據(jù)《中國青年報》報道，全國292所獨立學院中201所舉辦者有房地產及各類投資企業(yè)背景，約占獨立學院總數(shù)的68.8%，企業(yè)往往用投資的理念去辦學，有些獨立學院投資方不問青紅皂白，每年9月底學生報到以后先把錢抽掉百分之多少作為慣例。

作為中國高等教育辦學體制改革的產物，獨立學院由實施本科以上學歷教育的普通高校與國家機構以外的社會組織或者個人合作，利用非國家財政性經(jīng)費舉辦，自上世紀90年代在江浙一帶創(chuàng)辦以來，已走過十多年的歷程。獨立學院的蓬勃發(fā)展，為緩解國家財政壓力、滿足人民群眾多樣化教育需求、培養(yǎng)經(jīng)濟社會所需的應用型人才、促進高等教育大眾化做出了重要貢獻。但是，獨立學院在快速發(fā)展的同時，也出現(xiàn)了諸多問題。特別是一些企業(yè)投資創(chuàng)辦的獨立學院具有較強的營利目的，通過各種手段從辦學中營利，導致獨立學院辦學質量不高、專業(yè)設置缺乏特色、內部管理失衡、招生管理混亂等，社會各界對獨立學院的公益性越來越關注。

現(xiàn)實中，不少獨立學院通過多種途徑做到了收入高于支出，辦學有結余。多數(shù)獨立學院為節(jié)約成本，都開設短線專業(yè)、文科專業(yè)，而實驗實訓條件要求高、需要較大投入的理工類學科專業(yè)則不多。大量聘請母體高校教師、退休教師以及低水平兼職教師，節(jié)省了大量人員性開支。一些出資人考慮到本科教育市場需求較大，為縮短投資周期，往往選擇擴大招生規(guī)模，甚至在招生中出現(xiàn)欺詐行為或模糊信息宣傳。

《民辦教育促進法》規(guī)定：“民辦學校在扣除辦學成本、預留發(fā)展基金以及按照國家有關規(guī)定提取其它的必需的費用后，出資人可以從辦學結余中取得合理回報。取得合理回報的具體辦法由國務院規(guī)定。”這成為激勵舉辦者投資獨立學院的關鍵性政策，實際上也默認了投資者可以從辦學中獲得回報。但是，合理回報的實施細則、稅收、會計制度等配套政策一直遲遲未出臺，使得合理回報實質上成為一紙空文。投資方擔心貼上營利性標簽，因此沒有一所獨立學院選擇要合理回報，但實際上出資人回避回報問題，都不是不要回報，而是打著“不營利”的招牌行“獲取暴利”之實。那么，究竟該如何看待獨立學院營利現(xiàn)象？我國獨立學院既不同于中外傳統(tǒng)意義上捐資舉辦的私立大學，又不同于大多數(shù)“以學養(yǎng)學”滾動發(fā)展起來的民辦高校，還有別于上世紀90年代美國興起的完全追求利潤最大化的營利性大學。目前，對于獨立學院營利現(xiàn)象，無論在理論上還是在制度安排上都缺乏應有的理論和制度準備。對此，必須高度重視，尋求獨立學院健康發(fā)展的良策。

獨立學院營利行為是伴隨高等教育產業(yè)化、民間資本投資教育出現(xiàn)的一種新現(xiàn)象，是在缺乏投資辦學法律保護下的一種自發(fā)實踐，其具有一定的必然性、合理性，同時對于現(xiàn)行政策又有一定的突破性、違規(guī)性。對此，應該辯證看待。一方面，獨立學院引入營利機制，讓投資者獲得適當?shù)幕貓?，能夠吸引民間資本進入教育領域，促進民辦高等教育快速發(fā)展，完成獨立學院原始資本積累，擴充了高等教育資源；另一方面，由于政策不健全，不少投資者迫于社會輿論的壓力，想要而不敢公開要回報，只能通過“暗箱操作”來取得利益，甚至謀取暴利，最終影響受教育者的利益。失控的逐利性會掩蓋教育的公益性，完全抑制資本的逐利性又會降低吸引力。其實，公益性與營利性不是相互對立、互不相容的。當前，在國家財政投入不能滿足高等教育需求的背景下，政府支持投資舉辦獨立學院，使投資者在提供教育服務的同時，取得相應的回報，不僅是必要的，而且是合情合理的。因此，應該承認并允許獨立學院適當營利，并且將營利行為透明化、規(guī)范化、制度化，但要反對將營利作為終極目標，避免過度營利。只有開通渠道，明確獨立學院營利路徑，讓投資方不必說假話、做假賬就可以光明正大獲取合理回報，投資方才能免除后顧之憂，全心全意投資辦學，才不會出現(xiàn)營利亂象。

《國家中長期教育改革和發(fā)展規(guī)劃綱要（2010-2020年）》提出，“積極探索營利性和非營利性民辦學校分類管理”，當前，分類管理是破解獨立學院營利行為困局的治本之策。鑒于我國獨立學院投資者絕大部分都希望獲得回報的既定事實，在探索分類管理時，宜尊重歷史，審時度勢，循序漸進，先試點再推廣。一方面，積極支持部分由母體高校、地方政府或民營企業(yè)創(chuàng)辦的獨立學院向非營利性獨立學院發(fā)展；另一方面，鼓勵引導民營企業(yè)、教育集團、私人投資型獨立學院選擇營利性定位。此類獨立學院產權歸屬于投資者，舉辦人有權進行校產轉移、利潤分配，在工商部門注冊，照章納稅。考慮到獨立學院投資方選擇營利性的積極性不高，政府應給予營利性獨立學院一定扶持，采取國家扶持民營企業(yè)發(fā)展初期的類似優(yōu)惠政策，減少硬件要求，減低準入門檻，改革評估辦法。