李龍萍,匡小燕,李化梅,鄧 飛
(1.貴陽(yáng)市公共衛(wèi)生救治中心 病理科, 貴州 貴陽(yáng) 550004;2.遵義醫(yī)藥高等專科學(xué)校附屬醫(yī)院 病理科, 貴州 遵義 563002; 3.遵義醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院 病理科,貴州 遵義 563099)
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(編輯:王靜)
非霍奇金淋巴瘤中p16基因微衛(wèi)星不穩(wěn)定和雜合性缺失
李龍萍1,匡小燕2,李化梅2,鄧飛3
(1.貴陽(yáng)市公共衛(wèi)生救治中心 病理科, 貴州 貴陽(yáng)550004;2.遵義醫(yī)藥高等??茖W(xué)校附屬醫(yī)院 病理科, 貴州 遵義 563002; 3.遵義醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院 病理科,貴州 遵義563099)
[摘要]目的 探討p16基因微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(microsatellite instability,MSI)和雜合性缺失(loss of heterozygosity ,LOH)與非霍奇金淋巴瘤(Non-Hodgkin’s lymphoma,NHL)發(fā)生發(fā)展的關(guān)系。方法 選擇p16基因內(nèi)部4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)D9S265、D9S161、D9S259、D9S169,從石蠟包埋的存檔標(biāo)本中選取40例NHL組織和其對(duì)應(yīng)的自身正常對(duì)照組織,提取DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,應(yīng)用PCR-SSCP技術(shù)進(jìn)行MSI和LOH分析。結(jié)果 NHL組織中p16基因內(nèi)部4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)D9S265、D9S161、D9S259、D9S169。①各位點(diǎn)MSI頻率介于12.5%~27.5%,其中D9S259位點(diǎn)MSI頻率最高為11/40(27.5%),D9S161位點(diǎn)MSI頻率最低為5/40(12.5%);各位點(diǎn)LOH頻率介于12.5%~17.5%,其中D9S169位點(diǎn)LOH頻率最高為7/40(17.5%),D9S259位點(diǎn)LOH頻率最低為5/40(12.5%)。②NK/T細(xì)胞淋巴瘤D9S161和D9S259位點(diǎn)MSI陽(yáng)性組均高于B細(xì)胞淋巴瘤MSI陽(yáng)性組,而D9S265和D9S169則與之相反(P>0.05)。NK/T細(xì)胞淋巴瘤D9S265位點(diǎn)LOH陽(yáng)性組與B細(xì)胞淋巴瘤LOH陽(yáng)性組比較,兩者之間差異有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.01)。結(jié)論 ①NHL中p16基因既存在MSI,又存在LOH,p16基因可能是NHL候選抑癌基因之一。②微衛(wèi)星位點(diǎn)D9S265、D9S169與B細(xì)胞淋巴瘤關(guān)系較緊密,而D9S161、D9S259與NK/T細(xì)胞淋巴瘤關(guān)系較緊密。
[關(guān)鍵詞]非霍奇金淋巴瘤;p16基因;微衛(wèi)星不穩(wěn)定性;雜合性缺失
非霍奇金淋巴瘤(Non-Hodgkin’s lymphomaNHL)是一類侵犯淋巴結(jié)或結(jié)外淋巴組織的淋巴系統(tǒng)惡性腫瘤。我國(guó)NHL約占惡性腫瘤的3%~4%[1],為惡性腫瘤第8位[2]。研究證實(shí),抑癌基因位點(diǎn)附近常頻發(fā)微衛(wèi)星DNA不穩(wěn)定性的改變[3]。p16蛋白是抑制CDK4的重要因子,在人類細(xì)胞遺傳學(xué)中研究發(fā)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞的9號(hào)染色體斷臂9p21區(qū)域有高頻率的純合缺失。有關(guān)非霍奇金淋巴瘤p16基因微衛(wèi)星位點(diǎn)的MSI和LOH的研究國(guó)內(nèi)外報(bào)道較少。
1 資料與方法
1.1一般資料所采用的標(biāo)本均取自2004年4月至2007年12月遵義醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院病理科已病理確診的NHL石蠟擋案材料40例:B細(xì)胞腫瘤27例(見圖1),NK/T細(xì)胞腫瘤13例(見圖2);所有標(biāo)本均為4%福爾馬林固定,石蠟包埋的組織。其中男30例,女10例,年齡5~75歲,平均年齡40歲。各病例中相對(duì)應(yīng)患者的外周血白細(xì)胞或腫瘤旁的正常組織,共40例,作為MSI和LOH分析的對(duì)照。
瘤細(xì)胞大小不等、形態(tài)多樣,有核分裂和核碎片散布。圖2 NK/T細(xì)胞性淋巴瘤HE染色(HE×200)
1.2引物設(shè)計(jì)選取p16基因內(nèi)部4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn):D9S265、D9S161、D9S259、D9S169,其位點(diǎn)示意圖(見圖3)。其引物設(shè)計(jì)參照Gene Bank,PCR所用引物由上海生工公司合成(見表1)。
圖3 p16基因內(nèi)部所選4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)示意圖
表1p16基因內(nèi)部4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)引物序列及擴(kuò)增片段大小
染色體位點(diǎn)引物序列擴(kuò)增片段D9S265上游引物:TGGTGAAGCCTATTCTTGGT88~90下游引物:CATTGGCAAAGTGTGCGD9S161上游引物:TGCTGCATAACAAATTAC-CAC121~133下游引物:CATGCCTAGACTCCTGATCCD9S259上游引物:GGCATCATTGCNCCAT138~138下游引物:GGATGGATCTTATGGGTG-GAAD9S169上游引物:AGAGACAGATCCAGATCCCA259~269下游引物:TAACAACTCACTGATTATTTA-AGGC
1.3實(shí)驗(yàn)方法
1.3.1DNA提取及濃度判定石蠟包埋組織切片厚度為8 μm,每個(gè)標(biāo)本切3~4塊,光鏡下微切割分離腫瘤和正常組織。石蠟切片經(jīng)脫蠟后使用德國(guó)qiagen公司DNA提取試劑盒抽提基因組DNA,全血基因組DNA使用BBI公司分離試劑盒提取DNA做對(duì)照,-20 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
1.3.2MSI位點(diǎn)引物的PCR擴(kuò)增 PCR反應(yīng)體系(體積50 μL):10×Buffer 5 μL, MgCl2(25 mmol/L) 4 μL,上游及下游引物0.5 μmmol/L,dNTPS(10 mmol/L) 1 μL,模板DNA 3 μL,Taq酶2 U。PCR儀擴(kuò)增:預(yù)變性:95 ℃,5 min;4 min時(shí)加Taq酶;變性:94 ℃,30 s;延伸:72 ℃,30 s,30次循環(huán),72 ℃延伸5 min。
1.3.3 微衛(wèi)星分析取PCR產(chǎn)物10 μL,加入5 μL變性載樣緩沖液混合,95 ℃變性10 min,迅速冰上驟冷;上樣于凝膠點(diǎn)樣孔中,接通電源,在300 V電壓下進(jìn)行電泳5 min后調(diào)至160 V,電泳2~3 h。SSCP分析需放入4度冰箱中電泳至二甲苯青接近下緣時(shí),關(guān)閉電源,取下凝膠,銀染后觀察結(jié)果。
1.3.4圖像分析及測(cè)序采用全自動(dòng)凝膠成像分析系統(tǒng),利用Genesnap軟件獲取圖像,Genetools軟件(版本3. 0)分析凝膠成像。
1.4結(jié)果判定將NHL的腫瘤組織與相對(duì)應(yīng)患者外周血白細(xì)胞PCR產(chǎn)物同時(shí)上樣比較,若腫瘤組織某一等位基因出現(xiàn)條帶的增多或位置的改變,即記錄為MSI,若腫瘤某一等位基因條帶完全缺失或密度降低50%以上,可記錄為L(zhǎng)OH。
1.5統(tǒng)計(jì)學(xué)方法采用SPSS 13.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行分析。兩組間比較采用連續(xù)性矯正χ2檢驗(yàn)和確切概率法檢驗(yàn)(continuity correctionain 2×2table, Fisher’s exact test in 2×2table),P<0.05為對(duì)比組間的差異有顯著意義,P<0.01為對(duì)比組間的差異有顯著意義。
2 結(jié)果
2.1NHL中p16基因內(nèi)部4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的MSI和LOH發(fā)生率(見表2)。
2.1.1D9S265、D9S161、D9S259、D9S1694個(gè)位點(diǎn)MSI的總陽(yáng)性率為50.0%(20/40),(見圖4),各位點(diǎn)MSI頻率介于12.5%~27.5%,分別為D9S265(22.5%)、D9S161(12.5%)、D9S259(27.5%)、D9S169(17.5%),其中D9S259位點(diǎn)MSI頻率最高為27.5%,D9S161位點(diǎn)MSI頻率最低為12.5%。
藍(lán)色箭頭:14#樣本腫瘤組織DNA電泳條帶較外周血白細(xì)胞DNA電泳條帶增加,定為MSI。M:50 bp DNA ladder;T:腫瘤組織;下標(biāo):表示樣本編號(hào);N:相應(yīng)對(duì)照?! D4 D9S265(90 bp)變性聚丙烯酰胺凝膠電泳圖
2.1.2D9S265、D9S161、D9S259、D9S1694個(gè)位點(diǎn)LOH的總陽(yáng)性率為37.5%(15/40),(見圖5),各位點(diǎn)LOH頻率介于12.5%~17.5%,分別為D9S265(15.0%)、D9S161(15.0%)、D9S259(12.5%)、D9S169(17.5%)。D9S169位點(diǎn)LOH頻率最高為17.5%,D9S259位點(diǎn)LOH頻率最低為12.5%。
綠色箭頭:14#樣本腫瘤組織DNA電泳條帶 較外周血白細(xì)胞DNA條帶數(shù)量減少,定義為L(zhǎng)OH。M:50 bp DNA ladder;T:腫瘤組織;下標(biāo):表示樣本編號(hào);N:相應(yīng)對(duì)照?! D5 D9S169(260 bp) 變性聚丙烯酰胺凝膠電泳圖
表2p16基因內(nèi)部4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)MSI和LOH發(fā)生率(%,n=40)
位點(diǎn)MSI陽(yáng)性率LOH陽(yáng)性率D9S2659(22.5)6(15.0)D9S1615(12.5)6(15.0)D9S25911(27.5)5(12.5)D9S1697(17.5)7(17.5)
2.2NHL中4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的MSI和LOH陽(yáng)性率比較
2.2.1NK/T細(xì)胞淋巴瘤、B細(xì)胞淋巴瘤中4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)MSI陽(yáng)性率分別介于7.7%~23.1%、7.4%~25.9%,其中NK/T細(xì)胞淋巴瘤D9S259位點(diǎn)的MSI陽(yáng)性組最高為23.1%,D9S265位點(diǎn)的MSI陽(yáng)性組最低為7.7%。B細(xì)胞淋巴瘤D9S169位點(diǎn)的MSI陽(yáng)性組最高為25.9%,D9S259位點(diǎn)的MSI陽(yáng)性組最低為7.4%。NK/T細(xì)胞淋巴瘤D9S161和D9S259位點(diǎn)MSI陽(yáng)性組的NHL發(fā)生率均高于B細(xì)胞淋巴瘤MSI陽(yáng)性組,而D9S265和D9S169則與之相反(P>0.05)(見表3)。
表3NHL 4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的MSI陽(yáng)性率比較
組別4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)MSI陽(yáng)性率(%)D9S265D9S161D9S259D9S169NK/T細(xì)胞淋巴瘤1/13(7.7)2/13(15.4)3/13(23.1)2/13(15.4)B細(xì)胞淋巴瘤6/27(22.2)4/27(14.8)2/27(7.4)7/27(25.9)P0.3310.9680.2040.110
分子表示NK/T、B細(xì)胞淋巴瘤例數(shù),分母表示4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)MSI+例數(shù),括號(hào)內(nèi)數(shù)字表示發(fā)生率(%),P值采用確切概率法計(jì)算。
2.2.2NK/T細(xì)胞淋巴瘤、B細(xì)胞淋巴瘤中4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)LOH陽(yáng)性率介于7.7%~23.1%、7.4%~25.9%,其中NK/T細(xì)胞淋巴瘤D9S259位點(diǎn)的LOH陽(yáng)性組最高為23.1%,D9S265位點(diǎn)的LOH陽(yáng)性組最低為7.7%。B細(xì)胞淋巴瘤D9S169位點(diǎn)的LOH陽(yáng)性組最高為25.9%,D9S259位點(diǎn)的LOH陽(yáng)性組最低為7.4%。NK/T細(xì)胞淋巴瘤D9S161、D9S259微衛(wèi)星位點(diǎn)LOH陽(yáng)性組均高于B細(xì)胞淋巴瘤LOH陽(yáng)性組,而D9S265、D9S169則與之相反,其中NK/T細(xì)胞淋巴瘤D9S265位點(diǎn)LOH陽(yáng)性組與B細(xì)胞淋巴瘤LOH陽(yáng)性組比較(P<0.01),兩者之間差異有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(見表4)。
表4NHL 4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的LOH陽(yáng)性率比較
組別4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)LOH陽(yáng)性率(%)D9S265D9S161D9S259D9S169NK/T細(xì)胞淋巴瘤2/13(7.7)2/13(15.4)1/13(23.1)1/13(15.4)B細(xì)胞淋巴瘤3/27(22.2)5/27(14.8)6/27(7.4)3/27(25.9)P0.0010.0110.3410.759
分子表示NK/T、B細(xì)胞淋巴瘤例數(shù),分母表示四個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)MSI+例數(shù),括號(hào)內(nèi)數(shù)字表示發(fā)生率(%),P值采用確切概率法計(jì)算。
3討論
惡性淋巴瘤是高度異質(zhì)性的淋巴系統(tǒng)惡性腫瘤,按腫瘤細(xì)胞來(lái)源可分為NK/T細(xì)胞淋巴瘤和B細(xì)胞淋巴瘤兩大類,其發(fā)病率在全球逐年升高。在我國(guó)腫瘤登記地區(qū),淋巴瘤的發(fā)病率和病死率居惡性腫瘤的第8位和第9位[4]。非霍奇金淋巴瘤治療效果較低,為20%~40%,研究引起該疾病的相關(guān)基因及其途徑,可以為增加NHL患者生存率作為新的靶點(diǎn)[5],新分子靶的發(fā)現(xiàn)用于治療的發(fā)展。而我們確定的腫瘤抑制基因在這些NHL亞型通用的LOH區(qū)域內(nèi),牽連到B細(xì)胞淋巴瘤[6]。
微衛(wèi)星(microsatellite, MS)是指一類由2~6個(gè)bp重復(fù)單位構(gòu)成的DNA序列,多位于基因編碼區(qū)附近[7]。微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MSI)主要表現(xiàn)為DNA結(jié)構(gòu)性等位基因的大小發(fā)生改變[8]。雜合性缺失(LOH)是一個(gè)位點(diǎn)上兩個(gè)多態(tài)性的等位基因中的一個(gè)或兩個(gè)出現(xiàn)缺失不能抑制惡性狀態(tài),細(xì)胞就轉(zhuǎn)化為癌細(xì)胞。目前新近的LOH研究還牽連到PTPRJ(蛋白酪氨酸磷酸酶受體J型),為新穎腫瘤抑制基因,使用PTPRJ的激動(dòng)劑肽和PTPRJ表達(dá)的微小RNA-328表達(dá)[9-10]致癌沉默。
p16基因又叫MTS(multiple tumor suppressor 1)基因,定位于人染色體9p21,由2個(gè)內(nèi)含子和3個(gè)外顯子組成。p16是比P53更重要的一種新型抗癌基因。有人把它比作細(xì)胞周期中的剎車裝置,一旦失靈則會(huì)最終導(dǎo)致細(xì)胞進(jìn)入惡性增殖,促進(jìn)腫瘤的發(fā)生和發(fā)展[11]。徐錦屏等[12]的研究顯示在NHL中p16蛋白陽(yáng)性率43.9%,并與惡性程度相關(guān)。
利用微衛(wèi)星多態(tài)性位點(diǎn)與抑癌基因緊密連鎖的關(guān)系,本研究選取p16基因內(nèi)部4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn):D9S265,D9S259,D9S161,D9S169對(duì)40例NHL進(jìn)行研究發(fā)現(xiàn): 4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)可以作為研究NHL的合適位點(diǎn),MSI和LOH可能在NHL的發(fā)生中起一定作用。
本實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明:NHL組織中p16基因內(nèi)部4個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)D9S265、D9S161、D9S259、D9S169,各位點(diǎn)MSI頻率介于12.5%~27.5%,其中D9S259的MSI發(fā)生頻率最高為27.5%(11/40),提示此處可能與NHL相關(guān),各位點(diǎn)LOH頻率介于12.5%~17.5%,其中D9S169的LOH發(fā)生頻率最高為17.5%(7/40),提示NHL可能與p16基因密切相關(guān)。NK/T細(xì)胞淋巴瘤D9S161和D9S259位點(diǎn)MSI陽(yáng)性組均高于B細(xì)胞淋巴瘤MSI陽(yáng)性組,提示D9S161、D9S259與NK/T細(xì)胞淋巴瘤關(guān)系緊密。提示NK/T細(xì)胞淋巴瘤D9S169和D9S265位點(diǎn)LOH陽(yáng)性組均高于B細(xì)胞淋巴瘤LOH陽(yáng)性組,D9S169、D9S265與B細(xì)胞淋巴瘤關(guān)系緊密。進(jìn)而也提示了D9S169與p16基因及B細(xì)胞淋巴瘤發(fā)生關(guān)系較緊密。
總之,國(guó)內(nèi)外研究發(fā)現(xiàn),人類惡性腫瘤中相當(dāng)普遍地存在p16基因的突變,微衛(wèi)星具有高度多態(tài)性、穩(wěn)定性好、突變率低(<0.04%)等特點(diǎn)。微衛(wèi)星的不穩(wěn)定增加了整個(gè)基因組的不穩(wěn)定性,從而促進(jìn)腫瘤的發(fā)生。從分子水平探討NHL中p16基因與MSI與LOH之間的關(guān)系,將是判斷NHL預(yù)后的一組具有重要意義的指標(biāo)。
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[收稿2015-12-30;修回2016-03-10]
(編輯:王福軍)
[基金項(xiàng)目]國(guó)家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(NO:30160030)。
[通信作者]鄧飛,男,博士,教授,碩士生導(dǎo)師,研究方向:惡性淋巴瘤,E-mail:mdproffeideng@hotmail.com。
[中圖法分類號(hào)]R733.4
[文獻(xiàn)標(biāo)志碼]A
[文章編號(hào)]1000-2715(2016)03-0284-05
Non-hodgkin’s lymphoma ofp16 gene microsatellite instability and loss of heterozygosity
LiLongping1,KuangXiaoyan2,LiHuamei2,DengFei3
(1.Department of Pathology,Guiyang Public Health Center, Guiyang Guizhou 550004,China;2.Department of Pathology,Affiliated Hospital of Zunyi City Pharmaceutical College, Zunyi Guizhou 563002,China;3.Department of Pathology,Affiliated Hospital of Zunyi Medical University,Zunyi Guizhou 563099,China)
[Abstract]Objective To study the p16 gene microsatellite instability (MSI) and loss of heterozygosity (LOH) and non-hodgkin's lymphoma (NHL).Methods Choose p16 gene within four microsatellite loci D9S265, D9S161, D9S259, D9S169, archive samples from paraffin embedding of 40 cases of NHL tissues and corresponding normal control group, to extract the DNA for PCR amplification, application of PCR -SSCP technology for MSI and LOH analysis.Results ① p16 gene in NHL organization was within four microsatellite loci D9S265, D9S161, D9S259, D9S169 . MSI frequency was between 12.5% - 27.5%, D9S259 loci MSI frequency up to 11/40 (27.5%), D9S161 loci MSI lowest frequency was 5/40 (12.5%).D9S265, D9S161, D9S259, D9S169 LOH frequency was between 12.5% - 17.5%. Including site D9S169 LOH frequency was up to 7/40 (17.5%), D9S259 loci LOH frequency min. 5/40 (12.5%).② In NK/T cell lymphoma D9S161 and D9S259 loci MSI positive group were higher than that of group B cell lymphoma MSI positive, while D9S265 and D9S169 in contrast (P>0.05). NK/T cell lymphoma D9S265 loci LOH positive group compared with B cell lymphoma LOH positive group (P<0.01), there are significant differences between the two groups.Conclusion ① the p16 gene exists in non-hodgkin's lymphoma microsatellite instability and loss of heterozygosity; p16 gene may be one of NHL candidate tumor suppressor genes.② Microsatellite loci D9S265, D9S169 and B cell lymphoma are closely related, while D9S161, D9S259 and NK/T cell lymphoma are closely related.
[Key words]non-hodgkin's lymphoma; p16 gene; microsatellite instability;loss of heterozygosity
臨床醫(yī)學(xué)研究