隨著國力的增強和國家對科學研究的重視，各級政府對科研經(jīng)費的投入有了較大幅度的增長，自然科學研究經(jīng)費每年以20%以上速度增長，社會科學研究的經(jīng)費增長速度亦較快，研究經(jīng)費短欠的問題有了較大的改善。與此同時，我國現(xiàn)行的經(jīng)費、特別是社會科學研究經(jīng)費在使用、管理上還存在著一些問題，其中最為突出的問題：

1.是研究經(jīng)費使用上基本實行項目制，研究者缺乏基本研究經(jīng)費的支持，而項目設立又主要由政府控制，其結果導致所謂的“跑部錢進”或被迫“活動”評委等學術不端現(xiàn)象的發(fā)生，而拿到的項目又往往并非自己所長和所思，同時，為了申報、應付檢查、驗收等，耗費了科研人員大量寶貴時間和精力。

2.是管理上不承認研究者的智力付出。在現(xiàn)有的科研經(jīng)費管理上根本就沒有智力報酬這一項，勞務費比例定的也太低。這一切制約了研究經(jīng)費更好地發(fā)揮作用并產(chǎn)生更多有價值、個性化的研究成果，造成了浪費，甚至在一定程度上導致學術腐敗。 為此建議：

1.在經(jīng)費使用上增加基本科研經(jīng)費類型和比例。比如對研究型大學的人文社會科學工作者，由國家每年劃撥一定數(shù)額的科研經(jīng)費，讓研究者按照自己的學術興趣和學術能力制訂計劃，學校則根據(jù)其自訂的研究計劃定期進行檢查即可。此舉可以為研究者減少大量花費在學術外的時間與精力，同時由于研究項目是研究者自己確定的，是其興趣所在，從而也就能保證研究成果的最終水平，并減少學術腐敗的發(fā)生。

2.在經(jīng)費管理上增加對研究者智力報酬的支付。學術研究是一項創(chuàng)造性勞動，研究者要想做出一項好的研究，需要付出大量的心智和體力，因而，必須支付報酬，使學術研究可持續(xù)發(fā)展。但現(xiàn)行的研究經(jīng)費管理辦法中基本上沒有支付研究者研究過程中的智力報酬部分，只規(guī)定研究者可以在研究經(jīng)費中支取不多的勞務費用支付給研究過程中的其他輔助者。