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        不同部位取樣對雞基因組DNA提取的效果的影響

        2016-01-10 01:28:12李龍飛漢麗梅李一帆Rabie
        飼料工業(yè) 2016年8期
        關(guān)鍵詞:傷害性離心管羽毛

        ■李龍飛 漢麗梅 李一帆 T.Rabie

        (1.沈陽農(nóng)業(yè)大學,遼寧沈陽 110161;2.Suez Canal University,F(xiàn)aculty of Agriculture Ismailia,Egypt)

        樣品的采集和DNA的提取是科學研究中重要的技術(shù)之一,特別是對于一些取樣比較困難的研究對象,如稀有的動物或保護類動物,常用的取樣方法有3種,即傷害性取樣、非傷害性取樣和非損傷性取樣[1]。傷害性取樣即通過殺死動物而獲得新鮮的肌肉、肝臟和血液等組織樣品;非傷害性取樣是通過捕獲動物來抽取血液、采集毛發(fā)或羽毛、耳、尾、趾等樣品;非損傷性取樣法即在不觸及或傷害動物本身的情況下,通過收集脫落的毛發(fā)或羽毛、糞便、尿液、食物殘渣、鹿角、魚鱗和卵殼等不同形式的樣品進行遺傳分析的一種取樣方法[2]。自1975年Bradfied等成功地從頭發(fā)中提取DNA以來,毛發(fā)已成為法醫(yī)學、遺傳學常用的檢測材料之一[3],它具有無創(chuàng)傷性、取材痛苦小、運輸和儲存方便、可靠、重復性高等優(yōu)點[4]。糞便樣品中含有大量的食物殘渣及各種消化道成分,因此糞便中提取DNA要比血液和組織中困難得多,所以此法僅用于瀕危動物[5]。

        目前,雞的DNA提取多采用血液樣品,而對于羽毛樣品基因組DNA提取少見詳細報道。本研究通過對血液、肝臟和羽毛不同部位的樣品進行不同程序的處理,并對提取基因組DNA進行了應(yīng)用效果的分析,獲得了有效且傷害性小的方案,可用于提取高質(zhì)量的基因組DNA,為禽類分子生物學方面的研究提供更廣闊的樣本來源和技術(shù)方法。

        1 材料與方法

        1.1 試驗動物

        1.2 試劑與儀器

        1.2.1 儀器

        日立U-1800紫外可見分光光度計(日本日立公司)、Tanon EPS300電泳儀(上海天能科技有限公司)、專業(yè)數(shù)碼凝膠成像與分析系統(tǒng)(江蘇省捷達科技發(fā)展有限公司)。

        1.2.2 試劑

        Biospin組織基因組DNA提取試劑盒(杭州博日科技有限公司)、λ-HindⅢ、50 bp DNA Ladder Marker、pH7.4的PBS、DTT、CHAPS細胞裂解液、無水乙醇、TAE緩沖液、瓊脂糖、EB、去離子水、雙蒸水等。

        1.2.3 檢測引物

        上游:5’-GCTCTCATAGAAGAGTCAGG-3’;

        下游:5’-CATGAGACTAGTGCCTGTCA-3’。

        1.3 方法

        1.3.1 取樣

        利用涵蓋的內(nèi)容,漢語言文學專業(yè)使得學生語言知識更加豐富,增強與人溝通,思維獲得理性發(fā)展,從而有效品鑒文學作品。學生只有具備這一方面的綜合能力,才能準確掌握漢語言應(yīng)用語境,以此增強自身語文綜合素養(yǎng)。

        新鮮肝臟、血液、羽毛。羽毛的取樣部位分別為羽髓、羽鞘、羽根、實心羽莖和羽毛上臍周圍絨羽,具體位置見圖1。

        圖1 羽毛的不同取樣部位

        1.3.2 樣品前處理

        取血液50 μl于1.5 ml離心管;取肝臟50 mg加500 μl pH值7.4的PBS緩沖液充分研磨后移至1.5 ml離心管;羽毛樣品經(jīng)乙醇清洗后,取羽髓3根加500 μl pH值7.4的PBS充分研磨后移至1.5 ml離心管;將擠出羽髓的羽毛用無水乙醇浸泡、清洗,重復3次,干燥后待用;分別取羽鞘3根(0.5 cm)剪碎放入兩支1.5 ml離心管備用;分別取羽根3根(0.3 cm)剪碎放入兩支1.5 ml離心管備用;分別取實心羽莖3根(1 cm)剪碎放入兩支1.5 ml離心管備用;分別取羽毛上臍周圍絨羽1根剪碎放入兩支1.5 ml離心管備用。取蒸餾水50 μl至離心管,做陰性對照。羽鞘、實心羽莖和羽毛上臍周圍絨羽在消化前,做兩種處理,其中一組加入10 μl 1 mol/l DTT。以CHAPS細胞裂解液進行樣品消化,血液和陰性對照管消化20 min,肝臟和羽髓消化2.5 h,羽鞘、羽根、實心羽莖和上臍周圍絨羽過夜消化。

        1.3.3 DNA的提取

        采用Biospin組織基因組DNA提取試劑盒,對上述樣本提取基因組DNA,4℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.3.4 對提取的DNA進行檢測

        將DNA提取液用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測,120 V、30 min。將提取的DNA分別用PCR法進行檢測。反應(yīng)體系:12 μl,含Go Taq Green Master Mix 6 μl,上下游引物混合液1 μl,DNA模板50 ng/μl(陰性對照中將DNA模板用無RNA酶水代替)。擴增程序為:先預變性95℃,5 min,再95℃變性30 s,55℃退火45 s,72℃延伸90 s,35個循環(huán),最后72℃延伸10 min。產(chǎn)物用2%瓊脂糖凝膠電泳檢測,120 V、30 min。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 不同樣品雞基因組DNA提取結(jié)果分析

        提取的基因組DNA經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳后,肝臟、血液、羽髓提取的DNA電泳條帶清晰,羽鞘提取DNA的電泳條帶微弱,其余樣本觀察不到電泳條帶(見圖2)。

        圖2 不同樣品基因組DNA的電泳結(jié)果

        2.2 PCR檢測不同樣品的基因組DNA提取效果

        經(jīng)PCR擴增電泳檢測,肝臟、血液、羽髓、羽鞘、羽根、實心羽莖、絨羽中提取的基因組DNA,PCR產(chǎn)物電泳條帶清晰,說明各不同樣品,經(jīng)預處理均可提取到一定量的基因組DNA,可以用于PCR擴增反應(yīng)。

        2.3 基因組DNA提取條件的優(yōu)化結(jié)果

        羽毛預處理,經(jīng)無水乙醇清洗羽毛樣品,可以更有效去除雜質(zhì)與污物,有利于基因組DNA的提取。不同樣品消化時間的分析結(jié)果表明,肝臟和羽髓消化20 min時仍有大量未被裂解的組織,消化2.5 h才可完全裂解;羽鞘、羽根、實心羽莖和絨羽需過夜才可消化完全。足夠的消化時間條件下,DTT加入,對所提取的DNA的質(zhì)量并無明顯影響。

        研究結(jié)果表明,肝臟、血液、羽髓提取基因組DNA效果好,是理想的基因組DNA提取的樣本,羽鞘、羽根、實心羽莖、絨羽,可提取到一定量的基因組DNA,雖然沒有肝臟、血液、羽髓多,但經(jīng)過適當?shù)奶崛l件的優(yōu)化,可以提取到基因組DNA,并足以用于PCR反應(yīng)(見圖3)。

        圖3 不同樣品基因組DNA PCR產(chǎn)物的電泳結(jié)果

        3 討論

        動物DNA的提取多以肝臟為原料,肝臟是可以不斷產(chǎn)生新細胞的器官,很多細胞處在分裂期,這時的DNA呈現(xiàn)出高度螺旋的狀態(tài),微量采樣就可以提取出大量的DNA。但由于肝臟提取DNA需要殺死試驗動物,傷害性較大,大量采樣時不適合用該法,研究瀕危動物時更不能用此法。

        研究結(jié)果顯示血液所提出的DNA與肝臟提出的DNA的量相差無幾,足以滿足各種涉及PCR反應(yīng)的分子生物學試驗。禽類血液中除了白細胞具有細胞核外,紅細胞也有細胞核,并且禽類沒有血小板,含有一種與血小板具有同樣功能的凝血細胞,該凝血細胞也具有細胞核。從而,禽類可以通過微量的血液提取出較多的DNA。取50 μl血液不會給禽類帶來傷害,因此,對于禽類,這種非傷害性取樣可以根據(jù)需要予以推廣應(yīng)用,但不宜用于研究瀕危動物。

        羽毛的5個部位:羽髓、羽鞘、羽根、羽莖和絨羽都可以提出一定純度的DNA,羽鞘、羽根、羽莖和絨羽中取DNA的量雖然沒有羽髓多,但是都可用于PCR反應(yīng)。有文獻指出,加入DTT可破壞角蛋白結(jié)構(gòu)中的二硫鍵,使消化更完全,更利于提取DNA[6]。本試驗表明,足夠的消化時間下,加入DTT和不加DTT所提取的DNA的量并無明顯差別。

        羽髓為機體組織,含有大量成熟細胞,可以提取出一定量的DNA,因此,是很好的DNA提取樣本[7]。羽鞘本身雖然可能高度角質(zhì)化,但其內(nèi)壁會附著一定量的髓質(zhì),含有一定量的DNA。羽根中可能附帶有一定量的組織,所以也可能含有DNA。羽根含有組織細胞的多少依據(jù)羽毛的收集方式是撿取脫落羽毛(非損傷性取樣)還是拔取羽毛。拔取羽毛的羽根通常比脫落羽毛的羽根含的DNA豐富[8]。脫落的羽毛跟脫落的毛發(fā)一樣,作為一種非損傷的樣品,其所能提供的DNA受毛根部毛囊殘留的情況影響,毛囊保存的越是完整,所提取的DNA也就越多[9]。采用羽毛作為DNA提取原料,可以簡化鳥類提取基因組DNA的方法,特別是當取血液樣本困難時,這種方法效果更加明顯[10]。以羽毛為樣本提取DNA雖然提取的量小,但是對禽類的傷害降到最低,適于瀕危禽類的研究。

        在研究中選擇樣品,可以以快速有效且傷害性小為原則,根據(jù)具體條件選擇合適的樣本進行DNA的提取。本研究結(jié)果為禽類的分子生物學研究增加了更廣闊的樣本來源。

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