在中國(guó)，生態(tài)農(nóng)業(yè)技術(shù)源遠(yuǎn)流長(zhǎng)，但生態(tài)農(nóng)業(yè)作為一個(gè)產(chǎn)業(yè)，卻剛剛起步，目前仍存在三大困境。

困境一：成本高、效益低。與工業(yè)和服務(wù)業(yè)相比，農(nóng)業(yè)天然是弱勢(shì)產(chǎn)業(yè)，效益低、周期長(zhǎng)。生態(tài)農(nóng)業(yè)由于杜絕了農(nóng)藥、無(wú)機(jī)肥料、激素等非生態(tài)因素，農(nóng)作物的生長(zhǎng)周期更為漫長(zhǎng)，且產(chǎn)量低。而生態(tài)農(nóng)業(yè)的人工成本、時(shí)間成本比普通農(nóng)業(yè)更高。農(nóng)業(yè)作為一種“弱勢(shì)產(chǎn)業(yè)”，假如僅僅依靠農(nóng)產(chǎn)品銷售，很難取得高效益。生態(tài)農(nóng)業(yè)價(jià)值的綜合開發(fā)利用，比如將農(nóng)業(yè)產(chǎn)品價(jià)值與旅游價(jià)值、科研價(jià)值、教育價(jià)值等其他價(jià)值相疊加，往往能帶來(lái)數(shù)倍的經(jīng)濟(jì)回報(bào)。生態(tài)觀光就是目前最為普遍的生態(tài)農(nóng)業(yè)價(jià)值綜合開發(fā)方式。

困境二：銷售難。盡管人們都知道有機(jī)農(nóng)產(chǎn)品無(wú)污染、更健康，但是面對(duì)較為昂貴的價(jià)格，消費(fèi)者還是會(huì)有所猶豫。一般來(lái)講，用生態(tài)方式養(yǎng)殖的農(nóng)產(chǎn)品，比同種類型的普通農(nóng)產(chǎn)品要貴一倍，甚至兩倍。在目前國(guó)內(nèi)消費(fèi)者收入沒(méi)有大幅提升的背景下，有機(jī)農(nóng)產(chǎn)品的購(gòu)買群體主要還是集中于中產(chǎn)和富裕階層。另一方面，目前城市物產(chǎn)普遍豐裕，在種類繁多的農(nóng)產(chǎn)品中，要讓消費(fèi)者偏好有機(jī)產(chǎn)品，市場(chǎng)教育工作還有待進(jìn)一步展開。銷售渠道不健全是導(dǎo)致有機(jī)農(nóng)產(chǎn)品銷售難的又一重要原因。很多公司培育出品質(zhì)上乘的有機(jī)產(chǎn)品，卻苦于沒(méi)有足夠的銷售網(wǎng)絡(luò)去推廣。

困境三：缺乏法定標(biāo)準(zhǔn)。中國(guó)政府目前還沒(méi)有制定嚴(yán)格的生態(tài)農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)、企業(yè)標(biāo)準(zhǔn)和產(chǎn)品標(biāo)準(zhǔn)，生態(tài)農(nóng)業(yè)準(zhǔn)入門檻低。這導(dǎo)致了目前生態(tài)農(nóng)業(yè)領(lǐng)域魚龍混雜，消費(fèi)者也無(wú)所適從。假冒偽劣的生態(tài)產(chǎn)品充斥于市場(chǎng)，擾亂了產(chǎn)業(yè)的健康發(fā)展。