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        基于B樣條的醫(yī)學(xué)圖像彈性配準(zhǔn)*

        2017-10-29 05:30:46宋湘芬林仕令宋磊李文
        生物醫(yī)學(xué)工程研究 2017年3期

        宋湘芬,林仕令,宋磊,李文

        (廣西醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,廣西南寧530021)

        1 引 言

        隨著醫(yī)學(xué)圖像學(xué)的不斷發(fā)展,醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)已經(jīng)成為醫(yī)學(xué)圖像處理技術(shù)的研究熱點(diǎn)和難點(diǎn)。醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)方法可以分為剛性配準(zhǔn)和彈性配準(zhǔn),當(dāng)前國(guó)內(nèi)外對(duì)剛性配準(zhǔn)的研究已經(jīng)成熟,而彈性配準(zhǔn)仍在發(fā)展階段。實(shí)際上,臨床上醫(yī)學(xué)圖像的許多形變和偏移需要彈性配準(zhǔn)來(lái)實(shí)現(xiàn)。例如在研究腹部、胸部臟器的圖像配準(zhǔn)時(shí),不自主的生理運(yùn)動(dòng)或患者移動(dòng)等使其內(nèi)部的器官和組織的位置、尺寸和形狀發(fā)生改變,或者由于手術(shù)干涉產(chǎn)生的組織或器官的變形,這些都是剛性配準(zhǔn)所不能解決的,需要彈性配準(zhǔn)來(lái)實(shí)現(xiàn),因此,彈性配準(zhǔn)有很高的臨床實(shí)用價(jià)值[1]。而B(niǎo)樣條變換因?yàn)槠浜芎玫木植靠刂菩?,可以?duì)局部區(qū)域的變形進(jìn)行更好的逼近,避免了進(jìn)行全局計(jì)算的重復(fù)進(jìn)行,節(jié)省了時(shí)間,因而,基于B樣條的彈性配準(zhǔn)方法受到了廣泛的關(guān)注?;贐樣條的彈性配準(zhǔn)方法主要有兩種,一種是以求得網(wǎng)格控制點(diǎn)灰度值為主,通過(guò)調(diào)整網(wǎng)格控制點(diǎn)值來(lái)擬合已知的插值點(diǎn);另一種是由Lee等最先提出的基于B樣條FFD模型[2-3],該模型由于其優(yōu)越的局部形變的建模能力、不受限制的自由度的特點(diǎn)能夠描述復(fù)雜的幾何形體[4]。

        本研究采用后者。該方法通過(guò)操縱套用在圖像區(qū)域上的控制點(diǎn)網(wǎng)格來(lái)模擬彈性形變,然后通過(guò)優(yōu)化算法優(yōu)化網(wǎng)格控制點(diǎn)坐標(biāo)位置的方法來(lái)完成彈性配準(zhǔn)。

        2 配準(zhǔn)流程

        配準(zhǔn)流程圖見(jiàn)圖1。

        圖1 配準(zhǔn)流程圖Fig 1 Registration flow diagram

        2.1 待配準(zhǔn)圖像網(wǎng)格化

        2.1.1 建立控制網(wǎng)格 在待配準(zhǔn)圖像上建立控制網(wǎng)格,見(jiàn)圖2(以11×11控制網(wǎng)格為例),相對(duì)控制網(wǎng)格,定義像素點(diǎn)坐標(biāo)位置為(i,j),則像素空間(m×n控制網(wǎng)格)表示為:

        控制空間((m+3)×(n+3)控制網(wǎng)格)表示為:

        圖211 ×11控制網(wǎng)格Fig 2 Congtrolmesh of 11×11

        記單個(gè)控制點(diǎn)為 φi,j,共(m+3)×(n+3)個(gè)控制點(diǎn),每個(gè)控制點(diǎn)具有水平和垂直方向上的自由度,所以 Φ的維數(shù)(自由度)是N=2(m+3)(n+3),為了簡(jiǎn)單起見(jiàn),可將Φ二維矩陣位置轉(zhuǎn)換成一維矩陣位置,即:

        2.1.2 建立像素網(wǎng)格 設(shè)圖像在X和Y方向的像素點(diǎn)數(shù)量分別為δxm和δyn,其中,δx和δy分別表示單位控制網(wǎng)格在X和Y方向的間距,相對(duì)像素網(wǎng)格,像素點(diǎn)坐標(biāo)位置為(δxi,δyj),則:

        像素空間表示為:

        控制空間表示為:

        基于B樣條的空間變換需要用到控制點(diǎn)相對(duì)像素網(wǎng)格的坐標(biāo)位置作為初始參數(shù)。

        2.1.3 控制網(wǎng)格坐標(biāo)范圍的確定原因 由B樣條理論可知,控制點(diǎn)移動(dòng)范圍由選擇的B樣條次數(shù)決定,不同的B樣條函數(shù)的支撐區(qū)域不一樣。本研究選擇三次B樣條,因此,每一個(gè)控制點(diǎn)在其最近鄰4×4網(wǎng)格點(diǎn)上移動(dòng),見(jiàn)圖2(圖中區(qū)域3),一個(gè)控制點(diǎn)移動(dòng)將引起最近鄰4×4網(wǎng)格內(nèi)所有的像素點(diǎn)發(fā)生移動(dòng)[5],見(jiàn)圖2(圖中區(qū)域4),一個(gè)像素點(diǎn)移動(dòng)后的坐標(biāo)位置由最近鄰4×4個(gè)控制點(diǎn)的坐標(biāo)位置和該像素點(diǎn)在單元控制網(wǎng)格內(nèi)的相對(duì)位置共同決定。為了確保每個(gè)像素點(diǎn)都有對(duì)應(yīng)的4×4個(gè)控制點(diǎn),即像素空間左邊界的單元控制網(wǎng)格內(nèi)的每個(gè)像素點(diǎn)必須要有X坐標(biāo)為-1的4個(gè)控制點(diǎn),下邊界的單元控制網(wǎng)格內(nèi)的每個(gè)像素點(diǎn)必須要有Y坐標(biāo)為-1的4個(gè)控制點(diǎn),右邊界的單元控制網(wǎng)格內(nèi)的每個(gè)像素點(diǎn)必須要有X坐標(biāo)為(m+1)的4個(gè)控制點(diǎn),上邊界的單元控制網(wǎng)格內(nèi)的每個(gè)像素點(diǎn)必須要有Y坐標(biāo)為(n+1)的4個(gè)控制點(diǎn)。究其控制網(wǎng)格在像素空間外向X、Y負(fù)方向各擴(kuò)充一個(gè)坐標(biāo),卻向X、Y正方向各擴(kuò)充兩個(gè)坐標(biāo)的原因,是因?yàn)閄坐標(biāo)為(m+1)、Y坐標(biāo)為(n+1)的控制點(diǎn)都屬于鄰近右上方向的單元控制網(wǎng)格內(nèi),所以必須要在向X、Y正方向各擴(kuò)充一個(gè)坐標(biāo)的基礎(chǔ)上再擴(kuò)充一個(gè)坐標(biāo)。

        2.2 基于B樣條的自由形變模型

        基于B樣條的FFD模型的參數(shù)變量是各控制點(diǎn)的坐標(biāo)位置,該模型的主要思想是移動(dòng)控制點(diǎn)來(lái)實(shí)現(xiàn)局部變形,而控制點(diǎn)以外的像素點(diǎn)移動(dòng)后的坐標(biāo)位置通過(guò)B樣條擬合來(lái)得到[6]。除待配準(zhǔn)圖像網(wǎng)格化后得到控制點(diǎn)的初始坐標(biāo)位置外,控制點(diǎn)移動(dòng)后的坐標(biāo)位置通過(guò)優(yōu)化算法更新。了解這些控制點(diǎn)的移動(dòng)后的坐標(biāo)位置后,基于B樣條的FFD模型,求出圖像中每個(gè)像素點(diǎn)的移動(dòng)后的坐標(biāo)位置。在這里把圖像中像素點(diǎn)的移動(dòng)分解為X方向和Y方向,分別求出移動(dòng)后的X和Y坐標(biāo)位置。

        對(duì)于任意一像素點(diǎn)(x,y),經(jīng)三次B樣條彈性變形后的坐標(biāo)位置(相對(duì)像素網(wǎng)格)可表示為:

        其中:φi+l,j+m表示最近鄰 4×4個(gè)控制點(diǎn)的坐標(biāo)位置,i、j分別表示最近鄰4×4個(gè)控制點(diǎn)的單元索引號(hào),i=[x/δx]-1,j=[y/δy]-1;[]表示取下整數(shù);u、v分別表示x、y的相對(duì)單元控制網(wǎng)格的位置,u=x/δx-[x/δx],v=y(tǒng)/δy-[y/δy];

        B0(u)~B3(u)表示三次B樣條基函數(shù),其表達(dá)式為:

        其中,0≤u<1,這些函數(shù)起到權(quán)函數(shù)的作用,它們根據(jù)控制點(diǎn)到(x,y)的距離大小來(lái)加權(quán)每個(gè)控制點(diǎn)對(duì) T(x,y)的貢獻(xiàn)[7]。

        其模型構(gòu)造見(jiàn)圖2(見(jiàn)圖中區(qū)域4)。

        2.3 雙線(xiàn)性插值

        雙線(xiàn)性插值是將待配準(zhǔn)圖像的像素點(diǎn)(x,y)經(jīng)B樣條變換后的坐標(biāo)位置(Tx,Ty)作為插值點(diǎn),利用該插值點(diǎn)最近鄰4個(gè)像素點(diǎn)的灰度值,計(jì)算該坐標(biāo)位置的灰度值,并賦給配準(zhǔn)后圖像的對(duì)應(yīng)位置(x,y),見(jiàn)圖 3。具體插值過(guò)程[8]如下:

        圖3 雙線(xiàn)性插值示意圖Fig 3 The sketch map of bilinear interpolation

        圖4 雙線(xiàn)性插值原理圖Fig 4 The illustrative diagram of bilinear interpolation

        如圖4所示,設(shè)插值點(diǎn)(Tx,Ty)的最近鄰4個(gè)像素點(diǎn)為 A、B、C、D,其坐標(biāo)分別為(i,j)、(i+1,j)、(i,j+1)、(i+1,j+1),其灰度值分別是 g(A)、g(B)、g(C)、g(D)。首先計(jì)算 E和 F兩點(diǎn)的灰度值g(E)、g(F):

        則插值點(diǎn)(Tx,Ty)的灰度值 g(Tx,Ty)為:

        2.4 SSD測(cè)度

        SSD測(cè)度公式[9]見(jiàn)式(11):

        其中,N為圖像配準(zhǔn)區(qū)域內(nèi)像素總數(shù),I2(x,y)和I1(x,y)分別表示二維空間中的參考圖像和待配準(zhǔn)圖像的灰度函數(shù),當(dāng)兩幅圖像達(dá)到配準(zhǔn)狀態(tài)時(shí),它們之間Essd最小。

        2.5 梯度下降法[10]

        根據(jù)式(6),求解最優(yōu)Φ為最主要的步驟,其主要思想是尋求使相似性測(cè)度Essd最小的空間變換位置。求解最優(yōu)Φ是通過(guò)先求解Essd的梯度▽Essd,然后通過(guò)梯度下降法對(duì)Φ更新來(lái)實(shí)現(xiàn)的,Φ的更新公式見(jiàn)式(12):

        其中,stepsize為步長(zhǎng),▽Essd是對(duì)控制點(diǎn)的每個(gè)網(wǎng)格位置處的變形的梯度。這里步長(zhǎng)也要在速度和精度之間取得折中,通過(guò)變步長(zhǎng)法實(shí)現(xiàn)由粗到細(xì)的快速精確配準(zhǔn),變形模型越精細(xì),步長(zhǎng)越小。

        最優(yōu)Φ的求解過(guò)程如下:

        (1)取步長(zhǎng)stepsize為0.01,初始化控制參數(shù)Φ,初始化迭代次數(shù)iter,求解初始Essd和初始▽Essd;

        (2)根據(jù)初始Φ和初始▽Essd,找到最佳初始步長(zhǎng) step_init(1e-4~1e+3),更新初始 Essd,保存當(dāng)前參數(shù),以備下一次迭代用;

        (3)設(shè)置 while循環(huán)條件(‖▽Essd‖≥le-4),滿(mǎn)足,則進(jìn)入循環(huán),根據(jù)當(dāng)前參數(shù),尋找最佳步長(zhǎng)step_best,尋找 step_best失敗則退出循環(huán),否則將step_best代入式(12),更新 Φ,求解 Essd、▽Essd,迭代次數(shù)iter增1,保存當(dāng)前參數(shù),進(jìn)入下一循環(huán),直到迭代次數(shù)達(dá)到20或者不滿(mǎn)足循環(huán)條件(即找到最優(yōu)Φ),退出循環(huán)。

        其中,Essd、▽Essd、step_init、step_best的求解過(guò)程如下:

        (1)Essd的求解過(guò)程

        Essd的求解過(guò)程見(jiàn)式(11)。

        (2)▽Essd的求解過(guò)程

        定義 topx、topy、bottomx、bottomy,分別代表當(dāng)前中所有控制點(diǎn)(x,y)向右、上、左、下移動(dòng)當(dāng)前 stepsize后的控制網(wǎng)格坐標(biāo)位置;定義 I_topx、I_topy、I_bottomx、I_bottomy,分別代表 topx、topy、bottomx、bottomy經(jīng)三次 B樣條彈性配準(zhǔn)后的圖像;定義 E_topx、E_topy、E_bottomx、E_bottomy,分別代表每個(gè)控制點(diǎn)影響的像素區(qū)域內(nèi) I_topx、I_topy、I_bottomx、I_bottomy與參考圖像的配準(zhǔn)誤差Essd。

        ▽Essd的求解過(guò)程見(jiàn)式(13):

        (3)step_init的求解過(guò)程

        初始化Essd為無(wú)窮大,設(shè)置for循環(huán)條件(stepsize=le-4:le+3),滿(mǎn)足,則進(jìn)入循環(huán),將初始 Φ、初始▽Essd以及當(dāng)前stepsize代入式(12),更新Φ,求解Essd,比較當(dāng)前Essd與之前的Essd。若Essd變小,得到較佳初始步長(zhǎng)step_init,保存當(dāng)前Essd,以備下一次循環(huán)比較;若Essd變大,則直接進(jìn)入下一循環(huán)。當(dāng)不滿(mǎn)足循環(huán)條件,退出循環(huán),得到最佳初始步長(zhǎng)step_init,更新當(dāng)前 Essd為初始 Essd。

        (4)step_best的求解過(guò)程

        初始化迭代次數(shù)w=0,找到標(biāo)志found=0,停止標(biāo)志 stop=0,step_best=0;設(shè)置 while循環(huán)條件(~found),滿(mǎn)足,進(jìn)入循環(huán),將當(dāng)前 Φ、當(dāng)前▽Essd以及當(dāng)前stepsize代入式(12),更新Φ,求解Essd,比較當(dāng)前Essd與之前的Essd。若Essd變小,得到最佳步長(zhǎng)step_best(found設(shè) 1),退出循環(huán);若 Essd變大,步長(zhǎng)減半,進(jìn)入下一循環(huán)再次求解Essd比較。w增1,當(dāng)w大于100,說(shuō)明線(xiàn)性搜索沿著當(dāng)前的搜索方向不能找到一個(gè)可接受的 Φ,stop設(shè)1(尋找 step_best失?。顺鲅h(huán)。

        3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析

        為了驗(yàn)證本研究算法的有效性,選取同一個(gè)人不同時(shí)間的兩幅腦部圖像(一幅作為待配準(zhǔn)圖像,一幅作為參考圖像),大小均為217×181像素,做控制點(diǎn)間距分別為32×32像素、64×64像素、128×128像素(即控制網(wǎng)格分別為9×8、6×5、4×4)的三組對(duì)比實(shí)驗(yàn)。圖5、圖6、圖7分別為其三組實(shí)驗(yàn)的配準(zhǔn)效果,表1為三組實(shí)驗(yàn)的配準(zhǔn)時(shí)間。實(shí)驗(yàn)平臺(tái)為 Intel(R)Core(TM)i5-3210 M CPU,2.50 GHz,4 GB內(nèi)存(2.74 GB可用)。利用 MATLAB R2014a(8.3.0.532)和 Microsoft Visual Studio 2012(C/C++)混合編程完成算法的實(shí)現(xiàn)工作。

        從每組實(shí)驗(yàn)的配準(zhǔn)前差分圖像和配準(zhǔn)后差分圖像對(duì)比看出,三組實(shí)驗(yàn)的配準(zhǔn)效果均令人滿(mǎn)意;從三組實(shí)驗(yàn)的配準(zhǔn)時(shí)間對(duì)比看出,控制點(diǎn)間距為64×64像素的配準(zhǔn)結(jié)果最佳,控制點(diǎn)間距為128×128像素和32×32像素次之。

        圖5 控制點(diǎn)間距為32×32像素的配準(zhǔn)效果Fig 5 Registration results of 32×32 pixels as controlmesh

        圖6 控制點(diǎn)間距為64×64像素的配準(zhǔn)效果Fig 6 Registration results of 64×64 pixels as controlmesh

        圖7 控制點(diǎn)間距為128×128像素的配準(zhǔn)效果Fig 7 Registration results of 128×128 pixels as controlmesh

        表1 三組控制點(diǎn)間距的配準(zhǔn)時(shí)間Table 1 Registration time of three sets of controlmesh

        究其控制點(diǎn)間距為32×32像素和128×128像素的配準(zhǔn)時(shí)間相對(duì)64×64像素較長(zhǎng)的原因,是因?yàn)楫?dāng)控制點(diǎn)間距為64×64像素時(shí),迭代次數(shù)只達(dá)到12,就得到最優(yōu)控制參數(shù);而當(dāng)控制點(diǎn)間距為32×32像素或128×128像素時(shí),迭代次數(shù)均需達(dá)到20才退出循環(huán),得到最優(yōu)控制參數(shù)。迭代次數(shù)越多,配準(zhǔn)時(shí)間越長(zhǎng)。

        實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析表明,該算法可得到令人滿(mǎn)意的配準(zhǔn)結(jié)果(綜合配準(zhǔn)效果和配準(zhǔn)時(shí)間),從而驗(yàn)證了本研究算法的有效性。但若選取合適的控制點(diǎn)間距,則可大大縮短配準(zhǔn)時(shí)間,得到更為滿(mǎn)意的配準(zhǔn)結(jié)果。

        4 結(jié)論

        本研究算法以基于B樣條的FFD模型為彈性形變模型,其中,B樣條網(wǎng)格控制點(diǎn)定義了B樣條自由形變參數(shù),控制點(diǎn)的移動(dòng)(即參數(shù)的改變)將引起待配準(zhǔn)圖像的變形。以雙線(xiàn)性插值為插值算法,計(jì)算控制點(diǎn)移動(dòng)后位置的灰度,以SSD測(cè)度為配準(zhǔn)依據(jù),運(yùn)用梯度下降法對(duì)配準(zhǔn)過(guò)程進(jìn)行優(yōu)化,使待配準(zhǔn)圖像逐漸向參考圖像靠攏。實(shí)驗(yàn)證明,本研究算法有效。

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