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        2009~2011年大慶地區(qū)感染人輪狀病毒G血清型鑒定

        2014-01-29 10:05:54何旭輝
        醫(yī)學研究雜志 2014年5期
        關(guān)鍵詞:輪狀病毒核苷酸血清型

        文 程 王 薇 何旭輝

        輪狀病毒(rotavirus,RV)屬于呼腸孤病毒科、輪狀病毒屬,是引起人類急性腹瀉的主要病原體之一,并具有極強的傳染性。尤其A組RV是導致嬰幼兒腹瀉最常見的原因,全世界每年因輪狀病毒感染導致腹瀉的患兒大約有1.11億,其中死亡人數(shù)約有50萬左右[1]。VP7蛋白是位于RV外殼的主要結(jié)構(gòu)蛋白之一,可誘導人體產(chǎn)生中和抗體。根據(jù)RVVP7蛋白的特異性不同,可將RV分為不同的G血清型,至今已發(fā)現(xiàn)14個 G 血清型(G1~G14)[2]。因此,對某一地區(qū)流行的RV進行G血清型鑒定,對了解當?shù)豏V流行病學特征以及RV感染性腹瀉的預防與診治有非常重要的指導意義。現(xiàn)對2009~2011年大慶市區(qū)各二級及以上醫(yī)院采集的288例腹瀉患者(其中兒童197例,成人91例)的腹瀉標本進行RV陽性鑒定,將鑒定為RV陽性的標本利用分子生物學技術(shù)進行RVG血清型鑒定,以期通過了解大慶市RV的血清學特征,能為當?shù)豏V的流行病學調(diào)查、RV感染性腹瀉的診治以及RV疫苗的選用起到指導作用。

        材料與方法

        1.主要試劑:膠回收試劑盒,小量質(zhì)粒提取試劑盒和RNA提取試劑盒、ExTaq DNA聚合酶、DNA marker DL 2000、DMSO、IPTG、pGEM-T Easy Vector,反轉(zhuǎn)錄酶AMV和dNTP購自大連寶生物公司;A組輪狀病毒ELISA檢測試劑盒購自O(shè)XOID公司。

        2.輪狀病毒的ELISA檢測:將288例腹瀉標本反復凍融3次后,用A組輪狀病毒ELISA試劑盒的稀釋液將腹瀉標本稀釋成10%的懸液,10000r/min離心5min,利用A組輪狀病毒ELISA檢測試劑盒進行RV陽性檢測。

        3.一步多重RT-PCR鑒定RV血清型:①取處理過的標本上清液200μl,按照Trizol Reagent試劑說明書提取輪狀病毒dsRNA;②參照GenBank上發(fā)表的各血清型人源RVVP7蛋白的基因序列,利用Oligo 6.0軟件設(shè)計上、下游引物;并經(jīng)DNA Star軟件證實其具有較好的特異性后,送上海生工生物技術(shù)有限公司合成;③取PCR反應管依次加入RNA模板(2μl)、DEPC 水(3μl)、分型引物混合物(1.5μl)、DMSO(2μl)后,充分混勻,在97℃變性5min,迅速置冰浴上冷卻。向PCR管中加入反轉(zhuǎn)錄和PCR反應所需的試劑。反應條件設(shè)定為:42℃30min,94℃ 2min,94℃預變性1min,30 個循環(huán)(94℃變性30s,42℃退火2min,72℃延伸1min),最后72℃延伸1min。反應完畢,PCR擴增產(chǎn)物用1%瓊脂糖凝膠電泳進行鑒定。

        4.一步法RT-PCR擴增RVVP7基因全長片段:參照GenBank上發(fā)表的人源輪狀病毒VP7蛋白的序列(Access number:K02033),利用Oligo 6.0軟件設(shè)計一對特異性引物(上游引物:5'-GGCTTTAAAAGAGAGAATTTCCGTCTGG-3';下游引物:5'-GGTCACATCATACAATTCTAATCTAAG-3')。通過一步法RT-PCR擴增RVVP7基因全長片段。反應完畢后,用1%瓊脂糖凝膠電泳鑒定PCR擴增產(chǎn)物。

        5.目的片段的測序及分析[3]:用Geneaid膠回收試劑盒回收和純化DNA,將膠回收純化后PCR產(chǎn)物進行測序并序列的分析。

        結(jié) 果

        1.腹瀉標本的RV陽性檢測結(jié)果:A組輪狀病毒ELISA試劑盒檢測結(jié)果顯示,288例腹瀉標本中有177例為RV陽性,其中兒童152例,成人19例。

        2.一步多重RT-PCR結(jié)果:瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果顯示,在749bp、652bp、374bp位置上分別出現(xiàn)了特異的DNA條帶,這3條帶與 G1、G2、G3型 VP7基因的理論值相一致(圖1)。由此得出,177例RV陽性標本中有73例為 G1型 (41.2%),12例為 G2型(6.7%),67 例為 G3型 (37.9%)。此外,還出現(xiàn)了25例 G1與 G3混合型(14.1%)。

        圖1 RVVP7基因型別RT-PCR擴增結(jié)果

        3.一步法RT-PCR結(jié)果:對177例RV陽性標本的VP7基因全長進行RT-PCR擴增,經(jīng)瓊脂糖電泳鑒定,均在在1062bp處出現(xiàn)一條特異條帶(圖2),與RVVP7基因全長的理論值一致。

        圖2 VP7基因片段RT-PCR擴增結(jié)果

        4.RVVP7目的片段測序及序列比對結(jié)果:對177例RV陽性標本的RVVP7編碼區(qū)的核苷酸序列進行分析、比對,結(jié)果見圖3。有73例核苷酸序列同源性>96.5%,且與G1型人輪狀病毒W(wǎng)a株的VP7核苷酸序列同源性≥95.7%;12例核苷酸序列同源性>95.2%,與 G2型人輪狀病毒 S2株的 VP7核苷酸序列同源性≥93.3%;67例核苷酸序列同源性>95.5%,與G3型人輪狀病毒SY9株的VP7核苷酸序列同源性≥92.5%;25例核苷酸序列同源性>91.3%,與G1和G3混合型人輪狀病毒P53株的核苷酸序列同源性≥90.5%。根據(jù)最新提出的VP7核苷酸序列同源性>80%為同一基因型的原則,可進一步確定177例RV陽性的腹瀉標本中,G1型73例,G2型為12例,G3型67例為;25例為G1和G3混合型[3]。

        圖3 輪狀病毒陽性標本VP7血清型分析

        討 論

        輪狀病毒是引起嬰幼兒腹瀉的主要病原體,多呈散發(fā)性,3歲以前幾乎所有兒童都曾感染過輪狀病毒,早產(chǎn)兒、低出生體重兒及免疫缺陷患兒更容易患病。此外,約50%接觸過RV感染患者的成人也可獲得感染。現(xiàn)已證明,在世界范圍內(nèi),導致嬰幼兒腹瀉的RV血清型主要為G1~G4型[4]。而且,這幾種血清型之間存在著一定的交叉重組現(xiàn)象。此外,一些比較罕見的RV血清型如G9型、G5型已在某些國家地區(qū)呈流行趨勢,我國個別地區(qū)如北京、上海等地的RV流行株中也出現(xiàn)了G9型[5~8],這說明 RV流行株在世界范圍內(nèi)正呈現(xiàn)更為復雜的多樣性。不同國家或同一國家的不同地區(qū),RV血清型的分布均存在差異。即使同一地區(qū)的不同年份,RV血清型也可能存在差異。因此,對某地區(qū)輪狀病毒VP7血清型的流行特點進行調(diào)查,獲取可靠的流行病學數(shù)據(jù),對RV感染性腹瀉的診治及指導RV疫苗研制與選用都將起到十分重要的作用。

        本研究通過RT-PCR等分子生物學技術(shù)對大慶地區(qū)感染人的RV血清型做了一次流行病學調(diào)查,結(jié)果顯示,288例腹瀉患者中有177例為RV陽性。其中,197例兒童腹瀉患者的標本中有152例RV陽性,陽性率為77.1%,91例成人腹瀉患者,有19例為RV陽性,陽性率為20.9%。由此可見,成人RV陽性率明顯低于兒童,說明RV主要侵襲免疫系統(tǒng)發(fā)育未完全的兒童,而成人對RV的感染有一定的抵抗力,所以發(fā)生率較低,符合RV流行病學特征。此外,本研究得出的兒童腹瀉患者的RV陽性率稍高于其他地區(qū),主要是因為本研究采集標本的時間多集中在秋冬季,腹瀉患兒的年齡主要為5歲以下,這與其他國家報告的5歲以下患兒的RV感染率在60%~80%相一致[9]。RV血清型鑒定結(jié)果顯示大慶地區(qū)近3年來流行的A組RV主要以G1型和G3型為主,分別占41.2%和37.9%,同時也存在少數(shù)的G2型。這與有關(guān)報道的中國其他地區(qū)輪狀病毒血清型的檢測結(jié)果多以G1和G3型為主是一致的,說明本地區(qū)流行的RV并未見新血清型的出現(xiàn)[10];但與武漢、杭州等地區(qū)的主要RV流行株的血清型存在一些差異,說明我國各地區(qū)間RV的流行情況是有差異的,可能考慮與氣候、環(huán)境等因素有關(guān)[11~13]。本研究同時發(fā)現(xiàn)有25例為G1和G3混合型,說明RV毒株在大慶地區(qū)已存在重組變異,這提醒我們在制定RV預防策略以及RV疫苗株的選用與研制上,應充分考慮當?shù)豏V的變異情況。本研究對大慶市區(qū)內(nèi)感染人的RV血清型進行了鑒定,由于采集的標本在時間、區(qū)域等方面的局限性以及技術(shù)上的不成熟,可能會導致結(jié)果存在一定的誤差,但為進一步開展大慶市嬰幼兒輪狀病毒腹瀉的分子流行病學調(diào)查提供了必要的參考資料,同時也能為RV疫苗的選用提供可靠的理論依據(jù)。

        1 鄧富萍,陳宏君,黃歡.人輪狀病毒的流行病學研究[J].調(diào)查研究,2011,1(12):132-134

        2 Cao XR,Akihara S,F(xiàn)ang ZY,et al.Genetic variation in the VP7 and NSP4 genes of human rotavirus serotype 3(G3 type)isolated in China and Japan[J].Microbiol Immunol,1999,43(2):171-175

        3 謝金鑫.大慶地區(qū)牛輪狀病毒的分離及其全序列分析[D].密山:黑龍江八一農(nóng)墾大學,2009

        4 Gentsch JR,Woods PA,Ramachandran M,et al.Review of Gand Ptyping results from a global collection of rotavirus[J].Infect Dis,1996,174(suppl 1):30-36

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        11 唐少文,王斌,李燕,等.嬰幼兒腹瀉A組輪狀病毒VP7基因型別的研究[J].華中醫(yī)學雜志,2004,28(2):73-74

        12 李丹地,于秋麗,齊順祥,等.河北省盧龍地區(qū)2008~2009年度輪狀病毒流行病學研究[J].中華實驗和臨床病毒學雜志,2010,24(1):2-4

        13 張永為,孟麗,楊葉青,等.杭州地區(qū)腹瀉嬰幼兒A群輪狀病毒感染特征[J].浙江預防醫(yī)學,2012,24(12):60-62

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