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        金櫻子隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA分析

        2015-07-13 05:19:40王曉麗王曉玲常楚瑞
        安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2015年7期
        關(guān)鍵詞:親緣關(guān)系金櫻子

        王曉麗 王曉玲 常楚瑞

        摘要[目的]揭示不同產(chǎn)地金櫻子30個(gè)居群間的遺傳多樣性和親緣關(guān)系。[方法]采用RAPD分子標(biāo)記技術(shù),從35條RAPD隨機(jī)引物中,篩選出8條有效引物進(jìn)行擴(kuò)增,用NTSYSpc,ver.2.02軟件進(jìn)行UPGMA聚類分析。[結(jié)果]共擴(kuò)增出86條帶,其中多態(tài)性條帶84條,多態(tài)性百分率(PPB)97.67%。30個(gè)居群的相似性系數(shù)在0.11~0.58,聚成A、B、C三大類群。[結(jié)論]金櫻子具有豐富的遺傳多態(tài)性,產(chǎn)自貴州地區(qū)的金櫻子有較近的親緣關(guān)系。

        關(guān)鍵詞金櫻子;隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA;親緣關(guān)系

        中圖分類號(hào)S188;R284.2文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼A文章編號(hào)0517-6611(2015)07-023-02

        金櫻子為薔薇科植物金櫻子Rosa laevigata Michx.的干燥成熟果實(shí),又名倒蜂糖罐、糖桔子、刺梨子、山石榴等,性酸、澀、平,能補(bǔ)腎益氣、補(bǔ)血益精、澀精縮尿、止瀉。久服令人耐寒輕身?,F(xiàn)代藥理研究表明,金櫻子具有抗氧化、免疫調(diào)節(jié)、降血糖、降低血清膽固醇含量、降血脂、抗動(dòng)脈粥樣硬化等功能,并有明顯的抑菌及抗病毒等作用。主要用于治療尿頻遺尿、遺精滑精、久瀉久痢、白帶過多、婦女子宮脫垂等癥。因其富含維生素C、糖等,民間將其果實(shí)作為食用;也可用于泡酒,金櫻子酒具有滋補(bǔ)、強(qiáng)身健體的功效。2002年,我國衛(wèi)生部將金櫻子列入保健食品的行列。金櫻子具有藥食同源的重要價(jià)值,開發(fā)應(yīng)用前景十分廣闊,經(jīng)濟(jì)效益潛力頗大。金櫻子在我國西南、華南、華中、華東均有分布,尤其以貴州分布最廣,產(chǎn)量最高,是貴州大宗藥材之一。目前關(guān)于全櫻子隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA分析國內(nèi)外尚未見報(bào)道[1-5]。為了探討以貴州為主不同生長地區(qū)金櫻子的遺傳分化情況,筆者在DNA分子水平上,采用RAPD(DNA隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性)分子標(biāo)記技術(shù),對(duì)金櫻子的遺傳多樣性和親緣關(guān)系進(jìn)行分析,為對(duì)金櫻子優(yōu)良性評(píng)價(jià)和資源保護(hù)具有十分重要的意義。

        1材料與方法

        1.1供試樣品

        于2012年,主要采集于貴州及相鄰省份,不同產(chǎn)地品種共30個(gè)居群,經(jīng)貴陽醫(yī)學(xué)院生藥學(xué)教研室鑒定為金櫻子Rosa laevigata Michx.(表1)。

        表1樣品編號(hào)及產(chǎn)地

        1.2試劑

        CTAB(十六烷基三甲基溴化銨,F(xiàn)arco),PVP(聚乙烯吡咯烷酮,Basf),瓊脂糖(Promega),溴化乙錠(EB, Sigma),RNASE(Promega),限制性內(nèi)切酶、T4 DNA連接酶、Taq酶、聚丙烯酰胺等均購自上海生物工程有限公司。

        1.3儀器

        低溫高速離心機(jī)(BECKMAN,GS-15R);凝膠成像儀(UVP,GDS7600G);電泳儀(北京六一儀器廠)。

        1.4金櫻子基因組DNA的提取

        DNA提取采用CTAB法[6-7]。

        1.5引物篩選[8]

        先用1個(gè)DNA 樣品,對(duì)引物初選,再用4個(gè)樣品DNA 進(jìn)行第2 次篩選,選取多態(tài)性高的8個(gè)引物用于RAPD 試驗(yàn),這8個(gè)引物分別為S1:GTTTCGCTCC,S22:TGCCGAGCTG,S5:TGCGCCCTTC,S29:GGGTAACGCC,S6:TGCTCTGCCC,S40:GTTGCGATCC,S10:CTGCTGGGAC,S45:TGAGCGGACA。

        1.6PCR反應(yīng)體系和程序

        PCR反應(yīng)體系總體積20 μl:ddH2O 6.5 μl,2×PCRMix10 μl,引物(10 μmol/L )1.5 μl,DNA 2 μl。反應(yīng)程序:94 ℃預(yù)變性8 min,然后進(jìn)行35個(gè)循環(huán)(每個(gè)循環(huán)包括94 ℃變性30 s、36 ℃退火30 s、72 ℃延伸2 min) ,最后在72 ℃下延伸10 min。PCR反應(yīng)產(chǎn)物加2 μl上樣緩沖液(40%蔗糖、0.25%溴酚藍(lán)) ,經(jīng)電壓110 V,電泳50 min,1.5%瓊脂糖檢測,然后用溴化乙錠(ethidium bromide,EB)染色10 min,并在凝膠成像儀(UVP,GDS7600G)系統(tǒng)下拍照記錄。每個(gè)反應(yīng)重復(fù)2 次,確定所得條帶的可重復(fù)性。

        1.7數(shù)據(jù)分析

        記錄金櫻子RAPD擴(kuò)增出的總條帶數(shù),記錄可辨認(rèn)的、2次擴(kuò)增結(jié)果一致的條帶。經(jīng)Gel-Pro Analyzer Version 4.5軟件識(shí)別,根據(jù)擴(kuò)增條帶的遷移率,同一遷移率有條帶的記為“1”,無條帶的記為“0”,采用軟件SYSpc, ver.2.2計(jì)算金櫻子各樣品的遺傳相似度,繪制聚類分析樹狀圖。

        2 結(jié)果與分析

        2.1金櫻子DNA檢測結(jié)果

        金櫻子DNA檢測結(jié)果見圖1。由圖1可知,電泳條帶較為清晰可辨,說明供試DNA樣品的濃度適合于后續(xù)試驗(yàn)。

        2.2RAPD引物擴(kuò)增檢測結(jié)果

        參考薔薇科部分植物多態(tài)性隨機(jī)引物,從35個(gè)隨機(jī)引物中篩選出8個(gè)重復(fù)性好、多態(tài)性強(qiáng)的引物擴(kuò)增,共得到86條帶,其中84條表現(xiàn)出多態(tài)性,占總帶數(shù)的97.67%,平均每個(gè)引物擴(kuò)增的DNA帶數(shù)為

        10.75條。擴(kuò)增位點(diǎn)分子量在200~2 000 bp(圖2)。

        圖1金櫻子DNA檢測結(jié)果

        圖2引物S45的RAPD指紋圖譜

        2.3 聚類分析

        由圖3可知,金櫻子RAPD擴(kuò)增結(jié)果的遺傳相似性系數(shù)在0.11~0.58,生長在不同地區(qū)金櫻子的DNA具有一定的變異,供試品金櫻子聚成了A、B、C三大類群。產(chǎn)自貴州銅仁的1~2號(hào)供試品聚為A類,產(chǎn)自烏當(dāng)、馬鈴、黔桃、金沙、丹寨、興仁、都勻、三都的3~29號(hào)供試品聚為B類;產(chǎn)自廣東肇慶的30號(hào)供試品單獨(dú)聚為C類。A、B兩類群的親緣關(guān)系較近,C與A、B的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。

        圖3金櫻子RAPD分子標(biāo)記UPGMA聚類圖

        3結(jié)論與討論

        (1)該試驗(yàn)通過嚴(yán)格控制反應(yīng)體系和條件,得到重復(fù)性好的擴(kuò)增結(jié)果,有效地揭示供試樣品金櫻子種質(zhì)資源具有豐富的遺傳多樣性與寬廣的遺傳基礎(chǔ)。廣義的遺傳多樣性是指地球上所有生物所攜帶的遺傳信息的總和。狹義的遺傳多樣性是指種內(nèi)的遺傳多樣性,即種內(nèi)個(gè)體之間或一個(gè)群體內(nèi)不同個(gè)體的遺傳變異總和。物種的遺傳多樣性越高,遺傳變異越豐富,對(duì)外界環(huán)境變化的適應(yīng)能力就越強(qiáng),說明物種生存繁衍的能力越強(qiáng)。因而,可以利用其優(yōu)良變異類型,創(chuàng)造新的變異,選育優(yōu)良品種 [9-10]。

        (2)該試驗(yàn)從35個(gè)RAPD引物中篩選出8個(gè)可擴(kuò)增出清晰、穩(wěn)定圖譜的引物,用于指紋圖譜構(gòu)建,共擴(kuò)增出86條帶,其中多態(tài)性條帶84條,平均多態(tài)性位點(diǎn)百分率(PPB)達(dá)97.67%。

        (3)通過聚類分析,結(jié)果表明,30個(gè)居群RAPD擴(kuò)增結(jié)果的遺傳相似性系數(shù)在0.11~0.58,聚成A、B、C三大類群。

        A、B兩類群的親緣關(guān)系較近,C與A、B的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。

        地理分布越近,金櫻子居群間的遺傳差異越小。產(chǎn)自貴州地區(qū)的金櫻子之間有較近的親緣關(guān)系。

        (4)隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性(RAPD)技術(shù)現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于藥用

        植物種質(zhì)資源及品種鑒定、系譜分析及進(jìn)化關(guān)系的研究。遺傳資源保存和品種資源目錄的建立都依賴對(duì)其遺傳多樣性及親緣關(guān)系的掌握,該研究采用隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性(RAPD)技術(shù),為金櫻子種質(zhì)提供準(zhǔn)確的遺傳信息,并對(duì)其遺傳多樣性及親緣關(guān)系進(jìn)行了科學(xué)分析,該研究結(jié)果對(duì)金櫻子品種指紋圖譜的構(gòu)建、品質(zhì)評(píng)價(jià)、種質(zhì)資源保護(hù)等具有重要意義[11-14]。

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