絕大多數(shù)的牛仔褲是用人工合成靛藍(lán)染色的，這種染料模仿了從木藍(lán)屬植物（Indigofera）中提取的染料。靛藍(lán)染料的合成過程需要甲醛在內(nèi)的多種有毒化學(xué)品，染色過程也是如此，造成了巨大的污染。在世界有些地區(qū)，牛仔布工廠附近的河流呈現(xiàn)藍(lán)色，毒害、殺死魚類，影響著工人和居民的健康。由于每年生產(chǎn)的靛藍(lán)染料超過4萬噸，靛藍(lán)造成的污染十分嚴(yán)重。

加州大學(xué)伯克利分校的研究者試圖讓藍(lán)色牛仔褲的制作過程更環(huán)保，他們改造了一種大腸桿菌，使其成為生產(chǎn)靛藍(lán)前體的“化工廠”。這種前體性質(zhì)穩(wěn)定，可以一直保存到需要用的時(shí)候。傳統(tǒng)的合成靛藍(lán)需要化學(xué)加工來還原、溶解靛藍(lán)染料，使其能在棉布纖維上析出。而這種大腸桿菌生產(chǎn)的前體則不同，它只需要一種額外的酶，且最后的成品與傳統(tǒng)合成靛藍(lán)“一模一樣”。

然而，牛仔布制造中出現(xiàn)的大量污染源于染色后的漂洗以及為了做舊效果的打磨，即使是由細(xì)菌生產(chǎn)的靛藍(lán)染色的，依舊會在沖洗時(shí)產(chǎn)生骯臟的污水，而這種細(xì)菌生產(chǎn)的靛藍(lán)造成的污染不會比原先更少。