在得知自己獲得了2017年度諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎時,邁克爾·羅斯巴什是從熟睡中被喚醒的。他對此感到非常意外,“不得不承認(rèn),我想都沒想過,完全沒有想到”。
邁克爾·羅斯巴什1944年出生于美國密蘇里州堪薩斯市,畢業(yè)于麻省理工學(xué)院,在那里取得了博士學(xué)位。獲獎時,他任職于馬薩諸塞州沃爾瑟姆市的布蘭迪斯大學(xué)和霍華德·休斯醫(yī)學(xué)院,是美國國家科學(xué)院院士、生物學(xué)教授、霍華德·休斯醫(yī)學(xué)院研究員。他的研究領(lǐng)域是晝夜節(jié)律、行為及基因表現(xiàn),并發(fā)現(xiàn)了控制晝夜節(jié)律的分子機(jī)制。
30多年前,邁克爾·羅斯巴什開始了對黑腹果蠅晝夜節(jié)律的研究。這項研究是在他的實驗室團(tuán)隊以及他的同事、布蘭迪斯大學(xué)的杰弗里·霍爾的編譯/ 朱林爽邁克爾·羅斯巴什實驗室團(tuán)隊合作下展開的。他們當(dāng)時制定的短期目標(biāo)是克隆周期軌跡,長期目標(biāo)則是確定普遍存在的晝夜節(jié)律所依賴的機(jī)制。他們首先從黑腹果蠅的周期基因(per)入手,因為在此之前10多年,羅納德·科諾普卡和西摩·本澤爾在他們開創(chuàng)性的行為遺傳學(xué)實驗中發(fā)現(xiàn)了這種基因。1984年,他們在
克隆和基因拯救方面的研究成果得到發(fā)表,但直到1990年,他們才對晝夜節(jié)律的機(jī)制有了一些理解。
保羅·哈丁在羅斯巴什的實驗室做博士后研究,他發(fā)現(xiàn)per基因的信使核糖核酸(mRNA)及其編碼蛋白(PER)在晝夜循環(huán)周期中會經(jīng)歷一定程度的波動。這一發(fā)現(xiàn)表明PER蛋白對基因表達(dá)的負(fù)反饋回路十分重要,也表明per基因自身的轉(zhuǎn)錄受到影響。由于PER蛋白處于核心,研究者認(rèn)為PER能夠直接抑制自身mRNA的轉(zhuǎn)錄,而在轉(zhuǎn)錄過程中暫時性抑制反饋回路是哺乳動物、植物、脈孢菌甚至藍(lán)藻菌的公認(rèn)特性。此外,PER蛋白以及過去很多年間基因定義的許多其他生物鐘因子現(xiàn)大都得以保存下來,并且在哺乳動物的生物鐘中發(fā)揮類似的功能。這表明,果蠅的生物鐘機(jī)制及原理廣泛存在于動物世界。
盡管轉(zhuǎn)錄因子和轉(zhuǎn)錄調(diào)控在晝夜節(jié)律中起著十分關(guān)鍵的作用,但是轉(zhuǎn)錄后調(diào)控也得到了研究者的格外重視,這是由于激酶突變體能夠?qū)壓筒溉閯游锷镧姰a(chǎn)生有效的影響。同時,對藍(lán)綠細(xì)菌晝夜節(jié)律系統(tǒng)的研究也取得了顯著成就。另外,近期的研究結(jié)果顯示,哺乳動物具有一種晝夜節(jié)律鐘,能夠在不發(fā)生轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)譯的情況下發(fā)揮作用。盡管如此,羅斯巴什及其同事在短期
目標(biāo)(如上文所述)上取得的研究結(jié)果仍然驗證了轉(zhuǎn)錄調(diào)控的重要性。例如,只有為數(shù)不多的果蠅基因在數(shù)量上受到控制時,才能夠?qū)円构?jié)律產(chǎn)生影響,而且這些影響晝夜節(jié)律的基因都是轉(zhuǎn)錄因子。
羅斯巴什團(tuán)隊對晝夜節(jié)律的研究有三個主要目標(biāo):①發(fā)現(xiàn)果蠅晝夜節(jié)律發(fā)生的具體機(jī)理;②找到晝夜節(jié)律基因表達(dá)調(diào)控的發(fā)生規(guī)律;③了解果蠅大腦中與晝夜節(jié)律相關(guān)的神經(jīng)回路及個體晝夜節(jié)律神經(jīng)元的功能。此外,他們的研究還包括一些晝夜節(jié)律之外的工作,更多地關(guān)注基因表達(dá)調(diào)控的基本問題。
他們使用各種生物化學(xué)和遺傳學(xué)方法,深入剖析影響生物鐘的轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控機(jī)制,目的是尋找新的生物鐘基因,同時發(fā)現(xiàn)其他調(diào)節(jié)機(jī)制。他們的晝夜節(jié)律實驗結(jié)果顯示,Clk與per能夠與大量潛在的直接目標(biāo)基因進(jìn)行周期性結(jié)合。其中一些基因編碼成蛋白,很可能有助于轉(zhuǎn)錄的調(diào)控作用;還有一些基因在晝夜節(jié)律的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中能夠發(fā)揮潛在的作用。這說明,核心轉(zhuǎn)錄反饋回路可能位于某些轉(zhuǎn)錄后調(diào)控模式的上游。對于發(fā)現(xiàn)的大量直接目標(biāo)基因的一種有趣解釋是,
用于各種實驗的果蠅頭部組織具有異質(zhì)性。事實上,羅斯巴什團(tuán)隊已經(jīng)找到一些證據(jù),表明晝夜節(jié)律機(jī)制可以在不同的細(xì)胞中獲取不同的直接目標(biāo)基因,并且在不同的位置使用不同的轉(zhuǎn)錄起始位點。
此外,羅斯巴什團(tuán)隊使用了高通量測序技術(shù)來解決有關(guān)晝夜節(jié)律的新問題和老問題。例如,對于果蠅頭部mRNA的晝夜節(jié)律振蕩范圍有多大這一問題,許多實驗室都是通過基因芯片陣列來探討的,而羅斯巴什團(tuán)隊使用高通量測序技術(shù)來估測mRNA 的循環(huán)周期。此外,這項技術(shù)還可對RNA周期與新生RNA 周期進(jìn)行比較,從而用于解決基因從本源上進(jìn)行轉(zhuǎn)錄的實際量問題。在這一研究中,他們還發(fā)現(xiàn)果蠅頭部擁有產(chǎn)生晝夜節(jié)律振蕩的微分子核糖核酸(miRNA),而且有些miRNA的循環(huán)振幅十分顯著。這表明,miRNA的半衰期一定很短。這一發(fā)現(xiàn)對于新陳代謝或miRNA的研究很有啟發(fā)。之前科學(xué)界普遍認(rèn)為新陳代謝和miRNA通常都非常穩(wěn)定,但對于它們是如何衰退的,現(xiàn)在仍不得而知。這一發(fā)現(xiàn)還表明,轉(zhuǎn)譯調(diào)控對晝夜節(jié)律非常重要。事實上,最新研究結(jié)果表明,大量的miRNA調(diào)控著重要的晝夜節(jié)律轉(zhuǎn)錄因子Clk的轉(zhuǎn)譯過程,并且會以晝夜節(jié)律的方式對特定生理目標(biāo)基因的轉(zhuǎn)譯產(chǎn)生影響。整體來說,轉(zhuǎn)譯節(jié)律調(diào)控是一個新興的研究領(lǐng)域。
在過去幾年中,羅斯巴什的實驗室還對果蠅晝夜節(jié)律的各種腦神經(jīng)元進(jìn)行了研究。從解剖學(xué)上講,腦神經(jīng)元可分為7種獨特的神經(jīng)元組,在成年果蠅大腦的每側(cè)總共有約75個細(xì)胞。這些細(xì)胞表現(xiàn)為高層次的生物鐘基因,通常能夠使生物鐘基因mRNA和蛋白產(chǎn)生強烈的晝夜節(jié)律同步振蕩。小型腹側(cè)神經(jīng)元控制昆蟲活動模式的上午活動峰值,另一個神經(jīng)元組控制著夜間活動峰值。此外,控制上午活動峰值的神經(jīng)元組在持續(xù)的黑暗中能夠發(fā)揮主要作用。那么,這些晝夜節(jié)律神經(jīng)
元之間是如何相互作用的?基因表達(dá)機(jī)制和神經(jīng)元放電之間存在著什么樣的關(guān)系?羅斯巴什的團(tuán)隊對這些問題充滿了興趣,并打算進(jìn)行深入研究,以提出一個更為科學(xué)的解釋。盡管核心生物鐘基因大量存在于所有大腦晝夜節(jié)律神經(jīng)元中,但許多mRNA似乎以晝夜節(jié)律神經(jīng)元的特異性方式存在。如上所述,這種差異可能與神經(jīng)元亞組的特別功能有關(guān)。在專門神經(jīng)元子集中表現(xiàn)的mRNA在
不影響其他神經(jīng)元的情況下,也能夠調(diào)控特有的晝夜節(jié)律神經(jīng)元。因此,羅斯巴什的團(tuán)隊打算將對神經(jīng)元的研究擴(kuò)展到果蠅大腦的其他神經(jīng)元組織和高通量測序分析中。
另一個相關(guān)的關(guān)注點是基因表達(dá)是如何對各種環(huán)境刺激做出反應(yīng)的,目前最熱門的研究是光照環(huán)境。在晝夜循環(huán)和相位復(fù)位中,光起著重要而且普遍的作用。此外,光對不同的神經(jīng)元子集似乎也有不同的影響,例如,有的節(jié)律神經(jīng)元組的光感直接反應(yīng)在光線打開時(黎明),而有的神經(jīng)元組的光感反應(yīng)在光線關(guān)閉時(黃昏)。有趣的是,黎明神經(jīng)元細(xì)胞是喚醒細(xì)胞,而黃昏神經(jīng)元細(xì)胞能夠促進(jìn)睡眠,這就是動物晝出夜伏的原因。
睡眠是羅斯巴什團(tuán)隊的另一個研究領(lǐng)域,他們正試圖找出對睡眠有重大影響的其他腦神經(jīng)元。目前的研究成果主要在晝夜節(jié)律網(wǎng)絡(luò)之外。他們將這些不同的與睡眠相關(guān)的神經(jīng)元組和不同的體內(nèi)方法相結(jié)合,以此調(diào)節(jié)神經(jīng)元的功能,試圖深入了解睡眠調(diào)節(jié)機(jī)制的路徑和規(guī)律。
最后,羅斯巴什團(tuán)隊使用高通量測序技術(shù)解決剪接和轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控問題。他們通過對果蠅組織培養(yǎng)細(xì)胞的新生RNA進(jìn)行排序,試圖從基因組層面測量發(fā)生新生剪接的情況。這一研究目前仍然處于描述性分析階段,但羅斯巴什希望很快能進(jìn)入解決機(jī)制性問題的階段。比如,剪接的晝夜節(jié)律調(diào)控是如何發(fā)生的?這些剪接事件對核心晝夜節(jié)律起作用嗎?在晝夜節(jié)律控制下,還有其他轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控方式嗎?
現(xiàn)在,人們對生物鐘早已習(xí)以為常,習(xí)慣了白天與黑夜交替,這實際上是對環(huán)境影響的原始適應(yīng)。羅斯巴什說:“我們之前都沒有把行為和基因放在一起考慮。大家知道,所有人都沒有這樣做……研究工作需要一種工匠精神,我們只比別人往前多走了一步。我們做了很多實驗,也失敗過很多次,但事后看來,這其中包含許多真理?!?