隨著中央《關于加強中國特色新型智庫建設的意見》的印發(fā)和25家機構(gòu)入選首批國家高端智庫建設試點單位，中國特色新型智庫建設進入了由國家統(tǒng)籌協(xié)調(diào)推進的新階段?？茖W推進中國特色新型智庫建設，應加強頂層設計，正確處理好五大關系。

統(tǒng)籌協(xié)調(diào)發(fā)展與自由自主發(fā)展的關系。中國特色新型智庫建設，不能采用西方智庫自由發(fā)展的辦法，必須堅持統(tǒng)籌協(xié)調(diào)發(fā)展與自由自主發(fā)展相結(jié)合，切實處理好二者之間的關系。智庫自身在發(fā)展中要有立足長遠的戰(zhàn)略眼光、自由自主的發(fā)展定力、清晰可持續(xù)的發(fā)展定位，堅持有所為有所不為，善于揚長避短，善于打造特色優(yōu)勢品牌，避免研究上的盲目跟風、浮躁逐利。

智庫研究機構(gòu)與政府決策部門的關系。智庫研究機構(gòu)與政府決策部門之間的關系不僅影響智庫自身的發(fā)展，而且影響政府決策的科學化水平。

宏觀發(fā)展戰(zhàn)略研究與微觀公共政策研究的關系。發(fā)展戰(zhàn)略與公共政策，分別從宏觀的頂層設計和微觀的運行策略兩個方面，確定了一個國家或地區(qū)發(fā)展運行的規(guī)范。發(fā)展戰(zhàn)略作為宏觀的頂層設計，通常具有全局性、長遠性、方向性，體現(xiàn)著一個國家或地區(qū)在發(fā)展道路、發(fā)展理論和發(fā)展機制等方面的重大選擇，是一個國家或地區(qū)發(fā)展運行的宏觀政策規(guī)范。在中國特色新型智庫建設中，加強宏觀發(fā)展戰(zhàn)略研究和微觀公共政策研究具有同等重要的意義。

軟實力研究與硬實力研究的關系。軟實力與硬實力共同構(gòu)成一個國家的綜合國力。軟實力主要體現(xiàn)為意識形態(tài)的凝聚力、思想文化的影響力、科學理論的說服力、政治制度的生命力等精神力量。硬實力主要體現(xiàn)為國家的經(jīng)濟力、軍事力和科技力等物質(zhì)力量。軟實力研究需要更長遠的戰(zhàn)略眼光，硬實力研究需要更強烈的現(xiàn)實追求。在智庫的實際研究中，硬實力對策研究因具有較強的現(xiàn)實針對性和解決實際問題的具體價值，能夠給智庫帶來較為直接可觀的經(jīng)濟效益，更能直接體現(xiàn)智庫對政府決策的影響。軟實力建設研究作為意識形態(tài)建設的范疇，其價值主要體現(xiàn)為更加長遠的社會效益，而不是短期可見的經(jīng)濟效益，很難體現(xiàn)智庫對社會的實際影響。

發(fā)揮決策咨詢作用與發(fā)揮“二軌外交”作用的關系。智庫是現(xiàn)代社會政治結(jié)構(gòu)中的重要組織。在國際關系中，智庫作為“二軌外交”的重要力量，發(fā)揮著政府間“第一軌外交”難以替代的重要作用。應圍繞我國外交戰(zhàn)略，通過智庫間的學術交流、學者互訪和公開發(fā)表研究成果等形式，積極傳達我國的外交意向和外交政策，為我國外交營造良好的國際輿論氛圍。