亚洲免费av电影一区二区三区,日韩爱爱视频,51精品视频一区二区三区,91视频爱爱,日韩欧美在线播放视频,中文字幕少妇AV,亚洲电影中文字幕,久久久久亚洲av成人网址,久久综合视频网站,国产在线不卡免费播放

        ?

        EST-SSR標(biāo)記在水曲柳雌雄鑒定中的應(yīng)用

        2015-07-04 11:14:48齊鳳慧孫宏冉詹亞光
        西北植物學(xué)報(bào) 2015年3期
        關(guān)鍵詞:差異

        齊鳳慧,孫宏冉,詹亞光,2*

        (1 東北林業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院,哈爾濱150040;2 東北林業(yè)大學(xué) 林木遺傳育種國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,哈爾濱150040)

        隨著DNA 測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展和公共數(shù)據(jù)庫(kù)開放,為SSR(simple sequence repeat,SSR)標(biāo)記開發(fā)提供了新途徑。在公共數(shù)據(jù)庫(kù)中可快速獲得各種動(dòng)植物、不同組織、不同發(fā)育階段的基因表達(dá)序列標(biāo)簽(expressed sequence tags,EST),這些EST 序列不僅在新基因挖掘中發(fā)揮了重要作用,而且為SSR標(biāo)記的開發(fā)提供了一個(gè)巨大、有價(jià)值的來(lái)源[1-2]。

        SSR 是微衛(wèi)星標(biāo)記,又稱簡(jiǎn)單重復(fù)序列,是由1~6個(gè)核苷酸為重復(fù)單位組成串聯(lián)重復(fù)序列,SSR含量豐富且遍布整個(gè)基因組。而EST-SSR 標(biāo)記是建立在表達(dá)序列標(biāo)簽上的一種新型的分子標(biāo)記技術(shù),并與功能基因直接相關(guān)[3]。EST-SSR 除了具有基因組SSR 的優(yōu)點(diǎn)外,它反映的是轉(zhuǎn)錄區(qū)的差異,其多態(tài)性可能與基因功能直接相關(guān)[4]。而且由于EST-SSR 來(lái)源于表達(dá)的基因組區(qū)域[5],可直接反映相關(guān)基因的多樣性,同時(shí)它在不同物種間有良好的通用性[6],從一種物種開發(fā)的SSR 標(biāo)記可用于其他物種的研究。目前,EST-SSR 除了在農(nóng)作物小麥(Triticumaestivum)[7]、苜蓿(Medicagosativa)[8]、葡萄(Vitisvinifera)[9]、水 稻(Oryzasativa)[10]等中應(yīng)用外,在樹木中也得到廣泛應(yīng)用,如杏(Prunus armeniaca)[11]、獼猴桃(Actinidiachinensis)[12]、云杉(Piceaasperata)[13]、火 炬 松(Pinustaeda)[14]、白樺(Betulaplatyphylla)[15]、楊 樹(Populus)[16]、茶樹(Camelliasinensis)[17]、桉樹(Eucalyptus)[18]、橡膠樹(Heveabrasiliensis)[19]等物種。

        水曲柳(FraxinusmandshuricaRupr.)以材質(zhì)優(yōu)良而著稱,是珍貴的用材樹種,可制各種家具、樂(lè)器、體育器具、車船、機(jī)械及特種建筑材料。其稀有珍貴的特性不僅在物種多樣性、生態(tài)多樣性的研究上具有重要意義,而且在維持生態(tài)功能上以及生產(chǎn)實(shí)踐中所表現(xiàn)的經(jīng)濟(jì)價(jià)值也是不可替代的。國(guó)務(wù)院于1999年8月4日批準(zhǔn)的《國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)野生植物名錄》(第一批)將水曲柳列為二級(jí)保護(hù)植物[20-21]。

        水曲柳雌雄異株,幼苗期無(wú)法辨別雌雄,只有生長(zhǎng)到10~12年開花后才能辨別雌雄[22],這給育苗、造林以及種子園的建立帶來(lái)極大不便。目前對(duì)于水曲柳雌雄差異的研究比較少,而在其它植物中的研究表明雌雄株之間的基因表達(dá)存在一定差異,因此,為從基因方面揭示水曲柳雌雄差異,我們利用ESTSSR 技術(shù)對(duì)水曲柳雌雄株進(jìn)行分析,初步建立水曲柳雌雄株的鑒別方法,為水曲柳育種及種子園的建立提供技術(shù)支持。

        1 材料和方法

        1.1 材 料

        1.1.1 實(shí)驗(yàn)材料 研究材料主要來(lái)自黑龍江省尚志市葦河林業(yè)局青山林木種子園(1989建成),選擇雌雄株各100棵,取其葉片,-80℃保存。

        1.1.2 EST序列來(lái)源 實(shí)驗(yàn)中水曲柳EST 序列來(lái)源:(1)來(lái)自NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)dbEST 數(shù) 據(jù) 庫(kù)(http://www.ncbi.nih.gov/bdEST/index.heml)中白臘屬(Fraxinus)的EST 序列;(2)本實(shí)驗(yàn)室在華大基因測(cè)得的水曲柳轉(zhuǎn)錄組。

        1.2 方 法

        1.2.1 水曲柳SSRs位點(diǎn)的搜索 將獲得的EST序列進(jìn)行冗余性查找(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/vecScreen),去除EST序列中的載體序列。然后對(duì)于NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中的EST 序列利用在線軟件SSRIT(Simple Sequence Repeat Identification Tool)(http://www.gram ene.org/db/markers/ssrtool)進(jìn)行搜索,搜索條件為3次重復(fù)以上,選取二、三、四、五、六核苷酸5種類型的SSRs;對(duì)于轉(zhuǎn)錄組序列,搜索條件是5次重復(fù)以上,選取二、三、四、五、六核苷酸5種類型的SSRs進(jìn)行分析。根據(jù)公式:SSR 頻率=SSR 數(shù)量÷序列總數(shù)計(jì)算SSR 頻率。

        1.2.2 SSRs引物的設(shè)計(jì) 利用primer 5.0軟件設(shè)計(jì)引物。來(lái)自NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中的EST 序列,共得到105對(duì)EST-SSR 引物;來(lái)自水曲柳轉(zhuǎn)錄組中的序列,共設(shè)計(jì)1 678對(duì)引物,隨機(jī)合成127對(duì)。引物由上海生工生物工程有限公司合成,共合成232對(duì)。

        1.2.3 水曲柳DNA的提取、檢測(cè)及DNA樣品池建立 用改良的CTAB 法分別提取成年水曲柳雌雄各100株葉片DNA。分別用瓊脂糖凝膠電泳和紫外分光光度計(jì)檢測(cè)DNA 質(zhì)量及濃度,根據(jù)檢測(cè)結(jié)果,用ddH2O 將DNA 濃度調(diào)整為同一濃度。隨機(jī)選擇雌雄DNA 各50個(gè),各取1μL 分別混合成水曲柳雌雄DNA 樣品池。

        1.2.4 水曲柳SSR擴(kuò)增及引物篩選 以水曲柳雌雄DNA 樣品池為模板,對(duì)合成的232對(duì)SSR 引物進(jìn)行篩選。參考不同引物的Tm 值,采用梯度PCR儀進(jìn)行擴(kuò)增,退火溫度篩選時(shí)在(Tm-5℃)~(Tm-3℃)之間設(shè)置3個(gè)溫度梯度,SSR 擴(kuò)增體系(20 μL)為:10×buffer 2.0μL;dNTPs 1.6μL;DNA 模板(20μg/μL)2.0μL;rTaq0.2μL;引 物1(10 μmol/L)1μL;引物2(10μmol/L)1μL;ddH2O 12.2μL[23]。擴(kuò)增產(chǎn)物用12%的聚丙烯酰胺凝膠檢測(cè),參照韓永亮[24]的電泳和銀染方法。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 水曲柳SSRs出現(xiàn)頻率、類型及分布比例

        從來(lái)自白蠟屬EST 和水曲柳轉(zhuǎn)錄組中的5 423條和179 502條序列中,分別查找到9 488個(gè)和3557個(gè)SSR 位點(diǎn),共13 045個(gè)。SSR 出現(xiàn)的頻率分別是174.96%和1.98%,平均0.32kb和13.87 kb出現(xiàn)一個(gè)SSR,長(zhǎng)度≥10bp的SSR 出現(xiàn)頻率分別是3.41%和1.98%。白蠟屬EST 中SSR 出現(xiàn)頻率比水曲柳轉(zhuǎn)錄組序列中出現(xiàn)的頻率高(表1)。

        表2顯示,全部的EST-SSR 包括2~6個(gè)核苷酸重復(fù)單元,其中二核苷酸重復(fù)所占比例最大約68.83%(8 979 次);其次是三核苷酸占總SSR 的28.69%(3 743次);五核苷酸的重復(fù)出現(xiàn)的比較少只有46個(gè),占總SSR 的0.35%;通過(guò)對(duì)兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)SSR 位點(diǎn)的比較發(fā)現(xiàn)白蠟屬EST 數(shù)據(jù)庫(kù)SSR 中二核苷酸和四核苷酸所占的比例比水曲柳轉(zhuǎn)錄組的高,分別多14.82%和0.25%;而水曲柳轉(zhuǎn)錄組SSR的三、五和六核苷酸所占的比例比白蠟屬EST 數(shù)據(jù)庫(kù)的高,分別多13.7%、0.29%和1.07%(表2)。

        2.2 水曲柳EST-SSR中重復(fù)基元的分布特征

        2.2.1 白蠟屬中EST-SSR 的特性 在來(lái)源于白蠟屬EST-SSR序列中,共觀察到131種重復(fù)基元(考慮堿基互補(bǔ)的前提下)。其中二核苷酸重復(fù)基元有4種,三、四、五和六核苷酸重復(fù)基元分別有18、44、20和45種。二核苷酸基元(AG/CT)n出現(xiàn)的最多(3 458次),占二核苷酸重復(fù)的50.01%,其次分別是(AC/GT)n(24.47%)和(AT/AT)n(24.23%),(CG/CG)n出現(xiàn)的較少(89次)(1.29%)。三核苷酸基元中(AAG/TTC)n出現(xiàn)最多(491次),占三核苷酸重復(fù)的20.73%,(ACC/GGT)n 和(AGG/CCT)n出現(xiàn)的頻率也較高,分別占三核苷酸重復(fù)的9.29%(220次)和6.46%(153次)。四核苷酸基元中(AAAT/TTTA)n出現(xiàn)的最多,占四核苷酸基元的16.15%(21 次),其次是(AAAG/TTTC)n 和(AATA/TATT)n,分別占四核苷酸重復(fù)的12.31%(16次)和7.69%(10次)。五核苷酸重復(fù)基元出現(xiàn)的頻率比較低只有26個(gè)。搜索結(jié)果得到50個(gè)六核苷酸基元,出現(xiàn)最多的是(AAAAAT/ATTTTT)n(4次)。

        表1 SSR 出現(xiàn)頻率Table 1 Frequency of SSR

        總之,白蠟屬EST-SSR 以二核苷酸為主導(dǎo),(AG/CT)n出現(xiàn)的最多,占總SSR 的36.45%;其次分別是(AC/GT)n(17.83%)和(AT/AT)n(17.65%),而三、四、五和六核苷酸在總SSR 中所占比例都很小。

        2.2.2 水曲柳轉(zhuǎn)錄組中EST-SSR 的特性 在來(lái)源于水曲柳轉(zhuǎn)錄組的SSR 序列中,共觀察到102種重復(fù)基元(考慮堿基互補(bǔ)的前提下)(圖1)。其中二核苷酸重復(fù)基元有4種,三、四、五和六核苷酸重復(fù)基元分別有10、13、18和57種。二核苷酸基元(AG/CT)n出現(xiàn)最多(1 554 次),占二核苷酸重復(fù)的75.25%,其次分別是(AC/GT)n(16.71%)和(AT/AT)n(7.51%),(CG/CG)n出現(xiàn)較少(11 次)(0.53%)。三核苷酸基元中(AAG/CTT)n出現(xiàn)最多(412 次),占三核苷 酸 重 復(fù) 的29.96%,(ACC/GGT)n和(AGC/CTG)n出現(xiàn)的頻率也較高,分別占三核苷酸重復(fù)的19.71%(271 次)和11.64%(160次)。四、五和六核苷酸出現(xiàn)的都比較少,但是六核苷酸類型豐富。

        表2 水曲柳SSRs類型及分布比例Table 2 Repeat types and percentage of SSRs of F.mandshurica

        通過(guò)以上分析可知,兩種序列來(lái)源中EST-SSR的特性相同,出現(xiàn)的SSR 位點(diǎn)較多、類型豐富,都是以二核苷酸為主導(dǎo),三、四、五和六核苷酸在總SSR中所占比例都很小。二核苷酸基元(AG/CT)n 出現(xiàn)的最多(5 012次),占總SSR 的38.42%,其次分別是(AC/GT)n(2 037 次)和(AT/AT)n(1 830次)。三核苷酸基元中,(AAG/CTT)n 出現(xiàn)最多(903 次),占 總SSR 的6.92%。四核苷酸中(AAAT/ATTT)n出現(xiàn)的最多,占總SSR的0.23%。五核苷酸(AAAAG/TTTTC)n 出現(xiàn)的最多,占總SSR 的0.09%。六核苷酸出現(xiàn)的次數(shù)不多,但類型豐富(圖1)。

        2.3 水曲柳EST-SSR引物篩選及應(yīng)用

        2.3.1 水曲柳DNA 提取與檢測(cè) 采用CTAB 法提取水曲柳葉片中的DNA,用RnaseA 消化后在1.0%瓊脂糖凝膠中電泳檢測(cè)其完整性,從圖2中可看出DNA 條帶清晰,點(diǎn)樣孔也較干凈,沒(méi)有大分子物質(zhì)的干擾。之后用紫外分光光度計(jì)檢測(cè)其濃度,各樣品A260/A280均約等于1.8,符合實(shí)驗(yàn)要求。

        2.3.2 EST-SSR 引物第一輪篩選 分別以水曲柳雌、雄DNA 樣品池為模板,對(duì)設(shè)計(jì)的232對(duì)SSR 引物進(jìn)行PCR 擴(kuò)增,結(jié)果顯示208(89.66%)對(duì)引物獲得有效擴(kuò)增,其中158 對(duì)(68.10%)引物在雌雄DNA 中無(wú)差異,有20對(duì)引物擴(kuò)增的片段不在目的片段范圍內(nèi);74對(duì)(31.90%)引物在雌雄DNA 中有差異,有27對(duì)引物擴(kuò)增的片段符合預(yù)定大小的目的條帶。在2種來(lái)源的引物中,來(lái)自白蠟屬的引物有47對(duì)在水曲柳雌雄DNA 中有差異,其中有23對(duì)的雌雄差異片段符合預(yù)定大小的目的條帶,有20對(duì)雌雄差異片段小于目的片段長(zhǎng)度(表3);來(lái)自水曲柳轉(zhuǎn)錄組的127 對(duì)引物中,有27 對(duì)在水曲柳雌雄DNA 中有差異,其中有4對(duì)引物的雌雄差異片段符合預(yù)定大小的目的條帶,有7對(duì)引物的雌雄差異條帶小于目的片段,有16對(duì)引物的雌雄差異片段大于目的條帶(表4)。在雌雄有差異片段的74對(duì)引物中有30對(duì)引物能在雌樹的DNA 中擴(kuò)增出片段,不能在雄樹DNA 中擴(kuò)增出段;有44對(duì)引物在雌樹的DNA 中不能擴(kuò)增出片段,在雄樹DNA 中能擴(kuò)增出片段。在圖3,A 中箭頭所示,21號(hào)引物(3、4泳道)和20號(hào)引物(9、10泳道)在雌雄DNA中均能擴(kuò)增出預(yù)定大小的目的條帶,23號(hào)引物(7、8泳道)在雌雄中擴(kuò)增出條帶小于目的片段。在圖3,B中箭頭所示,73號(hào)引物(1、2、3、4泳道)和74號(hào)引物(7、8泳道)在雌樹DNA 中擴(kuò)增出符合預(yù)定大小的目的條帶,而在雄樹DNA 中沒(méi)有擴(kuò)增出條帶;75號(hào)引物(9、10、11、12泳道)在雌樹DNA 中擴(kuò)增出比目的片段長(zhǎng)度小的條帶,而在雄樹中沒(méi)有擴(kuò)增出條帶。

        圖1 水曲柳SSR 分布特性圖1 Distribution characteristics of SSR in F.mandshurica

        圖2 DNA 提取結(jié)果Fig.2 DNA electrophosis

        表3 白蠟屬EST-SSRs引物篩選結(jié)果Table 3 Results of EST-SSRs primer screening in Fraxinus

        2.3.3 EST-SSR 引物第二輪篩選 將第一輪篩選中雌雄有差異的所有引物都用于第二輪篩選,每個(gè)引物分別以雌雄各15個(gè)單株DNA 為模板,擴(kuò)增結(jié)果顯示來(lái)自水曲柳轉(zhuǎn)錄組中的19和56號(hào)引物在水曲柳雌雄各15個(gè)單株中均有差異。圖4,A 是來(lái)自白蠟屬EST 的44和26號(hào)引物,可以看出在雌雄間沒(méi)有明顯差異,圖4,B 是來(lái)自轉(zhuǎn)錄組56號(hào)引物部分結(jié)果,在40~80bp處雄樹DNA 中均擴(kuò)增出小于目的條帶的多態(tài)性片段,而雌樹DNA 中均沒(méi)有這樣的多態(tài)性條帶。圖4,C 是19號(hào)引物部分?jǐn)U增結(jié)果,如箭頭所示,在雌樹DNA 中擴(kuò)增出符合預(yù)定大小的目的條帶,而雄樹DNA 中沒(méi)有擴(kuò)增出同樣大小的條帶。

        2.3.4 EST-SSR 在水曲柳中的應(yīng)用 將第二輪篩選得到的19號(hào)和56號(hào)引物應(yīng)用于200棵成年水曲柳的雌雄差異分析中,56號(hào)引物在100株雌樹中有18株在80bp處擴(kuò)增出片段,82株沒(méi)有擴(kuò)增出片段(圖5,A),差異率是82.00%;在100株雄樹中有3株在80bp處沒(méi)有片段,97 株有片段,而且均出現(xiàn)多態(tài)性擴(kuò)增片段(圖5,B),差異率是97.00%。因此,56號(hào)引物在200株水曲柳成年雌雄樹中雌雄差異率是89.50%。

        19號(hào)引物在100株雌樹中有38株在300~500 bp之間擴(kuò)增出片段,如圖6箭頭所示,62株沒(méi)有擴(kuò)增出片段,差異率是38.00%;在100株雄樹中有91株在300~400bp之間沒(méi)有擴(kuò)增出片段,9株擴(kuò)增出片段,差異率是91.00%,19號(hào)引物在200株水曲柳成年樹中雌雄差異率是64.50%。

        表4 轉(zhuǎn)錄組EST-SSRs引物篩選結(jié)果Table 4 Results of EST-SSRs primer screening in transcriptome

        圖3 部分引物篩選結(jié)果Fig.3 Primers screening for EST-SSR analysis

        圖4 第二輪部分引物篩選結(jié)果Fig.4 Results of primer screening in the second round

        3 討 論

        圖5 56號(hào)引物雌雄鑒別部分圖Fig.5 Results of primer 56

        圖6 19號(hào)引物雌雄鑒別部分圖Fig.6 Results of primer 19

        SSR 不僅分布于整個(gè)基因組中,包括編碼區(qū)和非編碼區(qū),也廣泛存在于EST 序列中。EST 序列開發(fā)的EST-SSR標(biāo)記與傳統(tǒng)的基因組SSR 標(biāo)記相比有很多優(yōu)點(diǎn),如:EST-SSR 標(biāo)記在物種間具有高通用性,通常都代表著某種基因功能,還可反映出轉(zhuǎn)錄區(qū)的差異,而且開發(fā)過(guò)程簡(jiǎn)單、成本低[25]。目前,EST-SSR 已在農(nóng)作物和木本植物中廣泛應(yīng)用。Silfverberg-Dilworth等[26]利用148個(gè)蘋 果SSR 引物(包含31個(gè)EST-SSR)和8個(gè)已知的蘋果、梨和歐洲花楸SSR 標(biāo)記構(gòu)建了復(fù)合遺傳圖譜,這些SSR標(biāo)記給原參考圖譜新增了168個(gè)位點(diǎn)。通常ESTSSR 側(cè)翼序列在物種之間高度保守,因此可以在一個(gè)物種中開發(fā)EST-SSR 應(yīng)用于與它親緣的物種中。Vendramin等[27]從桃(P.persica)的中果皮中開發(fā)了21對(duì)EST-SSR 引物,用22個(gè)桃DNA 篩選出18對(duì)引物均能有效擴(kuò)增出條帶,同時(shí)用這18對(duì)引物在李屬(Prunus)的6 個(gè)其它植物中均擴(kuò)增出了預(yù)期條帶,說(shuō)明EST-SSR 在李屬近緣種植物之間具有高效的通用性。本研究在105 對(duì)白蠟屬EST-SSR引物和127對(duì)水曲柳轉(zhuǎn)錄組SSR 引 物中,分別有81和127對(duì)引物能有效擴(kuò)增,說(shuō)明EST-SSR 在近緣或遠(yuǎn)緣物種之間均有較好的通用性。

        要將EST-SSR 應(yīng)用于植物中,關(guān)鍵的第一步就是要進(jìn)行對(duì)EST 序列中SSR 位點(diǎn)的分析及引物設(shè)計(jì)。劉澤濤等[28]用SSRSCAN 軟件對(duì)小麥穗部的3264條EST 序列進(jìn)行SSR 位點(diǎn)查找,得到108條含有SSR 標(biāo)記的序列,設(shè)計(jì)64對(duì)引物篩選得到41對(duì)能在小麥品種中擴(kuò)增出條帶,36對(duì)引物能擴(kuò)增出多態(tài)性條帶。Chabane等[29]設(shè)計(jì)了48對(duì)大麥的EST-SSR 引物,并從中篩選出15 對(duì)引物在大麥中能有效擴(kuò)增。在EST-SSR 研究中,李響等[30]對(duì)臘梅轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行SSR 位點(diǎn)分析并設(shè)計(jì)了100對(duì)ESTSSR 引物,篩選出17對(duì)引物在臘梅中能有效擴(kuò)增。本研究共合成了232對(duì)引物,篩選到208對(duì)引物在水曲柳中能有效擴(kuò)增,其中有74對(duì)引物在水曲柳雌雄DNA 中存在差異,占所有引物的31.90%。

        隨著植物基因組學(xué)與功能基因組學(xué)的不斷發(fā)展和研究的深入,大規(guī)模植物基因的測(cè)序產(chǎn)生了大量的EST 序列,并上傳到核酸公共數(shù)據(jù)庫(kù)中,因此,要進(jìn)一步利用EST 序列信息,其中之一就是要對(duì)EST-SSR 的引物進(jìn)行開發(fā)。李德軍等[31]對(duì)來(lái)自NCBI和馬來(lái)西亞橡膠樹EST 數(shù)據(jù)庫(kù)的EST 序列進(jìn)行分析,共鑒定到566個(gè)SSR 位點(diǎn),平均3.96kb出現(xiàn)一個(gè)SSR 位點(diǎn)。在火炬松和云杉EST 序列中平均49.8kb出現(xiàn)1個(gè)SSR 位點(diǎn),在楊樹EST 序列中平均每3.88kb出現(xiàn)1個(gè)SSR 位點(diǎn)[16]。在一些物種中,二核苷酸和三核苷酸重復(fù)序列占主要類型,如橡膠樹中二核苷酸重復(fù)占主要類型,其次是三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重復(fù),二核苷酸中GA/CT 的數(shù)目最多,其次是TC/AG、AT/TA、CTT/GAA、TTC/AAG 和TCT/AGA[31]。甘蔗EST 中三核苷酸重復(fù)占90%[32];蝴蝶蘭EST 中二核苷酸重復(fù)占67.10%[33];白樺EST 中二核苷酸重復(fù)占81.12%[15]。本研究中水曲柳轉(zhuǎn)錄組中的SSR 出現(xiàn)的頻率較低為1.98%,在白蠟屬EST 中每0.32kb出現(xiàn)一個(gè)SSR 位點(diǎn),出現(xiàn)的頻率較高。水曲柳中也是二核苷酸重復(fù)序列占主導(dǎo),最高為72.87%,二核苷酸(AG/CT)n出現(xiàn)的頻率最多為38.42%。水曲柳中的三核苷酸(AAG/CTT)n 與楊樹(9.3%)、杏(28.76%)[34]、油菜(35.71)[35]等報(bào)道一致。

        水曲柳雌雄葉片的EST-SSR 標(biāo)記的開發(fā)及應(yīng)用對(duì)水曲柳育種及種子園建立具有重要的現(xiàn)實(shí)意義,一方面,對(duì)兩種來(lái)源的標(biāo)記均具有較高的有效擴(kuò)增效率,表明利用近緣植物的分子標(biāo)記對(duì)水曲柳進(jìn)行研究是一種有效可行的方法;另一方面,導(dǎo)致水曲柳有性繁殖和種子園建立的難點(diǎn)關(guān)鍵是幼年水曲柳很難分辨雌雄,而目前關(guān)于水曲柳雌雄鑒別的研究基本空白。構(gòu)建更加全面的水曲柳雌雄ESR-SSR標(biāo)記并利用其來(lái)進(jìn)行雌雄差異基因的定位,將是下一步的工作重點(diǎn)。

        [1]BERUBE Y,ZHUANG J,RUNGIS D,etal.Characterization of EST-SSR in loblolly pine and spruce[J].TreeGenetics&Genomes,2007,3(3):251-259.

        [2]PONCET V,RONDEAU M,TRANCHANT C.SSR mining in coffee tree EST databases:potential use of EST-SSRs as markers for the coffea genus[J].Mol.Gen.Genomics,2006,276:436-449.

        [3]ZHANG Y D(張亞?wèn)|),PENG CH(彭 嬋),LI ZH F(李振芳),etal.Genetic diversity of genomic-SSR and EST-SSR markers in interspecies of poplar[J].JournalofNortheastForestryUniversity(東北林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)),2011,29(12):8-11(in Chinese).

        [4]ZHANG L D(張利達(dá)),TANG K X(唐克軒).Development of plant EST-SSR markers and its application[J].GenomicsandAppliedBiology(基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)),2010,29(3):534-541(in Chinese).

        [5]VARSHNEY R K,GRANER A,SORRELLS M E.Genic microsatellite markers in plants[J].TrendsinBiotechnology,2005,23(1):48-55.

        [6]KANTETY R V,L ROTA M,MATTHEWS D E,etal.Data mining for simple sequence repeat in expressed sequence tags from barley,maize,rice,sorghum,and wheat[J].PlantMolecularBiology,2002,48(5):501-510.

        [7]YU J K,DAKE T M,SINGH S,etal.Development and mapping of EST-derived simple sequence repeat markers for hexaploid wheat[J].Genome,2004,47(5):805-818.

        [8]BARRETT B,GRIFFITHS A,SCHREIBER M,etal.A microsat ellite map of white clover[J].Theor.Appl.Genet,2004,109(3):596-608.

        [9]DECROOCQ V,F(xiàn)AVE M G,HAGEN L,etal.Development and transferability of apricot and grape EST microsatellite markers across taxa[J].Theor.Appl.Genet,2003,106(5):912-922.

        [10]CHO Y G,ISHII T,TEMNYKH S,etal.Diversity of microsatellites derived from genomic libraries and GenBank sequences in rice(OryzasativaL)[J].Theor.Appl.Genet,2000,100(5):713-722.

        [11]XU YONG,MA RONGCAI,XIE HUA,etal.Development of SSR markers for the phylogenet ic analysis of almond trees from China and the Mediterranean region[J].Genome,2004,47(6):1 091-1 104.

        [12]FRASER L G,HARVEY C F,CROWHURST R N,etal.EST-derived microsatellites from Actinidia species and their pot ential for mapping[J].Theor.Appl.Genet,2004,108(6):1 010-1 016.

        [13]RUNGIS D,BERUBE Y,ZHANG J,etal.Robust simple sequence repeat markers for spruce(Piceaspp.)from expressed sequence tags[J].Theor.Appl.Genet,2004,109(6):1 283-1 294.

        [14]CHERDSAK L,,CAROL E R,YOUSRY A E,etal.Single-copy,species-transferable microsat ellite markers developed from loblolly pine ESTs[J].Theor.Appl.Genet,2004,109(2):361-369.

        [15]WANG Y M(王艷敏),WEI ZH G(魏志剛),YANG CH P(楊傳平).Data mining for SSRs in ESTs and EST-SSR marker development inBetulaplatyphylla[J].ScientiaSilvaeSinicae(林業(yè)科學(xué)),2008,44(2):78-83(in Chinese).

        [16]ZHANG X Y(張新葉),SONG C W(宋叢文),ZHANG Y D(張亞?wèn)|),etal.Development of EST-SSR inPopulusdeltoidesandP.euramericana[J].ScientiaSilvaeSinicae(林業(yè)科學(xué)),2009,45(9):53-59(in Chinese).

        [17]YAO M ZH(姚明哲),LIU ZH(劉 振),CHEN L(陳 亮),etal.Genetic diversity and structure of tea germplasm originated from region of North Yangtze River Based on EST-SSR markers[J].JournalofTeaScience(茶葉科學(xué)),2009,29(3):243-250(in Chinese).

        [18]LIU G(劉 果),ZHANG D Q(張黨權(quán)),XIE Y J(謝耀堅(jiān)),etal.Rapid screening and transferability analysis of genomic-SSR and ESTSSR primers in eucalypt[J].ScientiaSilvaeSinicae(林業(yè)科學(xué)),2013,49(2):127-133(in Chinese).

        [19]AN Z W(安澤偉),ZHAO Y H(趙彥宏),CHENG H(程 漢),etal.Development and application of EST-SSR markers inHeveabrasiliensisMuell.Arg[J].Hereditas(遺傳),2009,31(3):311-319(in Chinese).

        [20]周以良.黑龍江樹木志[M].哈爾濱:黑龍江科學(xué)技術(shù)出版社,1986:487-548.

        [21]WANG H Y(王義弘),CHAN Y X(柴一新),MU CH L(慕長(zhǎng)龍).Tudy on ecology ofFraxinusmandshurica[J].JournalofNortheast ForestryUniversity(東北林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)),1994,22(1):1-6(in Chinese).

        [22]JI L L(紀(jì)麗麗),SU P(蘇 平).An exploration on morphological identification of the sex ofFraxinusmandshurica[J].ForestBy-ProductandSpecialityinChina(中國(guó)林副特產(chǎn)),2008,97(6):31-33(in Chinese).

        [23]SHAO J P(邵俊培),LI ZH H(李志輝),YANG M H(楊模華),etal.Optimization of PCR system in EST-SSR analysis ofPinusmassonianaLamb[J].JournalofCentralSouthUniversityofForestry&Technology(中國(guó)林業(yè)科技大學(xué)學(xué)報(bào)),2012,4(32):159-163(in Chinese).

        [24]HAN Y L(韓永亮),CHANG J H(常金華).Comparative analysis of two kinds of methods to detect SSRs on polyacrylamide gel elect rophoresis systems[J].RainFedCrops,2006,26(3):176-177(in Chinese).

        [25]LIN Y ZH(林元震),GUO H(郭 海),LIU CH X(劉純鑫),etal.Development and application of EST-SSR markers in woody plants[J].BulletinofPlantPhysiology(植物生理學(xué)通訊),2009,45(12):1 221-1 225(in Chinese).

        [26]SILFVERBERG D E,MATASCI C L,VAN DE WEG WE,etal.Microsatellite markers spanning the apple(Malus×domesticaBorkh.)genome[J].TreeGen.Genom.,2006,2(4):202-224.

        [27]VENDRAMIN E,DETTORI MT,GIOVINAZZI J,etal.A set of EST-SSRs isolated from peach fruit transcriptome and their transportability acrossPrunusspecies[J].Mol.Ecol.Notes,2007,7(2):307-310.

        [28]LIU Z T(劉澤濤),YUAN SH H(苑少華),YANG D(楊 迪)etal.Development of SSR markers derived from EST of wheat spikes and their use in genetic diversity analysis of wheat[J].JournalofTriticeaeCrops(麥類作物學(xué)報(bào)),2013,33(6):1 093-1 099(in Chinese).

        [29]CHABANE K,VARSHNEY RK,GRANER A,etal.Generation and exploitation of EST-derived SSR markers for assaying molecular diversity in durum wheat populations[J].GenetResour.CropEvol.,2008,55(6):869-881.

        [30]LI X(李 響),YANG N(楊 楠),etal.Development and primer aelection of EST-SSR molecular markers based on transcriptome sequencing of chimonanthus praecox[J].JournalofBeijingForestryUniversity(北京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)),2013,35(1):25-32(in Chinese).

        [31]DEJUN LI,ZHI DENG,HUINA GUO,etal.Development and characterizations of EST-SSR markers in rubber tree(Heveabrasiliensis)[J].AgriculturalScience&Technology,2014,15(5):733-737.

        [32]CORDEIRO G M,CASU R,MCINTYRE C L,etal.Microsatellite markers from sugarcane(Saccharumspp.)ESTs cross transferable to helianthus and sorghum[J].PlantScience,2001,160(6):1 115-1 123.

        [33]LI D M(李冬梅),LüF B(呂復(fù)兵),ZHU G F(朱根發(fā)),etal.Analysis of SSR information in EST resource ofPhalaenopsisspp[J].GuangdongAgriculturalSciences(廣東農(nóng)業(yè)科學(xué)),2011,3:117-120(in Chinese).

        [34]LI X B(李小白),ZHANG M L(張明龍),CUI H R(崔海瑞).Analysis of SSR inform ation in EST resource of o ilseed rape[J].Chinese JournalofOilCropSciences(中國(guó)油料作物學(xué)報(bào)),2007,29(1):20-22(in Chinese).

        [35]YU L(余 利),HUANG SH Y(黃少勇),ZHANG ZH J(張智俊),etal.Genetic diversity analysis of 13kinds of ornamental bamboo based on EST-SSR markers[J].NonwoodForestResearch(經(jīng)濟(jì)林研究),2012,30(3):6-10(in Chinese).

        猜你喜歡
        差異
        “再見”和bye-bye等表達(dá)的意義差異
        JT/T 782的2020版與2010版的差異分析
        相似與差異
        關(guān)于中西方繪畫差異及對(duì)未來(lái)發(fā)展的思考
        收藏界(2019年3期)2019-10-10 03:16:40
        找句子差異
        DL/T 868—2014與NB/T 47014—2011主要差異比較與分析
        生物為什么會(huì)有差異?
        法觀念差異下的境外NGO立法效應(yīng)
        構(gòu)式“A+NP1+NP2”與“A+NP1+(都)是+NP2”的關(guān)聯(lián)和差異
        論言語(yǔ)行為的得體性與禮貌的差異
        亚洲精品乱码久久久久久蜜桃图片 | av在线网站一区二区| 亚洲综合在线观看一区二区三区 | 日本高清视频永久网站www| 亚洲a∨无码一区二区| 成人午夜免费福利| 国产亚洲av夜间福利在线观看| 精品亚洲欧美高清不卡高清| 日韩精品国产一区二区| 激情五月我也去也色婷婷| 天堂中文最新版在线中文| 先锋影音av资源我色资源| 日本一区二区不卡超清在线播放| 中文字幕人妻久久久中出| 亚洲日韩精品一区二区三区| 欧美婷婷六月丁香综合色| 国产三级视频在线观看视主播| 日本韩国亚洲三级在线| 无码人妻一区二区三区兔费| 成 人 色综合 综合网站| 亚洲AV秘 无码一区二区久久| 成h视频在线观看免费| 99精品国产丝袜在线拍国语| chinese国产乱在线观看 | 国产亚州精品女人久久久久久| 全部孕妇毛片| 国产在线欧美日韩精品一区二区 | 国产精品久久久久久久久久影院| 亚洲精品第四页中文字幕| 欧美性色黄大片手机版| 香蕉网站在线| 国产一区二区三区av观看| 东北少妇不戴套对白第一次| 色偷偷av亚洲男人的天堂| 国产精品国产三级国产AvkTV | 国内精品少妇高潮视频| 欧美粗大猛烈老熟妇| 国产精品视频免费的| 亚洲一区二区精品在线| 日韩精品极品视频在线观看免费| 丰满岳乱妇在线观看中字无码|