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        基于rDNA部分序列的亞洲小車蝗遺傳多樣性分析

        2014-09-15 04:29:08韓海斌周曉榕龐保平
        關(guān)鍵詞:蝗蟲(chóng)小車變異

        韓海斌,周曉榕,龐保平,常 靜

        (內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010019)

        0 引言

        亞洲小車蝗Oedaleus asiaticus(Bienko)是我國(guó)北方蝗蟲(chóng)的優(yōu)勢(shì)種[1],同時(shí)也是內(nèi)蒙古草原蝗蟲(chóng)的優(yōu)勢(shì)種.亞洲小車蝗在內(nèi)蒙古的主要分布地區(qū)為錫林郭勒盟中西部至鄂爾多斯市東部的典型草原和荒漠草原地區(qū),發(fā)生數(shù)量是所有蝗蟲(chóng)的50%~60%,嚴(yán)重的時(shí)候甚至可以達(dá)到90%以上,是草原上最嚴(yán)重的成災(zāi)蝗蟲(chóng)[2].亞洲小車蝗發(fā)生為害早、且發(fā)生數(shù)量大的特點(diǎn)對(duì)受害作物危害嚴(yán)重,可導(dǎo)致受害作物減少50%以上的產(chǎn)量,甚至顆粒無(wú)收[3].亞洲小車蝗對(duì)草原的危害更為嚴(yán)重,可破壞草原的自然生態(tài)平衡,使草場(chǎng)退化、沙化的速度加快,目前,已經(jīng)被認(rèn)定為草原退化的指示災(zāi)害種群[4].因此,人們對(duì)亞洲小車蝗的遺傳多樣性進(jìn)行了大量研究[5-12].

        核糖體DNA(rDNA)是目前廣泛使用的細(xì)胞核DNA分子標(biāo)記,其編碼區(qū)的序列高度保守,間隔區(qū)的進(jìn)化速度大約與物種形成的進(jìn)程相仿[13-15].rDNA中的內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(rDNA-ITS)序列的進(jìn)化速率較快,可以提供較豐富的變異位點(diǎn)和信息位點(diǎn)[16].前人已經(jīng)對(duì)許多物種的ITS序列做過(guò)研究[17].王莉萍等對(duì)美洲斑潛蠅Liriomyza sativae Blanchard不同地理種群的ITS1序列進(jìn)行了分析研究[16];李正西和沈佐銳(2002)對(duì)松毛蟲(chóng)赤眼蜂Trichogramma dendrolimi Matsumura的不同地理種群的ITS2序列進(jìn)行了研究分析[18],探討了它們之間的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系.

        本文對(duì)內(nèi)蒙古地區(qū)15個(gè)地點(diǎn)亞洲小車蝗的一段rDNA序列進(jìn)行了擴(kuò)增、測(cè)序和比較分析.希望從分子水平闡述同種蝗蟲(chóng)不同自然種群遺傳分化的機(jī)制,為其利用與綜合防治提供遺傳學(xué)方面的依據(jù),從而為重災(zāi)蝗區(qū)蝗蟲(chóng)的防治工作提供基礎(chǔ)資料.

        1 材料與方法

        1.1 蝗蟲(chóng)樣本

        本實(shí)驗(yàn)所用的亞洲小車蝗15個(gè)不同地點(diǎn)的樣本均為內(nèi)蒙古的自然種群(見(jiàn)表1),選取成蟲(chóng)個(gè)體進(jìn)行捕捉,然后用養(yǎng)蟲(chóng)籠活體帶回實(shí)驗(yàn)室中,用液氮速凍處理后放入-40℃的冰箱中保存.每個(gè)地理種群取5只蝗蟲(chóng)進(jìn)行測(cè)序.

        表1 亞洲小車蝗采集信息

        1.2 蝗蟲(chóng)基因組DNA提取

        取亞洲小車蝗后足股節(jié)(<50g),研磨成粉狀后放入離心管中備用.使用天根dp304動(dòng)物基因組DNA提取試劑盒對(duì)研磨成粉的樣本進(jìn)行DNA的提取,放入-40℃冰箱中備用.

        1.3 PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物檢測(cè)

        PCR擴(kuò)增體系總體積為50μL,其中2μL模板DNA,5μL 10×PCR Buffer,4μL的dNTP mix,2μL引物(10μmol/L),0.6μL TaKaRa Taq(5U/μL)(大連寶生物工程有限公司),最后用ddH2O補(bǔ)至50μL.

        引物序列參考文獻(xiàn)[15],由上海生工生物工程股份有限公司合成(見(jiàn)表2).

        表2 引物序列

        PCR反應(yīng)用BIO-RAD PCR儀進(jìn)行,反應(yīng)程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性3min;95℃變性1min—55℃退火1min—72℃延伸1.5min,35個(gè)循環(huán);72℃延伸10min;4℃保存.

        通過(guò)ADVANCE水平電泳儀,選用2%的瓊脂糖凝膠對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行電泳檢測(cè).

        1.4 產(chǎn)物序列測(cè)定及序列分析

        委托上海生工生物工程股份有限公司對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序.序列測(cè)定的結(jié)果與GenBank中已知的蝗蟲(chóng):中華稻蝗Oxya chinensis formosana(登錄號(hào)為F385193.1),Chorthippus parallelus(登錄號(hào)為AY585651.1),小稻蝗Oxya hyla intricata(登錄號(hào)為 AF385196.1)、日本稻蝗Oxyajaponica japonica(登錄號(hào)為AF385194.1),臺(tái)灣小稻蝗Oxyapodisma(登錄號(hào)為AF385195.1)的rDNA序列進(jìn)行比對(duì).用Clustal X軟件對(duì)rDNA序列進(jìn)行測(cè)定;用MEGA 4.0軟件[19]對(duì)序列特征和遺傳距離進(jìn)行計(jì)算;使用DNASP 5.10.1[20]和Excel軟件計(jì)算單倍型多樣性(Hd)、種群遺傳分化系數(shù)(FST)、基因流(Nm)、核苷酸多樣性(Pi)、平均核苷酸差異數(shù)(K);采用Distance軟件計(jì)算地理距離;使用TFPGA進(jìn)行Mantel檢測(cè);使用TCS對(duì)單倍型進(jìn)行分析并構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖[21].

        2 結(jié)果與分析

        2.1 序列堿基組成分析

        測(cè)序結(jié)果經(jīng)與GenBank中已知蝗蟲(chóng)序列的比較、剪切得到部分5.8S、全部ITS2和部分28S共288bp的rDNA序列.測(cè)試的15個(gè)種群的75個(gè)個(gè)體序列中,共有19個(gè)變異位點(diǎn),其中包括16個(gè)堿基的替換(5個(gè)轉(zhuǎn)換和11個(gè)顛換)和3個(gè)堿基插入,占所測(cè)序列的6.60%;19個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)中包括6個(gè)單變異多態(tài)性位點(diǎn)和13個(gè)簡(jiǎn)約信息位點(diǎn).序列中T、A、C和G堿基平均含量分別為19.9%,27.6%,19.3%和33.2%,G+C(60.8%)含量高于A+T(39.2%)含量,與已知GenBank中5種蝗蟲(chóng)的對(duì)比序列堿基組成特點(diǎn)基本一致(平均堿基含量G+C為63.8%,A+T為36.2%).

        2.2 亞洲小車蝗種群內(nèi)遺傳多樣性分析

        15個(gè)亞洲小車蝗種群的遺傳多樣性指數(shù)見(jiàn)表3.結(jié)果表明,15個(gè)種群的單倍型多樣性(Hd)在0.000~0.800之間,四子王旗和烏拉特中旗種群最高,察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群最低;平均核苷酸差異數(shù)(K)在0.000~8.000之間,其中正鑲白旗種群最高,察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群最低;核苷酸多樣性(Pi)在0.0000~0.0280之間,正鑲白旗種群最高,察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群最低.說(shuō)明在察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群中沒(méi)有基因變異發(fā)生,四子王旗和烏拉特中旗種群變異產(chǎn)生的單倍型最多,正鑲白旗種群發(fā)生的變異位點(diǎn)最多.

        2.3 亞洲小車蝗種群間遺傳多樣性分析

        由表3可知,亞洲小車蝗15個(gè)地理種群的遺傳分化系數(shù)(FST)為0.0506~0.4028,正鑲白旗種群檢測(cè)到的FST值最小,烏拉特中旗種群檢測(cè)到的FST值最大,均值為0.1495;基因流(Nm)在0.2312~5.9336之間,固陽(yáng)種群檢測(cè)到的值最大,察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群檢測(cè)到的值最小,均值為1.9880.結(jié)果表明,15個(gè)種群之間存在一定的基因交流和遺傳分化.

        表3 內(nèi)蒙古亞洲小車蝗15個(gè)地理種群遺傳多樣性指數(shù)

        2.4 單倍型分析

        本文的75條序列中鑒定出8個(gè)單倍型(見(jiàn)表4),其中有3個(gè)共享單倍型和5個(gè)獨(dú)享單倍型.Hap1被除烏拉特中旗種群以外的其他14個(gè)種群所共享,頻率為0.6800;Hap2被固陽(yáng)種群與烏拉特中旗種群共享,頻率為0.0400;Hap3為克什克騰旗種群等9個(gè)種群所共享,頻率為0.2133;其他5個(gè)單倍型分別被烏拉特中旗種群、四子王旗種群、阿左旗種群和正鑲白旗種群獨(dú)享,頻率均為0.0133.四子王旗種群共有4個(gè)單倍型,在15個(gè)種群中最多;其次為烏拉特中旗種群,有3個(gè)單倍型;察右后旗、巴林右旗和達(dá)茂旗種群均只檢測(cè)出1個(gè)單倍型,結(jié)果表明在各種群內(nèi)存在一定的遺傳分化.

        由單倍型網(wǎng)絡(luò)圖(見(jiàn)圖1)可知,由四子王旗種群和正鑲白旗種群獨(dú)享的單倍型Hap5和Hap8分離出其他單倍型而存在,說(shuō)明四子王旗種群和正鑲白旗種群較其他種群變異程度大.Hap5經(jīng)6次變異形成Hap8,Hap6突變3次形成Hap3,Hap4和Hap7經(jīng)過(guò)4次突變均可形成Hap2.

        表4 各單倍型頻率及在種群中的分布

        2.5 遺傳距離和地理距離的相關(guān)性分析

        使用TFPGA軟件對(duì)亞洲小車蝗15個(gè)種群的遺傳距離和地理距離進(jìn)行Mantel測(cè)定,結(jié)果見(jiàn)圖2、表5,回歸方程為y=-8045.4 x+565.8,相關(guān)系數(shù)r=-0.1554(P=0.8080>0.05).由此可見(jiàn),本實(shí)驗(yàn)研究的亞洲小車蝗15個(gè)種群間的遺傳距離與其地理距離間無(wú)顯著的相關(guān)關(guān)系.

        圖1 單倍型網(wǎng)絡(luò)圖

        圖2 內(nèi)蒙古亞洲小車蝗15個(gè)種群的遺傳距離與地理距離間的回歸分析

        3 討論

        本文測(cè)定的rDNA的288bp序列中G+C含量高于A+T含量,與GenBank中已知蝗蟲(chóng)的rDNA序列的堿基組成一致,但是與赤眼蜂[18]、褐飛虱、白背飛虱、灰飛虱[22]、米爾頓姬小蜂[23]的rDNA序列的堿基組成相反,與亞洲小車蝗線粒體基因[24]的堿基組成也相反,說(shuō)明不同物種之間的rDNA序列堿基組成存在差異,且同一物種不同基因的堿基組成同樣存在差異.

        種群遺傳分化系數(shù)FST是種群間遺傳分化的重要指標(biāo).Wright指出,F(xiàn)ST<0.05,說(shuō)明種群間分化很弱;0.05<FST<0.15,表示種群中等分化;0.15<FST<0.25,表示種群遺傳分化較大[25].本文中FST平均值為0.1495,說(shuō)明15個(gè)種群間的遺傳分化處于中等水平,群體中有14.95%的變異來(lái)自種群間,而有85.05%的變異來(lái)源于不同個(gè)體之間,個(gè)體間的變異大于種群間變異,這與李東偉等[5]運(yùn)用RAPD和韓海斌等[12]運(yùn)用微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)不同地點(diǎn)亞洲小車蝗遺傳多樣性研究的結(jié)果相似.

        Whitlock和Mccauley認(rèn)為,種群間基因相互交流的增加會(huì)導(dǎo)致種群間遺傳分化的減?。?6],所以,基因流Nm的存在是影響種群間遺傳分化的重要因素;Slatkin認(rèn)為,種群間的基因流可以阻止完全的基因固定和遺傳分化[27].本文中Nm平均值為1.9880(1<Nm<4),15個(gè)種群間基因交流處于中等水平.

        本文的研究結(jié)果表明,內(nèi)蒙古15個(gè)亞洲小車蝗種群的遺傳距離與地理距離無(wú)顯著相關(guān)性,這一結(jié)果與任竹梅等 對(duì)不同區(qū)域日本稻蝗Cytb基因序列和高書(shū)晶等 對(duì)亞洲小車蝗mtDNA ND1基因序列的研究結(jié)果一致.造成這一結(jié)果的原因可能是,本文所選的rDNA序列在遺傳上相對(duì)較為保守,進(jìn)化較慢,在不同地理區(qū)域的亞洲小車蝗間沒(méi)有達(dá)到足夠的變異;也可能是亞洲小車蝗的遷移能力較強(qiáng),在不同地理種群間存在較強(qiáng)的基因交流.這一推論符合本實(shí)驗(yàn)對(duì)基因流的研究結(jié)果.李東偉等[5]和韓海斌等[12]運(yùn)用RAPD和微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)不同地點(diǎn)亞洲小車蝗遺傳多樣性研究的結(jié)果顯示,不同地點(diǎn)的亞洲小車蝗種群的遺傳距離與地理距離具有顯著的相關(guān)性,說(shuō)明單一的基因序列所涵蓋的信息量難以實(shí)際反應(yīng)遺傳多樣性的全部規(guī)律[5,12].因此,在下一步的研究中,應(yīng)該增加研究?jī)?nèi)容所涵蓋的信息量和樣本量,對(duì)分子系統(tǒng)學(xué)的研究進(jìn)行更深入的探討.

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