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        計算機輔助設(shè)計的新型胰蛋白酶抑制劑的合成及其抑制活性

        2015-04-23 10:55:40奚宇蘭任建東田伏洲
        合成化學(xué) 2015年9期
        關(guān)鍵詞:殘基室溫配體

        奚宇蘭,任建東,田伏洲,何 菱

        (1.四川大學(xué)華西藥學(xué)院,四川成都 610041;2.成都軍區(qū)總醫(yī)院,四川成都 610083)

        Scheme 1

        急性胰腺炎是臨床常見急腹癥之一,死亡率高達10% ~50%[1]。針對急性胰腺炎發(fā)病機制[2-3],學(xué)者們將研究重點放在胰蛋白酶抑制劑上,確定其與胰蛋白酶的確切結(jié)合位點[4-6]。結(jié)果表明,帶羥基的小分子抑制劑與胰蛋白酶結(jié)合后,羥基與蛋白質(zhì)氨基酸殘基Ser195,His57和水分子以三個以上的短氫鍵結(jié)合,提高了抑制劑與胰蛋白的親和力,從而增強抑制活性[7]。但伴隨的脫水作用可能會降低配體與受體的親和力[8],影響最終的療效。

        萘莫司他(NMT)是常用的胰蛋白酶抑制劑,抑制活性高,作用強而持久,是治療急性胰腺炎最重要的藥物之一。為進一步提高NMT的抑制活性,本文借助計算機輔助藥物設(shè)計法(分子對接法autodock),結(jié)合藥物設(shè)計理論,對NMT進行優(yōu)化設(shè)計和構(gòu)效關(guān)系研究(Chart 1),以期合成具有高抑制活性的胰蛋白酶抑制劑。即以6-氰基-2-萘酚為原料,經(jīng)兩步反應(yīng)制得6-羥基-2-萘甲脒甲磺酸鹽(2);2分別與芳酸(1a~1h)反應(yīng),合成了8個萘甲脒蛋白酶抑制劑(3a~3h,Scheme 1);硝基化合物(4)經(jīng)還原反應(yīng)合成了1個嘧啶胰蛋白酶抑制劑(3i,Scheme 1)。以鄰胺基苯酚為原料,經(jīng)兩步反應(yīng)合成了1個嘧啶胰蛋白酶抑制劑(3j,Scheme 1)。3b~3f為新化合物,其結(jié)構(gòu)經(jīng)1H NMR,13C NMR 和 HR-ESI-MS 表征。并研究了3a~3j對胰蛋白酶的抑制活性。

        Chart 1

        1 實驗部分

        1.1 儀器與試劑

        Varian Mercury 400 MHz型核磁共振儀(CDCl3為溶劑,TMS為內(nèi)標);Aglient-6890型質(zhì)譜儀;分子模擬工作站(聯(lián)想深騰1800型服務(wù)器,Autodock 4.0,Chimera,Accelrys DS Visualizer模擬軟件)。

        1a~1h,自制;其余所用試劑均為分析純。

        1.2 分子模擬和化合物虛擬篩選

        根據(jù)已有蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫,采用Chimera剝離配體和胰蛋白酶受體后新建單獨的小分子配體數(shù)據(jù)庫和大分子受體數(shù)據(jù)庫。使用Autodock對接配體和相應(yīng)受體,依據(jù)運算結(jié)果驗證能量匹配和構(gòu)象匹配后,確定1 mtu為最優(yōu)大分子蛋白質(zhì)受體母體。運用Autodock進行分子對接運算,詳細分析配體與受體結(jié)合的活性位點和氨基酸殘基特征。受體蛋白除去原始配體和水分子后,添加極性氫并加載AM1-BCC電荷。配體經(jīng)分子力學(xué)優(yōu)化后,添加極性氫并加載AM1-BCC電荷。用Autogrid 4.0 計算格點能量[40 ? ×40 ? × 40 ?,格點間隔 0.375 ?,中心坐標(- 3.578,6.338,26.415)]。分子對接運算采用 Lamarckian遺傳算法(對接循環(huán)參數(shù)200,其余參數(shù)為默認值),配體和受體間的結(jié)合情況采用半經(jīng)驗自由能計算方法。具體運算用Autodock 4.0完成。采用分子對接算法分析現(xiàn)有藥物與胰蛋白酶受體的結(jié)合模式,比較NMT在受體活性位點的對接運算構(gòu)象(圖1)以及胰蛋白酶與配體復(fù)合物的晶體結(jié)構(gòu),可驗證文獻報道的活性位點特征。

        根據(jù)結(jié)合自由能和分子受體活性位點氨基酸殘基的結(jié)合情況,選擇了10個具有代表性的脒基胍基取代的芳環(huán)化合物(3a~3h),用于下一步的合成和體外活性測試。

        圖1 NMT與胰蛋白酶相互作用模式Figure 1 The interactive model between NMT and trypsin

        1.3 合成

        (1)2的合成

        冰浴冷卻下,在反應(yīng)瓶中加入甲醇50 mL,通入干燥 HCl氣體至飽和;加入 6-氰基-2-萘酚 8.5 g(50 mmol),攪拌下于室溫反應(yīng)過夜。減壓濃縮蒸除甲醇和殘余HCl;殘余物用甲醇50 mL溶解后,于50℃通入干燥氨氣,反應(yīng)3 h。減壓濃縮,劇烈攪拌下向殘余物中加入飽和碳酸氫鈉溶液,析出固體,過濾,濾餅用水洗滌,干燥得粗品;加入甲醇10 mL,冰浴冷卻下滴加甲磺酸5.8 g(60 mmol),滴畢,于室溫反應(yīng)0.5 h。加入乙醚,析出固體,過濾,濾餅用乙醚洗滌,無水乙醇重結(jié)晶得白色固體2。

        (2)3a~3h的合成(以3a為例)

        在反應(yīng)瓶中加入4-(4-硝基芐氨基)苯甲酸60 mg(0.22 mmol),2 75 mg(0.27 mmol)和無水吡啶5 mL,攪拌使其溶解;加入二環(huán)己基碳二亞胺(DCC)54 mg和 4-二甲氨基吡啶(DMAP)2.7 mg,于室溫反應(yīng)過夜。減壓蒸除吡啶,殘余物經(jīng)硅膠柱層析[洗脫劑A:V(氯仿)∶V(甲醇)=20∶1]純化得白色固體3a。

        用類似的方法合成白色固體3b~3h。

        3a:1H NMR δ:9.50(s,2H),9.22(s,2H),8.55(s,1H),8.24(d,J=8.8 Hz,2H),8.16(t,J=8.8 Hz,2H),7.92 ~7.85(m,4H),7.64 ~7.55(m,4H),6.72(d,J=8.8 Hz,2H),4.59(d,J=6.0 Hz,2H);13C NMR δ:166.0,164.8,155.6,153.5,151.2,148.1,146.8,136.0,132.3,131.0,129.8,129.7,128.6,128.4,125.4,124.6,124.0,123.9,119.2,115.2,112.0,45.4;HR-ESI-MS m/z:Calcd for C25H20N4O4{[M+H]+}441.156 3,found 441.155 4。

        3b:1H NMR δ:9.49(s,2H),9.14(s,2H),8.56(s,1H),8.23 ~8.16(m,2H),8.00(d,J=2.4 Hz,1H),7.89 ~ 7.85(m,2H),7.77(d,J=2.4 Hz,1H),7.66 ~7.63(m,1H),7.49(t,J=7.2 Hz,4H),7.37 ~7.26(m,7H),6.85(d,J=9.6 Hz,1H),6.81(d,J=9.6 Hz,1H),6.62 ~6.54(m,2H),4.91(d,J=5.6 Hz,2H),4.87(d,J=5.6 Hz,2H);13C NMR δ:166.0,164.6,153.4,151.0,148.1,136.4,136.3,136.0,133.5,133.1,131.2,130.0,129.8,129.0,128.8,128.4,128.3,126.9,126.8,125.7,125.0,124.8,124.6,123.8,121.1,119.3,114.8,113.4,68.5,69.3;HR-ESI-MS m/z:Calcd for C36H30N2O4{[M+H]+},555.228 4,found 555.226 0。

        3c:1H NMR δ:9.32(s,4H),8.54(s,1H),8.16(t,J=9.2 Hz,2H),7.92 ~7.85(m,4H),7.57(dd,J=2.0 Hz,8.8 Hz,1H),7.47 ~ 7.37(m,5H),6.71(d,J=8.8 Hz,2H),4.41(d,J=6.0 Hz,2H);13C NMR δ:165.9,164.8,156.0,153.6,151.3,138.6,136.0,132.2,131.7,131.0,129.8,129.7,129.3,128.7,125.5,124.6,124.0,119.2,114.8,111.9,45.3;HR-ESI-MS m/z:Calcd for C25H20N3O2Cl{[M+H]+}430.132 2,found 430.131 7。

        3d:1H NMR δ:11.37(s,1H),9.57(s,2H),9.31(s,2H),8.60(s,1H),8.33 ~ 8.16(m,7H),8.01(s,1H),7.91 ~7.89(m,3H),7.67 ~7.65(m,1H),3.90(s,2H);13C NMR δ:166.0,164.4,150.9,144.0,136.0,131.6,131.2,130.0,129.9,128.7,125.4,124.8,123.8,123.5,119.3,119.1,41.5;HR-ESI-MS m/z:Calcd for C20H18N4O3{[M+H]+}363.145 7,found 363.146 5。

        3e:1H NMR δ:10.6(s,1H),8.78(s,4H),8.58(s,1H),8.23 ~8.14(m,4H),8.01(d,J=2.0 Hz,1H),7.88(d,J=9.2 Hz,3H),7.67 ~7.64(m,1H),2.86(t,J=7.6 Hz,2H),2.54(t,J=7.6 Hz,2H),1.93 ~1.88(m,2H);13C NMR δ:171.6,166.0,164.4,150.9,144.8,136.0,131.4,131.1,130.0,129.8,128.7,125.4,124.7,123.8,122.7,119.3,118.8,38.5,33.5,23.2;HR-ESI-MS m/z:Calcd for C22H22N4O3{[M+H]+}391.177 0,found 391.176 9。

        3f:1H NMR δ:9.85(s,1H),9.55(s,3H),9.30(s,2H),8.59(s,1H),8.24 ~ 8.19(m,2H),7.95(s,1H),7.90(d,J=8.8 Hz,1H),7.59(d,J=8.8 Hz,1H),4.46(t,J=9.6 Hz,1H),3.00 ~ 3.02(m,2H),1.99 ~ 1.66(m,6H);13C NMR δ:167.9,165.9,149.8,135.8,131.6,130.3,129.9,128.8,125.9,125.0,123.0,119.0,56.1,43.8,40.0,25.8,21.5;HR-ESI-MS m/z:Calcd for C17H19N3O2{[M+H]+}298.155 6,found 298.156 1。

        3g:1H NMR δ:9.52(s,2H),9.30(s,2H),8.93(s,2H),8.60(s,1H),8.26 ~ 8.07(m,5H),7.91(s,1H),7.72(s,1H);13C NMR δ:165.9,163.9,151.3,150.4,136.4,135.8,131.3,130.2,129.8,128.8,125.9,124.9,123.4,123.3,119.2;HR-ESI-MS m/z:Calcd for C17H13N3O2{[M+H]+}292.108 6,found 292.109 0。

        3h:1H NMR δ:9.51(s,2H),9.33(d,J=1.6 Hz,1H),9.17(s,2H),8.94(dd,J=1.6 Hz,4.4 Hz,1H),8.58(s,1H),8.54(dt,J=2.0 Hz,8.0 Hz,1H),8.25 ~ 8.18(m,2H),8.07(d,J=2.0 Hz,1H),7.90 ~7.88(m,1H),7.74 ~7.69(m,2H);13C NMR δ:166.0,162.5,150.4,147.7,143.3,135.9,131.6,130.4,130.0,129.8,129.0,127.6,126.7,126.1,125.0,123.4,119.3;HR-ESI-MS m/z:Calcd for C17H13N3O2{[M+H]+}292.108 6,found 292.108 2。

        (3)4的合成

        在反應(yīng)瓶中加入對硝基苯甲酸100 mg(0.66 mmol),2-氨基嘧啶60 mg(0.63 mmol)和干燥吡啶9 mL,攪拌使其溶解;加入 DCC 250 mg和DMAP 7 mg,于室溫反應(yīng)24 h。減壓蒸除吡啶,殘余物經(jīng)硅膠柱層析[洗脫劑B:V(二氯甲烷)∶V(甲醇)=100∶1]純化得白色固體4。

        (4)3i的合成

        在反應(yīng)瓶中加入4 474 mg(2 mmol),甲醇6 mL和水6 mL,攪拌使其形成懸浮液;加入鐵粉761 mg,于室溫滴加數(shù)滴冰醋酸,滴畢,回流(100℃)反應(yīng)1.5 h。冷卻至室溫,濾除過量鐵粉,濾液減壓濃縮,殘余物經(jīng)硅膠柱層析(洗脫劑:B=30 ∶1)純化得類白色固體 3i。1H NMR δ:10.46(s,1H),8.68 ~8.67(m,1H),7.72(d,J=8.0 Hz,2H),7.19 ~7.17(m,1H),8.56(d,J=8.0 Hz,2H),5.85(s,2H);13C NMR δ:165.4,158.9,158.5,153.0,130.5,120.5,116.9,112.8;HR-ESI-MS m/z:Calcd for C11H10N4O{[M+H]+}215.093 3,found 215.093 9。

        (5)3j的合成

        冰浴下,在反應(yīng)瓶中加入鄰胺基苯酚140 mg(1.28 mmol),Boc-硫脲 357 mg(1.29 mmol)和DMF(2.1ml),攪拌使其溶解;加入三乙胺 0.42 mL,緩慢滴加氯化汞385 mg的 DMF(1 mL)溶液,滴畢,反應(yīng)1h;于室溫反應(yīng)18 h。旋干,固體用濃鹽酸/乙酸乙酯(V∶V=1∶1)0.5 mL溶解;攪拌0.5 h,用碳酸氫鈉調(diào)至pH 6~7,經(jīng)硅膠柱層析(洗脫劑:A=9∶1)純化得到黃色固體3j。1H NMR δ:10.22(s,1H),9.30(s,1H),7.36(s,2H),7.18 ~7.03(m,3H),6.84(t,J=7.2 Hz,1H),3.60(s,1H);13C NMR δ:156.7,152.8,128.7,127.8,121.9,119.6,116.8;HR-ESI-MS m/z:Calcd for C7H9N3O{[M+H]+}152.082 4,found 152.082 3。

        表1 3a~3j對胰蛋白酶的抑制活性Table 1 The inhibitory activities of 3a~3j against trypsin

        2 結(jié)果與討論

        2.1 分子模擬

        分子模擬與實驗結(jié)果產(chǎn)生偏差的原因主要有:(一)Autodock評價結(jié)合自由能的精確度有限制。Autodock只能將受體作為剛性體,而不能評價柔性受體與配體發(fā)生誘導(dǎo)契合時的能量變化;(二)準備過程中除去了水分子,Autodock的運算結(jié)果不能反映水分子在配體與受體結(jié)合過程中的作用;(三)Autodock運算時無法預(yù)測化合物的理化性質(zhì)。因此,根據(jù)實驗經(jīng)驗和藥物設(shè)計理論,通過優(yōu)化方案,設(shè)計并合成了3d和3e。

        3d和3e對接到胰蛋白酶的活性位點,形成低能量構(gòu)象。3a~3j在S1位點的結(jié)合模式都是高度保守的,配體的脒基和受體的氨基酸殘基Asp189形成鹽橋,并由氫鍵進一步穩(wěn)定。3d和3e與原配體 BX5633相比,S3位點的 Asn97和Ser96氨基酸殘基與配體氨基增加了氫鍵作用,側(cè)鏈更長,與S1位點結(jié)合更加緊密。此外,3d和3e還與S2位點的His57和Ser195氨基酸殘基產(chǎn)生了相互作用,形成新增氫鍵。以上因素均可能是3d和3e活性提高的原因。

        2.2 抑制活性

        為驗證分子模擬設(shè)計結(jié)果,以NMT為對照組,考察了3a~3j對胰蛋白酶的抑制活性,結(jié)果見表1。

        由表 1 可見,6-甲脒基-2-萘酚 4-(4-氨基丁酰胺)苯甲酸酯(3e)對胰蛋白酶的抑制活性最好,其IC50為0.352 μg·mL-1,優(yōu)于 NMT(IC500.451 μg·mL-1)。3d抑制活性也較好,值得進一步對其活性和副作用進行探索。

        3 結(jié)論

        通過計算機輔助設(shè)計,合成了10個胰蛋白酶抑制劑(3a~3j),其中3b~3f為新化合物。體外活性測試表明:6-甲脒基-2-萘酚 4-(4-氨基丁酰胺)苯甲酸酯(3e)對胰蛋白酶有較好的抑制活性,其 IC50為 0.352 μg·mL-1,優(yōu)于奈莫司他(IC500.451 μg·mL-1)。

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