1996年8月，黨中央、國務(wù)院經(jīng)過反復(fù)研究、多次論證，正式?jīng)Q定將重慶設(shè)立為繼北京、天津、上海之后的第四個(gè)中央直轄市，并決定于次年召開的八屆人大五次會議審議通過后實(shí)施。同年9月5日，中共中央、國務(wù)院批復(fù)了中共四川省委、省人民政府上報(bào)的《關(guān)于委托重慶市代管萬縣市、涪陵市和黔江地區(qū)的請示》。9月15日，重慶市正式代四川省對“兩市一地”行使黨政、經(jīng)濟(jì)與社會發(fā)展及三峽庫區(qū)移民工作等方面的管理職能。為解決代管后重慶市農(nóng)村人口增多，面積擴(kuò)大，移民任務(wù)重等問題，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，重慶市相繼增設(shè)了移民、扶貧、農(nóng)業(yè)和農(nóng)村工作等機(jī)構(gòu)，為重慶直轄市的正式設(shè)立奠定了組織基礎(chǔ)。

1997年3月14日，全國人大八屆五次會議審議通過了關(guān)于設(shè)立重慶直轄市的議案，作出了《關(guān)于批準(zhǔn)設(shè)立重慶直轄市的決定》，其內(nèi)容包括：“一、批準(zhǔn)設(shè)立重慶直轄市，撤銷原重慶市。二、重慶直轄市管轄原重慶市、萬縣市、涪陵市和黔江地區(qū)所轄行政區(qū)域。三、重慶直轄市設(shè)立后，由國務(wù)院依據(jù)憲法和有關(guān)法律的規(guī)定，對其管轄的行政區(qū)域的建置和劃分作相應(yīng)的調(diào)整?！敝链耍貞c完成了第三次成為中央政府直轄市的法律程序。

6月18日，重慶市舉行隆重的直轄市掛牌揭幕儀式。隨著中共重慶市委、市人大、市政府、市政協(xié)、市紀(jì)委等組織機(jī)構(gòu)的相繼更換，新的重慶直轄市正式建立，重慶的經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展從此進(jìn)入一個(gè)新的歷史時(shí)期。

“大城市、大農(nóng)村”特點(diǎn)

重慶直轄后，根據(jù)全國人大八屆五次會議《關(guān)于批準(zhǔn)設(shè)立重慶直轄市的決定》，原四川省萬縣市、涪陵市和黔江地區(qū)所轄行政區(qū)域并入重慶，從而使得重慶的行政區(qū)域進(jìn)一步擴(kuò)大，人口增多，下轄區(qū)、市、縣也由1995年的21個(gè)（區(qū)11個(gè)、縣級市3個(gè)、縣7個(gè)），增加到43個(gè)（區(qū)16個(gè)、縣級市4個(gè)、縣<自治縣>23個(gè)）。其中，從萬縣市劃入龍寶、天城、五橋3個(gè)區(qū)，開縣、忠縣、梁平縣、云陽縣、奉節(jié)縣、巫山縣、巫溪縣、城口縣8個(gè)縣，區(qū)域面積為29485.17平方公里，人口為835萬余人；從涪陵市劃入枳城、李渡2個(gè)區(qū)，南川1個(gè)市以及墊江、豐都、武隆3個(gè)縣，區(qū)域面積為12754.36平方公里，人口為367萬余人；從黔江地區(qū)劃入黔江土家族苗族自治縣、石柱土家族自治縣、彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、秀山土家族苗族自治縣5個(gè)少數(shù)民族自治縣，區(qū)域面積為16922平方公里，人口為276萬余人。

重慶直轄市的建立，是繼1983年重慶市與永川地區(qū)合并、1994年重慶主城7區(qū)進(jìn)行大規(guī)模區(qū)劃調(diào)整之后，重慶建置與區(qū)劃史上的又一次重大變化。直轄后的重慶，無論是行政區(qū)劃、區(qū)域面積或是人口數(shù)量，都較直轄前有了大幅度的增加。以行政區(qū)劃論，從先前的21個(gè)區(qū)、市、縣，增加到43個(gè)區(qū)、市、縣，增加了一倍還多；從區(qū)域面積看，從先前的23113.95平方公里，增加到82402.95平方公里，增加了3倍有余；從人口數(shù)量看，從先前的1500萬余，增加到3022萬余，也增加了一倍有余。與直轄前相比，此時(shí)的重慶具有明顯的“大城市、大農(nóng)村”特點(diǎn)。

除此之外，重慶的市情也極為特殊、復(fù)雜。構(gòu)成重慶直轄市基礎(chǔ)的原重慶市、萬縣市、涪陵市和黔江地區(qū)，在20世紀(jì)后期都經(jīng)歷了較為頻繁、復(fù)雜的行政區(qū)劃變遷和行政體制調(diào)整。到1997年重慶直轄之初，新的重慶直轄市包括了原1個(gè)中央計(jì)劃單列市（副省級市）、2個(gè)地級市和1個(gè)地區(qū)。在所轄的43個(gè)區(qū)、市、縣中，既有由原重慶市直管的（21個(gè)區(qū)、縣、市），也有由萬縣市、涪陵市、黔江地區(qū)代管的（22個(gè)區(qū)、縣、市）；既有正廳級的區(qū)，也有副廳級的區(qū)，還有縣級區(qū)、縣級市，以及一般的縣和5個(gè)少數(shù)民族自治縣。

面對如此復(fù)雜的行政體制與行政區(qū)劃，直轄后的中共重慶市委、市人民政府，遵照中央提出的“思想領(lǐng)先、平穩(wěn)過渡”的總體要求，按照《中華人民共和國憲法》中有關(guān)“直轄市”體制的基本規(guī)定，本著減少行政管理層級、構(gòu)建規(guī)范的直轄市行政管理新體制的目的，結(jié)合重慶實(shí)際，于1998年和2000年先后兩次對重慶市的行政管理體制與行政區(qū)劃進(jìn)行了調(diào)整。

“兩市一地”重新調(diào)整區(qū)劃

重慶直轄市設(shè)立后，中共重慶市委、重慶市人民政府根據(jù)全國人大八屆五次會議關(guān)于“重慶直轄市設(shè)立以后，由國務(wù)院依據(jù)憲法和有關(guān)法律規(guī)定，對其管轄的行政區(qū)域的建置和劃分作相應(yīng)的調(diào)整”的規(guī)定，結(jié)合重慶實(shí)際，在經(jīng)過一段時(shí)期的調(diào)研之后，形成了萬縣市、涪陵市以及黔江地區(qū)行政體制與區(qū)劃的調(diào)整方案，并于1997年7月30日正式向國務(wù)院上報(bào)了《中共重慶市委、重慶市人民政府關(guān)于萬縣市、涪陵市、黔江地區(qū)管理體制調(diào)整方案的請示》。12月20日，中共中央辦公廳、國務(wù)院辦公廳批復(fù)中共重慶市委和市人民政府，同意重慶市的請示。

1998年2月20日，中共重慶市委、市人民政府聯(lián)合印發(fā)《貫徹中共中央辦公廳、國務(wù)院辦公廳關(guān)于萬縣市、涪陵市、黔江地區(qū)行政體制調(diào)整批復(fù)的實(shí)施意見》，其內(nèi)容包括：

一、撤銷萬縣市及其所轄的龍寶區(qū)、天城區(qū)、五橋區(qū)，設(shè)立重慶市萬縣區(qū)（1998年5月更名為萬州區(qū)）。萬縣區(qū)管轄原萬縣市所屬龍寶、天城、五橋3個(gè)區(qū)的行政區(qū)域。同時(shí)設(shè)立重慶市萬縣移民開發(fā)區(qū)（1998年5月更名為萬州移民開發(fā)區(qū)）。開發(fā)區(qū)設(shè)置中共重慶市萬縣移民開發(fā)區(qū)工作委員會（簡稱黨工委）和重慶市萬縣移民開發(fā)區(qū)管理委員會（簡稱管委會），作為中共重慶市委、市人民政府的派出機(jī)構(gòu)，分別與萬縣區(qū)的區(qū)委、區(qū)政府實(shí)行一套機(jī)構(gòu)，兩塊牌子。萬縣移民開發(fā)區(qū)黨工委和管委會，受市委、市政府委托，代管原萬縣市所轄且有移民任務(wù)的忠縣、云陽縣、奉節(jié)縣、開縣、巫山縣、巫溪縣等6個(gè)縣，原屬萬縣市但沒有移民任務(wù)的梁平縣、城口縣，則由重慶市直接管理。

二、撤銷涪陵市及其所轄的枳城區(qū)、李渡區(qū)，設(shè)立重慶市涪陵區(qū)。涪陵區(qū)管轄原涪陵市所轄枳城區(qū)、李渡區(qū)2個(gè)區(qū)的行政區(qū)域。原涪陵市所轄的南川市以及墊江縣、豐都縣、武隆縣4個(gè)縣市，由重慶市直接管理。

三、撤銷黔江地區(qū)，設(shè)立重慶市黔江開發(fā)區(qū)，開發(fā)區(qū)設(shè)置中共重慶市黔江開發(fā)區(qū)工作委員會和重慶市黔江開發(fā)區(qū)管委會，作為中共重慶市委、市人民政府的派出機(jī)構(gòu)，并受市委、市政府委托，代管原黔江地區(qū)所轄的黔江、石柱、彭水、酉陽、秀山等5個(gè)少數(shù)民族自治縣。

2月22日，中共重慶市委、市人民政府召開會議，傳達(dá)學(xué)習(xí)《中共中央辦公廳、國務(wù)院辦公廳關(guān)于萬縣市、涪陵市、黔江地區(qū)行政體制調(diào)整的批復(fù)》，全面部署萬縣市、涪陵市、黔江地區(qū)行政體制的調(diào)整工作。

經(jīng)過調(diào)整，重慶市所屬行政區(qū)劃由原來的43個(gè)減少到40個(gè)，即由原來的16個(gè)區(qū)、4個(gè)市、23個(gè)縣，調(diào)整為13個(gè)區(qū)、4個(gè)市、23個(gè)縣。其中由重慶市直管的有29個(gè)區(qū)、市、縣，由萬州、黔江開發(fā)區(qū)代管的有11個(gè)區(qū)、市、縣。

直轄后第二次大規(guī)模調(diào)整

隨著重慶經(jīng)濟(jì)社會的發(fā)展和形勢的變化，重慶直轄之初形成的具有明顯過渡性質(zhì)的行政管理體制，在具體的運(yùn)行中逐漸暴露出關(guān)系不順、管理不順等問題，且這些問題很難在原有的行政體制內(nèi)得到有效解決。

為此，中共重慶市委、市人民政府于1999年10月組成專題調(diào)研組，在深入調(diào)查的基礎(chǔ)上，經(jīng)過多次研究，形成了新的調(diào)整方案。2000年6月，重慶市人民政府向國務(wù)院上報(bào)了《重慶市人民政府關(guān)于撤銷萬州移民開發(fā)區(qū)和黔江開發(fā)區(qū)及撤銷黔江土家族苗族自治縣設(shè)立黔江區(qū)的請示》并得到國務(wù)院的批準(zhǔn)。7月，中共重慶市委、市人民政府對全市行政管理體制與行政區(qū)劃進(jìn)行了直轄后的第二次大規(guī)模調(diào)整，具體調(diào)整方案為：

一、撤銷萬州移民開發(fā)區(qū)，保留萬州區(qū)，原萬州移民開發(fā)區(qū)代管的忠縣、云陽、開縣、奉節(jié)、巫山和巫溪6個(gè)縣，由重慶市直管。同時(shí)將原萬州區(qū)所屬的龍寶、天城、五橋3個(gè)管委會更名為龍寶、天城、五橋3個(gè)移民開發(fā)區(qū)，作為萬州區(qū)委、區(qū)政府的派出機(jī)構(gòu)。

二、撤銷黔江開發(fā)區(qū)和黔江土家族苗族自治縣，設(shè)立黔江區(qū)，管理原黔江土家族苗族自治縣的行政范圍。新成立的黔江區(qū)及原黔江開發(fā)區(qū)所屬的酉陽、秀山、彭水、石柱4個(gè)少數(shù)民族自治縣，均由重慶市直接管理。

至此，全市40個(gè)區(qū)、市、縣（自治縣）均由直轄的重慶市直接管理。

通過此次調(diào)整，不僅解決了重慶市先前存在的“一市數(shù)制”的問題，理順了此前行政管理體制中存在的“直管”與“彎管”的矛盾，而且減少了中間層次和管理環(huán)節(jié)。使直轄前的“省—地（市）—區(qū)、縣、市—區(qū)公所—鄉(xiāng)、鎮(zhèn)”五級管理層次，減化為“市—區(qū)、縣、市—鄉(xiāng)、鎮(zhèn)”的三級管理層，從而大大節(jié)約了行政成本，提高了工作效率，標(biāo)志著重慶直轄市行政管理體制基本形成。

到了年底，重慶市共設(shè)有14個(gè)區(qū)、4個(gè)縣級市、22個(gè)縣。其中，14個(gè)區(qū)分別為：萬州區(qū)、涪陵區(qū)、渝中區(qū)、大渡口區(qū)、江北區(qū)、沙坪壩區(qū)、九龍坡區(qū)、南岸區(qū)、北碚區(qū)、萬盛區(qū)、雙橋區(qū)、渝北區(qū)、巴南區(qū)、黔江區(qū)；4個(gè)縣級市分別為：江津市、合川市、永川市、南川市；22個(gè)縣分別為：長壽縣、綦江縣、潼南縣、銅梁縣、大足縣、榮昌縣、璧山縣、開縣、忠縣、梁平縣、云陽縣、奉節(jié)縣、巫山縣、巫溪縣、城口縣、墊江縣、武隆縣、豐都縣、石柱土家族自治縣、彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、秀山土家族苗族自治縣。