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        不同時期條紋環(huán)溝藻可培養(yǎng)藻際細菌研究

        2014-05-24 01:28:38王朝暉熊毅俊暨南大學生態(tài)學系水體富營養(yǎng)化與赤潮防治廣東普通高校重點實驗室廣東廣州510632
        中國環(huán)境科學 2014年6期
        關(guān)鍵詞:環(huán)溝條紋時期

        王 劍,王朝暉,熊毅俊 (暨南大學生態(tài)學系,水體富營養(yǎng)化與赤潮防治廣東普通高校重點實驗室,廣東 廣州510632)

        在微藻周圍聚集了以細菌為主的大量微生物,微生物與藻細胞及其胞外分泌物所形成的特殊環(huán)境被稱為“藻際環(huán)境”,藻際環(huán)境中的細菌稱為藻際細菌,是一個具有特殊結(jié)構(gòu)和功能的群體

        [1].在藻類生長的不同時期以及浮游植物群落變動過程中,藻際細菌密度和群落結(jié)構(gòu)均會發(fā)生變化[2].而且不同藻類的藻際細菌也具有種間特異性[3-4],如亞歷山大藻屬(Alexandrium)中的不同種類藻際細菌組成有所不同[5-6].目前已經(jīng)證實一些赤潮藻類的藻際細菌具有殺藻作用[7],而且在赤潮藻消亡過程中,溶藻細菌密度增加[3,8-9].因此,藻際細菌可能在赤潮生消過程中起著重要的調(diào)控作用[10].

        條紋環(huán)溝藻(Gyrodinium instriatum)是珠江口常見的赤潮生物,曾多次在珠江口引發(fā)赤潮[11-13];在國外,僅在日本和厄瓜多爾報道了條紋環(huán)溝藻赤潮的發(fā)生[14-15].本研究對條紋環(huán)溝藻不同生長時期的藻際細菌進行了分離培養(yǎng),通過16S rDNA V3區(qū)序列測定與對比對細菌進行了分子分類鑒定,同時分析了藻細胞不同時期細菌的群落結(jié)構(gòu)和豐度變化,以揭示條紋環(huán)溝藻不同生長時期藻際細菌群落結(jié)構(gòu)的變化,為進一步了解藻際細菌在條紋環(huán)溝藻赤潮生消過程中的作用提供參考.

        1 材料與方法

        1.1 藻種來源與其培養(yǎng)

        實驗藻種為條紋環(huán)溝藻,為2009年珠江口赤潮期間分離培養(yǎng)得到的單細胞培養(yǎng)株.藻種馴化培養(yǎng)和擴大培養(yǎng)采用 f/2培養(yǎng)基.培養(yǎng)基所用的人工海水由 Instant Ocean牌海鹽配制,鹽度為32,pH 值為 7.9±0.1.配制的人工海水經(jīng)孔徑為0.25μm的混合纖維濾膜過濾滅菌后,添加營養(yǎng)元素備用.培養(yǎng)溫度為 20℃,光照強度為 100μmol/(m2˙s),光暗比為 L:D = 12h:12h.

        1.2 藻細胞生長曲線的測定

        將處于對數(shù)生長期的藻細胞轉(zhuǎn)接至 250mL三角瓶中,初始接種密度為 390cells/mL,藻細胞培養(yǎng)條件同 1.1,實驗設(shè)置 3個平行.培養(yǎng)時間為38d,每隔2d取1.5mL的培養(yǎng)液測定葉綠素熒光值,根據(jù)葉綠素熒光與細胞密度的關(guān)系(y=3.3594x+48.308,R2=0.9998,其中y為葉綠素熒光值,x為藻細胞數(shù)量)計算細胞數(shù)量.

        1.3 藻際細菌的分離培養(yǎng)

        在環(huán)溝藻生長周期中選取 5個時期,在無菌條件下,吸取 1mL藻細胞培養(yǎng)液,用梯度稀釋法進行稀釋,稀釋的倍數(shù)為 10-1~10-6,吸取 10-3~10-6的4個梯度稀釋液100μL均勻涂布于2216E固體培養(yǎng)基培養(yǎng)皿中,培養(yǎng)皿置于28℃恒溫培養(yǎng)箱培養(yǎng).培養(yǎng)5~7d后對不同形態(tài)的單菌落進行分離純化培養(yǎng)2~3次.

        1.4 單菌落16S rDNA V3區(qū)的PCR擴增與分子鑒定

        用滅菌的牙簽挑取單菌落于含 100μL去離子水的離心管中,沸水浴 7min,-20℃ 7min,反復(fù)融凍循環(huán)3次后,10000r/min離心10min,吸取上清液 4μL作為 PCR模板.采用原核生通用引物341F (5′-CCTACGGGAGGCAGCAG-3′) 和907R (5′-CCGTCAAATCMTTGAGTTT-3′)對細菌rRNA基因16S V3區(qū)的保守序列進行PCR擴增.擴增體系為 30μL,擴增體系中各組分含量為別為:10×buffer 3μL,dNTP 1μL,上下游引物各0.3μL,rTaq DNA 聚合酶 0.4μL,DNA 液 4μL,ddH2O 21μL.PCR 擴增反應(yīng)程序為:95℃ 4min,35×(95℃ 30s,57℃ 30s,72℃ 40s),72℃ 7min,4℃+∞.擴增產(chǎn)物用1%瓊脂糖凝膠進行檢測.

        PCR擴增產(chǎn)物由深圳華大基因科技有限公司測序,測序長度在550bp左右.測序獲得的序列在 NCBI上通過BLAST比對,在 GenBank上下載同源性最高的 16S rRNA序列.菌株間的相似度大于等于97%表示相同的種,在93%~97%間表示相同的屬,小于93%表示不同的屬[16].

        1.5 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建

        在GenBank上下載同源性最高的16S rDNA V3區(qū)序列,用 Clustalx2.0軟件包進行比對,用MEGA 5.0進行系統(tǒng)發(fā)育分析,計算遺傳距離,遺傳距離小于0.046屬于種內(nèi)差異;0.046~0.06為種間屬內(nèi)差異[17-18].根據(jù)Kimura 2參數(shù)法計算進化距離,構(gòu)建N-J系統(tǒng)樹,自舉值(bootstrap)為1000.

        1.6 可培養(yǎng)細菌菌落結(jié)構(gòu)分析

        選擇合適菌落個數(shù)(30~300)的培養(yǎng)皿,計數(shù)不同細菌的菌落數(shù),根據(jù)培養(yǎng)皿接種的稀釋倍數(shù)即可得到1mL藻液中細菌總數(shù).

        將細菌數(shù)量取自然對數(shù)后,用 spss19.0軟件采用多維尺度分析法和組間聯(lián)接的聚類分析法對藻細胞不同生長時期的群落結(jié)構(gòu)進行分析.

        2 結(jié)果與分析

        2.1 條紋環(huán)溝藻的生長曲線

        圖1為條紋環(huán)溝藻的生長曲線,在經(jīng)歷了3d的延滯期后,藻細胞進入了對數(shù)生長期,對數(shù)增長一直維持到第 18d,隨后是短暫的穩(wěn)定生長期,很快細胞密度迅速下降.分離培養(yǎng)藻際細菌的 5個時期,時期Ⅰ為延滯期,時期Ⅱ為對數(shù)生長中期,時期Ⅲ為穩(wěn)定生長期,時期Ⅳ衰亡前期,時期Ⅴ為衰亡后期.

        圖1 條紋環(huán)溝藻的生長曲線Fig.1 The growth curve of Gyrodinium instriatum標注了細菌培養(yǎng)取樣的5個時期

        2.2 條紋環(huán)溝藻藻際細菌的分子鑒定

        在條紋環(huán)溝藻的 5個不同時期總共分離出32株細菌,經(jīng)過16s rDNA V3區(qū)序列測定,去除重復(fù)序列,共得到菌株 12株不同的菌株,編號為Gi-1~Gi-12,GenBank序列登錄號為 KF444158-KF444169.條紋環(huán)溝藻中分離的可培養(yǎng)細菌分為α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)、γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)和放線菌門(Actinobacteria)4大類(表 1),12株細菌中6株屬于α-變形菌綱,3株γ-變形菌綱,2株屬于擬桿菌門,1株屬于放線菌門.

        根據(jù)不同菌株與GenBank上已知序列的相似度(表 1),可以得出 Gi-2、Gi-3以及 Gi-5~Gi-8這6株細菌屬于α-變形菌綱.其中Gi-2沒有與之相似的同種或同屬的細菌,僅與紅螺菌屬的一個序列(Rhodospirillumsp.,NC007643)相似度為90%,已經(jīng)超出了屬間差異[16],因此為α-變形菌綱某個種;Gi-3與Erythrobacter litoralis(NC007722)相似度為 99%,可認為是Erythrobacter litoralis;Gi-5與反硝化玫瑰桿菌(Roseobacter denitrificans,NC008209)相似度為98%,可認為是反硝化玫瑰桿菌;Gi-6與一株魯杰氏菌屬(Ruegeriasp.,NC008044)相似度為 99%,可認為屬于魯杰氏菌屬;Gi-7與Polymorphum gilvum(NC015259)相似度為 99%,可認為是Polymorphum gilvum;Gi-8與Phaeobacter gallaeciensis(NC018286)相似度為 97%,可認為是Phaeobacter gallaeciensis.

        屬于γ-變形菌綱的3株菌株分別是Gi-1、Gi-4、Gi-12,其中 Gi-1與麥氏交替單胞菌(Alteromonas macleodii,NC011138)序列相似度為99%,可認為是麥氏交替單胞菌;Gi-4與Marinobacter adhaerens(NC017506)相似度為97%,可認為是Marinobacter adhaerens;Gi-12與鮑氏不動桿菌(Acinetobacter baumannii,(NC017847)相似度為 97%,可認為是鮑氏不動桿菌(Acinetobacter baumannii).

        Gi-9和 Gi-10屬于擬桿菌門,Gi-9與Robiginitalea biformata(NC013222)相似度為92%,Gi-10與Gramella forsetii(NC008571)相似度為 91%,低于屬內(nèi)差異(93%),因此也只能判斷兩者為擬桿菌門的某個屬.

        只有 Gi-11屬于放線菌門,與金黃節(jié)桿菌(Arthrobacter aurescens,NC008711)相似度為98%,可認為是金黃節(jié)桿菌(Arthrobacter aurescens).

        表1 條紋環(huán)溝藻藻際細菌與GenBank上相似菌株16S rDNA V3區(qū)序列的相似度比較Table 1 The identities between bacteria isolated from G. instriatum and the closest related sequences from GenBank based on V3 region of 16s rDNA

        12株細菌的測序序列與GenBank上13個相似序列的遺傳距離(表2)所反映的結(jié)果與相似性一致,各菌株與相似性最高的菌株遺傳距離最近.其中Gi-2、Gi-9和Gi-10與它們最近菌株的遺傳距離超出了屬內(nèi)差異范疇,而其余菌株與其相近序列間的遺傳距離均小于0.046,屬于種內(nèi)差異范疇.

        2.3 藻際細菌系統(tǒng)發(fā)育分析

        圖2所示為條紋環(huán)溝藻分離得到的12株菌株與GenBank上14個相似度最高的菌株序列之間構(gòu)建的鄰接系統(tǒng)樹(N-J樹).與表 1的結(jié)果相同,26個序列分為α-變形菌綱、γ-變形菌綱、擬桿菌門和放線菌門4個大分支.本研究中的6株α-變形菌與GenBank上6個相似序列以99%的支持率聚為一支,其中 Gi-5、Gi-6和Gi-8與 3個相似序列以 100%的支持率聚為紅桿菌科(Rhodobacteraceae)分支,Gi-7與 1個序列以100%的支持率聚為Polymorphum分支,Gi-2與1個序列以 99%的支持率聚為紅螺菌屬(Rhodospirillum)分支,Gi-3與1個序列以100%的支持率與赤桿菌屬(Erythrobacter)聚成一支.

        表2 條紋環(huán)溝藻的12株藻際細菌與GenBank上最相似序列之間的遺傳距離Table 2 Genetic distances among 12strains of bacteria isolated from G. instriatum and the closest sequences from GenBank, the shortest distance is marked in bold font

        圖2 條紋環(huán)溝藻藻際細菌16S rDNA V3序列與GenBank上14個相近序列構(gòu)建的系統(tǒng)進化樹Fig.2 Phylogenetic tree based on sequences of 16S rDNA V3region of bacteria strains from G. instriatum and fourteen sequences obtained from GenBank. Scale bar=2% difference in nucleotide sequences

        3株γ-變形菌與GenBank上5個相似序列以97%的支持率聚為一支,其中Gi-1與1個序列以100%的支持率聚為交替單胞菌屬(Alteromonas),Gi-4與1個序列以100%的支持率聚為海桿菌屬(Marinobacter)分支,Gi-12與1個序列以100%的支持率聚為不動桿菌屬(Acinetobacter)分支.本研究中唯一 1株放線菌 Gi-11與 GenBank上的Arthrobacter aurescens以100%的支持率聚為節(jié)桿菌屬(Arthrobacter)一支.2株擬桿菌與GenBank上2個相似序列聚為一支,其中 Gi-9與1個序列聚為Robiginitalea分支,Gi-10與1個序列聚為革蘭菌屬(Gramella)分支.

        2.4 藻際細菌菌落結(jié)構(gòu)

        由圖 3可見,不同生長時期的條紋環(huán)溝藻可培養(yǎng)細菌的種類數(shù)為 5~8種之間,其中穩(wěn)定生長期細菌種類數(shù)較為豐富,而在延滯期和衰亡后期細菌種類較少.從各個生長時期的細菌總數(shù)來看,延滯期(時期I)細菌數(shù)量較低,對數(shù)生長期(時期II)細菌數(shù)量達到最低,僅為 2.83×106CFU/mL;隨后細菌數(shù)量增加,在衰亡前期(時期 IV)細菌數(shù)量最高,達到 1.72×109CFU/mL,是其余生長時期細菌數(shù)量的 1~2個數(shù)量級;衰亡后期雖然細菌數(shù)量有所降低,但仍達到1.37×108CFU/mL.

        圖3 條紋環(huán)溝藻不同生長時期藻際細菌種類數(shù)與細菌總數(shù)Fig.3 Species number and abundance of bacteria in phycosphere of G. instriatum

        圖4 不同生長時期的條紋環(huán)溝藻12株藻際細菌數(shù)量Fig.4 The abundance of 12 strains of bacteria in different growth stages of G. instriatum

        從圖 4可以發(fā)現(xiàn),某些菌株只是特異性出現(xiàn)在某個生長時期或者某一階段,如Gi-4、Gi-6只在延滯期出現(xiàn),Gi-8只在對數(shù)中期出現(xiàn),Gi-11只在穩(wěn)定期出現(xiàn),Gi-12只在衰亡前期出現(xiàn).Gi-12是衰亡前期的絕對優(yōu)勢菌群,占細菌總數(shù)的96.5%,同時也導致了該時期細菌數(shù)量的急劇增加.Gi-12為γ-變形菌綱的鮑氏不動桿菌,該菌的大量出現(xiàn)可能與藻類迅速進人衰亡階段有關(guān).Gi-1和 Gi-3是環(huán)溝藻最常見藻際細菌,在每個時期都出現(xiàn),而且是各生長時期的優(yōu)勢菌之一,說明它們的存在對藻類生長周期沒有明顯影響.

        2.5 條紋環(huán)溝藻5個不同生長時期的細菌群落結(jié)構(gòu)的多維尺度和聚類分析

        圖5 條紋環(huán)溝藻不同時期細菌群落組成聚類分析(A)和多維尺度分析(B)Fig.5 Cluster analysis (A) and multidimensional scaling analysis (B) of bacterial community composition in different growth stages of G. instriatum

        圖5中,5個生長時期可分為兩類,時期I、II、III、V聚為一大類,時期Ⅳ單獨成一類.而多維度分析結(jié)果同樣顯示,時期II和時期III聚在一起,衰亡前期(時期 IV)與其他生長時期相距均較遠.說明衰亡前期,條紋環(huán)溝藻藻際細菌的數(shù)量和組成與其他時期差異較大,此結(jié)果與不同生長時期藻際細菌菌落結(jié)構(gòu)結(jié)果相近(圖3,圖4),衰亡前期的細菌數(shù)量明顯高于其他生長時期,細菌數(shù)量是其余生長時期的13.2~639倍,而在該時期出現(xiàn)了大量的特異性細菌鮑氏不動桿菌(Gi-12).其余 4個生長時期可分為3類,其中對數(shù)生長期(II)和穩(wěn)定生長期(III)位置較接近,為一類.說明藻細胞快速生長階段菌落結(jié)構(gòu)相近,而衰亡后期(V)和遲滯期(I)菌落組成也有所差異.

        3 討論

        條紋環(huán)溝藻藻際可培養(yǎng)細菌的組成與海洋環(huán)境中的常見細菌組成相近,藻際細菌的優(yōu)勢菌群α-變形菌綱和γ-變形菌綱均為海洋環(huán)境中常見細菌類群[19-21].條紋環(huán)溝藻藻際細菌組成與其他海洋藻類的藻際細菌組成也具有一定的相似性,如塔瑪亞歷山大藻藻際細菌主要以α-變形菌綱的玫瑰菌屬細菌為主,還包括一些擬桿菌門菌株[5];豐迪亞歷山大藻(Alexandrium fundyense)的藻際細菌主要以γ-變形菌綱為主,包括有交替單胞菌科、假交替單胞菌科、紅桿菌科以及擬桿菌門的黃桿菌科[6];而裸甲藻藻際環(huán)境中的可培養(yǎng)細菌以變形菌門細菌(70%)為主,其次為擬桿菌門細菌(26%),還有少量屬于放線菌門[22];Sapp等

        [23]在北海赫爾戈蘭島調(diào)查中發(fā)現(xiàn)一些優(yōu)勢硅藻和甲藻的藻際細菌多屬于α-變形菌綱、γ-變形菌綱及擬桿菌門中的黃桿菌綱和鞘脂桿菌綱.上述研究報道以及本研究結(jié)果都說明海洋浮游植物的藻際細菌多是以變形菌門和擬桿菌門的細菌類群為主.

        條紋環(huán)溝藻在不同生長時期藻際環(huán)境中的細菌數(shù)量和群落結(jié)構(gòu)組成呈現(xiàn)不同的特點.在生長旺盛期,細菌數(shù)量少,但種類較多;隨著衰亡期的到來,細菌種類減少,但數(shù)量大大增加(圖 3,圖4).在藻細胞生長過程中,細菌群落的這種變化與藻類在不同時期的生理狀態(tài)有關(guān),同時細菌和藻類也產(chǎn)生相互作用與相互影響[2,24].在赤潮藻消亡過程中,具有溶藻特性的細菌的密度會迅速增加,這可能和藻迅速進入衰亡期有關(guān)[8-9].在本研究中,衰亡前期(時期IV)的特異性菌株 Gi-12大量出現(xiàn),可能與環(huán)溝藻細胞迅速進入衰亡期有關(guān).Gi-12為鮑氏不動桿菌(Acinetobacter baumannii),不動桿菌屬的細菌對多種藍藻以及綠藻具有溶藻作用[25-26],然而對海洋微藻的研究作用報道較少.有關(guān)該菌與條紋環(huán)溝藻生長及赤潮消亡的關(guān)系還有待進一步研究.

        菌株Gi-3在每個時期都出現(xiàn),是各生長時期的優(yōu)勢菌之一,除了衰亡前期外,在其余生長時期均為第一優(yōu)勢菌群,其在對數(shù)生長期、穩(wěn)定生長期和衰亡后期的比例均超過 80%,說明該菌是條紋環(huán)溝藻常見共生菌.Gi-3屬于α-變形菌綱赤細菌屬(Erythrobacter litoralis),目前尚未有該菌或該屬菌株與藻細胞關(guān)系的研究報道.

        Gi-1雖然不是優(yōu)勢菌群,但也在各個時期均出現(xiàn).Gi-1屬于γ-變形菌綱交替單胞菌屬(Alteromonas),而交替單胞菌對多環(huán)旋溝藻(Cochlodinium polykrikoides)[27]、中肋骨條藻[28-29]以及海洋卡盾藻[30]均具有明顯溶藻作用.因此,麥氏交替單胞菌的存在可能有利于條紋環(huán)溝藻獲得種群競爭優(yōu)勢,進而促進其赤潮的發(fā)生.

        4 結(jié)論

        4.1 條紋環(huán)溝藻藻際可培養(yǎng)細菌的組成與海洋環(huán)境中的常見細菌組成相近,且與其他海洋藻類的藻際細菌組成有也具有一定的相似性,海洋浮游植物的藻際細菌多是以變形菌門和擬桿菌門的細菌類群為主.

        4.2 條紋環(huán)溝藻在不同生長時期藻際環(huán)境中的細菌數(shù)量和群落結(jié)構(gòu)組成呈現(xiàn)不同的特點,衰亡前期的特異性菌株 Gi-12大量出現(xiàn),可能與環(huán)溝藻細胞迅速進入衰亡期有關(guān).

        4.3 各個時期均出現(xiàn)的菌株 Gi-1屬于交替單胞菌屬,該菌株可能對條紋環(huán)溝藻的種群競爭起作用.

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