金四華，楊 磊，何婷婷，范心鳳，藺和太，劉 平，耿照玉*

（1. 安徽農(nóng)業(yè)大學動物科技學院，安徽合肥 230036；2. 青陽縣平云牧業(yè)開發(fā)有限公司，安徽池州 242800）

雞是第1個完成全基因組測序的農(nóng)業(yè)經(jīng)濟動物[1]，隨后鴨[2]、鵝[3]、火雞[4]、鴿子[5]等禽類的參考基因組拼接和組裝工作相繼完成，高質(zhì)量的基因組序列信息促進了家禽功能基因組和結(jié)構(gòu)基因組的發(fā)展與完善，進一步豐富了家禽基因組信息，大量遺傳變異的挖掘和鑒定為解析家禽表型多樣性、基因組進化以及抗病育種奠定了堅實的基礎。

基因組遺傳變異是生物體的基本特征，根據(jù)其存在形式主要分為4種類型，包括單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）、2～50 bp的小片段的插入或缺失（Insertion or Deletion，InDel）、50 bp以上的拷貝數(shù)變異（Copy Number Variations，CNVs）以及由位置變化引起的易位或倒位（Translocation or Inversion）[6]。這些數(shù)量眾多、形式多樣的遺傳變異造成畜禽外貌特征、生產(chǎn)性能、經(jīng)濟用途以及抗病性等的差異。

SNP由于數(shù)量最多、分布廣泛、遺傳穩(wěn)定且容易分型等多種優(yōu)點，成為研究畜禽外貌特征、生產(chǎn)性能以及疾病抗性與易感性的重要分子標記。但基因組中存在一些稀有SNP、上位效應和連鎖關系等，限制了SNP的精細定位及育種應用。與SNP相比，CNVs為大片段的結(jié)構(gòu)變異，能夠影響畜禽基因組中較大的區(qū)域，甚至引起特定基因序列和表達的變化。目前，CNVs已經(jīng)在人[7]、果蠅[8]、小鼠[9]、牛[10]、雞[11]等動物中得到廣泛地關注和研究。

本文對CNVs研究歷程及檢測方法進行綜述，重點討論存在問題及CNVs對家禽表型的影響，并對CNVs在家禽抗病育種中的應用進行展望。

1 CNVs概述

1.1 CNVs研究歷程 早在1936年，Bridges等[12]研究果蠅榜眼時發(fā)現(xiàn)染色體上片段發(fā)生重復，棒眼顯性突變Bar基因2個或多個串聯(lián)重復會引起突變體果蠅單眼數(shù)變少，導致復眼的形成，但在當時并未引起足夠的重視。2004年，Iafrate等[13]和Sebat等[14]對正常人群基因組變異進行大規(guī)模篩查，發(fā)現(xiàn)人類基因組中廣泛存在大小從1 kb到Mb范圍內(nèi)的拷貝數(shù)變異現(xiàn)象，包括DNA片段的插入、缺失、重復以及衍生出的染色體微結(jié)構(gòu)變異，從此揭開CNVs研究的序幕和熱潮。

CNVs具有4個主要特征：首先，CNVs覆蓋度高。CNVs數(shù)量雖然少，但大部分CNVs長度較長，基因組中覆蓋堿基數(shù)比SNP多[15]。其次，CNVs在基因組中分布不均勻。CNVs在基因組中存在其突變熱點區(qū)域，CNVs主要分布于著絲粒、亞端粒區(qū)和異染色質(zhì)等進化不穩(wěn)定的區(qū)域。第三，CNVs多態(tài)可能影響基因表達水平，最終對基因外顯率產(chǎn)生影響。最后，CNVs具有較高突變率[16]。人類基因組中，CNVs每個世代的突變率為 1.7×10-6～1.0×10-4，遠高于 SNP 突變率。隨著測序技術(shù)快速發(fā)展以及生物信息分析方法的精細化，McDonald等[6]將CNVs定義為與參考序列相比，基因組中長度大于50 bp DNA片段的插入、缺失或重復等。另外，CNVs在人類和很多模式生物中得到廣泛和深入地研究，并鑒定很多有功能的CNVs[17]。因此，CNVs作為畜禽基因組中一種重要遺傳變異，將有助于更好地解析表型發(fā)生、疾病抗性與易感性及其進化的遺傳機制，最終應用于畜禽的分子育種中。

1.2 CNVs檢測方法 隨著高通量測序技術(shù)和分子生物學技術(shù)的發(fā)展，解析畜禽表型形成和疾病發(fā)生的分子遺傳機制成為動物分子育種的關鍵，如何快速、準確、高效地在畜禽基因組中鑒定和驗證具有功能性的CNVs成為研究者關注的焦點。

目前全基因組范圍內(nèi)檢測CNVs的方法主要包括比較基因組雜交技術(shù)（Array-Based Comparative Genome Hybridization，aCGH）、SNP芯片技術(shù)和全基因組重測序技術(shù)。aCGH芯片技術(shù)是檢測CNVs常用的方法，具有準確性高、靈敏、分辨率高、成本低等特點，但是其分辨率受限于固化在芯片上探針的長度和數(shù)目[18]。SNP芯片是另外一種廣泛使用且高效的CNVs檢測平臺，該方法通量高、操作簡單便捷、成本低，同時不需要參考樣本及實驗群體的雜交，能夠進行不同組間的比較[19]，但該方法信噪比較低，容易出現(xiàn)假陽性，同時對于基因組比較復雜的區(qū)域以及高度重復區(qū)域難以設計理想的探針，目前一般采用aCGH和SNP芯片技術(shù)混合使用，以提高檢測效率[20]。目前，高通量測序技術(shù)檢測CNVs成為研究的熱點和有效方法，該方法理論上能夠檢測基因組中所有CNVs變異類型，分辨率高、檢測速度快、準確性高[21-22]，但該方法受限于參考基因組組裝完整性及分析平臺的數(shù)據(jù)負荷。隨著測序技術(shù)的飛速發(fā)展，該方法對檢測基因組中CNVs具有廣闊的發(fā)展前景。

對于已發(fā)現(xiàn)的CNVs需要進一步篩選、鑒定和驗證，以找到引起畜禽表型差異的靶標CNVs。目前驗證方法主要包括定量PCR和基于雜交的熒光原位雜交技術(shù)（Fluorescencein situHybridization，F(xiàn)ISH）[23]。其中，定量PCR因操作簡單、速度快、重復性好、靈敏度高等優(yōu)點得到廣泛應用。

2 CNVs對家禽表型的影響

家禽不僅是一種重要的農(nóng)業(yè)經(jīng)濟動物，也是分子遺傳學和基礎生物學的重要模式生物，對其基因組CNVs進行深入挖掘和驗證，有助于將其作為一種廉價高效的分子遺傳標記應用于未來家禽的選育和育種規(guī)劃中。

迄今為止，科研人員已經(jīng)在家禽基因組中挖掘和鑒定出一些與家禽表型變異密切相關的CNVs。Griffin等[24]通過染色體涂染和aCGH芯片技術(shù)構(gòu)建雞和火雞精細的比較細胞遺傳學圖譜，獲得16個品種間的CNVs，并通過分析發(fā)現(xiàn)禽類的基因組在進化過程相對保守。雞的快慢羽是家禽特有的一種重要特征，是雛禽雌雄自別的一種重要手段，其由性染色體Z上的K基因所決定，在家禽生產(chǎn)中具有重要的實用價值。Elferink等[25]在研究快慢羽產(chǎn)生機制時發(fā)現(xiàn)，慢羽性狀是由K基因座上一段含有PRLR和SPEF2基因的串聯(lián)重復序列引起的，慢羽表型與該CNVs顯著關聯(lián)。雞的豆冠是雞品種中一種重要的外貌特征，其由顯性基因控制。豆冠表型引起雞冠和肉垂大大減少，可以減少雞熱量的損失并降低凍傷的易感性。Wright等[26]研究報道，雞的豆冠是由SOX5基因第1內(nèi)含子內(nèi)一段保守的非編碼序列拷貝數(shù)的增加引起的，該表型是雞在寒冷環(huán)境下的一種適應性性狀。Skinner等[27]采用熒光原位雜交技術(shù)對雞和北京鴨進行比較基因組分析，結(jié)果表明北京鴨基因組中存在32個潛在的CNVs，其中5個CNVs共存在于火雞與雞的CNVs熱點區(qū)域。Wang等[28]對白來航、洛島紅雞和科尼什肉雞等品種CNVs進行研究，發(fā)現(xiàn)96個CNVs，且該片段包含鋅指蛋白基因和醛糖還原酶基因。絲羽烏骨雞的烏皮烏骨表型主要是由真皮黑色素過度沉積引起。Dorshorst等[29]報道，雞20號染色體上2個CNVs區(qū)域形成1個重組結(jié)構(gòu)，第1個CNVs區(qū)域的EDN3基因被鎖定為引起黑色素沉積的目標基因。Gunnarsson等[30]研究表明，SOX10基因轉(zhuǎn)錄起始位點上游8.3 kb的片段缺失引起雞深棕色羽色的發(fā)生。Jia等[11]采用高密度SNP芯片篩選白來航蛋雞和矮小褐殼蛋雞的CNVs，發(fā)現(xiàn)209個CNVRs，覆蓋1.42%基因組，為雞CNVs進一步研究奠定堅實基礎。Yi等[21]采用全基因組重測序技術(shù)對12只不同類型的雞進行CNVs分析，發(fā)現(xiàn)8 840個CNVRs，總長度為98.2 Mb，占基因組的9.4%，并采用aCGH芯片驗證測序結(jié)果[20]；進一步研究發(fā)現(xiàn)，SOCS2基因的CNVs可能與斗雞骨密度密切相關[31]。

前期研究表明，CNVs可通過改變基因劑量或干擾基因活性影響基因表達與表型差異[32-33]，進而引起疾病發(fā)生。近年來，研究者對CNVs與家禽疾病的易感性或抗病性進行了相關研究。Luo等[34]首次在全基因組范圍內(nèi)檢測到2個高度近交的抗病系和易感系中馬立克氏病易感性與CNVs的關聯(lián)性，發(fā)現(xiàn)2個與馬立克氏病抗性顯著相關的CNVs。Yan等[35]采用全基因組重測序技術(shù)對馬立克氏病抗性相差較大的2個品系進行研究，抗性和易感系分別檢測到1 546個和1 866個特異性CNVRs，進一步研究發(fā)現(xiàn)67個品系特有的CNVRs以及62個馬立克氏病易感性關聯(lián)的基因。該報道為深入研究馬立克氏病提供新的遺傳標記和新的視角。Xu等[36]采用600 K高密度SNP芯片對63系、72系以及近交重組系RCS進行CNVs分析，發(fā)現(xiàn)393個CNVs區(qū)域，其中12個CNVs是易感品系72特有的，并且2個缺失型CNVs影響臨近基因的表達。上述研究結(jié)果表明，CNVs與家禽表型特征和疾病相關的性狀密切相關，進一步研究CNVs的形成機理、作用機制以及在家禽分子育種中的應用具有重要的意義。

3 CNVs研究存在的問題

目前畜禽CNVs處于快速發(fā)展階段，多種畜禽的CNVs圖譜已經(jīng)構(gòu)建并取得初步進展，但仍然存在一些問題。

家禽功能基因組學的核心問題是闡述家禽表型和疾病產(chǎn)生的致因突變及遺傳機制[37]。因此，進行畜禽遺傳改良的前提是尋找并驗證基因組中重要的遺傳變異，CNVs作為基因組中廣泛存在的遺傳變異類型，準確、高效地鑒定基因組中CNVs是研究者和育種者亟待解決的熱點問題。但是，前期多項研究表明CNVs檢測的準確性和重復性不高，因此需要進一步完善家禽參考基因組組裝，CNVs檢測方法完善和研究策略開發(fā)也至關重要。目前檢測CNVs的方法主要有SNP芯片和基因組重測序技術(shù)。SNP芯片檢測一方面受到探針密度的影響，同時基因組中一些較為復雜結(jié)構(gòu)區(qū)域或片段高度重復區(qū)域，設計探針較困難因而CNVs的檢測數(shù)量有限。另外，一些較短的CNVs以及CNVs的絕對拷貝數(shù)檢測不到[20]?；蚪M重測序技術(shù)可以克服SNP芯片檢測存在的問題，但目前測序成本較高，不利于在大規(guī)模群體中開展研究。

近年來，新開發(fā)的第3代測序技術(shù)得到快速發(fā)展，其測序讀長較長，并且對基因組中復雜結(jié)構(gòu)或區(qū)域具有較高的分辨率，可以提高檢測的準確性和靈敏度[38]。隨著測序技術(shù)的快速發(fā)展以及測序成本大幅度降低，基因組更多CNVs將被挖掘和驗證。同時，分析軟件和算法的進一步完善，也將有助于提高CNVs檢測效率和準確度[39]。另外，檢測基因組已知CNVs區(qū)域的變異類型、芯片技術(shù)更具有優(yōu)勢，將有助于育種企業(yè)的應用。此外，目前多數(shù)研究主要集中于找到基因組中存在CNVs，而對CNVs的形成機理、作用機制以及功能的研究不夠深入，CNVs與畜禽表型多樣性以及復雜疾病的形成機理還有待進一步研究。

4 CNVs在家禽抗病育種中的應用展望

疾病是限制現(xiàn)代家禽生產(chǎn)發(fā)展的一個重要因素，雖然目前采用疫苗接種和藥物進行預防，但是未能從根本上阻斷疾病的發(fā)生和流行。對家禽抗病性狀的研究和育種實踐表明，采用遺傳策略從本質(zhì)上改善家禽對疾病的抗性，提高其免疫機能，進行分子抗病育種具有重要的意義。

家禽遺傳抗性研究一直以來是家禽研究者和育種者關注的重點和難點。傳統(tǒng)的育種一般為表型選育，根據(jù)表型挑選抗病力強的個體留為種用，這種選擇方法周期較長、成本高、選育效率低下，育種效率低，難于取得預期的效果[40]。分子育種具有周期短、不受環(huán)境和性別及年齡等限制、準確性高、效率高、能夠進行早期選擇等優(yōu)點[41]，受到研究者和生產(chǎn)者的廣泛關注。家禽抗病育種工作的核心任務就是對家禽進行選育與改良，尋找和挖掘影響家禽抗病性并能夠穩(wěn)定遺傳的分子輔助標記[42]。CNVs作為家禽基因組中一種廣泛存在的遺傳變異，揭示其與疾病抗性和易感性的密切聯(lián)系，將為家禽抗病育種提供有效的遺傳標記信息。例如，可以采用qPCR或SNP芯片檢測對照組和處理組在基因組中CNVs差異，將差異的CNVs與疾病進行進一步關聯(lián)分析，最終將該CNVs作為該疾病的潛在分子標記。同時，遺傳選育時可以鑒定能夠用于區(qū)分疾病抗性或易感性的特定基因型或單倍型，從而達到培育適應性強、抗病的家禽品種或品系。另外，我國地方家禽遺傳資源豐富，適應性好、抗病力強，根據(jù)這些特征和優(yōu)勢，開發(fā)具有自主知識產(chǎn)權(quán)的SNP芯片（如由中國農(nóng)業(yè)大學、中國農(nóng)業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所和北京康普森生物技術(shù)有限公司聯(lián)合研發(fā)的蛋雞55 K SNP芯片和肉雞55 K SNP芯片），將有助于挖掘和鑒定相關性狀的功能CNVs，可進一步豐富我國家禽遺傳變異信息。此外，CNVs為研究疾病的致病機理、預防疾病的發(fā)生以及藥物的研發(fā)提供新思路和途徑。

近年來，基因組編輯技術(shù)得到快速發(fā)展，特別是以CRISPR/Cas9系統(tǒng)為核心的第3代基因組編輯技術(shù)，近年來經(jīng)過人工改造后成為一種操作簡單、高效和適用范圍廣的基因打靶技術(shù)，能夠在基因組水平上對變異類型進行精確修飾[43]。該技術(shù)在基因組編輯中，未引入新的基因，安全性較高，目前在家禽育種已經(jīng)得到應用[44]。另外，隨著基因組測序技術(shù)和新算法的開發(fā)，多種與家禽疾病抗性和易感性相關的CNVs被發(fā)現(xiàn)和驗證。同時，家禽基因編輯技術(shù)與測序技術(shù)聯(lián)合使用將會促進家禽抗病育種的快速發(fā)展和不斷完善，提供更多高效而且安全的標記應用于家禽抗病育種中。綜上可知，未來家禽抗病育種將集現(xiàn)代分子標記技術(shù)之大成，CNVs將作為一種重要的遺傳標記或遺傳信息應用于家禽的分子抗病育種之中。

5 結(jié) 語

隨著具有自主知識產(chǎn)權(quán)的基因芯片的研發(fā)，高通量測序技術(shù)以及基因組編輯技術(shù)的快速發(fā)展，家禽基因組內(nèi)大量的CNVs將被挖掘，并篩選和驗證出一些與家禽表型特征、重要經(jīng)濟性狀以及疾病抗性密切相關的CNVs。因此，CNVs作為一種重要的遺傳變異，為家禽遺傳資源的保護和開發(fā)、完善和優(yōu)化家禽育種策略以及加快遺傳進展等方面奠定了堅實的基礎，為從全基因組范圍內(nèi)挑選適應性強、生產(chǎn)性能優(yōu)秀、抗性強（耐寒、抗熱或抗?。┑姆N用家禽，以及進行家禽相關性狀的早期選擇和分子抗病育種提供新的思路和途徑，未來將作為一種重要且有效的分子遺傳標記應用于家禽的選育與育種工作中。與此同時，將新挖掘和驗證的CNVs與SNP進行整合和利用，將為揭示家禽重要經(jīng)濟性狀的遺傳機理、家禽基因組進化機制以及復雜疾病的致病機理提供有效的方法。因此，CNVs將廣泛應用于家禽選育與分子抗病育種工作之中，并具有重要的研究意義和廣闊的應用前景。

參考文獻:

[1] International Chicken Genome Sequencing C. Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution[J]. Nature, 2004,432(7018): 695-716.

[2] Huang Y, Li Y, Burt D W,et al. The duck genome and transcriptome provide insight into an avian influenza virus reservoir species[J]. Nat Genet, 2013, 45(7): 776-783.

[3] Lu L, Chen Y, Wang Z,et al. The goose genome sequence leads to insights into the evolution of waterfowl and susceptibility to fatty liver[J]. Genome Biol, 2015, 16(1): 89.

[4] Dalloul R A, Long J A, Zimin A V,et al. Multi-platform nextgeneration sequencing of the domestic turkey (Meleagris gallopavo): genome assembly and analysis[J]. PLoS Biol, 2010,8(9):1000475.

[5] Shapiro M D, Kronenberg Z, Li C,et al. Genomic diversity and evolution of the head crest in the rock pigeon[J]. Science, 2013,339(6123): 1063-1067.

[6] MacDonald J R, Ziman R, Yuen R K,et al. The Database of Genomic Variants: a curated collection of structural variation in the human genome[J]. Nucleic Acids Res, 2014, 42(Database issue): D986-D992.

[7] Prunier J, Caron S, Lamothe M,et al. Gene copy number variations in adaptive evolution: The genomic distribution of gene copy number variations revealed by genetic mapping and their adaptive role in an undomesticated species, white spruce(Picea glauca)[J]. Mol Ecol, 2017, 26(21): 5989-6001.

[8] Emerson J J, Cardoso-Moreira M, Borevitz J O,et al. Natural selection shapes genome-wide patterns of copy-number polymorphism in Drosophila melanogaster[J]. Science, 2008,320(5883): 1629-1631.

[9] Graubert T A, Cahan P, Edwin D,et al. A high-resolution map of segmental DNA copy number variation in the mouse genome[J]. PLoS Genet, 2007, 3(1): e3.

[10] Letaief R, Rebours E, Grohs C,et al. Identification of copy number variation in French dairy and beef breeds using nextgeneration sequencing[J]. Genet Sel Evol, 2017, 49(1): 77.

[11] Jia X, Chen S, Zhou H,et al. Copy number variations identi fi ed in the chicken using a 60K SNP BeadChip[J]. Anim Genet,2013, 44(3): 276-284.

[12] Bridges C B. The Bar “GENE” a duplication[J]. Science, 1936,83(2148): 210-211.

[13] Iafrate A J, Feuk L, Rivera M N,et al. Detection of large-scale variation in the human genome[J]. Nat Genet, 2004, 36(9): 949-951.

[14] Sebat J, Lakshmi B, Troge J,et al. Large-scale copy number polymorphism in the human genome[J]. Science, 2004,305(5683): 525-528.

[15] Alkan C, Coe B P, Eichler E E. Genome structural variation discovery and genotyping[J]. Nat Rev Genet, 2011, 12(5): 363-376.

[16] Zhang F, Gu W, Hurles M E,et al. Copy number variation in human health, disease, and evolution[J]. Annu Rev Genomics Hum Genet, 2009, 10(1): 451-481.

[17] Weischenfeldt J, Dubash T, Drainas A P,et al. Pan-cancer analysis of somatic copy-number alterations implicates IRS4 and IGF2 in enhancer hijacking[J]. Nat Genet, 2017, 49(1): 65-74.

[18] Carvalho B, Ouwerkerk E, Meijer G A,et al. High resolution microarray comparative genomic hybridisation analysis using spotted oligonucleotides[J]. J Clin Pathol, 2004, 57(6): 644-646.

[19] Ionita-Laza I, Rogers A J, Lange C,et al. Genetic association analysis of copy-number variation (CNV) in human disease pathogenesis[J]. Genomics, 2009, 93(1): 22-26.

[20] Yi G, Qu L, Chen S,et al. Genome-wide copy number pro fi ling using high-density SNP array in chickens[J]. Anim Genet,2015, 46(2): 148-157.

[21] Yi G, Qu L, Liu J,et al. Genome-wide patterns of copy number variation in the diversified chicken genomes using nextgeneration sequencing[J]. BMC Genomics, 2014, 15(1): 962.

[22] Xu Y, Jiang Y, Shi T,et al. Whole-genome sequencing reveals mutational landscape underlying phenotypic differences between two widespread Chinese cattle breeds[J]. PLoS One,2017, 12(8): e0183921.

[23] Lee C, Iafrate A J, Brothman A R. Copy number variations and clinical cytogenetic diagnosis of constitutional disorders[J]. Nat Genet, 2007, 39(7 Suppl): S48-S54.

[24] Griffin D K, Robertson L B, Tempest H G,et al. Whole genome comparative studies between chicken and turkey and their implications for avian genome evolution[J]. BMC Genomics,2008, 9(1): 168.

[25] Elferink M G, Vallee A A, Jungerius A P,et al. Partial duplication of the PRLR and SPEF2 genes at the late feathering locus in chicken[J]. BMC Genomics, 2008, 99(1): 391.

[26] Wright D, Boije H, Meadows J R,et al. Copy number variation in intron 1 of SOX5 causes the Pea-comb phenotype in chickens[J]. PLoS Genet, 2009, 5(6): e1000512.

[27] Skinner B M, Robertson L B, Tempest H G,et al. Comparative genomics in chicken and Pekin duck using FISH mapping and microarray analysis[J]. BMC Genomics, 2009, 10(1): 357.

[28] Wang X, Nahashon S, Feaster T K,et al. An initial map of chromosomal segmental copy number variations in the chicken[J]. BMC Genomics, 2010, 11(1): 351.

[29] Dorshorst B, Molin A M, Rubin C J,et al. A complex genomic rearrangement involving the endothelin 3 locus causes dermal hyperpigmentation in the chicken[J]. PLoS Genet, 2011, 7(12):e1002412.

[30] Gunnarsson U, Kerje S, Bed'hom B,et al. The Dark brown plumage color in chickens is caused by an 8.3-kb deletion upstream of SOX10[J]. Pigment Cell Melanoma Res, 2011,24(2): 268-274.

[31] Bi H, Yi G, Yang N. Increased copy number of SOCS2 gene in Chinese gamecocks[J]. Poult Sci, 2017, 96(5): 1041-1044.

[32] Beckmann J S, Estivill X, Antonarakis S E. Copy number variants and genetic traits: closer to the resolution of phenotypic to genotypic variability[J]. Nat Rev Genet, 2007, 8(8): 639-646.

[33] Stranger B E, Forrest M S, Dunning M,et al. Relative impact of nucleotide and copy number variation on gene expression phenotypes[J]. Science, 2007, 315(5813): 848-853.

[34] Luo J, Yu Y, Mitra A,et al. Genome-wide copy number variant analysis in inbred chickens lines with different susceptibility to Marek's disease[J]. G3 (Bethesda), 2013, 3(2): 217-223.

[35] Yan Y, Yang N, Cheng H H,et al. Genome-wide identification of copy number variations between two chicken lines that differ in genetic resistance to Marek's disease[J]. BMC Genomics,2015, 16(1): 843.

[36] Xu L, He Y, Ding Y,et al. Characterization of copy number variation's potential role in Marek's disease[J]. Int J Mol Sci,2017, 18(5): 1020.

[37] 程紅, 姜雨. 家養(yǎng)動物基因拷貝數(shù)變異研究進展及其育種應用展望[J]. 生物技術(shù)通訊, 2015, 31(11): 35-42.

[38] Betz-Stablein B D, Topfer A, Littlejohn M,et al. Singlemolecule sequencing reveals complex genome variation of hepatitis B virus during 15 years of chronic infection following liver transplantation[J]. J Virol, 2016, 90(16): 7171-7183.

[39] Tzeng J Y, Magnusson P K, Sullivan P F,et al. A new method for detecting associations with rare copy-number variants[J]. PLoS Genet, 2015, 11(10): e1005403.

[40] Stuber C W, Polacco M, Senoir M L. Synergy of empirical breeding, marker-assisted selection, and genomics to increase crop yield potential[J]. Crop Sci, 1999, 39(6): 1571-1583.

[41] Moose S P, Mumm R H. Molecular plant breeding as the foundation for 21st century crop improvement[J]. Plant Physiol,2008, 147(3): 969-977.

[42] 易國強. 利用二代測序挖掘雞拷貝數(shù)變異及影響飼料效率的候選基因[D]. 北京: 中國農(nóng)業(yè)大學, 2015: 8-9.

[43] Jiang W, Bikard D, Cox D,et al. RNA-guided editing of bacterial genomes using CRISPR-Cas systems[J]. Nat Biotechnol, 2013, 31(3): 233-239.

[44] Zuo Q, Wang Y, Cheng S,et al. Site-directed genome knockout in chicken cell line and embryos can use CRISPR/Cas gene editing technology[J]. G3 (Bethesda), 2016, 6(6): 1787-1792.