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        基于非線性擴(kuò)散濾波的運(yùn)動細(xì)胞檢測方法

        2015-04-30 13:04:43林玉獅等
        軟件導(dǎo)刊 2015年4期

        林玉獅等

        摘要摘要:將非線性擴(kuò)散濾波和背景差分法相結(jié)合,提出了一種新的運(yùn)動細(xì)胞檢測方法。通過在時間域內(nèi)使用非線性擴(kuò)散濾波,消除了背景差分法對閾值的強(qiáng)依賴性,并消除了圖像噪聲,增強(qiáng)了圖像邊界。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,新方法能夠較好地檢測出運(yùn)動細(xì)胞。

        關(guān)鍵詞關(guān)鍵詞:運(yùn)動細(xì)胞;背景差分法;非線性擴(kuò)散濾波

        DOIDOI:10.11907/rjdk.1431080

        中圖分類號:TP301

        文獻(xiàn)標(biāo)識碼:A文章編號文章編號:16727800(2015)004002703

        0引言

        在生物醫(yī)藥學(xué)和疾病防治研究領(lǐng)域,為了進(jìn)行針對性的研究,需要獲取細(xì)胞的各種參數(shù),如運(yùn)動軌跡、移動速度、分裂周期等。而這些參數(shù)的獲取,需要對細(xì)胞進(jìn)行檢測和追蹤。細(xì)胞形態(tài)不確定性、交叉和重疊等因素,導(dǎo)致采取傳統(tǒng)手工分析方法效率和精準(zhǔn)度都非常低下。因此,面對大量的細(xì)胞圖像數(shù)據(jù),迫切需要一種高效、精準(zhǔn),且能夠自動對細(xì)胞行為進(jìn)行分析的方法來對其加以處理。

        在過去的幾十年中,細(xì)胞追蹤作為一個熱點(diǎn)課題,已經(jīng)被廣大學(xué)者所持續(xù)關(guān)注和研究。細(xì)胞檢測作為細(xì)胞追蹤中重要的第一步,同樣被科研工作者潛心研究。Meanshift算法和背景差分法是基于模型擴(kuò)展的方法,Meanshift方法可以快速追蹤到視頻序列移動的物體,但通常并不能很好地描繪出物體的輪廓。在該領(lǐng)域內(nèi)Xiuzhuang和Yao[12]提出了一種較好方法,他們在粒子濾波框架中引入方向自適應(yīng)均值飄移算法,以此來提高細(xì)胞追蹤中的粒子濾波。Snake模型則要求相鄰的視頻幀之間要有重疊。Xufei等[3]提出使用背景差分法來追蹤非惰性細(xì)胞,他們在進(jìn)行細(xì)胞追蹤前,通過使用分水嶺算法并結(jié)合細(xì)胞的特征來實(shí)現(xiàn)細(xì)胞的識別和分割。Fu shujun等[4]采用雙向擴(kuò)散的非線性擴(kuò)散濾波方程,實(shí)現(xiàn)圖像的邊緣檢測并增強(qiáng)圖像質(zhì)量。

        本文提出了一種新的運(yùn)動細(xì)胞檢測算法,在時間域內(nèi)采用非線性擴(kuò)散濾波,可以在一個寬泛的范圍內(nèi)選擇出一個合適的閾值,消除了背景差分法對閾值的強(qiáng)依賴性。

        1研究方法

        1.1背景差分法

        細(xì)胞追蹤的第一步就是要檢測出目標(biāo)細(xì)胞。背景差分法[5]是對運(yùn)動目標(biāo)進(jìn)行檢測的常用方法,它是基于模型擴(kuò)展的一種方法。該方法的理論架構(gòu)如下:首先,需要建立背景模型,然后用當(dāng)前幀的圖像減去背景模型,把相減所得到的差分圖像與設(shè)定的閾值進(jìn)行比較,若差分圖像閾值大于設(shè)定閾值,則表明該像素偏離背景模型較大,為檢測的運(yùn)動目標(biāo)像素,反之為背景像素。其理論公式如下:

        其中,Gk(x,y)為當(dāng)前圖像幀,Bk(x,y)為背景模型,Rk(x,y)為相差圖像,即包含運(yùn)動目標(biāo)的二值化圖像,T為設(shè)置的閾值。1表示檢測到的目標(biāo)像素,0表示背景像素。

        背景差分法是一種很快速的方法,所需內(nèi)存較小。但是,該方法存在一個嚴(yán)重缺陷,即高度依賴于閾值的選擇。為了克服這種缺陷,本文提出了一種將非線性擴(kuò)散濾波和背景差分法相結(jié)合的運(yùn)動細(xì)胞檢測方法。

        1.2非線性擴(kuò)散濾波

        近年來,對如何消除擴(kuò)散過程中產(chǎn)生的噪聲相關(guān)研究較多。人們發(fā)現(xiàn)一種非線性方程可以達(dá)到消除噪聲并增強(qiáng)圖像邊界的目的,這就是非線性擴(kuò)散濾波(Nonlinear Diffusion Filtering, NLD)[6],它是圖像分割中對圖像多尺度描述的一種效果顯著的工具。非線性擴(kuò)散濾波方法的使用由Prona和Malik[7]首先提出。他們在前人的基礎(chǔ)上面提出了PM模型,該模型以“高頻部分?jǐn)U散系數(shù)小,低頻部分?jǐn)U散系數(shù)大”為準(zhǔn)則,將擴(kuò)散系數(shù)表示為一個關(guān)于圖像梯度的函數(shù),提出了在圖像處理中引入擴(kuò)散系數(shù)方程,來實(shí)現(xiàn)圖像平滑。模型方程如下:

        在背景差分法中引入NLD方法,用來消除噪聲強(qiáng)度。改進(jìn)后的算法流程如圖1所示。

        本實(shí)驗(yàn)采用的樣本數(shù)據(jù)來源于醫(yī)院患者的精液樣本,是一個M×N維的T幀視頻序列,其分辨率為240×320像素,幀速為每秒25幀。如果采用背景差分法,則差分矩陣的維數(shù)是M×N×(T-1)。在T幀中(i,j)位置的像素強(qiáng)度(Ii,j)變化如圖2所示。通過選用一個適當(dāng)?shù)拈撝?,可以捕獲到從該位置移動過去的細(xì)胞,但如何選擇一個合適的閾值頗為困難。本文提出了基于NLD的背景差分法,通過對Ii,j使用一維的NLD方法來消除噪聲像素強(qiáng)度。如圖3所示,噪聲像素去除后,可以在一個寬泛的范圍中快速選擇出一個合適的閾值。

        關(guān)于高維圖像的處理,本文對三維差分矩陣中的一行使用二維的NLD方法,來取代對每一個像素使用一維的NLD算法,以此來提高運(yùn)算速率。隨后將其擴(kuò)展到所有行中,這使得每一個差分幀之間閾值的選擇變得簡單。圖4給出了一組圖像在使用NLD算法前(左)后(右)的效果對比圖。因此,使用NLD算法可以降低選擇不同閾值時結(jié)果對閾值的依賴度。在NLD算法應(yīng)用完成后,再使用形態(tài)學(xué)方法,來消除圖像中的噪聲數(shù)據(jù)。2實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析

        為了對細(xì)胞檢測的精確度進(jìn)行評估,本文定義的精確度是每一視頻序列中檢測到的運(yùn)動細(xì)胞總數(shù)與全部運(yùn)動細(xì)胞的比值。表1給出了對每一個序列中運(yùn)動細(xì)胞檢測的精確度。表2給出了單獨(dú)使用背景差分法時的精確度。

        從表1和表2中的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)可以看出,使用本文方法對運(yùn)動細(xì)胞進(jìn)行檢測的平均精確度達(dá)到了91.24%,明顯高于單獨(dú)使用背景差分法時的平均精確度84.36%。實(shí)

        驗(yàn)結(jié)果表明,新方法可較好地檢測出運(yùn)動細(xì)胞。

        3結(jié)語

        本文提出了一種新的方法來自動檢測運(yùn)動細(xì)胞,通過在時間域內(nèi)使用非線性擴(kuò)散濾波方法,能夠較容易地得到一個合適的閾值,建立起一個較少受噪聲影響并且更加精確的運(yùn)動模型。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,新方法能夠較好地檢測出運(yùn)動細(xì)胞。后續(xù)將深入研究一種新的匹配模式算法來對細(xì)胞進(jìn)行追蹤。

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        責(zé)任編輯(責(zé)任編輯:孫娟)

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