侯娟娟 張志峰 張吉平 席維岳 鄭紅軍 趙海燕 李 娟
(慶陽(yáng)市人民醫(yī)院檢驗(yàn)科,慶陽(yáng) 745000)
PCR-熒光探針?lè)z測(cè)慶陽(yáng)地區(qū)丙型肝炎病毒基因型①
侯娟娟 張志峰 張吉平 席維岳 鄭紅軍 趙海燕 李 娟
(慶陽(yáng)市人民醫(yī)院檢驗(yàn)科,慶陽(yáng) 745000)
目的應(yīng)用PCR-熒光探針?lè)ǚ治鰬c陽(yáng)地區(qū)丙型肝炎患者基因型,并對(duì)PCR-熒光探針?lè)ǖ母鞣N性能進(jìn)行評(píng)價(jià)。方法收集慶陽(yáng)地區(qū)289例各種丙型肝炎患者的臨床資料和外周靜脈血,采用PCR-熒光探針?lè)z測(cè)其基因型,并和PCR-反向點(diǎn)雜交法、測(cè)序法進(jìn)行比較。結(jié)果289份HCV RNA 陽(yáng)性血清標(biāo)本中,PCR-熒光探針?lè)ɑ蛐图皝喰蜋z出率為99.3%(287/289),其中1b型139例(48.1%),2a型136例(47.1%),3a型7例(2.4%),3b型5例(1.7%),未分出型2例(0.7%)。PCR-熒光探針?lè)ǖ奶禺惗群蜏?zhǔn)確度為100%,重復(fù)性良好,并與PCR-反向點(diǎn)雜交法、巢式PCR測(cè)序法分型結(jié)果均一致,三種方法的一致率為98.2%(56/57),差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。1b基因型患者ALT、AST、PLT和HCVRNA(lg)水平均高于2a基因型患者,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。結(jié)論慶陽(yáng)地區(qū)HCV 基因型呈現(xiàn)多基因型分布特點(diǎn),主要為1b 型和2a 型,且2a型和1b型的比例相當(dāng),呈現(xiàn)出2a 型比例升高,1b型下降的趨勢(shì);PCR-熒光探針?lè)℉CV基因分型敏感度和特異度高,方法簡(jiǎn)單,適合臨床實(shí)驗(yàn)中應(yīng)用。
PCR-熒光探針?lè)?;慶陽(yáng);丙肝;基因型
丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)慢性感染可導(dǎo)致肝臟慢性炎癥壞死和纖維化,部分患者可發(fā)展為肝硬化甚至肝細(xì)胞癌,對(duì)患者的健康和生命危害極大[1]。HCV基因分型在疾病的感染、傳播、診斷、診療、預(yù)防等方面均有重要意義。雖然基因測(cè)序是HCV分型的金標(biāo)準(zhǔn),但其操作繁瑣、程序復(fù)雜、成本過(guò)高,難以對(duì)較大樣本進(jìn)行分析,因此在臨床工作中不可行。近年,國(guó)內(nèi)外文獻(xiàn)報(bào)道的HCV基因分型方法有很多,但是均存在操作復(fù)雜、結(jié)果鑒定開(kāi)放式或分管多步等缺陷[2]。本研究使用PCR-熒光探針?lè)ǚ治鰬c陽(yáng)地區(qū)的丙型肝炎患者基因型,并對(duì)此方法的各種性能進(jìn)行評(píng)價(jià),以評(píng)估PCR-熒光探針?lè)℉CV基因分型在臨床應(yīng)用中的價(jià)值。
1.1資料 按照中華醫(yī)學(xué)會(huì)肝病學(xué)分會(huì)、中華醫(yī)學(xué)會(huì)感染病學(xué)分會(huì)制定的《丙型肝炎防治指南(2015更新版)》[3],收集慶陽(yáng)地區(qū)市醫(yī)院和中醫(yī)院傳染科住院及門(mén)診各種丙型肝炎患者289例(抗-HCV陽(yáng)性,HCV RNA ≥ 5×103IU/ml),其中,男166例,女123例,年齡20~70歲,平均為(47.73 ± 16.54)歲。在治療之前按照設(shè)計(jì)方案采取患者血液后分離血清,-70℃保存,用于后續(xù)檢測(cè)。排除標(biāo)準(zhǔn):(1)抗-HCV陽(yáng)性、HCV RNA<5×103IU/ml;(2)合并其他病毒感染:HAV、HBV、HEV、CMV、EB;(3)合并免疫性、藥物性、酒精性、中毒性疾病及肝損害者。
1.2方法
1.2.1血液學(xué)指標(biāo)的采集與檢測(cè) 抽取靜脈血,用日本AU2700全自動(dòng)生化分析儀測(cè)定丙氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶(ALT)、天門(mén)冬氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶(AST);用mindray BC-5800血球分析儀測(cè)定白細(xì)胞(WBC)、紅細(xì)胞(RBC)、血紅蛋白(Hb)、血小板(PLT)。
1.2.2HCVRNA檢測(cè) 試劑為中山大學(xué)達(dá)安基因股份有限公司提供,方法為 RT-PCR-熒光探針?lè)?,儀器為 ABI 7500 熒光PCR 擴(kuò)增儀。
1.2.3PCR-熒光探針?lè)中头?采用廈門(mén)泰普生物科學(xué)有限公司生產(chǎn)的HCV基因分型檢測(cè)試劑盒進(jìn)行檢測(cè)。選取HCV五種亞型的保守區(qū)域,設(shè)計(jì)相應(yīng)的特異性引物和探針,運(yùn)用一步法RT-PCR技術(shù)和Taqman熒光探針技術(shù),實(shí)時(shí)檢測(cè)五種HCV亞型(1b、2a、3a、3b和6a)特異性探針的熒光信號(hào)。所用儀器為ABI 7500熒光PCR擴(kuò)增儀。
1.2.3.1RNA提取 采用泰普生物HCV分型試劑盒所配套的核酸提取試劑提取病毒核酸,嚴(yán)格按照試劑盒操作說(shuō)明書(shū)進(jìn)行操作。
1.2.3.2PCR 擴(kuò)增 往40 μl各組反應(yīng)體系中(1b亞型組、2a/6a亞型組、3a/3b亞型組 HCV RT-PCR 反應(yīng)液38 μl和酶系2 μl)分別加入樣本或質(zhì)控品的RNA提取產(chǎn)物各10 μl,混勻,總反應(yīng)體積50 μl;然后將待測(cè)PCR反應(yīng)管小心置于PCR擴(kuò)增檢測(cè)儀中。按下列程序條件擴(kuò)增:42℃ 30 min;95℃ 3 min;94℃ 20 s,55℃ 20 s,72℃ 30 s,10個(gè)循環(huán);94℃ 15 s,60℃ 45 s,30個(gè)循環(huán)。熒光探針參數(shù)設(shè)置:所有檢測(cè)孔均設(shè)置為FAM-TAMAR 和JOE-TAMAR,在60℃ 45 s 階段收集熒光信號(hào)。
1.2.3.3結(jié)果判斷 反應(yīng)結(jié)束后,根據(jù)分析后圖像調(diào)節(jié)Baseline 的Start 值、End 值以及Threshold 值。點(diǎn)擊Analysis 自動(dòng)獲得分析結(jié)果,在Report界面察看結(jié)果。
1.2.4PCR-反向點(diǎn)雜交法 采用RT-PCR 體外擴(kuò)增法結(jié)合反向點(diǎn)雜交技術(shù),由中山達(dá)安基因公司生產(chǎn)的HCV基因分型試劑盒檢測(cè)(具體操作詳見(jiàn)說(shuō)明書(shū))。
1.2.5測(cè)序分型 采用巢式PCR方法進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物采用2%瓊脂糖電泳進(jìn)行確認(rèn)有預(yù)期目的條帶后送上海生工公司進(jìn)行測(cè)序。
2.1PCR-熒光探針?lè)ɑ蚍中徒Y(jié)果 289份HCV RNA 陽(yáng)性血清標(biāo)本中,PCR-熒光探針?lè)ɑ蛐图盎騺喰蜋z出率為99.3%(287/289),2例HCV 基因分型不確定。287份基因分型明確標(biāo)本中,其中1b型139例(48.1%),2a型136例(47.1%),3a型7例(2.4%),3b型5例(1.7%)。具體結(jié)果判斷如下。見(jiàn)圖1。
2.2PCR-熒光探針?lè)ǖ拿舾卸?、特異度、?zhǔn)確度和重復(fù)性 289 份標(biāo)本中除2例HCV 基因分型不確定外,其余均被PCR-熒光探針?lè)z出,最低檢出量為 5×103IU/ml。 30 份HBV DNA陽(yáng)性、HCV RNA 陰性血清標(biāo)本分型均為陰性,特異度為100%。以測(cè)序結(jié)果為金標(biāo)準(zhǔn),PCR-熒光探針?lè)鞔_分型的55份標(biāo)本與測(cè)序分型完全一致,準(zhǔn)確度為100%(55/55)。對(duì)其中30份已分出型(1b型17例,2a型13例)的丙型肝炎患者血清標(biāo)本進(jìn)行PCR-熒光探針?lè)ㄖ貜?fù)分型檢測(cè),兩次檢測(cè)結(jié)果一致,并且其CV值<10%。
2.3PCR-熒光探針?lè)ㄅcPCR-反向點(diǎn)雜交法、測(cè)序結(jié)果的對(duì)比 對(duì)PCR-熒光探針?lè)鞔_分型的55份標(biāo)本和2例基因分型不確定的標(biāo)本,進(jìn)行PCR-反向點(diǎn)雜交法、巢式PCR測(cè)序法檢測(cè)。三種結(jié)果比較發(fā)現(xiàn),PCR-熒光探針?lè)鞔_分型的55份標(biāo)本,PCR-反向點(diǎn)雜交法、巢式PCR測(cè)序法分型結(jié)果與其均一致。2例基因分型不確定的標(biāo)本,PCR-反向點(diǎn)雜交法也未能分型,測(cè)序法分型其中1例3a型,另外1例也未分出型。三種分型方法的一致率為98.2%(56/57),差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。見(jiàn)表1。
圖1 PCR-熒光探針?lè)℉CV基因分型結(jié)果Fig.1 Genotype for hepatitis C by PCR-fluorescent probe Note: A. FAM channel positive curve; B. JOE channel positive curve.
表2 不同基因型的丙型肝炎患者部分臨床指標(biāo)比較
表1 PCR-熒光探針?lè)ㄅcPCR-反向點(diǎn)雜交法、測(cè)序法分型結(jié)果的比較(例)
2.4不同基因型的丙型肝炎患者治療前部分臨床指標(biāo)比較 289 例慢性丙型肝炎患者中,1b 基因型患者 ALT、AST、PLT 和 HCVRNA(lg)水平均高于 2a 基因型患者,差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。1b 基因型和2a 基因型患者的 WBC 和 Hb 水平比較無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P>0.05)。3a有8例,3b有5例,不參與比較。見(jiàn)表2。
HCV呈全球性流行,不同性別、年齡、種族人群均對(duì)HCV易感[4]。據(jù)WHO統(tǒng)計(jì),全球HCV的感染率約為3%,估計(jì)約1.85億人感染,每年因HCV感染導(dǎo)致的死亡病例約35萬(wàn)例[5,6]。HCV基因組呈現(xiàn)高度異質(zhì)性,根據(jù)HCV基因組核苷酸序列的差異程度,可將HCV分為6個(gè)基因型和70多種亞型[7,8]。
我國(guó)HCV感染者不同地區(qū)、不同人群的基因型及亞型分布有很大差異。蘇迎盈[9]、聶紅明等[10]最新研究表明,中國(guó)流行最廣泛的HCV基因亞型為1b及2a,以1b型為主,基因2a型的比例由南向北逐漸增高;北方地區(qū)基因型較單一,以1b和2a型為主;南方地區(qū)以1b型為主,2a、3a、3b及6a型各自占較大比例;隨著時(shí)間推移,全國(guó)各地亞型類(lèi)型逐年增多。本研究發(fā)現(xiàn),甘肅省慶陽(yáng)地區(qū)HCV基因型呈現(xiàn)多基因型分布特點(diǎn),和我國(guó)北方大部分地區(qū)略有不同,以1b型和2a型為主,但2a型和1b型的比例相當(dāng),其中1b型139例(48.1%),2a型136例(47.1%),呈現(xiàn)出2a 型比例升高,1b型下降的趨勢(shì),這和彭雪彬等[11]報(bào)道有部分一致性。其他亞型相對(duì)較少,3a型為2.8%(PCR-熒光探針?lè)z出7例,測(cè)序法檢出1例),3b型為1.7%。說(shuō)明慶陽(yáng)地區(qū)近幾年由于流動(dòng)人口、獻(xiàn)血者、涉毒人員等因素,HCV基因型分布狀況在迅速發(fā)生改變。本研究同時(shí)發(fā)現(xiàn)1b基因型患者ALT、AST、PLT和HCVRNA(lg)水平均高于2a基因型患者(P<0.05),而1b 基因型和2a 基因型患者的WBC和Hb 水平比較無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,和聶紅明等[12]報(bào)道一致。ALT 和AST可以提示肝臟炎性反應(yīng)的程度,不同基因型患者肝細(xì)胞損害的嚴(yán)重程度可能也有差別,1b型患者可能更容易出現(xiàn)肝臟損害。
HCV RNA基因分型結(jié)果有非常重要的臨床意義,有助于判定HCV治療的難易程度及制定抗病毒治療的個(gè)體化方案?;驕y(cè)序被認(rèn)為是目前HCV分型的金標(biāo)準(zhǔn),但其操作繁瑣、程序復(fù)雜、成本過(guò)高,難以對(duì)較大樣本進(jìn)行分析,因此在臨床工作中不可行。近年來(lái)有一些新的HCV 分型方法相繼被報(bào)道,如限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)分析法、型特異性引物PCR 法、型特異性探針核酸雜交分析法和基因芯片法等,這些方法的特異度和靈敏度有較大差異,也存在儀器設(shè)備復(fù)雜、操作繁瑣、檢測(cè)時(shí)間長(zhǎng)、成本高等缺點(diǎn),亦不能滿(mǎn)足臨床需求[13]。本研究采用PCR-熒光探針?lè)ǚ治鰬c陽(yáng)地區(qū)HCV患者基因型,289 份標(biāo)本中除2例HCV 基因分型不確定外,其余均被PCR-熒光探針?lè)z出。此方法的靈敏度高,特異度為100%,重復(fù)性良好,并且其CV 值<10%。與PCR-反向點(diǎn)雜交法、巢式PCR測(cè)序法比較,三種方法分型結(jié)果均一致,準(zhǔn)確度為100%。2例基因分型不確定的標(biāo)本,測(cè)序法分型其中1例3a型,可能是由于此標(biāo)本3a亞型的濃度偏低以至于PCR-熒光探針?lè)](méi)有分出。綜上所述,PCR-熒光探針?lè)ǚ中驮噭└鞣矫嫘阅芰己?,可滿(mǎn)足臨床HCV 基因分型檢測(cè)的需求,優(yōu)于之前的類(lèi)似研究[14]。
由于本研究納入樣本數(shù)量較少,在時(shí)間選擇上比較局限,這些均有可能對(duì)研究結(jié)果造成一定的影響。在接下來(lái)的研究中,我們會(huì)進(jìn)一步對(duì)PCR-熒光探針?lè)ǚ中驮噭┑男阅茉u(píng)價(jià)、慶陽(yáng)地區(qū)HCV基因型分布特征、HCV基因型臨床意義等進(jìn)行大樣本的分析研究。
[1] 廖 峭,許 茹,王 敏,等.廣州無(wú)償獻(xiàn)血人群中丙型肝炎抗體陽(yáng)性者HCV基因型與病毒載量的關(guān)系[J].中國(guó)免疫學(xué)雜志,2012,28(3):242-245.
[2] 馬洪濱,李永利,劉立明,等.HCV RNA 基因分型多色熒光PCR 篩查和確認(rèn)方法的建立[J].中國(guó)臨床醫(yī)師雜志(電子版),2012,6(1):82-86.
[3] 中華醫(yī)學(xué)會(huì)肝病學(xué)分會(huì),中華醫(yī)學(xué)會(huì)感染病學(xué)分會(huì).丙型肝炎防治指南(2015更新版)[J].中華肝臟病雜志,2015,23(12):906-923.
[4] Kirat Gill,Hasmik Ghazinian,Richard Manch,etal.Hepatitis C virus as a systemic disease:reaching beyond the liver [J].Hepatol Int,2016,10(3):415-423.
[5] WHO.Guidelines for the screening,care and treatment of persons with hepatitis C infection [EB /OL].[2014-04]http://www.who.Int/hepatitis/publications/hepatitis-c-guidelines/en/.
[6] Nicholas J Burstow,Zameer Mohamed,Asmaa I Gomaa,etal.Hepatitis C treatment:Where are we now[J].Int J Gen Med,2017,10:39-52.
[7] Nan Nwe Win,Shingo Nakamoto,Tatsuo Kanda,etal.Discrepancy between hepatitis C virus genotypes and NS4-based serotypes.association with their subgenomic sequences [J].Int J Mol Sci,2017,18(1):172.
[8] Rao H,Wei L,Lopez-Talavera JC,etal.Distribution and clinical correlates of viral and host genotypes in Chinese patients with chronic hepatitis C virus infection[J].J Gastroenterol Hepatol,2014,29(3):545-553.
[9] 蘇迎盈,劉慧鑫,汪 寧.中國(guó)丙型肝炎病毒基因型分布[J].中華流行病學(xué)雜志,2013,34(1):80-84.
[10] 聶紅明,陳建杰,汪 蓉,等.中國(guó)漢族人群慢性丙型肝炎病毒基因型分布規(guī)律研究[J].中華流行病學(xué)雜志,2012,33(5):501-504.
[11] 彭雪彬,毛小榮,陳 紅.甘肅地區(qū)漢族HCV 基因分型相關(guān)分析[J].臨床肝膽病雜志,2013,29(11):828-831.
[12] 聶紅明,陳建杰,董慧琳,等.我國(guó)丙型肝炎病毒基因1 型與非基因1 型的臨床特征分析[J].臨床肝膽病雜志,2012,28(6):439-442.
[13] 吳 濤,梁華芳,熊 璐,等.PCR-熒光探針?lè)ㄔ谥袊?guó)HCV常見(jiàn)基因型檢測(cè)中的意義[J].中華臨床感染病雜志,2017,10(1):37-42.
[14] 袁小珍,陳偉烈,魏紹靜,等.實(shí)時(shí)熒光PCR技術(shù)在丙型肝炎病毒基因型檢測(cè)中的應(yīng)用[J].廣東醫(yī)學(xué),2011,32(5):582-584.
[收稿2017-04-16 修回2017-06-29]
(編輯 張曉舟)
·啟事·
《臨床肝膽病雜志》2018年征稿征訂
《臨床肝膽病雜志》于1985年創(chuàng)刊。是中華人民共和國(guó)教育部主管、吉林大學(xué)主辦、中華醫(yī)學(xué)會(huì)肝病學(xué)分會(huì)學(xué)術(shù)支持的我國(guó)首個(gè)肝膽胰疾病專(zhuān)業(yè)雜志???hào)ISSN 1001-5256,CN 22-1108/R。
本刊在2016年《中國(guó)科技期刊引證報(bào)告(核心版)》中影響因子為1.127;在擴(kuò)展版中影響因子為1.428。在15種消化病學(xué)類(lèi)核心期刊中,影響因子和綜合評(píng)價(jià)總分均位列第三。
本刊為“中國(guó)科技論文統(tǒng)計(jì)源期刊”(中國(guó)科技核心期刊)。被俄羅斯《文摘雜志》(AJ)、美國(guó)《化學(xué)文摘》(CA)、美國(guó)《劍橋科學(xué)文摘》(CSA)、波蘭《哥白尼索引》(IC)、英國(guó)《國(guó)際農(nóng)業(yè)與生物科學(xué)研究中心》(CABI)、世界衛(wèi)生組織《西太平洋地區(qū)醫(yī)學(xué)索引》(WPRIM)等海內(nèi)外二十家數(shù)據(jù)庫(kù)收錄。
本刊設(shè)有述評(píng)、防治指南、專(zhuān)家論壇、論著、病例報(bào)告、綜述、學(xué)術(shù)爭(zhēng)鳴、臨床病例討論、國(guó)外期刊精品文章簡(jiǎn)介等欄目。刊載內(nèi)容實(shí)行肝膽胰并重、內(nèi)外科并重、中西醫(yī)并重、臨床與基礎(chǔ)并重,歡迎投稿。
本刊為月刊,全年12期,每期200頁(yè),16開(kāi)本,每月20日發(fā)行,每期定價(jià)25元。國(guó)內(nèi)外公開(kāi)發(fā)行,可從全國(guó)各地郵局訂購(gòu),郵發(fā)代號(hào)12-80;也可直接從本刊編輯部郵購(gòu)。
通信地址:吉林省長(zhǎng)春市朝陽(yáng)區(qū)東民主大街519號(hào) 《臨床肝膽病雜志》編輯部 130061。
聯(lián)系電話:0431-88782542/3542電子信箱:lcgdb@vip.163.com官方網(wǎng)站:lcgdbzz.org
官方微博:http://weibo.com/lcgdbzz官方微信:lcgdbzz1985
遠(yuǎn)程投稿:http://lcgd.cbpt.cnki.net/EditorA2N/index.aspx?t=1&mid=lcgd
GenotypingofhepatitisCvirusbyPCR-fluorescentprobeinQingyangarea
HOUJuan-Juan,ZHANGZhi-Feng,ZHANGJi-Ping,XIWei-Yue,ZHENGHong-Jun,ZHAOHai-Yan,LIJuan.
ClinicalLaboratory,thePeople′sHospitalofQingyangCity,Qingyang745000,China
Objective:To detect the genotyping of hepatitis C virus by PCR-fluorescent probe in Qingyang area,and to evaluate the performance of PCR-fluorescent probe.MethodsThe clinical data and peripheral venous blood of patients with HCV were collected(n=289).PCR-fluorescent probe was used to detect the genotype and HCV RNA of hepatitis C virus,and compare with PCR reverse dot blot,RT nested-PCR.ResultsAmong 289 samples detected by PCR-fluorescent probe,the rate of genotyping of hepatitis C virus was 99.3%(287/289),and 139 for 1b(48.1%),136 for 2a(47.1%),7 for 3a(2.4%),5 for 3b(1.7%),2 for unknow(0.7%).The specificity and efficiency was 100%,better repeatability,consistent with PCR reverse dot blot and RT nested-PCR(98.2%,P>0.05).The ALT,AST,PLT and HCVRNA(lg)for 1b patients was higher than 2a(P<0.05).ConclusionMulti-genotype distribution of HCV was revealed in the hepatitis C patients of Qingyang,1b and 2a were the main genotypes,and the ratio was equal,2a was increased,1b was declined.The sensibility and specificity was higher for PCR-fluorescent probe,and could be used in clinic.
PCR-fluorescent probe method;Qingyang;Hepatitis C virus;Genotype
①本文為甘肅省衛(wèi)生行業(yè)科研計(jì)劃項(xiàng)目(GSWSKY-2014-49)。
R446.9R512.6
A
1000-484X(2017)10-1526-04
10.3969/j.issn.1000-484X.2017.10.017
侯娟娟(1983年- ),女,碩士,副主任檢驗(yàn)師,主要從事臨床免疫學(xué)與分子生物學(xué)方面研究,E-mail:997336471@qq.com。