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        2個(gè)水稻品種苗期高溫脅迫差異表達(dá)基因的克隆與表達(dá)

        2016-01-18 05:48:05許錦彪吳春芳卞曉春王玲娟蔡曉東曹云英
        種子 2016年3期
        關(guān)鍵詞:水稻差異

        許錦彪,吳春芳,卞曉春,王玲娟,蔡曉東,汪 琴,趙 華,曹云英,3

        (1.南通大學(xué)圖書館, 江蘇 南通226019; 2.南通大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院, 江蘇 南通226019;3.農(nóng)業(yè)部南方平原玉米觀察站, 江蘇 南通226019; 4.江蘇沿江地區(qū)農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所, 江蘇 如皋226541)

        水稻分布于亞洲和非洲的熱帶和亞熱帶地區(qū)。它是一種喜溫植物,在各個(gè)生長階段都有其適宜的溫度范圍,當(dāng)超過這個(gè)范圍時(shí),水稻的生長發(fā)育就會受到一定的影響,常常會出現(xiàn)產(chǎn)量降低、品質(zhì)變劣的情況。隨著工業(yè)的發(fā)展,環(huán)境也受到了一定的破壞,溫室效應(yīng)愈加明顯,水稻遭遇高溫脅迫的幾率也隨之增加,這推動著國內(nèi)外學(xué)者對水稻高溫?zé)岷Φ难芯?,為穩(wěn)定全球的糧食安全生產(chǎn)作出了貢獻(xiàn)[1-5]。

        熱激蛋白(HSP)是在生物體中廣泛存在的一類熱應(yīng)激蛋白質(zhì)。學(xué)者們認(rèn)為,當(dāng)有機(jī)體暴露于高溫(比生物體正常的生長溫度高出5℃以上)下時(shí),生物體中大部分正常蛋白質(zhì)的合成被抑制,植物就會由熱激發(fā)合成這種蛋白,通過一系列代謝反應(yīng)來應(yīng)對高溫脅迫,一般表現(xiàn)為降低正常蛋白的合成,加速熱激蛋白的轉(zhuǎn)錄和翻譯,從而來保護(hù)機(jī)體自身[6]。按照蛋白質(zhì)的大小,HSP可分為 HSP 110、HSP 90、HSP 70、HSP 60和小分子熱激蛋白smHSP(small HSP)5類。由熱激誘導(dǎo)合成的蛋白稱為誘導(dǎo)型熱激蛋白,與正常生活的細(xì)胞中的組成型熱激蛋白(HSC)在結(jié)構(gòu)和功能上沒有明的區(qū)別,很難區(qū)分,統(tǒng)稱為HSP[7]。HSP在生物界中的一個(gè)重要特點(diǎn)是它們在進(jìn)化過程中的高度保守性,這說明它們具有普遍存在的重要生理功能,然而,在這方面的研究迄今為止還不充分,目前為止知道的HSPs的功能主要有2個(gè)方面,一是參與新生鈦的折疊、運(yùn)輸和組裝,二是參與逆境損傷蛋白的修復(fù)和降解。

        本研究針對前期通過cDNA-AFLP技術(shù)的高溫差異表達(dá)片段,擬克隆該差異表達(dá)片段并測序,利用熒光定量PCR技術(shù)來檢測其在多種逆境下在耐熱性不同水稻幼苗葉片中表達(dá)量的變化,以期為以后對水稻逆境情況下的分子機(jī)制的研究提供一定的理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 差異片段DNA的獲得

        以cDNA-AFLP方法篩選、PAGE凝膠顯示的高溫差異片段(圖1方筐所示)為材料,切膠回收的產(chǎn)物為DNA 模板,用篩選時(shí)的引物(5′-GACTGCGTACCAATTCCT-3′和 5′-GATGAGTCCTGAGTAATG-3′)對該差異片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增,用DNA回收試劑盒(鼎國,北京)對PCR產(chǎn)物進(jìn)行切膠回收純化,純化產(chǎn)物用1%的瓊脂糖電泳檢測,獲得差異片段DNA。

        1.2 差異片段的克隆

        將 差 異 片 段 DNA 與pGEM-Teasy載 體(Promega,美國)進(jìn)行連接,連接方法參照載體說明書來進(jìn)行,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)入大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞DH 5α,通過添加氨芐、IPTG和X-gal的LB平板培養(yǎng),藍(lán)白斑篩選陽性克隆,將陽性克隆菌斑進(jìn)行菌落PCR和酶切鑒定,將鑒定為陽性克隆的菌液委托上海英駿生物技術(shù)服務(wù)公司進(jìn)行測序。

        1.3 基因片段的序列分析

        測序結(jié)果去除載體和接頭序列后得到所需的差異片段的序列,通過NCBI的BLAST軟件進(jìn)行同源性序列分析,獲得該差異片段的基因號。

        1.4 差異片段在不同逆境下的熒光定量表達(dá)分析

        1.4.1 材料與處理

        供試品種為敏感型秈稻雙桂1號和耐熱型品種黃華占。選取飽滿種子經(jīng)800倍液的50%多菌靈浸種48h,再以自來水沖洗干凈,清水浸種48h,種子露白時(shí)32℃催芽,等芽長半谷長時(shí),室溫?zé)捬亢?,挑選整齊一致的發(fā)芽種子移至澆有Hoagland營養(yǎng)液的盆缽中,共12盆,每個(gè)品種6盆,每盆約有50株,于光照培養(yǎng)箱中濕潤培養(yǎng),溫度28℃/22℃(晝/夜),光照強(qiáng)度500μmoL/(m·s),光照12h/12h(晝/夜),相對濕度為90%/80%(晝/夜)。待水稻幼苗長至3~4片葉時(shí),將每個(gè)品種的6盆水稻分別分為5組;2盆用于42℃/42℃高溫處理,1盆用于150mmol/L NaCl處理,1盆用于100μmol/L精胺處理,1盆用于20%PEG 6000模擬干旱處理,1盆作為對照。分別在各處理0,3,6,12,24h及恢復(fù)24h取功能葉片于液氮中冷凍,迅速轉(zhuǎn)移到-80℃超低溫冰箱中用于總RNA提取。

        1.4.2 葉片總RNA的提取及cDNA的合成

        參 照 RNAiso-mate for plant tissue 說 明 提 取RNA。通過Nanodrop 2000超微量核酸蛋白測定儀(美國)對RNA樣品進(jìn)行定量檢測。cDNA合成采用PrimeScript RT Master Mix Perfect Real Time方法來進(jìn)行,反應(yīng)體系中包含2μL 5×PrimeScript RT Master Mix,總 RNA<500ng,加 RNase-free水至10μL。反應(yīng)程序?yàn)?7℃,15min;85℃,5s,4℃終止反應(yīng)。合成產(chǎn)物用于熒光定量PCR。

        1.4.3 熒光定量PCR分析

        利用 DNAMAN v 5.2.2 引 物 設(shè) 計(jì) 軟 件,根 據(jù)NCBI公布的ActinmRNA(AY 212324)和本實(shí)驗(yàn)測序所獲得序列設(shè)計(jì)引物。OsActin上游引物為5′-CTTCATAGGAATGGAAGCTGCGGGTA-3′和下游引物 為 5′-CGACCACCTTGATCTTCATGCTGCTA-3′;差 異 片 段 Os07g0620200 上 游 引 物 5′-AATGCACTCTGCATGCCCAC-3′,下游引 物為 5′-CCTGTAAACCAGGCCATGTGA-3′。 引 物 由 invitrogen上海貿(mào)易有限公司合成。

        熒光定量PCR按照SYBR PrimeScript TM RTPCR KitⅡ試劑盒說明操作,其反應(yīng)體系中含12.5μL SYBR Primx ExTaq Ⅱ、1μL 引 物、0.5μL ROX Referance DyeⅡ、2μL cDNA,加滅菌的雙蒸水至25μL。以 OsActin為內(nèi)參,4個(gè)重復(fù),用 ABI 7500 Real-TimePCR儀分析差異片段在各處理下的表達(dá)情況。反應(yīng)條件為95℃預(yù)變性30s,然后95℃5s,60℃34s,循環(huán)40次。每一個(gè)循環(huán)結(jié)束時(shí)實(shí)時(shí)測定熒光值,全部循環(huán)結(jié)束時(shí)測量熔解曲線。用ABI 7500Software v 2.0.4測定每一個(gè)樣品的Ct值(Cycles threshold),用相對定量法分析基因表達(dá)水平。

        1.5 數(shù)據(jù)分析

        用SPSS 19.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析數(shù)據(jù),用Duncan’s進(jìn)行處理間差異性檢驗(yàn)(p=0.05),用Sigmaplot 12.0繪制圖表。

        圖1 cDNA-AFLP顯示的差異片段(A)、PCR擴(kuò)增(B)、回收檢測(C)和藍(lán)白斑篩選(D)

        2 結(jié)果與分析

        2.1 差異表達(dá)片段的克隆

        將高溫導(dǎo)致的差異表達(dá)片段(圖1 A)回收后,PCR擴(kuò)增產(chǎn)物通過1%瓊脂糖凝膠檢測,結(jié)果顯示為單一條帶(圖1B);將該片段凝膠通過試劑盒進(jìn)行回收純化(圖1C),再將純化后的cDNA片段與T載體連接,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化到感受態(tài)細(xì)胞平板上過夜培養(yǎng)后,篩選陽性克隆白斑(圖1D);對白斑進(jìn)行菌落和酶切鑒定后送去測序。

        2.2 差異表達(dá)片段的序列分析

        對該差異表達(dá)片段克隆后經(jīng)測序和序列分析后,發(fā)現(xiàn)它由307個(gè)堿基組成,序列如下:GATGAGTCCTGAGTAATGGCATGTCTGGGGCTCCTTCACA GAATGGGGCACCATCCTACATCCCTTCACAGG CTTCTCAATTTGCAGCTGATAAATACTACACG TCCCCCAACTAATTTGGGGGATAATCTACAGT CTACAAACTAGTAAAGACTAAAGATTACTCA GCCAGGTGGTACAAGAGATCACCAGCTAACT ACAGACACAGGGTACATTTCCAAGGAACACA AGAGCAACATGAGACATGATGACAACAAAC GCAAAGCGACAGCAGAGGATCGGTCCATGCA GGAATTGGTACGCAGTC。對該序列通過BLAST搜索,發(fā)現(xiàn)為Os07g0620200基因,編碼產(chǎn)物與水稻中的熱激蛋白DnaJ N端的結(jié)構(gòu)域同源。

        2.3 不同逆境下差異表達(dá)片段的熒光定量表達(dá)分析

        2.3.1 基因表達(dá)的有效性

        從圖2可見,差異表達(dá)片段Os07g0620200和內(nèi)參Os Actin的CT值在20~30之間(圖2A、B);熔解曲線呈單峰(圖2C、D),即產(chǎn)物的特異性。說明二者均獲得了有效擴(kuò)增的特異性產(chǎn)物。

        2.3.2 高溫下Os07g0620200基因的表達(dá)

        如圖3A所示,遇到高溫(42℃)時(shí),雙桂1號中Os07g0620200基因的表達(dá)在各個(gè)時(shí)間點(diǎn)之間的變化明顯,0~3h之間有顯著的增加,之后開始下降,在高溫處理24h后,該基因的表達(dá)趨近于0。與常溫對照相比,除了處理24h低于對照外,其余各時(shí)間點(diǎn)該基因的表達(dá)量均顯著高于對照;而在黃華占品種中,高溫下Os07g0620200基因在各時(shí)間點(diǎn)的表達(dá)量雖有所差異,但差異并不大,總體上呈上升趨勢,24h表達(dá)量達(dá)到最大(圖3E)。與常溫對照相比,除了處理12h略低于對照外,其余各時(shí)間點(diǎn)該基因的表達(dá)量均顯著高于對照。從2個(gè)品種到達(dá)最大表達(dá)量的時(shí)間相比,雙桂1號(3h)早于黃華占(24h),表明雙桂1號對高溫的反應(yīng)更早,更為敏感?;謴?fù)24h后,雙桂1號中Os07g0620200基因的表達(dá)量有明顯回升,但仍低于起始量,而黃華占中該基因的表達(dá)有所下降,但高于起始量,兩者均高于同期對照。

        2.3.3 干旱脅迫下Os07g0620200基因的表達(dá)

        如圖3B、F所示,2個(gè)品種在干旱脅迫下該基因的表達(dá)情況顯示了2種完全不同的表現(xiàn),前者為先上升后下降的趨勢,變化范圍較大,6h時(shí)干旱脅迫明顯激活了該基因的表達(dá),6~12h處在一個(gè)較高的表達(dá)水平,且在脅迫處理期間表達(dá)量明顯高于對照(圖3B);后者則截然相反,呈先下降后上升的趨勢,基因表達(dá)相對穩(wěn)定(圖3)。而且,在6h時(shí)雙桂1號中該基因的表達(dá)量幾乎達(dá)到了最大值(起始量的2倍多),黃華占則為最低點(diǎn)(起始量的一半左右)。與常溫對照相比,恢復(fù)24h后,兩者表現(xiàn)明顯不同,該基因的表達(dá)在雙桂1號中急劇減少,顯著低于起始量,與對照相當(dāng),而在黃華占中的表達(dá)有明顯的增加,顯著高于其起始表達(dá)水平,顯著高于同期對照。

        2.3.4 鹽脅迫下Os07g0620200基因的表達(dá)

        圖2 Os07g0620200基因和內(nèi)參Os Actin的擴(kuò)增曲線和熔解曲線

        如圖3C、G所示,在高鹽(150mmol/L)處理下,雙桂1號和黃華占2個(gè)水稻品種中Os07g0620200基因的表達(dá)有明顯的差異。對于雙桂1號來說,隨著鹽脅迫時(shí)間的延長,該基因的表達(dá)量呈現(xiàn)先快速下降后緩慢上升的趨勢,但直至脅迫24h時(shí),該基因的表達(dá)水平仍低于脅迫前水平。與對照相比,在0~12h期間與對照持平,脅迫24h明顯高于對照。黃華占在鹽脅迫下該基因的表達(dá)總體呈上升趨勢,在0~12h內(nèi)上升趨勢比較緩慢,24h則表現(xiàn)出鹽脅迫對黃華占中

        Os07g0620200基因表達(dá)的明顯激活作用,其表達(dá)水平快速增加,幾乎達(dá)到了起始量的3倍多。與對照相比除脅迫12h明顯低于對照外,其余時(shí)間均明顯高于對照?;謴?fù)24h后,雙桂1號中該基因的表達(dá)水平恢復(fù)到脅迫起始量,黃華占則增加到更高的表達(dá)水平,兩者均高于同期對照。

        2.3.5 精胺(Spm)對Os07g0620200基因表達(dá)的影響

        由圖3D、H所示,在通過外源Spm噴施葉片后,雙桂1號中該基因的表達(dá)變化相對穩(wěn)定,在12h內(nèi)該基因表達(dá)量變化不大,但24h時(shí)與初始相比明顯下降;而黃華占變化較大,3h該基因表達(dá)量明顯低于起始表達(dá)量,6h高于起始值,12h達(dá)到最大表達(dá)量,是起始時(shí)的4倍左右,24h低于起始量,但仍高于雙桂1號此時(shí)的表達(dá)量。與對照相比,外源Spm處理增加雙桂1號中該基因的表達(dá)水平(24h與對照相當(dāng)除外),黃華占在0~3h變化不大,24h明顯低于對照,在6~12h期間明顯高于對照,且黃華占增加的幅度大于雙桂1號。恢復(fù)24h后雙桂1號與對照相當(dāng),但明顯低于脅迫前起始量,而黃華占則明顯高于起始量及對照。

        2.3.6 各處理間表達(dá)量的比較

        對該基因在不同逆境處理下0~24h內(nèi)的表達(dá)量進(jìn)行方差分析結(jié)果(表1)表明,雙桂1號和黃華占2個(gè)品種各處理間Os07g0620200基因表達(dá)水平均極顯著高于對照,雙桂1號各處理間的表達(dá)高低依次為PEG處理>高溫處理>Spm處理>NaCl處理>對照。黃華占則為NaCl處理>Spm處理>高溫處理>PEG處理>對照。這表明PEG、高溫、Spm及NaCl等非生物脅迫,均誘導(dǎo)了Os07g0620200基因的表達(dá),但不同脅迫處理下表達(dá)模式有所不同。2個(gè)品種比較,黃華占中Os07g0620200基因的表達(dá)量始終高于其在雙桂1號中的表達(dá)量,除PEG處理稍低外。

        表1 不同逆境處理下2個(gè)水稻品種Os07g0620200基因表達(dá)的多重比較(Duncan檢測)

        圖3 2個(gè)品種中Os07g0620200基因在不同處理下的表達(dá)分析

        3 討 論

        本研究中克隆前期篩選的Os07g0620200基因,發(fā)現(xiàn)它的編碼產(chǎn)物與水稻中的熱激蛋白DnaJ N端的結(jié)構(gòu)域同源。含有DnaJ結(jié)構(gòu)域的蛋白統(tǒng)稱為DnaJ蛋白。DnaJ蛋白是熱激蛋白的一種輔助蛋白,激活HSP 70的ATPase而調(diào)控其活性,在逆境下能調(diào)控?zé)峒さ鞍椎男纬?。DnaJ結(jié)構(gòu)域在細(xì)胞中具有多種功能,除了決定HSP 40和HSP 70相互作用的專一性,并使一種特定的HSP 40蛋白質(zhì)在HSP 70家族中挑選出對應(yīng)的分子外,還有新生蛋白的折疊、胞吞作用、多肽穿過細(xì)胞器質(zhì)膜的轉(zhuǎn)運(yùn)、調(diào)整對各種脅迫的反應(yīng)及對預(yù)降解蛋白的靶定等功能[8-9]。因此,推測本研究中克隆的差異基因Os07g06202004在水稻逆境中應(yīng)對各種脅迫有關(guān)。在許多生物中都有類似DnaJ蛋白的存在,如擬南芥、水稻等[10-13]。在水稻中目前已報(bào)道有101個(gè)編碼DnaJ蛋白的基因,通過比較發(fā)現(xiàn)本研究中的Os07g0620200基因不是其中之一,它的具體功能有待下一步研究。

        在非生物逆境下,正常蛋白質(zhì)合成減少,而熱激蛋白的合成會增加。劉大麗等[14]報(bào)道了在鹽(NaCl、NaHCO3和 Na2CO3),PEG,高 pH 值(pH=8.0和pH=11.0)以及熱激(50℃)下,水稻根中的rHsp 90基因都受到了不同程度的誘導(dǎo)。陳新海等[15]報(bào)道了高溫脅迫下水稻葉片中的多種熱激蛋白的表達(dá)量上調(diào)。本研究中通過熒光定量分析PEG、高溫、Spm及NaCl等非生物脅迫下Os07g0620200基因表達(dá),發(fā)現(xiàn)所有脅迫均誘導(dǎo)了該基因的表達(dá)(圖3)。這與前人的結(jié)論相似。表明該基因參與逆境脅迫。此外,在不同耐性水稻品種中,該基因的表達(dá)量存在明顯的差異。有研究表明,熱激蛋白在高溫脅迫下的不同耐性品種中出現(xiàn)表達(dá)差異,耐高溫水稻的表達(dá)量高于敏感型水稻的表達(dá)量。而且隨著高溫脅迫時(shí)間的延長,耐高溫水稻的sHSP表達(dá)量未出現(xiàn)明顯的下降趨勢[15]。肖清鐵等[16]發(fā)現(xiàn)抗鎘水稻品種中熱激蛋白上調(diào)表達(dá),鎘敏感水稻品種中熱激蛋白的表達(dá)無顯著差異。本研究結(jié)果表明,高溫、鹽脅迫、模擬干旱脅迫均增強(qiáng)了該基因的表達(dá),還表明耐性品種Os02g0611200基因的表達(dá)量始終高于敏感品種,敏感品種響應(yīng)逆境的時(shí)間較早,后期表達(dá)量較低,恢復(fù)正常條件后,表達(dá)量低于或與初始值相當(dāng),而耐性品種的表達(dá)量則均顯著高于初始值。即耐熱品種黃華占中熱激蛋白的大量合成可能是具有更強(qiáng)的抵抗逆境能力的原因之一。

        多胺(腐胺、精胺、亞精胺)是一種重要生理活性物質(zhì),它能調(diào)控植物的生長發(fā)育。研究表明外源多胺可以增強(qiáng)植物對逆境的抗性,這在許多植物中已得到證實(shí)。如魏秋平等[17]發(fā)現(xiàn),0.01mmol/L 精胺有緩解擬南芥鹽害的作用。古紅梅等[18]發(fā)現(xiàn)冷脅迫處理時(shí)外源1mmol/L亞精胺處理能明顯提高小麥幼苗的耐冷性。本研究發(fā)現(xiàn)0.1mmol/L精胺明顯提高了2個(gè)耐性不同水稻Os 02 g0611200基因的表達(dá)量,耐性品種表達(dá)量明顯高于敏感品種。表明外源多胺可以促進(jìn)基因轉(zhuǎn)錄水平。

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