“AFSM技術(shù),是目前為止全世界唯一的可以在全基因組高通量檢測(cè)SNVs的同時(shí)檢測(cè)甲基化位點(diǎn)的方法,具有其它簡(jiǎn)化測(cè)序無(wú)法比擬的優(yōu)勢(shì)?!盇FSM技術(shù)發(fā)明人、熱帶生物技術(shù)研究所(簡(jiǎn)稱生物所)青年科學(xué)家夏志強(qiáng)博士告訴記者。
近日,生物所在高通量簡(jiǎn)化測(cè)序技術(shù)研究領(lǐng)域獲得突破,種質(zhì)與基因資源研究室夏志強(qiáng)博士發(fā)明了AFSM技術(shù),能夠提供世界領(lǐng)先的簡(jiǎn)化測(cè)序和甲基化解決方案,相關(guān)成果已發(fā)表于《Nature》旗下子刊Scientific Reports(Xia et al., 2015; IF: 5.578),并申請(qǐng)了國(guó)家發(fā)明專利(專利號(hào):201410154134.9)。AFSM技術(shù)通過(guò)對(duì)酶切獲得的AFSM-tag進(jìn)行高通量測(cè)序,能夠降低基因組的復(fù)雜度,操作簡(jiǎn)便,同時(shí)不受參考基因組的限制,可快速鑒定出高密度的SNVs與甲基化,用于遺傳連鎖圖譜的快速構(gòu)建、QTL定位、自然群體演化與結(jié)構(gòu)分析、全基因組關(guān)聯(lián)GWAS分析和快速進(jìn)行群體表觀遺傳學(xué)甲基化研究。
相比世界范圍內(nèi)其它高通量簡(jiǎn)化測(cè)序技術(shù),它具備五大優(yōu)勢(shì):一是適用對(duì)象廣泛,其研究對(duì)象有無(wú)參考基因組均能適用;二是精確度高,每個(gè)Tag 的平均覆蓋深度至少達(dá)到5倍,保證分子標(biāo)記的高準(zhǔn)確性;三是性價(jià)比高,它基于簡(jiǎn)化后的基因組DNA測(cè)序,測(cè)序和甲基化檢測(cè)成本均較低,特別適合大樣本量研究;四是快速高效,只需3-4個(gè)月即可完成大樣本的群體研究;五是甲基化檢測(cè)優(yōu)勢(shì),能夠在全基因組水平大規(guī)模高通量檢測(cè)甲基化。
(摘自中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院院網(wǎng),2015-09-30)