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        北京及周邊地區(qū)7個地理種群的亞洲小車蝗mtDNA COI基因序列分析

        2013-09-28 01:34:06李云龍梁鐵雙張立國李冬冬
        植物保護(hù) 2013年5期
        關(guān)鍵詞:赤峰核苷酸小車

        李云龍, 李 霞, 梁鐵雙, 張立國, 李冬冬

        (1.北京市植物保護(hù)站,北京 100029;2.安達(dá)市農(nóng)業(yè)技術(shù)推廣中心,安達(dá) 151400;3.黑龍江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院玉米研究所,哈爾濱 156104;4.饒河出入境檢驗(yàn)檢疫局,饒河 155700)

        亞洲小車蝗(OedaleusasiaticusB.-Bienko)屬直翅目(Orthoptera)蝗總科(Acridoidea)絲角蝗科(Oedipodidae)小車蝗屬(Oedaleus),主要分布于河北、內(nèi)蒙古、甘肅和青海省等地,是我國北方草原的主要優(yōu)勢種害蟲,也是農(nóng)牧交錯地帶的重要經(jīng)濟(jì)害蟲[1]。亞洲小車蝗具有遠(yuǎn)距離遷移的特性,遷移時間主要集中在晚上20:00至凌晨03:00期間,同時由于其具有較強(qiáng)的趨光性,因而在城市中燈光強(qiáng)烈的地方則吸引大量的亞洲小車蝗成蟲[2]。2000年和2002年的7月上旬至8月上旬,北京市區(qū)及區(qū)縣城區(qū)夜間燈下突然出現(xiàn)大量亞洲小車蝗成蟲,給農(nóng)業(yè)生產(chǎn)造成嚴(yán)重?fù)p失的同時,還給市民正常生活帶來極大不便,造成了一定程度的社會恐慌。利用現(xiàn)代技術(shù)手段開展種群遺傳關(guān)系及遷移來源研究,對于做到蟲源地早監(jiān)測、早預(yù)警、早防治,降低蟲源地害蟲基數(shù),提高監(jiān)測預(yù)警水平,提高防控工作的主動性、及時性和有效性,具有重要意義。

        線粒體DNA序列分析(mtDNA sequence analysis)技術(shù)是目前進(jìn)行昆蟲種群遺傳研究中最常用的分子生物學(xué)技術(shù)之一。mtDNA中常用的序列分析目的基因主要有12S RNA、16S RNA、COI、COII、ND1、ND 6和Cytb基因等,其中細(xì)胞色素氧化酶I基因(COI基因)已被成功用于橘小實(shí)蠅等遷飛性昆蟲的種群遺傳結(jié)構(gòu)的研究[3-6]。高書晶等也利用COI基因?qū)?nèi)蒙古地區(qū)7個不同地理種群的亞洲小車蝗樣本進(jìn)行了遺傳多樣性和種群關(guān)系初步分析[7]。

        本研究在收集不同地理種群亞洲小車蝗成蟲樣品的基礎(chǔ)上,采用mt DNA COI基因序列分析技術(shù),研究北京及周邊地區(qū)亞洲小車蝗的種群遺傳關(guān)系,為進(jìn)一步確定北京地區(qū)亞洲小車蝗的遷移來源,做到蟲源地提早防治提供分子生物學(xué)方面的依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        供試亞洲小車蝗樣本包括內(nèi)蒙古自治區(qū)的錫林郭勒盟、赤峰市、烏蘭察布市,河北省的張家口市、承德市和北京的密云縣共3個省(直轄市)、6個盟市縣在內(nèi)的共7個地理種群的139個樣本(表1和圖1),所有樣本均在2011年人工采集,采集的新鮮樣品置于無水乙醇中,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        表1 用于mtDNA研究的亞洲小車蝗樣本Table 1 Specimens of Oedaleus asiaticus for mt DNA analysis

        1.2 試驗(yàn)方法

        1.2.1 DNA提取與測序

        采用天根生化科技(北京)有限公司的“血液/細(xì)胞/組織基因組DNA提取試劑盒”進(jìn)行亞洲小車蝗總DNA的提取,并采用水平瓊脂糖凝膠電泳檢測的方法對所提取的DNA質(zhì)量進(jìn)行檢測。目的片段擴(kuò)增所用特異引物為“Uea7O.a”(5′-TCTCAACAAATCATAAGGACATTGG-3′)和 “Uea10O.a”(5′-TATACTTCTGGGTGTCCAAAGAATCA-3′)[8]。

        PCR擴(kuò)增體系為50μL,包括滅菌雙蒸水30.5μL;10× Buffer 8 μL;d NTP(25 mmol/L)3 μL;20μmol/L引物各2μL,模板 DNA(20~50 ng)3μL;TaqPlus DNA聚合酶(2 U/μL)1.5μL。擴(kuò)增條件共35個循環(huán),包括94℃預(yù)變性3 min,94℃變性1 min,57.5℃ 退火1 min,72℃ 延伸1 min;最后72℃延伸30 min,4℃保存?zhèn)溆谩CR粗產(chǎn)物的純化和測序,委托北京奧科生物技術(shù)公司在ABI-3730測序儀上完成,所有序列采用雙向測序以確保測序的準(zhǔn)確性。

        1.2.2 數(shù)據(jù)分析

        序列的比對和剪切利用Clustal X(Version 1.83)軟件完成;堿基組成及單倍型分析利用 Mega version 3.1軟件[10]完成;種群遺傳分化系數(shù)(FST)、分子方差(AMOVA)分析[8]和 Mantel檢測[9]等使用 Arlequin 3.0軟件[8]完成;單倍型多樣性、核苷酸多樣性(π)、平均核苷酸差異數(shù)(k)及其相應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)偏差(SD)等參數(shù)分析使用 DNASP 4.10.1軟件[11]完成;單倍型的統(tǒng)計(jì)簡約網(wǎng)絡(luò)(statistical parsimony)使用TCS version 1.21軟件[12]進(jìn)行構(gòu)建,并根據(jù)Pfenninger和 Posada[13]提出的頻率判據(jù)(frequency criterion)、拓?fù)渑袚?jù)(topological criterion)和地理判據(jù)(geographic criterion)原則進(jìn)行斷環(huán)(break the loops),以解決在統(tǒng)計(jì)簡約網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建過程中出現(xiàn)的分支、關(guān)聯(lián)等問題,在進(jìn)行斷環(huán)過程中始終選擇最簡約的解決方案。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 堿基組成分析

        在所有樣品中最終獲得準(zhǔn)確一致的長為645 bp的線粒體DNA CO I基因部分序列139條,全部樣本序列中A、T、G和C堿基平均含量分別為34.9%、31.0%、16.1%和18.0%,A+T 的平均含量為65.9%,明顯高于G+C的平均含量34.1%。在645個堿基中僅檢測到12個多態(tài)性位點(diǎn),占堿基總數(shù)的1.86%,其中多數(shù)變異發(fā)生在密碼子的第3位點(diǎn)上,占變異位點(diǎn)的50%,發(fā)生在第1位點(diǎn)的變異比例為33.3%,第2位點(diǎn)最少,占變異比例的16.7%。12個多態(tài)性位點(diǎn)中包括7個單變異多態(tài)性位點(diǎn)和5個簡約信息位點(diǎn),在堿基的替換中,5個位點(diǎn)發(fā)生了轉(zhuǎn)換,6個位點(diǎn)發(fā)生了顛換,1個位點(diǎn)同時發(fā)生了轉(zhuǎn)換和顛換,所有多態(tài)性位點(diǎn)全部由堿基的替換產(chǎn)生,未發(fā)現(xiàn)插入和缺失。

        2.2 遺傳多樣性分析

        亞洲小車蝗7個地理種群的核苷酸多樣性(π)、平均核苷酸差異數(shù)(K)以及單倍型多樣性(Hd)參數(shù)值見表2。供試亞洲小車蝗樣本總體上表現(xiàn)出較低水平的核苷酸多樣性(0.000 42)和單倍型多樣性(0.205)。核苷酸多樣性最高的種群為內(nèi)蒙古赤峰廣興源種群(0.000 84),其次分別是內(nèi)蒙古烏蘭察布種群(0.000 69)、內(nèi)蒙古赤峰達(dá)萊諾日種群(0.000 41)和內(nèi)蒙古錫林郭勒種群(0.000 12),河北張家口種群、河北承德種群和北京密云種群均未發(fā)生遺傳變異,核苷酸多樣性均為0。與上述核苷酸多樣性高低排序相比,內(nèi)蒙古烏蘭察布種群的單倍型多樣性在7個種群中最高(0.338),其次分別為內(nèi)蒙古赤峰廣興源種群(0.335)、內(nèi)蒙古赤峰達(dá)萊諾日種群(0.251)和內(nèi)蒙古錫林郭勒種群(0.080)。

        在139條序列中共鑒定出13種單倍型,其中共享單倍型僅4種,其余9種均為獨(dú)享單倍型。在4種共享單倍型中,單倍型H3為內(nèi)蒙古赤峰達(dá)萊諾日種群內(nèi)共享;其余3種單倍型在至少2個種群間共享,分別是H1在所有7個種群中共享,H2在內(nèi)蒙古赤峰達(dá)萊諾日種群和內(nèi)蒙古錫林郭勒種群間共享,H7在內(nèi)蒙古赤峰廣興源種群和內(nèi)蒙古烏蘭察布種群間共享。H4、H5、H6、H8、H9、H10、H11、H12、H13共9個獨(dú)享單倍型的存在,表明在各種群內(nèi)存在一定的遺傳分化(表3)。

        表2 亞洲小車蝗7個地理種群樣本的遺傳分化系數(shù)F ST、基因流N m以及遺傳多樣性參數(shù)1)Table 2 Genetic differentiation coefficient(F ST),gene flow (N m)and parameters of genetic diversity in population of O.asiaticus

        表3 各種群單倍型數(shù)量、頻率及在2個以上種群間共享的單倍型Table 3 The number and frequency of haplotypes in 7 populations and the haplotype shared by at least two populations

        2.3 種群遺傳結(jié)構(gòu)

        種群遺傳分化系數(shù)FST(F-statistic)和基因流(gene flow)是反映種群間的遺傳分化程度和各種群間基因交流情況的重要指標(biāo)[14]。表2可示,各種群間遺傳分化系數(shù)(FST)在0.013 77和-0.107 01之間,差異均未達(dá)到顯著程度(P>0.05)。FST最高值出現(xiàn)在內(nèi)蒙古赤峰達(dá)萊諾日種群與內(nèi)蒙古赤峰廣興源種群之間(0.013 77),其次是內(nèi)蒙古赤峰達(dá)萊諾日種群與內(nèi)蒙古烏蘭察布種群(0.008 93)、內(nèi)蒙古赤峰廣興源種群與內(nèi)蒙古錫林郭勒種群(0.004 37)、內(nèi)蒙古烏蘭察種群與內(nèi)蒙古錫林郭勒種群(0.003 19);河北張家口、河北承德和北京密云3個種群間的FST值均為0,其余種群間的遺傳分化系數(shù)均為負(fù)值,表明這些種群間的遺傳分化程度均較小。

        各種群間基因流在156.239 8和-265.05之間,差異也均未達(dá)到顯著程度。同為內(nèi)蒙古赤峰市的達(dá)萊諾日種群與廣興源種群之間的基因流為35.810 82,均低于內(nèi)蒙古烏蘭察種群與內(nèi)蒙古錫林郭勒種群(156.239 8)、內(nèi)蒙古赤峰廣興源種群與內(nèi)蒙古錫林郭勒種群(113.916 476)、內(nèi)蒙古赤峰達(dá)萊諾日種群與內(nèi)蒙古烏蘭察布種群(55.491 04)。其余各種群間的基因流的絕對值也都大于4,表明種群間的基因流動比較頻繁[14]。

        依據(jù)各種群的地理空間特征,將供試種群劃分為6個群組:1)內(nèi)蒙古錫林郭勒;2)內(nèi)蒙古赤峰廣興源種群和內(nèi)蒙古赤峰達(dá)萊諾日種群;3)內(nèi)蒙古烏蘭察布種群;4)河北張家口種群;5)河北承德種群;6)北京密云種群。對其進(jìn)行AMOVA分析,發(fā)現(xiàn)種群間變異占-6.47%,組內(nèi)種群間變異占了4.48%,種群個體間變異占了101.99%,結(jié)果表明引起種群總體變異的主要因素還是種群內(nèi)的個體間變異。

        通過對地理種群FST值(表2)和Nei氏遺傳距離(Nei氏平均核苷酸差異數(shù))與各種群間空間距離間(表4)的Mantel test結(jié)果表明,2對矩陣之間不存在顯著的相關(guān)性(R1=-0.275 888,P1=0.857 000;R2=-0.014 366,P2=0.453 000),即亞洲小車蝗種群間的遺傳分化程度與地理距離沒有顯著的相關(guān)性。

        2.4 單倍型網(wǎng)絡(luò)分析

        研究鑒定出的13個單倍型中,核心單倍型H1被所有7個種群的124個個體所共享,占樣本總量的89.2%。內(nèi)蒙古錫林郭勒(A)種群與內(nèi)蒙古赤峰達(dá)萊諾日(C)共享H2;內(nèi)蒙古赤峰廣興源(B)種群共鑒定出7個單倍型,分別獨(dú)享H5、H6、H7、H8、H9和H10共6個單倍型,其中單倍型H9由核心單倍型H1經(jīng)過3次突變形成,并且前兩次的中間單倍型缺失;H8由H1經(jīng)過1次突變形成單倍型H5,再由其經(jīng)過1次突變形成;內(nèi)蒙古赤峰達(dá)萊諾日(C)種群獨(dú)享H3、H4,并與A共享H2;內(nèi)蒙古烏蘭察布(D)種群分別獨(dú)享H11、H12和H13;河北張家口(E)、河北承德(F)和北京密云(G)種群29個樣本的序列全部相同,僅鑒定出一種單倍型。整體上,各單倍型之間未形成與其地理種群空間位置相對應(yīng)的聚類單元,與上述各地理種群FST值、Nei氏遺傳距離與各種群間空間距離間的Mantel test結(jié)果一致。同時,在單倍型網(wǎng)絡(luò)進(jìn)化圖中也未發(fā)現(xiàn)各單倍型之間存在明顯的進(jìn)化關(guān)系,僅在內(nèi)蒙古赤峰廣興源(B)種群中分別存在一定的變異分化,該種群的遺傳變異程度相對較高。

        表4 7個地理種群間的Nei氏遺傳距離和地理距離1)Table 4 Nei’s genetic distances and geographic distances between 7 populations of O.asiaticus

        圖1 單倍型最大簡約網(wǎng)絡(luò)進(jìn)化圖Fig.1 Network showing the most parsimonious evolutionary relationships among haplotypes

        3 討論

        亞洲小車蝗mt DNA COI基因序列全長為1 541 bp[15],本研究用于分析的645 bp序列位于第47位堿基至第704位堿基之間,僅檢測到12個多態(tài)性位點(diǎn),占所測核苷酸的1.86%,樣本總體核苷酸多樣性僅為0.000 42。而高書晶等2011年所用473 bp序列位于第250位堿基至第723位堿基之間,共檢測到29個核苷酸變異位點(diǎn),占所測核苷酸的6.13%;在截取第250位堿基至第704位堿基之后,在454個堿基中仍鑒定出27個核苷酸變異位點(diǎn),占所測核苷酸的5.95%。本研究所用樣本,除內(nèi)蒙古地區(qū)的4個種群外,還有河北省和北京市的3個種群,而且所用分析序列,較高書晶等2011年截取后454 bp序列多出203 bp,但本研究樣本的多態(tài)性位點(diǎn)檢出率僅為1.86%,遠(yuǎn)低于后者的5.95%,這可能是由于本研究中的實(shí)驗(yàn)樣本均由同一年采集,并且亞洲小車蝗具備較強(qiáng)的飛翔能力,致使各種群之間存在著廣泛的基因交流和融合造成的。

        在本研究中,出現(xiàn)單倍型數(shù)量最多的種群是內(nèi)蒙古赤峰廣興源種群,共檢測出7種單倍型,這可能與該種群的樣品數(shù)量最多有關(guān);但同時,該種群的核苷酸多樣性為0.000 84,也是所有種群中核苷酸多樣性最高的種群。核苷酸多樣性是由每個群體內(nèi)各個單元型的兩兩配對差異的平均值得出,不依賴于樣本大小和序列長度,是進(jìn)行遺傳座位或群體間遺傳變異程度比較的理想指標(biāo)。赤峰市的克什克騰旗是內(nèi)蒙古草原地區(qū)亞洲小車蝗的主要分布區(qū)之一。在內(nèi)蒙古赤峰廣興源地區(qū)的西北方向,分布著達(dá)里諾爾湖、崗更諾爾湖以及其他的一些面積較小的湖泊和濕地,這些水源地周邊植被豐富,溫濕度適宜,為亞洲小車蝗提供了較為充足的食物和生長發(fā)育條件。內(nèi)蒙古赤峰廣興源種群遺傳多樣性較高,可能與該地區(qū)生長條件適宜,種群數(shù)量較大有關(guān)。

        在本研究139個樣本中,僅鑒定出13個單倍型,單倍型檢出率為9.35%,樣本總體單倍型多樣性僅為0.205,各單倍型之間未形成與其地理種群空間位置相對應(yīng)的聚類單元;同時,在單倍型網(wǎng)絡(luò)進(jìn)化圖中也未發(fā)現(xiàn)各單倍型之間存在明顯的進(jìn)化關(guān)系。高書晶等2011年的研究結(jié)果也表明,亞洲小車蝗mtDNA COI序列不同單倍型之間有一定的分歧,形成不同的簇類關(guān)系,但總體上看,這種簇類關(guān)系基本上呈平行分布,沒有明顯的地域性差別。兩次結(jié)果表明,mt DNA COI基因雖然成功用于橘小實(shí)蠅等遷飛性昆蟲的種群遺傳結(jié)構(gòu)研究,但在亞洲小車蝗種類種群遺傳關(guān)系的研究中表現(xiàn)卻不理想,表明同一種目的基因的進(jìn)化速率,在不同物種間存在著較大的差異。關(guān)于不同地區(qū)間亞洲小車蝗的遷移規(guī)律研究,還有待于選擇進(jìn)化速率更快的遺傳標(biāo)記來進(jìn)行進(jìn)一步研究,并適當(dāng)擴(kuò)大研究種群的樣本數(shù)量。

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