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        基于葉脈聚類分析技術的葉片快速分類

        2013-12-31 00:00:00方璽葛權耕何朗
        湖北農業(yè)科學 2013年14期

        摘要:根據葉脈密度、距離、圈數等參數,采用Blonder等的葉脈數學模型和層次聚類分析方法,最終確定將25種具有地域代表性的樹木樹葉分為4大類,研究還發(fā)現葉片曝光率、樹枝輪廓都會影響葉片的形狀。該樹葉類型分類方法理論清晰,簡單易于實現,在植物葉片迅速分類等農林業(yè)領域有一定的實用和推廣價值。

        關鍵詞:葉脈;層次聚類;相關性分析;葉片快速分類

        中圖分類號:Q94 文獻標識碼:A 文章編號:0439-8114(2013)14-3423-05

        樹葉的形狀是多種多樣的,是什么因素導致了樹葉形狀的多樣性,目前學術界還沒有定論。一直以來,國內外的學者們從不同的角度探討了樹葉形狀多樣性的原因。李志英等[1]研究了葉片氣孔密度大小與起源地的關系,楊傳友等[2]系統研究了蘋果樹葉片氣孔的結構特征,并得出葉片氣孔大小、結構、密度可作為樹木起源地分類的重要指標;呂政濤[3]通過觀察并總結發(fā)現了葉形與樹形的相關關系;Pierce等[4]研究了喬本科植物葉的經濟學譜系對其生存的影響;Karlik等[5]提出了計算樹木葉片質量的方法。然而,這些研究并沒有從葉片的內部本質上分析樹葉形狀多樣性的原因,2011年Blonder等[6]通過對葉脈的研究,從生物學理論及葉脈經濟學原理角度建立了一種新的數學模型,這為找到葉片形狀千差萬別的原因邁出了極其重要的一步。本研究在Blonder等建立的葉脈數學模型的基礎上提出了樹葉葉片的快速分類方法,并從環(huán)境等角度具體探討了影響葉形的主要因素。

        1 葉片分類模型

        為了對樹葉進行分類,此次研究假設葉形是進行分類的惟一依據,而根據Blonder等的葉脈數學模型可知道密度(σ)、距離(d)、圈數(ξ)是影響葉形的最基本的3個因素,其中密度(σ)表示單位面積的葉脈長度;距離(d)表示單位葉片面積中所有完整葉脈圈的最大內切圓直徑;圈數(ξ)表示單位面積完整的葉脈圈的個數。這3個量的定義圖如圖1所示。可以根據這3個因素對葉片進行分類。從現實上考慮,圈數(ξ)對葉片形狀的影響不會很大,而對于其他兩個因素,很難確定哪個因素對葉脈布局的影響最大,因此研究分別以距離(d)和密度(σ)對葉片進行分類,具體操作過程如下:由于樹木的種類過多,地域分布也很廣泛,對所有的樹木葉片進行分類將十分繁瑣,因此研究選取了25種具有地域代表性的樹木樹葉(表1)進行分類研究[6]。分別提取這25種樹葉的葉脈,并分別對葉脈多次進行距離測量,取多次測量的平均值作為這種樹葉的葉脈距離(d)。密度(σ)的測量方法與之相同。

        2 葉片聚類原理與結果分析

        聚類分析(Cluster analysis)是一組將研究對象分為相對同質的群組的統計分析技術。聚類分析的目標就是在相似的基礎上收集數據來分類,聚類分析的方法主要有快速聚類法、譜系聚類法、變量聚類法、層次聚類法和非層次聚類法等,本研究將使用層次聚類方法來對葉片進行分類。

        2.1 層次聚類基本原理

        層次聚類方法是依據給定的簇間距離度量準則,構造一棵由簇和子簇形成的聚類樹,直到滿足某個結束條件為止[7]。根據要求的不同,可以分為自頂向下的層次聚類以及自底向上的層次聚類,主要有凝聚和分裂兩種層次聚類方法?,F實中,大部分層次聚類都使用凝聚的方法,其策略是首先將每個樣本點都看成一個類,然后逐漸合并成一個越來越大的類,直到最終合并成一類為止。

        不同的層次聚類在每一層上的合并方式也有所區(qū)別,主要有:平均距離,取兩個聚類間樣本的平均距離作為這兩個類間的距離;最小距離,取兩個聚類間樣本的最近距離作為這兩個類間的距離;最大距離,取兩個聚類間樣本的最遠距離作為這兩個類間的距離[8-10]。此次研究使用最小距離來對類進行合并。層次聚類算法的主要流程如圖2所示。

        2.2 層次聚類結果

        根據以上所測得的數據,運用統計分析軟件SPSS可以得出層次聚類結果,如圖3所示。觀察聚類結果發(fā)現,根據這兩個因素(距離和密度)分別聚類,所得大部分的歸類都是相同的,只有少部分的結果不同,原因可能是測量誤差對聚類分析有影響,故而對于大部分樹葉來說本分析方法還是適用的,因此依據距離(d)以及密度(σ)對樹葉進行分類是可行的,以下具體分析通過距離(d)進行聚類的結果。由圖3的聚類結果可知比較難確定類別數目,研究決定分別選定2、3、4、5個類別,并通過以下步驟分析得到最終的分類:設置每組的平均距離為給定的標準組;分別計算每組相對于標準組的距離,并通過圖像呈現出來,結果如圖4至圖7所示。

        分析發(fā)現當類別數目越大時,距離越小,即類別數目越大,會使得分類結果越精確。這樣就可以推測出,當每種樹葉都分為單獨一類時,所得的分類結果最滿意,顯然這種情況在實際情況下是行不通的,根本就沒有達到將樹葉分類的目的,也就是說分類并不是越細越好,因此應該找到一個分類的平衡點使得分類更具合理性,更加有效。在這4種分類中,分2類和3類時的距離比較大,分4類、5類的距離都比較小,結果都比較合理,而一般的分類,分4類就差不多了,分5類的話會顯得多余,所以經過綜合考慮,研究決定將這25種樹的樹葉分成了4類,結果如表2所示。

        3.2.2 葉形與樹枝輪廓的相關性 運用SPSS軟件對樹枝密度和葉片密度進行相關性分析,所得結果見表3。首先假設樹葉形狀與樹枝輪廓沒有聯系,由相關性分析結果可知,兩種密度的Pearson相關系數為0.765,樹干特征與葉片特征不相關的假設檢驗值為0.016,顯然,這個結果是在置信水平為0.05對應的置信空間之外,所以假設不成立,即樹葉的形狀與樹枝輪廓有一定的相關性。

        4 小結

        研究在Blonder等[6]的葉脈數學模型的基礎上,提出了一種切實有效的葉片分類方法,從內因和外因兩方面分析了葉片形狀的影響因素,得到如下結論。

        1)測定了25種樹葉葉片的密度(σ)、距離(d)和圈數(ξ),并依據其中的密度(σ)以及距離(d)分別進行了層次聚類分析,觀察得出利用這兩個因素進行分類差別不大,因而選取距離(d)對樹葉進行分類,綜合考慮精確度和有效性,最終得出將這些葉片分為4類更加合理。

        2)考慮影響葉片形狀多樣性的內部及外部原因,基于葉片光合作用及曝光率討論了影響葉片形狀的不同因素,運用能量轉化理論分析發(fā)現,葉片的曝光率大小會影響葉片的形狀;繼而提取9棵樹的樹干及樹葉特征值并進行相關性分析,結果表明,樹葉的形狀與樹枝輪廓形狀有一定的相關性。

        參考文獻:

        [1] 李志英,梁艷榮,胡曉紅.梨不同系統葉氣孔的密度、大小與起源地氣象因子的關系[J].內蒙古農業(yè)科技,1994(5):31-32.

        [2] 楊傳友,史金生,村欣閣,等.蘋果葉片氣孔的研究[J]. 山東農業(yè)大學學報,1998,29(1):8-14.

        [3] 呂政濤. 一項有趣的觀察——葉形與樹形的相關[J]. 落葉果樹,1986(4):34.

        [4] PIERCE S,CERIANI R M,ANDREIS D E,et al. The leaf economics spectrum of Poaceae reflects variation in survival strategies[J]. Plant Biosystems,2007,141(3):337-343.

        [5] KARLIK J F,WINER A M. Comparison of calculated and measured leaf masses of urban trees[J]. Ecological Applications,9(4):1168-1176.

        [6] BLONDER B,VIOLLE C,BENTLEY L P,et al.Venation networks and the origin of the leaf economics spectrum [J]. Ecology Letters,2011,14(2):91-100.

        [7] 段明秀.層次聚類算法的研究及應用[D].長沙:中南大學,2009.

        [8] 賈瑞玉,查 豐,耿錦威,等. 一種基于引力的分層聚類算法[J].計算機技術與發(fā)展,2011,21(3):76-79.

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