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        RET基因多態(tài)性與甲狀腺乳頭狀癌的關(guān)聯(lián)性分析

        2013-11-29 04:52:36劉曉莉史杰萍吳燕華王詩(shī)鑌于雅琴
        關(guān)鍵詞:研究

        王 崇,劉曉莉,史杰萍,吳燕華,王詩(shī)鑌,于雅琴,孫 輝

        (1.吉林大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)教研室,吉林 長(zhǎng)春 130021;2.吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院甲狀腺外科,吉林 長(zhǎng)春 130033)

        甲狀腺癌是最常見的內(nèi)分泌系統(tǒng)惡性腫瘤,占機(jī)體所有惡性腫瘤的1%[1],其主要包括乳頭狀癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)、髓 樣 癌(medullary thyroid carcinoma,MTC)、濾泡狀癌和未分化癌4種類型,其中以PTC最為常見[2]。甲狀腺癌的發(fā)病機(jī)制至今尚未完全明確,有研究[3]表明:女性、亞洲人種、學(xué)歷高、有甲狀腺腫病史、頸部接受過(guò)放射線照射和有甲狀腺疾病家族史是甲狀腺癌的危險(xiǎn)因素。也有研究表明:甲狀腺癌的發(fā)生發(fā)展與某些基因及其基因的多態(tài)性有關(guān),如RET原癌基因、TSHR基因、BARF基因和Ras基因等。L?nn等[4]和Ho等[5]已報(bào)道過(guò) RET 基因多態(tài)性與PTC的發(fā)生有關(guān)。本研究采用病例對(duì)照的方法,通過(guò)檢測(cè)RET基因外顯子11上的rs1799939位點(diǎn)的基因多態(tài)性,探討該單核苷酸多態(tài)性(SNPs)位點(diǎn)與PTC的關(guān)聯(lián)性,為今后揭示甲狀腺癌的發(fā)病機(jī)制提供一定的遺傳學(xué)依據(jù)。

        1 資料與方法

        1.1 研究對(duì)象 收集2010年1—5月在吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院通過(guò)手術(shù)后病理切片確診的100例PTC患者作為病例組,按年齡、性別、民族和地理位置匹配,選取同期在吉林大學(xué)第一醫(yī)院進(jìn)行體檢的100例排除腫瘤及甲狀腺相關(guān)疾病的健康人為對(duì)照組。研究對(duì)象均為中國(guó)北方漢族人群。所有PTC均依據(jù)《2009年美國(guó)甲狀腺學(xué)會(huì)甲狀腺結(jié)節(jié)和分化型甲狀腺癌診斷治療指南》確診。

        1.2 標(biāo)本的采集及處理 在獲取研究對(duì)象的知情同意后,抽取外周靜脈血5mL,EDTA抗凝,-20℃凍存以備基因組DNA的提取。

        1.3 基因組DNA的提取 利用微量DNA提取試劑盒(Promega公司,美國(guó))提取DNA,采用紫外分光光度計(jì)(Beckman公司,美國(guó))檢測(cè)DNA含量,測(cè)定吸光度(A)值,A260/A280比值為1.6~2.0,提取出的DNA置于4℃冰箱保存。

        1.4 引物設(shè)計(jì) 在NCBI的SNP數(shù)據(jù)庫(kù)里下載RET基因rs1799939位點(diǎn)的模板序列,利用Primer Premier 5.0軟件,按照引物設(shè)計(jì)原則設(shè)計(jì)1對(duì)引物。上游引物:5′-CACAAGCCACCCATCTCC-3′,下游引物:5′-GAACGGCACCTCATCATAGTC-3′,PCR產(chǎn)物片段長(zhǎng)度為342bp。

        1.5 基因型檢測(cè) 采用PCR-RFLP方法進(jìn)行基因型檢測(cè):①PCR反應(yīng)體系及條件。反應(yīng)體系為25μL,含有2×Tag混合DNA聚合酶(北京天根生物公司)12.5μL(0.1U),上、下游引物(大連寶生物公司)各1.0μL(10μmol·L-1),ddH2O(二餾滅菌水)8.5μL,模板DNA(25~35ng)2.0μL。反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性5min,94℃變性40s,58.3℃退火1min,72℃延伸1min,40個(gè)循環(huán)后72℃延伸10min。取PCR產(chǎn)物6μL,用1%瓊脂糖凝膠電泳30min,電泳后用凝膠成像分析系統(tǒng)(Bio-Rad公司,美國(guó))進(jìn)行照相和保存。②酶切體系及反應(yīng)條件。利用限制性內(nèi)切酶BanⅠ對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切。酶切體系為20μL,包括PCR擴(kuò)增產(chǎn)物10μL,限制性內(nèi)切酶BanⅠ1.0μL,10×Buffer 2.0μL,ddH2O 7.0μL。酶切體系在37℃恒溫箱中酶切4~5h后,用2.5%瓊脂糖凝膠電泳45min,凝膠成像分析系統(tǒng)觀察酶切圖譜,判斷位點(diǎn)的基因型并照相保存。

        1.6 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析 采用SPSS 13.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析,應(yīng)用擬合優(yōu)度χ2檢驗(yàn)分析病例組和對(duì)照組基因型分布是否符合Hardy-Weinberg平衡定律,以及該位點(diǎn)的基因型、等位基因頻數(shù)分布與PTC的關(guān)聯(lián)。

        2 結(jié) 果

        2.1 2組研究對(duì)象的基本情況 病例組100例,其中男性24例,女性76例,平均年齡為(42.02±8.96)歲。對(duì)照組100例,其中男性26例,女性74例,平均年齡為(43.03±10.12)歲,病例組和對(duì)照組的年齡、性別差異均無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(t=0.747,P=0.456;χ2=0.107,P=0.744),具有可比性。

        2.2 PCR擴(kuò)增和酶切結(jié)果 RET基因上rs1799939位點(diǎn)是呈二態(tài)性的SNP位點(diǎn),有G和A 2種等位基因。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物基因片段長(zhǎng)度為342bp。見圖1。PCR產(chǎn)物經(jīng)限制性內(nèi)切酶BanⅠ消化后,可能產(chǎn)生2個(gè)酶切片段,長(zhǎng)度分別為80和262bp。本研究檢測(cè)出2種基因型,分別為G/G基因型(純合切開)和G/A基因型(雜合切開),未發(fā)現(xiàn)A/A基因型(純合未切開)。見圖2。

        2.3 Hardy-Weinberg遺傳平衡檢驗(yàn) 經(jīng)擬合優(yōu)度χ2檢驗(yàn),該位點(diǎn)病例組和對(duì)照組的基因型頻數(shù)分布均符合 Hardy-Weinberg遺傳平衡定律(P>0.05)。見表1。

        圖1 rs1799939位點(diǎn)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖Fig.1 The electrophoregram of PCR amplification products of rs1799939site

        圖2 rs1799939位點(diǎn)限制性酶切產(chǎn)物電泳圖Fig.2 The electrophoregram of RFLP products of rs1799939site

        2.4 rs1799939位點(diǎn)與PTC的關(guān)聯(lián)性分析 病例組和對(duì)照組G/G、G/A 2種基因型頻數(shù)分布差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=0.276,P=0.599),G、A等位基因頻數(shù)分布差異亦無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=0.245,P=0.621),ORGA/GG=1.202(95%CI:0.604~2.393),ORA/G=1.177(95%CI:0.616~2.250),rs1799939位點(diǎn)的多態(tài)性與PTC不存在關(guān)聯(lián)。見表2。

        表1 rs1799939位點(diǎn)的Hardy-Weinberg遺傳平衡定律檢驗(yàn)Tab.1 The goodness of fit chi-square test for the Hardy-Weinberg equilibrium of rs1799939site

        2.5 rs1799939位點(diǎn)在不同性別PTC患者中的分布 按性別將病例組PTC患者分為男性、女性2組,進(jìn)行基因型頻數(shù)和等位基因頻數(shù)的χ2檢驗(yàn),經(jīng)檢驗(yàn),不同性別的PTC患者在rs1799939位點(diǎn)的基因型頻數(shù)分布差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=0.025,P=0.874),G、A等位基因頻數(shù)分布差異亦無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=0.022,P=0.882)。見表3。

        表2 rs1999939位點(diǎn)基因型和等位基因頻數(shù)分布Tab.2 Distribution of genotypic and allelic frequencies of rs1799939site [n(η/%)]

        表3 不同性別PTC患者基因型和等位基因頻數(shù)分布Tab.3 Distribution of genotypic and allelic frequencies in PTC patients with different genders [n(η/%)]

        3 討 論

        近年來(lái)甲狀腺癌的發(fā)病率呈增高趨勢(shì),世界各地女性患者的發(fā)病率均高于男性。據(jù)世界衛(wèi)生組織國(guó)際癌癥研究署(IARC,http://www.iarc.fr/)[6]報(bào)道,全球男性甲狀腺癌發(fā)病率由2000年的1.2/10萬(wàn)增加到2008年的1.5/10萬(wàn),女性由3.0/10萬(wàn)增加到4.7/10萬(wàn),呈現(xiàn)逐年上升趨勢(shì)。我國(guó)天津、上海、海門等城市的流行病學(xué)調(diào)查也顯示甲狀腺癌的發(fā)病率逐年增高[7-9]。

        RET原癌基因最先由Takahashi等[10]發(fā)現(xiàn)。該基因位于人類染色體10q11.2,共含有21個(gè)外顯子,全長(zhǎng)60000bp,能夠編碼一種跨膜的酪氨酸激酶受體蛋白(RET蛋白),這種受體在神經(jīng)嵴細(xì)胞系中表達(dá),對(duì)細(xì)胞的正常生理功能有調(diào)節(jié)作用,同時(shí)該蛋白也與細(xì)胞之間的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)有關(guān)。目前國(guó)外已有研究報(bào)道RET基因多態(tài)性與甲狀腺癌的發(fā)生存在關(guān)聯(lián)。L?nn等[4]研究表明:RET基因rs1799939位點(diǎn)的多態(tài)性與PTC的發(fā)生有關(guān),且這種關(guān)聯(lián)性在年輕女性中表現(xiàn)更強(qiáng)。Elisei等[11]通過(guò)對(duì)106例健康人和106例MTC患者rs1799939位點(diǎn)基因型的檢測(cè)發(fā)現(xiàn)MTC的發(fā)生與該位點(diǎn)存在關(guān)聯(lián)性。2012年,F(xiàn)iglioli等[12]采用 Meta分析的方法也證實(shí)了rs1799939位點(diǎn)的多態(tài)性可以增加患甲狀腺癌的風(fēng)險(xiǎn)。國(guó)內(nèi)此類研究則較少。

        本研究采用病例-對(duì)照研究方法,利用PCR-RFLP技術(shù)探討RET基因第11外顯子上rs1799939位點(diǎn)多態(tài)性與PTC的關(guān)系。分析結(jié)果表明:該位點(diǎn)的基因多態(tài)性與PTC的發(fā)生不存在關(guān)聯(lián),與不同性別的PTC患者的發(fā)病也不存在關(guān)聯(lián)。這個(gè)結(jié)果與Ho等[5]的研究結(jié)果一致。本研究得到陰性結(jié)果的可能原因是:①樣本量較小,選取位點(diǎn)單一,能夠提供的信息量有一定限制,不足以得出有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的結(jié)果。有研究[13-14]表明:多個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)聯(lián)合作用時(shí)可以增加甲狀腺癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。②甲狀腺癌的病因很多,可能在發(fā)病的過(guò)程中有多個(gè)基因聯(lián)合作用,而每個(gè)基因所起的作用相對(duì)微小,因此在檢驗(yàn)單個(gè)RET基因與甲狀腺癌的關(guān)系時(shí)可能難以達(dá)到顯著性水平。③甲狀腺癌的發(fā)病機(jī)制尚未清楚,除了已知的RAF/MEK/ERK信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路和PI3K/Akt信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路外,可能還存在其他未知的通路起著重要的作用。④甲狀腺癌的發(fā)生發(fā)展除了遺傳因素外,還與環(huán)境因素有關(guān),本研究未探討環(huán)境因素的作用,可能會(huì)導(dǎo)致陰性結(jié)果。⑤由于本研究的研究對(duì)象與陽(yáng)性結(jié)果的研究對(duì)象在地理位置、遺傳背景、種族和生活環(huán)境等方面存在差異,也有得到陰性結(jié)果的可能。⑥本研究病例組的癌癥病理類型為PTC,可能會(huì)與部分研究結(jié)果不一致。

        綜上所述,本研究雖未發(fā)現(xiàn)rs1799939位點(diǎn)的多態(tài)性與中國(guó)北方漢族人群PTC的易感性存在關(guān)聯(lián),但尚不能完全排除rs1799939位點(diǎn)在PTC發(fā)生中的作用。在今后的研究中,為了獲得更為準(zhǔn)確的結(jié)果,可以擴(kuò)大研究的樣本量,增加研究的多態(tài)性位點(diǎn),同時(shí)檢測(cè)多個(gè)與甲狀腺癌的發(fā)生可能有關(guān)的基因,對(duì)相關(guān)資料進(jìn)行單倍體型分析、基因-基因的交互作用分析、基因-環(huán)境的交互作用分析,進(jìn)一步探討甲狀腺癌的發(fā)病機(jī)制。

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