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        中國(guó)科學(xué)家Nature Genetics上發(fā)表金絲猴屬物種高海拔適應(yīng)遺傳機(jī)制研究成果

        2016-11-04 08:29:50
        科學(xué)中國(guó)人 2016年9期
        關(guān)鍵詞:物種

        金絲猴屬(Rhinopithecus)屬于靈長(zhǎng)目,猴科,疣猴亞科,包括5個(gè)近緣物種:滇金絲猴(R.bieti),怒江金絲猴(R.strykeri ),川金絲猴(R. roxellana)、黔金絲猴(R. brelichia)和越南金絲猴(R. avunculus)。所有物種均被列為紅色物種名錄瀕危物種。除了重要保護(hù)生物學(xué)價(jià)值,金絲猴屬物種不僅發(fā)展出以樹(shù)葉為食的特化食性,而且占據(jù)了從低海拔到高海拔的生境類型(800-4500m)。黔金絲猴和越南金絲猴分別生活在中國(guó)貴州和越南北部的低地山區(qū),滇金絲猴,川金絲猴和怒江金絲猴生活在西藏和中國(guó)中部不同的高海拔區(qū)域。尤其是滇金絲猴,目前僅存于我國(guó)滇藏交界的高寒森林中,海拔高度都在4000米左右, 是除人類外世界海拔分布最高的靈長(zhǎng)類動(dòng)物。金絲猴屬物種為研究動(dòng)物對(duì)高海拔環(huán)境適應(yīng)性進(jìn)化遺傳機(jī)制提供了很好的動(dòng)物模型。近年來(lái)基因組學(xué),特別是進(jìn)化基因組學(xué)的發(fā)展,為系統(tǒng)和整體的揭示自然選擇的遺傳機(jī)制提供了前所未有的機(jī)會(huì)。

        云南大學(xué)于黎研究員課題組,中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所張亞平院士課題組, 中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所陳勇斌課題組、芝加哥大學(xué)吳仲義教授課題組、和北京基因組所強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合,成立聯(lián)合攻關(guān)團(tuán)隊(duì),對(duì)金絲猴屬物種高海拔環(huán)境適應(yīng)遺傳機(jī)制開(kāi)展研究。首先,利用二代Ilumina HiSeq2000測(cè)序平臺(tái),對(duì)一只滇金絲猴進(jìn)行denovo測(cè)序,并與其他哺乳動(dòng)物的比較基因組分析顯示:滇金絲猴中顯著擴(kuò)張基因家族中的基因顯著富集在DNA修復(fù)和氧化磷酸化過(guò)程。此外,對(duì)滇金絲猴和獼猴多個(gè)組織進(jìn)行RNA測(cè)序和比較轉(zhuǎn)錄組分析顯示:能量代謝相關(guān)組織(心臟和肌肉)中高表達(dá)基因富集在與氧化磷酸化和心臟肌肉收縮相關(guān)通路。

        接下來(lái),對(duì)同屬的黔金絲猴,怒江金絲猴和越南金絲猴各一個(gè)個(gè)體進(jìn)行全基因組重測(cè)序,并結(jié)合已經(jīng)發(fā)表的川金絲猴denovo基因組,通過(guò)比較基因組學(xué)分析,在三個(gè)高海拔金絲猴物種中(滇金絲猴,怒江金絲猴和川金絲猴)發(fā)現(xiàn)6個(gè)基因中的8個(gè)共有氨基酸替換,與肺功能,DNA修復(fù)和血管生成相關(guān)。對(duì)其中與DNA修復(fù)相關(guān)的CDT1的紫外輻照實(shí)驗(yàn)表明突變型相對(duì)于野生型具有更強(qiáng)的穩(wěn)定性。推測(cè)突變有助于金絲猴在高海拔環(huán)境中對(duì)紫外線的抵抗。對(duì)與血管生成相關(guān)的RNASE4基因檢測(cè)發(fā)現(xiàn)突變型在誘導(dǎo)HUVEC細(xì)胞生成管狀結(jié)構(gòu)方面具有更高活性。推測(cè)突變可能增強(qiáng)RNASE4的血管生成能力,有助于金絲猴適應(yīng)高海拔環(huán)境。最后,對(duì)滇金絲猴一個(gè)群體(20個(gè)個(gè)體)和川金絲猴三個(gè)群體(26個(gè)個(gè)體)進(jìn)行基因組掃描,發(fā)現(xiàn)了群體之間的重疊和各群體特異的受選擇基因,這些基因與DNA修復(fù),心臟和血管發(fā)育,缺氧反應(yīng),能量代謝和血管生成相關(guān)。

        本研究基于多層次研究,包括種上和群體的基因組序列分析,轉(zhuǎn)錄組和功能實(shí)驗(yàn),發(fā)現(xiàn)與金絲猴物種適應(yīng)高海拔環(huán)境相關(guān)的遺傳機(jī)制。以非人靈長(zhǎng)類為研究模型,為高海拔適應(yīng)這一復(fù)雜性狀提供一個(gè)新的和更全面的揭示。該研究結(jié)果以封面文章發(fā)表于Nature Genetics上(Yu et al. 2016. Genomic analysis of snub-nosed monkeys (Rhinopithecus) identifies genes and processes related to high-altitude adaptation, Nature Genetics, 48, 947-952)。于黎研究員,吳仲義教授和張亞平院士為論文的通訊作者。

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