肖紅衛(wèi)+鄭新民

摘要：研究脂肪來源的miRNAs對(duì)母豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)基因的調(diào)控，挖掘已有研究中關(guān)聯(lián)脂肪代謝的miRNAs以及關(guān)聯(lián)母豬產(chǎn)仔數(shù)的基因，并利用TargetScan軟件對(duì)關(guān)聯(lián)母豬產(chǎn)仔數(shù)的基因上可能存在的miRNAs的調(diào)控位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測。結(jié)果表明，關(guān)聯(lián)母豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)基因的分別有5個(gè)下調(diào)基因（miRNAs）、28個(gè)上、下調(diào)基因（miRNAs）接受miRNAs調(diào)控，另有8個(gè)基因不受miRNAs調(diào)控，為從miRNAs角度研究脂肪代謝與母豬產(chǎn)仔數(shù)之間的關(guān)系奠定基礎(chǔ)。

關(guān)鍵詞：miRNAs；脂肪代謝；母豬產(chǎn)仔數(shù)；預(yù)測

中圖分類號(hào)：S828 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A 文章編號(hào)：0439-8114（2017）23-4608-05

DOI：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2017.23.048

Abstract： This investigation is conducted to study the regulation of fat source miRNAs to sows litter size related genes. The miRNAs associated with fat metabolism and the genes associated with sow litter size were explored， and the TargetScan was used to predict the presence of miRNAs loci in the population of associated sows. The results showed that 5 genes （miRNAs down regulated） and 28（miRNAs up， down regulated） genes were regulated by miRNAs， and another 8 genes were not regulated by miRNAs. The results lay the foundation for the study of the relationship between fat metabolism and litter size from miRNAs.

Key words： miRNAs； fat metabolism； sow litter size； prediction

豬的繁殖性狀是實(shí)現(xiàn)養(yǎng)豬企業(yè)可持續(xù)發(fā)展的重要經(jīng)濟(jì)性狀，遺傳育種學(xué)家采用遺傳選育來提高該性狀，只取得了有限的遺傳進(jìn)展。其中，窩產(chǎn)仔數(shù)的遺傳力較低（0.10～0.15），在群內(nèi)對(duì)窩產(chǎn)仔數(shù)進(jìn)行選育的效果較差，說明環(huán)境因素對(duì)窩產(chǎn)仔數(shù)的影響很大。自然選擇過程傾向于繁殖更多后代的動(dòng)物，因?yàn)檫@樣可以使其更多的基因傳遞下去。在前期試驗(yàn)時(shí)發(fā)現(xiàn)，配種后的第1胎母豬體況過肥會(huì)導(dǎo)致母豬難發(fā)情，產(chǎn)仔少。體況消瘦，產(chǎn)仔數(shù)降低。對(duì)于母豬而言，產(chǎn)仔數(shù)受到多種基因的調(diào)控，脂肪組織是儲(chǔ)存能量的主要場所，二者之間通過何種機(jī)制關(guān)聯(lián)尚不清楚。本研究分析了脂肪來源的miRNAs對(duì)母豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)基因的調(diào)控，挖掘已有研究中關(guān)聯(lián)脂肪代謝的miRNAs以及關(guān)聯(lián)母豬產(chǎn)仔數(shù)的基因，并利用TargetScan軟件對(duì)關(guān)聯(lián)母豬產(chǎn)仔數(shù)的基因上可能存在的miRNAs的調(diào)控位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測，以期為從miRNAs角度研究脂肪代謝與母豬產(chǎn)仔數(shù)之間的關(guān)系提供參考。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)來源

數(shù)據(jù)來源于中國知網(wǎng)（CNKI）和NCBI。

1.2 研究方法

以基因和產(chǎn)仔數(shù)為關(guān)鍵詞在中國知網(wǎng)（CNKI）上檢索已發(fā)表的文章，以脂肪代謝和miRNA為關(guān)鍵詞在NCBI上檢索已發(fā)表的文章，并做統(tǒng)計(jì)分析。在NCBI上查找相關(guān)基因并用TargetScan（http：//www.targetscan.org）預(yù)測基因上可能存在的miRNAs調(diào)控位點(diǎn)。

2 結(jié)果與分析

2.1 脂肪代謝失調(diào)導(dǎo)致的miRNAs變化

脂肪組織不僅可以分泌激素和其他信號(hào)蛋白質(zhì)影響其他組織，而且可以分泌循環(huán)miRNAs。這些循環(huán)miRNAs可以通過外泌體途徑釋放到外周血中。這些循環(huán)miRNAs隨著血液在機(jī)體內(nèi)循環(huán)，它們不翻譯成蛋白質(zhì)，但可以調(diào)節(jié)其他RNA產(chǎn)生蛋白質(zhì)的過程，這樣脂肪組織來源的循環(huán)miRNAs就可以實(shí)現(xiàn)長距離傳遞自身變化的信號(hào)到靶組織，以調(diào)節(jié)其他組織基因的表達(dá)[1]。研究發(fā)現(xiàn)，在脂肪代謝失調(diào)后miRNAs有上調(diào)和/或下調(diào)兩種變化。脂肪代謝失調(diào)引起的miRNAs變化見表1。

2.2 與母豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)聯(lián)的基因

以基因和產(chǎn)仔數(shù)為關(guān)鍵詞在中國知網(wǎng)（CNKI）上檢索已發(fā)表的文章，發(fā)現(xiàn)與豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的基因有ABIN-1、ADAMTS-1、AREG、BMP15、CNVR36、EPHA1、EGF、ESR、 FBPs、 FSH、 FSHβ、 FSHR、 Fsn/3、 FUT1、 GDF9、GSTM2、IL-10、INHA、ITGA4、KISS-1、Leptin、LHR、Lrh-1、MUC1、NCOA1、OB、OPN、PGR、Prepro-orexin、PRL、 PRLR、 RBP4、 Renin、 RPL10a、 RYR1、 STIM1、TGFβ、VEGF、WNT4、ZAR1、zp3等41個(gè)基因[13-41]。

2.3 與母豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的基因上存在的miRNAs作用位點(diǎn)預(yù)測

用TargetScan（http：//www.targetscan.org）預(yù)測與母豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的基因上可能存在的miRNAs調(diào)控位點(diǎn)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，共有19個(gè)基因上沒有發(fā)現(xiàn)可能調(diào)控FSHB基因的表達(dá)，結(jié)果見表2。

2.4 與豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)基因上存在的miRNAs作用位點(diǎn)預(yù)測

研究發(fā)現(xiàn)，33個(gè)與豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的基因受miRNAs調(diào)控，其中，不受脂肪來源miRNAs調(diào)控的關(guān)聯(lián)產(chǎn)仔數(shù)的基因共有8個(gè)，見表3。受脂肪來源的miRNAs調(diào)控（下調(diào)）的關(guān)聯(lián)產(chǎn)仔數(shù)的基因共有5個(gè)，見表4。受脂肪來源miRNAs調(diào)控（上調(diào)、下調(diào)）的關(guān)聯(lián)產(chǎn)仔數(shù)的基因共有28個(gè)，見表5。

2.5 海綿效應(yīng)假說

體內(nèi)的脂肪來源的循環(huán)miRNAs構(gòu)成一個(gè)調(diào)控母豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。推測，體況適中的情況下該調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（如圖1中3分所示），當(dāng)體況偏瘦或者過肥，其閾值都會(huì)影響母豬的產(chǎn)仔數(shù)[42]。

Margaret和Phillip于2012年提出的海綿模型對(duì)單個(gè)基因的調(diào)控比較適用，但是不能解釋母豬體況變瘦后窩產(chǎn)仔數(shù)同樣發(fā)生減少的現(xiàn)象，因此推測在膘情適中的母豬外周血中存在一個(gè)由循環(huán)RNAs（miR-16、miR-221和miR-222等）組成的穩(wěn)態(tài)，這些循環(huán)RNAs處于動(dòng)態(tài)平衡中，脂肪組織不斷產(chǎn)生循環(huán)miRNAs，所產(chǎn)生的循環(huán)miRNAs用于調(diào)控母豬產(chǎn)仔相關(guān)基因而消耗。當(dāng)母豬的體況發(fā)生變化，miRNAs的豐度隨之發(fā)生變化，并迅速調(diào)節(jié)相關(guān)基因的表達(dá)，把母豬脂肪組織的厚薄變化信號(hào)傳遞到窩產(chǎn)仔數(shù)上（圖2）。

3 討論

Margaret和Phillip于2012年探討了小分子RNA（miRNAs）如何應(yīng)對(duì)復(fù)雜波動(dòng)的外界環(huán)境，緩沖機(jī)體生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)功能[41]，提出在生物體內(nèi)存在一個(gè)由miRNAs組成調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，miRNA-靶點(diǎn)相互作用產(chǎn)生非線性靶蛋白輸出。目標(biāo)mRNA的產(chǎn)量低于一定的閾值，靶基因受到強(qiáng)烈壓抑；閾值以上，壓抑較弱，靶基因可以發(fā)揮有競爭力的“海綿”般的效果，閾值的位置取決于miRNA的濃度。

在生產(chǎn)實(shí)踐中，母豬的體況過瘦或者過肥均會(huì)影響每胎產(chǎn)仔數(shù)，科學(xué)家研究發(fā)現(xiàn)，有眾多的基因參與母豬每胎產(chǎn)仔數(shù)的構(gòu)成。在同一品種的母豬群體中，每胎產(chǎn)仔數(shù)會(huì)逐漸減少，對(duì)于母豬個(gè)體而言，其基因組并沒有發(fā)生變化。Thomas等[1]發(fā)現(xiàn)，脂肪組織來源的循環(huán)miRNAs經(jīng)外泌體途徑實(shí)現(xiàn)長距離傳遞自身變化的信號(hào)到靶組織以調(diào)節(jié)其他組織基因的表達(dá)后，脂肪來源的miRNA調(diào)控豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)基因的表達(dá)開始被科學(xué)家重視。

通過生物信息學(xué)預(yù)測發(fā)現(xiàn)，有多個(gè)脂肪來源的miRNAs調(diào)控母豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的基因。Thomas等[1]研究發(fā)現(xiàn)miR-16、miR-221和miR-222具有隨脂肪的增加而增加的特性，并且體況變肥后靶基因的表達(dá)會(huì)發(fā)生抑制，所以推測脂肪代謝失調(diào)導(dǎo)致的miRNAs的變化參與了調(diào)控母豬產(chǎn)仔數(shù)變化的過程。

參考文獻(xiàn)：

[1] THOMAS T，MARCELO A M，JONATHAN M D，et al. Adipose-derived circulating miRNAs regulate gene expression in other tissues[J].Nature，2017，DOI：10.1038/nature21365.

[2] HENEGHAN H M，MILLER N，MCANENA O J，et al. Differential miRNA expression in omental adipose tissue and in the circulation of obese patients identifies novel metabolic biomarkers[J].J Clin Endocrinol Metab，2011，96（5）：846-850.

[3] MARTINELLI R，NARDELLI C，PILONE V，et al. miR-519d overexpression is associated with human obesity[J].Obesity （Silver Spring），2010，18（11）：2170-2176.

[4] ORTEGA F J，MORENO-NAVARRETE J M，PARDO G，et al. MiRNA expression profile of human subcutaneous adipose and during adipocyte differentiation[J].PLoS ONE，2010，5（2）：e9022.

[5] KELLER P，GBURCIK V，PETROVIC N，et al. Gene-chip studies of adipogenesis-regulated microRNAs in mouse primary adipocytes and human obesity[J].BMC Endocr Disord，2011，doi：10.1186/1472-6823-11-7.

[6] ARNER E，MEJHERT N，KULYT？魪 A，et al. Adipose tissue microRNAs as regulators of CCL2 production in human obesity[J].Diabetes，2012，61：1986-1993.

[7] MEERSON A，TRAURIG M，OSSOWSKI V，et al. Human adipose microRNA-221 is upregulated in obesity and affects fat metabolism downstream of leptin and TNFα[J].Diabetologia 2013，56：1971-1979.

[8] CAPOBIANCO V，NARDELLI C，F(xiàn)ERRIGNO M，et al. miRNA and protein expression profiles of visceral adipose tissue reveal miR-141/YWHAG and miR-520e/RAB11A as two potential miRNA/protein target pairs associated with severe obesity[J].J Proteome Res，2012，11（6）：3358-3369.

[9] CHOU W W，WANG Y T，LIAO Y C，et al. Decreased microRNA-221 is associated with high levels of TNFα in human adipose tissue-derived mesenchymal stem cells from obese woman[J].Cell Physiol Biochem，2013，32：127-137.

[10] DIAWARA M R， HUE C，WILDER S P，et al. Adaptive expression of microRNA-125a in adipose tissue in response to obesity in mice and men[J].PLoS ONE，2014，9（3）：e91375.

[11] OGER F，GHEERAERT C，MOGILENKO D，et al. Cell-specific dysregulation of microRNA expression in obese white adipose tissue[J].J Clin Endocrinol Metab，2014，99：2821-2833.

[12] CHEN L，DAI Y M，JI C B，et al. MiR-146b is a regulator of human visceral preadipocyte proliferation and differentiation and its expression is altered in human obesity[J].Mol Cell Endocrinol，2014，393：65-74.

[13] 陳從英，朱萬成，李平華，等.白色杜洛克×二花臉F2資源群體中催乳素（PRL）和催乳素受體（PRLR）基因與母豬殺嬰行為和產(chǎn)仔數(shù)關(guān)聯(lián)性研究[J].中國農(nóng)業(yè)科學(xué)，2010，43（11）：2347-2354.

[14] 丁朝陽，陳 斌，柳小春，等.INHA基因多態(tài)性與豬產(chǎn)仔數(shù)的相關(guān)性分析[J].中國畜牧雜志，2011，47（1）：6-9.

[15] 段 煉，王志鵬，高會(huì)江.豬產(chǎn)仔性狀與雌激素受體基因PvuⅡ多態(tài)性效應(yīng)的Meta分析[J].畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào)，2011，42（12）：1666-1679.

[16] 甘乾福，任播揚(yáng)，喬 慧，等.豬FSHβ基因多態(tài)性及其與產(chǎn)仔性能的相關(guān)性分析[J].畜牧與飼料科學(xué)，2011（12）：109-111.

[17] 黃 賀，狄生偉，田亞光，等.民豬PRLR基因PCR-SSCP多態(tài)性與產(chǎn)仔數(shù)關(guān)聯(lián)分析[J].中國農(nóng)業(yè)科學(xué)，2011，44（11）：2341-2346.

[18] 胡志剛，談?dòng)浪?，王林?申農(nóng)1號(hào)豬ESR基因的多態(tài)性及其與繁殖性能相關(guān)性分析[J].國外畜牧學(xué)-豬與禽，2010，30（1）：73-75.

[19] 李慶崗，王志秀，張 博，等.FSHβ、ESR和PRLR基因多態(tài)性與淮豬新品系產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)性分析[J].養(yǎng)豬，2014（1）：52-56.

[20] 劉雙虎，胡海燕.OB基因多態(tài)性對(duì)母豬產(chǎn)仔數(shù)遺傳效應(yīng)的分析[J].豬業(yè)科學(xué)，2013（9）：98-100.

[21] 李 祥，鄧正德，黎太能，等.大河烏豬Ⅱ系雌激素受體基因、促卵泡素β亞基基因多態(tài)性及相關(guān)性狀的研究[J].養(yǎng)豬，2012（4）：57-59.

[22] 李慶崗，吳義景，楊 勇，等.美系大白豬雌激素受體基因多態(tài)性與繁殖性狀的相關(guān)分析[J].養(yǎng)豬，2015（4）：65-68.

[23] 李不學(xué)，杜 軍，郭啟航，等.OPN基因多態(tài)性對(duì)長白豬產(chǎn)仔數(shù)的影響[J].豬業(yè)科學(xué)，2013（8）：100-101.

[24] 田明明，王愛國，傅金鑾.豬EPHA1基因多態(tài)性及其與產(chǎn)仔數(shù)的關(guān)聯(lián)性分析[J].中國畜牧雜志，2011，47（21）：1-5.

[25] 王利紅，袁旭紅，魏萍萍，等.蘇姜豬Lrh-1基因PCR-SSCP多態(tài)性及其與產(chǎn)仔數(shù)的關(guān)系[J].江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué)，2015，43（5）：21-25.

[26] 吳井生，王金玉.FSHR基因第10外顯子多態(tài)性及其與小梅山豬產(chǎn)仔數(shù)的相關(guān)性[J].中國農(nóng)業(yè)科學(xué)，2012，45（13）：2728-2736.

[27] 吳 丹.豬KISS-1基因的生物信息學(xué)、多態(tài)性及其與繁殖性狀的相關(guān)分析[D].長沙：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)，2014.

[28] 吳俊靜，董斌科，喬 木，等.豬STIM1基因變異篩選及其與產(chǎn)仔數(shù)性狀的關(guān)聯(lián)分析[J].湖北農(nóng)業(yè)科學(xué)，2015，54（24）：6296-6298.

[29] 王立辛，蘇玉虹，劉海東，等.豬PRLR和RBP4基因與產(chǎn)仔數(shù)的關(guān)聯(lián)分析[J].畜牧與獸醫(yī)，2014，46（6）：71-74.

[30] 王嘉博，祝繼原，俄廣鑫，等.豬GSTM2基因的多態(tài)性及與生產(chǎn)性狀相關(guān)性分析[J].東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)，2011，42（6）：23-27.

[31] 徐夢思，黃 濤，馬 亮，等.豬TGFβ1和TGFβR I基因多態(tài)性與產(chǎn)活仔數(shù)的關(guān)聯(lián)分析[J].江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué)，2016，44（2）：38-41.

[32] 向春和，賀小東，趙志超，等.ADAMTS-1基因多態(tài)性與母豬產(chǎn)仔數(shù)的關(guān)系[J].安徽農(nóng)業(yè)科學(xué)，2011，39（1）：275-276.

[33] 向莉莎，陳敏惠，牛愛華，等.豬ITGA4基因多態(tài)性與產(chǎn)仔數(shù)的關(guān)聯(lián)分析[J].中國畜牧雜志，2013，49（21）：6-10.

[34] 楊 珣，范翌鵬，閆學(xué)軍，等.豬WNT4基因多態(tài)性及其與產(chǎn)仔數(shù)的關(guān)聯(lián)性分析[J].中國畜牧雜志，2012，48（23）：20-23.

[35] 朱 吉，孫建幫，謝菊蘭，等.湖南黑豬RBP4基因與產(chǎn)仔數(shù)的相關(guān)性分析[J].家畜生態(tài)學(xué)報(bào)，2011，32（3）：10-13.

[36] 周利華，肖石軍，楊廣成，等.豬表皮生長因子基因的遺傳變異及其與產(chǎn)仔性狀的相關(guān)性分析[J].中國畜牧獸醫(yī)，2010，37（5）：147-150.

[37] 張善文.豬LHR和PGR基因的遺傳變異及其與繁殖性狀的相關(guān)性研究[D].長沙：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)，2012.

[38] 朱弘焱，趙 頌，趙 微，等.東北荷包豬FUT1基因多態(tài)性及其與產(chǎn)仔性能的關(guān)聯(lián)分析[J].安徽農(nóng)業(yè)科學(xué)，2010，38（1）：88-90.

[39] 張 偉，陳章言，王利紅，等.蘇姜豬RPL10a假基因第2外顯子多態(tài)性與產(chǎn)仔數(shù)的相關(guān)性[J].江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué)，2016，44（10）：62-66.

[40] 鄒劍戎，朱弘焱，蘇玉虹，遼寧種豬ESR和FSHβ基因多態(tài)性及其與產(chǎn)仔性能的關(guān)聯(lián)分析[J].黑龍江畜牧獸醫(yī)，2010（11）：66-68.

[41] MARGARET S E，PHILLIP A S.Roles for microkNAs in conferring robustness to biological processes[J].Cell，2012，149（3）：515-524.

[42] JAN HULSEN，KEES SCHEEPENS.Pig signals[M].Holland：Roodbont，2006.