)12 d后,收集菌絲1.5 g。各菌株基因組DNA的提取參考CTAB法[2-3],改進(jìn)后提取各供試菌株的DNA。

        (2) ITS系列PCR擴(kuò)增

        采用真菌通用引物ITS1、ITS4對(duì)樣品進(jìn)行PCR擴(kuò)增,PCR體系如表2所示。

        ITS-PCR程序:94℃預(yù)變性5min;94℃變性45s,54℃退火45 s,72℃延伸1 min,35個(gè)循環(huán);最后72℃延伸10 min。

        表2 PCR擴(kuò)增體系Tab.2 Reaction systems of PCR

        ITS-PCR產(chǎn)物的檢測(cè):取ITS-PCR產(chǎn)物6μL加入1μL 6×溴酚藍(lán)上樣緩沖液,混勻,1.0%瓊脂糖凝膠(含0.5μg·mL-1GoldviewTMDNA染料) 進(jìn)行電泳,電壓為4 V·cm-1,電泳1 h后通過(guò)凝膠成像系統(tǒng)觀察并拍照。

        (3)ITS片段的克隆與測(cè)序

        按照pMD18-TVector的說(shuō)明書(shū)進(jìn)行操作。陽(yáng)性克隆經(jīng)PCR驗(yàn)證后,委托上海生工進(jìn)行測(cè)序。在GenBank上對(duì)所得序列進(jìn)行BLAST比對(duì)分析[4-6],采用MEGA5.10軟件,Clustalw進(jìn)行多序列比對(duì),NJ法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),自檢值(Bootstrap) 設(shè)置為1000,確定供試菌株的分類地位。

        (4) 栽培出芝試驗(yàn)

        為初步探索野生菌株代料栽培的可能性與開(kāi)發(fā)利用潛力,于2016年8月進(jìn)行大棚栽培試驗(yàn)。栽培料配方:闊葉樹(shù)雜木屑85%、麩皮10%、豆粕2%、輕質(zhì)碳酸鈣3%,各物料混合均勻后堆積發(fā)酵30 d,期間翻堆4次,處理方法同參考文獻(xiàn)[7]。裝袋后常壓滅菌12 h,(25±1)℃室內(nèi)養(yǎng)菌,28 d左右菌絲滿袋,統(tǒng)一后熟7 d,之后在大棚內(nèi)開(kāi)袋進(jìn)行出芝管理[8-10]。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 野生菌種基因組DNA的提取和PCR擴(kuò)增結(jié)果

        采用CTAB改良法提取各菌株的基因組DNA,用分光光度計(jì)檢測(cè)OD260/OD280的比值在1.8~2.0,瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果顯示DNA純度較高,結(jié)構(gòu)完整,無(wú)明顯降解。各野生菌種DNA的電泳圖見(jiàn)圖1,從左至右依次為:MK、白靈芝、白芝2號(hào)、西靈1、西靈5、長(zhǎng)泰靈芝、松杉靈芝、農(nóng)大靈芝。

        從圖1可以看出,供試菌株西靈5、農(nóng)大靈芝的PCR產(chǎn)物片段大小為700 bp~750 bp,與預(yù)期結(jié)果較為一致,表明該方法提取獲得的DNA質(zhì)量較好,可以用于后續(xù)分子鑒定。

        圖1 野生菌種DNA電泳圖Fig.1 DNA electrophoretogram ofwild strains

        2.2 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)

        將PCR產(chǎn)物送至生工生物工程(上海)股份有限公司進(jìn)行測(cè)序,并將各菌株測(cè)序后的結(jié)果在Gen Bank上進(jìn)行比對(duì),同時(shí)采用MEGA5.10軟件,Clustalw進(jìn)行多序列比對(duì),NJ法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),自檢值(Bootstrap) 設(shè)置為1000,上述7種真菌的BLAST比對(duì)結(jié)果見(jiàn)表3和圖2。

        表3 7種真菌的BLAST比對(duì)結(jié)果Tab.3 BLAST comparison of 7 fungi

        測(cè)序結(jié)果顯示白靈芝、白芝2號(hào)、西靈1、西靈5、長(zhǎng)泰靈芝、松杉靈芝、農(nóng)大靈芝的ITS序列分別為 655 bp、696 bp、638 bp、734 bp、669 bp、684 bp、705 bp?;究梢悦鞔_白芝2號(hào)為雅致栓孔菌(Trametes elegans),西靈 1為假芝 (Amauroderma rugosum),西靈5和長(zhǎng)泰靈芝為韋伯靈芝(Ganoderma weberianum),松杉靈芝為赤芝(Ganoderma lucidum),農(nóng)大靈芝與四川靈芝(Ganoderma sichuanense)接近,白靈芝與Nemania bipapillata較接近。

        2.3 栽培試驗(yàn)結(jié)果及子實(shí)體形態(tài)特征

        初步對(duì)7個(gè)供試菌株進(jìn)行栽培出芝試驗(yàn),具體見(jiàn)圖3。

        圖3 野生靈芝子實(shí)體Fig.3 Wild Ganoderma lucidum fruiting body

        從圖3可以看出,白芝2號(hào)、西靈5、農(nóng)大靈芝、西靈1等4個(gè)菌株成功培育出子實(shí)體。西靈5子實(shí)體單生,菌蓋半圓形,菌蓋表面新鮮時(shí)紫褐色,有漆樣光澤;菌蓋上表面生長(zhǎng)初期和邊緣為白色,觸摸后變?yōu)楹稚?;菌柄偏短,?cè)生,與菌蓋同色;朵形漂亮,出芝整齊,產(chǎn)量較高。白芝2號(hào)子實(shí)體無(wú)明顯菌柄,新鮮時(shí)革質(zhì),干后硬革質(zhì),與培養(yǎng)基連接緊密;菌蓋半圓形、扇形;菌蓋表面白色、乳白色或淺灰白色,近基部有瘤狀突起。西靈1子實(shí)體單生,有菌柄,干后木栓質(zhì);菌蓋近圓形,表面灰褐色至褐色,無(wú)光澤,具明顯同心環(huán)紋,無(wú)絨毛,中心部分凹陷;孔口表面新鮮時(shí)灰白色,手觸后變血紅色、黑色;菌肉褐色至深褐色。農(nóng)大靈芝分化不好。盡管還有3個(gè)菌株沒(méi)能培育出子實(shí)體,但4個(gè)出菇菌株的形態(tài)特征從側(cè)面佐證了分子生物學(xué)鑒定結(jié)果是可信的。

        3 結(jié)論與討論

        本研究通過(guò)ITS序列測(cè)序與分析,對(duì)采集到的6個(gè)野生真菌菌種進(jìn)行分子鑒定,結(jié)合傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)研究,初步確定西靈5等菌株的分類地位,并進(jìn)行了栽培出菇試驗(yàn),為西靈5、白芝2號(hào)、西靈1等菌株的開(kāi)發(fā)利用提供了重要依據(jù)。

        圖2 基于ITS構(gòu)建的NJ進(jìn)化樹(shù)Fig.2 NJevolutionary tree based on ITS

        野生生物資源為生物資源的有效利用和開(kāi)發(fā)奠定基礎(chǔ),對(duì)野生大型真菌種質(zhì)資源的收集、馴化,已成為當(dāng)前科研工作的一個(gè)重點(diǎn)[11]。但單純依據(jù)形態(tài)學(xué)對(duì)野生大型真菌進(jìn)行分離鑒定存在諸多缺陷,尤其是一些形態(tài)特征相似的種,區(qū)分起來(lái)難度很大,這就需要結(jié)合分子生物學(xué)手段來(lái)進(jìn)行鑒定。在野生大型真菌的分類鑒定中,一般認(rèn)為菌株的ITS序列相似性達(dá)到或超過(guò)99%,可以認(rèn)為他們是同一個(gè)種。本研究結(jié)合形態(tài)學(xué)特征和ITS序列測(cè)序,可以確定西靈5等菌株的具體種屬,但并不能肯定白靈芝等的種屬,需要進(jìn)一步研究。

        參考文獻(xiàn):

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