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        基于近/中紅外光譜的玉米自交系組合的選配

        2017-12-01 10:08:18,,
        種子 2017年3期

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        (1.天津農(nóng)學(xué)院農(nóng)學(xué)與資源環(huán)境學(xué)院, 天津 300380; 2.天津農(nóng)學(xué)院工程技術(shù)學(xué)院, 天津 300380;3.內(nèi)蒙古興安盟經(jīng)濟(jì)作物工作站, 內(nèi)蒙古 烏蘭浩特 137400)

        基于近/中紅外光譜的玉米自交系組合的選配

        李夢(mèng)婷1,楊仁杰2,陳志遠(yuǎn)3,劉海學(xué)1

        (1.天津農(nóng)學(xué)院農(nóng)學(xué)與資源環(huán)境學(xué)院, 天津 300380; 2.天津農(nóng)學(xué)院工程技術(shù)學(xué)院, 天津 300380;3.內(nèi)蒙古興安盟經(jīng)濟(jì)作物工作站, 內(nèi)蒙古 烏蘭浩特 137400)

        通過(guò)對(duì)41個(gè)玉米品種的近紅外光譜、中紅外光譜和融合后的近-中紅外光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)聚類分析,以對(duì)照組玉米的父母本作為參照,篩選出新的玉米自交系組合。結(jié)果表明:相對(duì)于單一的近/中紅外光譜,融合后的近-中紅外光譜能表征更多的特征信息,提供更為準(zhǔn)確的篩選結(jié)果。理論上,利用近/中紅外光譜技術(shù)可從大量玉米品種中選擇與對(duì)照組父、母本相似或者相差大的樣品,再進(jìn)行組合雜交。該方法在一定程度上克服了傳統(tǒng)育種的盲目性,使育種工作具有一定的定向性。

        玉米育種; 近紅外光譜; 中紅外光譜;

        玉米是世界三大作物之一,其種子需求量巨大。通過(guò)作物育種改良作物遺傳特性、培育優(yōu)質(zhì)品種是提高作物產(chǎn)量、品質(zhì),促進(jìn)經(jīng)濟(jì)發(fā)展改善民生的有效途徑之一。當(dāng)前的育種方式主要包括雜交育種、回交育種等方法,多采用系譜法來(lái)選擇優(yōu)良世代和雜交優(yōu)勢(shì)強(qiáng)的父母本,其所耗時(shí)間長(zhǎng),而且由于在田間試驗(yàn),試驗(yàn)條件嚴(yán)苛,極易受到環(huán)境條件的影響,并且由于傳統(tǒng)育種方法選擇的不定向,導(dǎo)致收集種子等工程量浩大,極其浪費(fèi)人力物力資源。因此,發(fā)展一種能夠大批量、實(shí)時(shí)、快速且能在早期篩選出目標(biāo)玉米自交系組合用于育種的分析方法是非常必要的。

        近/中紅外光譜分析技術(shù)是一種高效、快速的現(xiàn)代分析技術(shù),以非破壞性、速度快、成本低等特點(diǎn)在農(nóng)產(chǎn)品檢測(cè)中被廣泛應(yīng)用[1-5]。20世紀(jì)60年代初,美國(guó)農(nóng)業(yè)部Norris等[6]首先利用近紅外光譜技術(shù)測(cè)定谷物中水分、蛋白質(zhì)、脂肪等含量,加拿大谷物研究室[7]使用近紅外光譜快速檢測(cè)硬質(zhì)小麥的黃色顏料含量,為硬質(zhì)小麥篩選提供了一種效率更高的方式。芮玉奎等[8]利用近紅外光譜結(jié)合人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)準(zhǔn)確方便地識(shí)別了轉(zhuǎn)基因玉米。林家永[9]分析了近紅外光譜技術(shù)在玉米品質(zhì)、玉米青貯飼料質(zhì)量以及轉(zhuǎn)基因玉米快速分析中的應(yīng)用。楊群等[10]利用傅里葉變換中紅外光譜對(duì)航天誘變育種甜椒品系種子和一般大田生產(chǎn)的種子進(jìn)行了對(duì)比分析。關(guān)穎等[11]利用中紅外光譜對(duì)藥材防風(fēng)育種進(jìn)行了相關(guān)分析??v觀國(guó)內(nèi)外文獻(xiàn),未見(jiàn)基于近紅外和中紅外光譜融合方法來(lái)選配玉米自交系組合的相關(guān)報(bào)道。

        本研究借助近紅外、中紅外光譜儀,通過(guò)檢測(cè)不同玉米品種的近/中紅外光譜,采用系統(tǒng)聚類方法對(duì)所有玉米品種進(jìn)行分析,以期為玉米自交系組合的選配提供更為簡(jiǎn)潔的方法,使玉米育種工作能夠具有一定的定向性。

        1 材料與方法

        1.1 實(shí)驗(yàn)材料

        本實(shí)驗(yàn)所用材料為海南某公司提供的41個(gè)玉米品種,包括6個(gè)雜交種。各樣品采用數(shù)字1~41表示。樣品對(duì)照設(shè)置:晚熟品種:樣品22(母本)、樣品11(父本);早熟品種:樣品16(母本)、樣品41(父);雜交種:樣品38。樣品預(yù)處理:取等量玉米樣品粉碎、過(guò)篩(80目),裝袋,備測(cè)。

        1.2 實(shí)驗(yàn)儀器及實(shí)驗(yàn)方法

        采用高速萬(wàn)能粉碎機(jī)(FW 100)粉碎玉米樣品。檢測(cè)使用美國(guó)PerkinElmer公司的Spectrum GX 傅里葉變換紅外光譜儀。儀器參數(shù):近紅外光源為儀器自帶的鹵素?zé)簦琁nGaAs 檢測(cè)器,掃描范圍為4 000~10 000 cm,中紅外光源為穩(wěn)壓空氣冷卻線盤,DTGS檢測(cè)器,ATR附件,ZnSe晶體池,掃描范圍為650~4 000 cm;2個(gè)波段的分辨率都為4 cm,掃描間隔為4 cm,掃描次數(shù)為16。測(cè)量樣品前,均以空氣的光譜作為背景光譜,用樣品光譜扣除背景光譜,即得到樣品的吸收光譜。每次測(cè)量均掃描16次取平均以降低隨機(jī)噪聲。

        2 結(jié)果與討論

        2.1 不同玉米品種的近紅外和中紅外光譜特性

        在上述儀器參數(shù)下,采集了41個(gè)玉米品種在4 000~10 000 cm范圍內(nèi)的近紅外光譜(見(jiàn)圖1)。從圖1可以看出,玉米在4 339,4 755,5 184,5 744,6 837 cm和8 360 cm處存在吸收峰,而且在整個(gè)近紅外光譜范圍內(nèi),所有樣品的光譜輪廓和特征峰位置都非常相似。因此,根據(jù)近紅外光譜的表觀信息,無(wú)法實(shí)現(xiàn)各品種的鑒別和分類,需要借助化學(xué)計(jì)量學(xué)方法。

        圖1 不同玉米品種的近紅外光譜圖

        圖2為41個(gè)玉米品種的中紅外光譜圖,同樣,在整個(gè)波數(shù)范圍內(nèi),光譜吸收峰位置大致相同,光譜曲線走向趨勢(shì)基本一致。這些樣品在839,1 006,1 754,2 851 cm和2 931 cm處存在共同的特征峰,其中,1 754 cm處為玉米中脂肪的特征峰,主要是由羰基伸縮振動(dòng)引起;2 851 cm和2 931 cm處吸收峰由脂肪族的CH伸縮振動(dòng)引起;839 cm和1 006 cm處吸收峰分別來(lái)自玉米中的乙烯類化合物和伯醇。因此,同樣根據(jù)中紅外光譜的表觀信息,無(wú)法實(shí)現(xiàn)各品種的鑒別和分類,需要借助化學(xué)計(jì)量學(xué)方法。

        通過(guò)上述分析可知,對(duì)于所研究的41個(gè)樣品,無(wú)論是近紅外光譜,還是中紅外光譜,都非常相似,僅在細(xì)微處存在差別,無(wú)法通過(guò)肉眼來(lái)進(jìn)行分類和鑒別。因此,本研究將光譜技術(shù)與系統(tǒng)聚類分析相結(jié)合來(lái)實(shí)現(xiàn)樣品的分類和鑒別,為育種種子的初步快速篩選提供依據(jù)。

        2.2 系統(tǒng)聚類分析結(jié)果

        在實(shí)際問(wèn)題的解決中,為分類多樣本對(duì)象,常常考慮以多方面因素進(jìn)行分類。聚類分析的基本思想是根據(jù)樣本之間的距離和類與類之間的距離進(jìn)行分類,距離最近的分成一類。以此類推,從而完成聚類分析的過(guò)程[12-13]。本研究采用系統(tǒng)聚類法,利用Ward法(離差平方和法)對(duì)主要性狀進(jìn)行聚類,并計(jì)算Euclidean距離(歐氏遺傳距離)。Ward 法是基于方差分析思想的一種方法。樣本之間的離差平方和較小,為同類,反之,為不同類。

        圖2 不同玉米品種的中紅外光譜圖

        2.2.1 近紅外光譜系統(tǒng)聚類分析

        圖1中41個(gè)樣品可分為3類或者4類。分為4類時(shí),第1類為:樣品18、21、23、35、17、25、20、19、36、33、22、37和樣品24;第2類為樣品26、27和樣品34;第3類為樣品30、31、13、14、16、7和樣品15;第4類為樣品2、10、6、41、5、9、8、1、12、38、4、3、40、39、32、11、29和樣品28。當(dāng)類間距離小于5時(shí),可以看出,與父本樣品11(晚熟品種)距離相近的有:樣品39、32、29和樣品28;與母本樣品22(晚熟品種)相近的有:樣品37、24、33和樣品36;與母本樣品16(早熟品種)相近的有:樣品13、14、31和樣品30;與父本樣品41(早熟品種)相近的有:樣品6、5、9和樣品8;與雜交樣品38相近的有樣品12、4、3和樣品1。樣品26、27和樣品34自成一類,與樣品11、16、41和樣品38相距較遠(yuǎn),差異較大,當(dāng)類間距離約達(dá)到25時(shí),才能合成一類。

        2.2.2 中紅外光譜系統(tǒng)聚類分析

        同樣,采用SPSS統(tǒng)計(jì)軟件對(duì)41個(gè)樣品的中紅外光譜進(jìn)行系統(tǒng)聚類分析。圖4為用中紅外光譜進(jìn)行系統(tǒng)聚類得到的樹狀圖。當(dāng)類間距離=5時(shí),41個(gè)樣品可分為3類或者4類。按4類可分為:第1類樣品34、35、9、33、40和樣品41;第2類樣品22、23、25、19、21、20、17、18、13、15、12、37、16和樣品27;第3類樣品24、26、14、10、36、5、3、6、2、31和樣品38;第4類樣品1、4、7、11、39、29、30、32、8和樣品28。當(dāng)類間距離小于5時(shí),由圖4可知,與父本樣品11(晚熟品種)相近的有:樣品39、29、30和樣品32;與母本樣品22(晚熟品種)相近的有:樣品23、25、20和樣品21;與母本樣品16(早熟品種)相近的有:樣品18、12、37和樣品27;與父本樣品41(早熟品種)相近的有樣品33、40、19和樣品21;與雜交樣品38相近的有樣品31、2、6和樣品3;樣品1、4、7自成一類,且和樣品41、22、16和樣品38相距遠(yuǎn),當(dāng)類間距離=25時(shí)才能聚成一類。

        圖3 近紅外聚類分析譜系圖

        2.2.3 近-中紅外光譜系統(tǒng)聚類分析

        通過(guò)上述對(duì)41個(gè)玉米樣品近/中紅外光譜的系統(tǒng)聚類分析,初步篩選出與其對(duì)照組相似和相異的樣品,但由于近/中紅外光譜所表征的信息不同,中紅外給出的是基團(tuán)振動(dòng)峰,譜峰比較窄,而近紅外則給出的是含氫基團(tuán)振動(dòng)的倍頻和合頻的復(fù)雜的信息,譜峰比較寬,導(dǎo)致結(jié)果略有差異。若將近紅外光譜和中紅外光譜所表征的信息進(jìn)行融合,則能更全面地提取玉米的特征信息,有利于不同玉米品種組配的篩選。因此,下面將基于融合后的近-中紅外光譜進(jìn)行系統(tǒng)聚類分析。圖5為41個(gè)玉米樣品的近-中紅外光譜系統(tǒng)聚類分析結(jié)果圖。由圖5可知:當(dāng)類間距離=5時(shí),41 個(gè)樣品可分為3類或者4類。分為4類時(shí),第1類為樣品13、16、14、12、15、38、30和樣品31;第2類為樣品2、10、3、6、40、5、9、41、4、28、7、32、39、11、29和樣品8;第3類為樣品17、35、21、23、18、22、37和樣品24;第4類為樣品26、27、34、20、25、19、36和樣品33。當(dāng)類間距離小于5時(shí),可以看出,與父本樣品11(晚熟品種)距離相近的有:樣品32、39、29和樣品8;與母本樣品22(晚熟品種)相近的有:37、24、18、23和樣品21;與母本樣品16(早熟品種)相近的有:樣品13、14、12和樣品15;與父本樣品41(早熟品種)相近的有:樣品6、40、5和樣品9;與雜交樣品38相近的有樣品12、15、14和樣品16。樣品11、16和樣品41在類間距離約為6時(shí),就可聚為同一類,樣品22與樣品11只有在類間距離達(dá)到最大時(shí)(約為25)才可聚成一類。同時(shí),樣品11(晚熟父本)、16(早熟母本)、41(早熟父本)和樣品38(雜交種)與樣品33、36和樣品19相距較遠(yuǎn),22(晚熟母本)與樣品13、16和樣品14相距較遠(yuǎn)。

        圖4 中紅外聚類分析譜系圖

        圖5 近-中紅外聚類分析譜系圖

        3 結(jié)論與討論

        通過(guò)設(shè)置玉米自交系對(duì)照組,從近紅外光譜、中紅外光譜以及融合后的近-中紅外光譜入手,采用系統(tǒng)聚類分析方法,來(lái)定向篩選玉米自交系組合,以克服傳統(tǒng)育種方式繁瑣、不定向等問(wèn)題。研究結(jié)果表明:基于近/中紅外光譜技術(shù)對(duì)玉米自交系組合進(jìn)行初步篩選是可行的,另外,由于融合后的近-中紅外光譜能提取更多的特征信息,因此,此方法可以為玉米自交系篩選提供更好的分析結(jié)果。

        根據(jù)融合后近-中紅外光譜分析結(jié)果確定玉米自交系組合選配結(jié)果如下。與11(晚熟父本)相似的樣品32、39、29和樣品8,相異的樣品33、36和樣品19;與樣品22(晚熟母本)相似的有樣品37、24、18、23和樣品21,相異的樣品26、27和樣品34;與樣品16(早熟母本)相似的有樣品13、14、12和樣品15,相異的樣品33、36和樣品19;與樣品41(早熟父本)相似的有樣品6、40、5和樣品9,相異的樣品33、36和樣品19;所以,理論上可選擇與11相似(或相異)的樣品和與22相似(或相異)的樣品之間互相組配,但排列在前的樣品享有優(yōu)先組配的權(quán)利。同理,與16相似的樣品和與41相似的樣品之間也可互相組配。

        下一步課題組將對(duì)玉米自交系組合的快速篩選方法進(jìn)行進(jìn)一步研究,并對(duì)其進(jìn)行補(bǔ)充和完善,同時(shí),對(duì)上述提出的自交系組合的組配結(jié)果進(jìn)行田間試驗(yàn),以期為玉米育種工作提供一種新方法。同時(shí),該方法也可推廣應(yīng)用到其它作物的育種中。

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        Selection of Maize Inbred Lines Based on NIR and Mid-infrared Spectroscopy

        LIMengting1,YANGRenjie2,CHENZhiyuan3,LIUHaixue1

        2016-10-20

        天津市科技特派員項(xiàng)目(16 JCTPJC 47500)資助。

        李夢(mèng)婷(1995—),女,四川廣元人;在讀碩士研究生,主要從事作物遺傳育種方面的研究。

        劉海學(xué)(1965—),男,內(nèi)蒙古通遼市人;博士,研究員,主要從事生化與分子生物學(xué)研究;E-mail:liuhaixue715@126.com。

        融合近-中紅外光譜; 系統(tǒng)聚類

        10.16590/j.cnki.1001-4705.2017.03.093

        S 513; S 337

        A

        1001-4705(2017)03-0093-04

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