你還記得Madagascar里出鏡率極高的企鵝軍團(tuán)嗎？雖然他們身材矮小，且圓滾滾的，但他們行動敏捷，分工明確。無論任務(wù)有多艱巨，大家都能配合得天衣無縫！

企鵝軍團(tuán)的老大Skipper（隊(duì)長）頗有見識，軍師Kowalski（科斯基）執(zhí)行力強(qiáng)，大胃王Rico（瑞哥）能往肚子里塞入各種各樣的東西以備不時之需。唯有最小的弟弟Private（菜鳥）沒有什么特長。Skipper介紹他時，總說他是軍團(tuán)的可愛吉祥物！

為了給Private慶生，企鵝軍團(tuán)闖進(jìn)了防守嚴(yán)密的美國黃金儲備中心，目標(biāo)卻是金庫盡頭的那臺銷售芝士條的自動販賣機(jī)。誰知，章魚Dave（戴夫）卻在那里設(shè)下了捕捉他們的陷阱。

Dave曾是動物園的明星章魚，但隨著萌態(tài)十足的小企鵝們的到來，他便被觀眾們厭棄了。絕望之下，Dave潛心研制了一種可怕的血清，他想用這種血清把全世界動物園里所有可愛的企鵝都變成怪物。

雖然企鵝軍團(tuán)順利逃出了Dave的實(shí)驗(yàn)室，但Dave捉捕企鵝的行動仍然沒有停止。在北風(fēng)特工隊(duì)的幫助下，企鵝軍團(tuán)能阻止Dave的陰謀嗎？

Private能在行動中向老大證明自己的能力嗎？讓我們拭目以待吧！企鵝軍團(tuán)——出發(fā)！