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        無患子種質(zhì)資源多樣性與親緣關(guān)系的ISSR 和SRAP 分析

        2013-11-08 03:40:32柏明娥張加正洪利興沈建軍
        浙江農(nóng)業(yè)科學(xué) 2013年5期
        關(guān)鍵詞:患子親緣種源

        洪 莉,柏明娥,張加正,洪利興,沈建軍

        (1.浙江省臺州市農(nóng)業(yè)科學(xué)研究院,浙江 臨海 317000;2.浙江省林業(yè)科學(xué)研究院,浙江 杭州 310023)

        無患子 (Sapindus mukorossi Gaertn.)又名肥皂樹,為無患子科無患子屬落葉喬木樹種,廣泛分布我國東部、南部至西南各省區(qū),日本、朝鮮、越南、老撾、柬埔寨、緬甸、泰國、馬來西亞、尼泊爾和印度也有分布[1]。近年來研究表明,無患子果皮含有四環(huán)三萜類大戟烷型 (Tirucallane type)和達(dá)瑪烷型 (Dammarane type)等多種皂苷[2-4],可作為天然活性物質(zhì)用于洗滌和洗發(fā)香波及各種潔膚護(hù)膚化妝品中,具有抗皮真菌和念珠菌等抗菌、止癢、治療腳癬和輪癬等功效[5],是當(dāng)前日用化工業(yè)中非常引人關(guān)注的綠色洗滌生物化工原料,市場前景廣闊。目前,人工種植的無患子大多使用天然種源的實(shí)生苗,良種選育尚處于起步階段。辜夕蓉[6]對來自于四川和云南5個地方的無患子種源的種子品質(zhì)進(jìn)行研究和比較,以期從中找尋出優(yōu)良種源,為無患子的栽后產(chǎn)量和品質(zhì)打下基礎(chǔ)。邵文豪等[7-8]通過對不同產(chǎn)地?zé)o患子果皮皂苷含量的測定分析和收集無患子自然分布區(qū)內(nèi)不同種源、家系種子進(jìn)行播種育苗定期觀測,研究無患子不同種源皂苷含量和苗期生長變異規(guī)律與種源地生態(tài)因子之間的關(guān)系,以期為選擇高皂苷含量的優(yōu)良種源區(qū)劃及遺傳改良提供理論依據(jù)。

        簡單重復(fù)序列區(qū)間 (inter-simple sequence repeat,ISSR)是1994年由Zietkeiwitcz 創(chuàng)建的一種簡單序列重復(fù)間擴(kuò)增多態(tài)性分子標(biāo)記方法[9],相關(guān)序列擴(kuò)增多態(tài)性 (sequence-related amplified polymorphism,SRAP)是由美國加州大學(xué)Li 和Quiros 于2001年發(fā)展的一種基于PCR 反應(yīng)的新型標(biāo)記[10]。利用分子標(biāo)記技術(shù)研究無患子種質(zhì)資源遺傳多樣性的相關(guān)文獻(xiàn)鮮見報道。本研究采用ISSR 和SRAP 分子標(biāo)記技術(shù),選取來自浙江、湖南、四川等地的16 份無患子材料,通過探討不同產(chǎn)地?zé)o患子種源間的遺傳差異和親緣關(guān)系,旨在為科學(xué)實(shí)現(xiàn)遠(yuǎn)緣雜交或遠(yuǎn)親雜交提供理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 供試材料

        2011年11-12月,在無患子不同分布區(qū)選擇樹齡20年以上、胸徑18 cm 以上且生長正常的無患子采集成熟果實(shí),共收集13個產(chǎn)地16 份果實(shí)材料 (表1)。果實(shí)采集帶回室內(nèi),將種子剝離后濕沙埋藏,2012年3月進(jìn)行播種試驗(yàn)。試驗(yàn)在浙江省臺州市農(nóng)業(yè)科學(xué)研究院大棚內(nèi)進(jìn)行。臺州屬亞熱帶季風(fēng)性濕潤氣候,四季分明,年均氣溫17℃,年降水量1 550 mm。土壤為砂壤土,pH 值6.1,地勢平坦,水源充足。2012年9月采集當(dāng)年生幼樹嫩葉作分析測試樣品。

        表1 供試無患子材料的情況

        1.2 處理方法

        1.2.1 無患子基因組DNA 的提取

        基因組DNA 提取采用SDS-CTAB 法,DNA 粗提物再經(jīng)Magabio 核酸純化試劑盒進(jìn)行純化后,通過1.5%瓊脂糖凝膠電泳和DNA/RNA 紫外分光光度計 (GeneQuant Pro,GE Healthcare)檢測完整性、純度及濃度。D260/D280>1.8 的DNA 樣品用于后續(xù)PCR 擴(kuò)增。

        1.2.2 ISSR 引物的選用和PCR 的擴(kuò)增

        ISSR 和SRAP 通用引物如表2 所示。

        表2 ISSR 和SRAP 通用的引物序列

        ISSR 和SRAP 擴(kuò)增反應(yīng)均采用20 μL 體系。2.0 μL 10× PCR Buffer,2.0 μL dNTP (each 2.5 mmol·L-1),1.2 μL MgCl2(25 mmol·L-1),0.2 μL Taq DNA 聚合酶(1U),模板DNA 60 ng,ISSR 引物1 μL (10 μmol·L-1)或SRAP 上下游引物各1 μL (10 μmol·L-1),dd H2O 補(bǔ)足20 μL。

        PCR 擴(kuò)增反應(yīng)在杭州博日公司的TC-XP 型擴(kuò)增儀上進(jìn)行。ISSR-PCR 擴(kuò)增程序?yàn)?4℃預(yù)變性4 min;94℃變性1 min,56℃退火30 s,72℃延伸2 min,35個循環(huán),循環(huán)結(jié)束后72℃延伸7 min,4℃保存。SRAP-PCR 擴(kuò)增程序?yàn)?4℃變性1 min,35℃退火1 min,72℃延伸1.5 min,共5個循環(huán),隨后94℃變性1 min,50℃退火1 min,72℃延伸1.5 min,30個循環(huán)結(jié)束后72℃延伸8 min,4℃保存。

        1.2.3 數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計分析

        PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物用1.5% 瓊脂糖凝膠電泳,用Quantity One 6.0 分析軟件結(jié)合人工方法讀帶,記錄電泳圖譜中清晰且能重復(fù)出現(xiàn)的條帶,在相同的遷移位置上,有帶用1 表示,無帶用0 表示。采用NTSYS-pc2.10e 軟件的Simqual 程序計算樣品間的Dice 相似系數(shù),同時用類平均聚類法 (UPGMA)進(jìn)行聚類分析,構(gòu)建聚類圖。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 無患子種質(zhì)的ISSR 和SRAP 分析

        用優(yōu)選出的13 條ISSR 隨機(jī)引物和3 對SRAP引物 (Me3-em7、Me3-em15、Me3-em17)對無患子基因組DNA 進(jìn)行PCR 擴(kuò)增,結(jié)果均能擴(kuò)展出清晰穩(wěn)定、重復(fù)性和多態(tài)性較高的條帶 (圖1-2)。不同引物擴(kuò)增的DNA 片段為300~1 300 bp,DNA片段數(shù)目為2~12 條,平均每個引物擴(kuò)增出5 條主帶,多態(tài)性條帶比率約為61%。

        圖1 ISSR 引物UBC862 的PCR 擴(kuò)增圖譜

        圖2 SRAP 引物對Me3-em7 的PCR 擴(kuò)增圖譜

        2.2 遺傳相似系數(shù)的估算和聚類分析

        圖3 為通過Dice 相似系數(shù)利用UPGMA 法構(gòu)建的不同產(chǎn)地間無患子種質(zhì)聚類分析樹狀圖。

        圖3 16個無患子種質(zhì)的UP GMA 聚類樹

        聚類結(jié)果顯示,當(dāng)Dice 相似系數(shù)為0.52 時,可將供試的無患子種質(zhì)分為2個大類,第1 大類包括了15個無患子種質(zhì),第2 大類僅為四川成都1號1個種質(zhì);當(dāng)Dice 相似系數(shù)為0.678 時,可以將第1 大類再分為2個亞類,第1 亞類包括來自福建和江西的3個無患子種質(zhì),第2 亞類包括來自浙江、湖南、湖北、安徽、四川、江西、福建的12個無患子種質(zhì)。在第1 亞類中,來自福建三明和福建順昌的無患子種質(zhì)以0.828 的Dice 相似系數(shù)聚在一起;在第2 亞類中,來自浙江金華和浙江麗水的無患子種質(zhì)以0.854 的Dice 相似系數(shù)聚在一起,來自江西廬山和浙江臨安的以0.802 的Dice 相似系數(shù)聚在一起,來自安徽黃山和浙江臨海的以0.854 的Dice 相似系數(shù)聚在一起。從以上聚類結(jié)果可以看出,各無患子種質(zhì)并未嚴(yán)格按地理界限聚在一起,僅部分來源于同一地區(qū)的無患子種質(zhì)聚在一起,出現(xiàn)“大雜居、小聚居”的現(xiàn)象。

        3 小結(jié)和討論

        利用ISSR 和SRAP 分子技術(shù)對16個地區(qū)無患子種質(zhì)進(jìn)行遺傳多樣性分析,PCR 擴(kuò)增圖譜上存在明顯的多態(tài)性,說明利用ISSR 和SRAP 標(biāo)記可以從分子水平上揭示出不同產(chǎn)地?zé)o患子的基因組差異,在無患子種質(zhì)鑒定和遺傳多樣性研究上具有重要價值。本研究中無患子種質(zhì)的多態(tài)性比率約為61%,表明分布于不同產(chǎn)地的無患子具有較高的遺傳多樣性,各分布區(qū)的個體遺傳差異較大,這可能與其具有很強(qiáng)的適應(yīng)不同氣候環(huán)境的能力相關(guān)。

        在親緣關(guān)系上,遺傳距離越小,遺傳一致性越大,材料間的親緣關(guān)系也就越近,反之,親緣關(guān)系就較遠(yuǎn)。在本研究的16個無患子種質(zhì)中,親緣關(guān)系最近的是在第2 亞類中聚在一起的分布于浙江麗水和金華的種質(zhì),以及分布于安徽黃山和浙江臨海的種質(zhì)。其次,分布于福建三明和順昌的種質(zhì),以及分布于江西廬山和浙江臨安的種質(zhì)也有著較近的親緣關(guān)系,這些分布區(qū)的地理距離相對較近。親緣關(guān)系最遠(yuǎn)的是分布于福建三明和四川成都的種質(zhì),相對地理距離較遠(yuǎn)。此外,基于2種分子標(biāo)記得到的無患子種質(zhì)聚類結(jié)果并不與其地理分布一致,如同是分布于四川成都和湖南長沙的種質(zhì)并未聚在一起,顯示了較大的基因組差異,表明無患子種質(zhì)的遺傳變異與地理分布沒有呈現(xiàn)明顯的相關(guān)性。

        無論ISSR 和SRAP 分子圖譜還是分子聚類結(jié)果,均顯示四川成都1號種質(zhì)與其他種質(zhì)在分子水平上存在明顯差異,這為我們后續(xù)在無患子的雜交育種計劃中親本選擇提供了優(yōu)先選擇的材料。

        [1]中國植物志編輯委員會.中國植物志 四十七卷 (第一分冊)[M].北京:科學(xué)出版社,1998.

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