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        產(chǎn)CTX-M和TEM型ESBLs耐藥大腸埃希菌雙重PCR 檢測方法的建立

        2013-09-21 02:45:20盧體康唐金明廖立珊阮周曦劉建利曾少靈胡運發(fā)曹琛福張彩虹呂建強楊俊興花群義秦智鋒
        動物醫(yī)學(xué)進展 2013年8期
        關(guān)鍵詞:耐藥檢測方法

        陶 虹,盧體康,唐金明,廖立珊,阮周曦,劉建利,3,曾少靈,陳 兵,胡運發(fā),孫 潔,曹琛福,張彩虹,呂建強,楊俊興,花群義,秦智鋒*

        (1.深圳出入境檢驗檢疫局,深圳518045;2.深圳市檢驗檢疫科學(xué)研究院,深圳518001;3.深圳市外來有害生物檢測技術(shù)研發(fā)重點實驗室,深圳518045)

        微生物污染是影響我國食品安全最突出的因素之一。由于細菌性疾病對畜禽業(yè)造成的危害日益突出,養(yǎng)殖過程不斷地投喂抗菌藥物來預(yù)防或治療細菌性疾病,隨著抗菌藥的大量使用和廣泛濫用,導(dǎo)致耐藥菌株越來越多[1],產(chǎn)生β-內(nèi)酰胺酶是革蘭陰性桿菌重要的耐藥機制之一,抗生素的濫用又導(dǎo)致產(chǎn)超廣譜β-內(nèi)酰胺酶(extended-spectrumβ-lactamases,ESBLs)菌株的出現(xiàn)。目前,產(chǎn)ESBLs菌株的流行日益廣泛,且有不斷增加的趨勢。在歐洲,每年約有5 000人死于對抗生素具有耐藥性的細菌感染,而近期德國等多個歐洲國家發(fā)生的耐藥性大腸埃希菌污染食品及食品鏈致人死亡事件,致使歐盟委員會已啟動其“食品與飼料快速警報系統(tǒng)”,以阻止這種致命的大腸埃希菌感染性疾病的蔓延。隨著3代頭孢菌素的廣泛使用,產(chǎn)ESBLs細菌引起的感染越來越多,成為大腸埃希菌對新一代β-內(nèi)酰胺類抗菌藥物耐藥的主要原因。大腸埃希菌是革蘭陰性菌中最易產(chǎn)生耐藥性的細菌[2],而動物源性耐藥質(zhì)??赏ㄟ^畜禽產(chǎn)品的加工、食用等過程傳播給人類,給食品安全和臨床治療帶來困難。

        目前,從豬肉和禽肉中分離到產(chǎn)ESBLs大腸埃希菌的報道較多,產(chǎn)ESBLs菌株不僅對青霉素、頭孢菌素類藥物表現(xiàn)出耐藥性,而且對多種抗菌藥都表現(xiàn)出較高的交叉耐藥性和多重耐藥性。根據(jù)其質(zhì)粒編碼的基因和酶底物的不同,ESBLs可分為TEM 型(TEMβ-lactamases)、SHV 型(SHVβ-lactamases)、CTX-M 型(CTX-M β-lactamases)、OXA型(OXAβ-lactamases)及其他型5種基因型,每種基因型又有很多亞型。不同國家和地區(qū)由于使用抗菌藥物的種類和數(shù)量不同,與之相對應(yīng)的ESBLs的基因型也不同[3]。其中,CTX-M 和 TEM 基因型ESBLs最常見,也是目前流行最為廣泛的ESBLs基因型,且經(jīng)常與其他耐藥基因型混合形成“超級細菌”。

        2011年德國報道,其超市中1/4的生鮮豬肉含有對多種對抗生素具有耐藥性的細菌,其中主要是CTX-M基因型和TEM基因型。本研究擬通過建立能有效地針對動物產(chǎn)品中的含有這兩種基因型的產(chǎn)ESBLs耐藥大腸埃希菌進行特異性檢測的方法并開展相關(guān)監(jiān)測工作,以將耐藥大腸埃希菌食品抵御至國門之外,從而增強政府對產(chǎn)ESBLs耐藥性大腸埃希菌的有效預(yù)警和防控能力,以及應(yīng)對突發(fā)公共衛(wèi)生事件的能力。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 細菌 不產(chǎn)ESBLs大腸埃希菌(ATCC25922)標準陰性菌株,購自國家微生物菌種保存中心;產(chǎn)CTX-M基因型ESBLs菌株和TEM基因型ESBLs菌株、產(chǎn)SHV基因型ESBLs菌株和產(chǎn)OXA基因型ESBLs菌株,由深圳出入境檢驗檢疫局動檢實驗室分離并經(jīng)中國動物衛(wèi)生與流行病學(xué)中心鑒定;O157∶H7大腸埃希菌、沙門菌、單增李斯特菌,均由深圳檢驗檢疫局實驗室保存。

        1.1.2 試劑 PCR試劑盒(QIAGEN Multiplex PCR Kit)為Qiagen公司產(chǎn)品;細菌DNA抽提試劑盒(EZ1DNA Tissue Kit)為 Qiagen公司產(chǎn)品;AST-GN13藥敏卡為生物梅里埃公司產(chǎn)品;MH瓊脂藥敏用培養(yǎng)基為北京陸橋公司產(chǎn)品;頭孢他啶(CAZ,30μg/片)、頭孢噻肟(CTX-M,30μg/片)、氨曲南(AZT,30μg/片)、頭孢曲松(CRO)、頭孢他啶/克拉維酸(CAZ/clav,30μg/10μg)、頭孢噻肟/克拉維酸(CTX-M/clav,30μg/10μg)藥敏紙片為北京天壇藥物生物技術(shù)開發(fā)公司產(chǎn)品。

        1.1.3 儀 器 PCR 儀 (Veriti,Applied Biosystems),高速冷凍離心機 (3K15,Sigma),VITEK-2細菌鑒定系統(tǒng)(生物梅里埃)。

        1.2 方法

        1.2.1 引物的設(shè)計與合成 根據(jù)GenBank數(shù)據(jù)庫中產(chǎn)CTX-M 型(GenBank:JX129222.1)、TEM 型(GenBank:JX129214.1)、SHV 型 (GenBank:EU376967.1)、OXA 型(GenBank:AY841859.1)ESBLs菌株ESBLs基因的核苷酸序列,利用DNA Star生物軟件進行同源性分析,并參照文獻篩選出耐藥菌株ESBLs基因中相對保守且高度特異的核苷酸片段,設(shè)計出針對CTX-M 型和TEM 型ESBLs的通用引物。引物序列和名稱見表1,引物由寶生物工程(大連)有限公司合成。

        表1 CTX-M型和TEM型兩種基因型的引物與預(yù)期擴增片段Table 1 Primers of two gene type of ESBLs and amplification fragment

        1.2.2 產(chǎn)ESBLs陽性菌基因組的抽提 將TEM ESBLs基因型菌株、SHV ESBLs基因型菌株、CTX-M ESBLs基因型菌株和OXA ESBLs陽性菌株接種于緩沖蛋白胨水中,混勻。36℃±1℃培養(yǎng)18h~24h,3 000r/min離心10min,參照 Qiagen公司EZ1核酸自動抽提工作站抽提細菌基因組方法,取菌泥抽提細菌核酸。

        1.2.3 產(chǎn)CTX-M和TEM 基因型ESBLs大腸埃希菌雙重PCR檢測方法的建立 參照Qiagen公司QIAGEN Multiplex PCR Kit操作說明書配制PCR反應(yīng)液:每個50μL的反應(yīng)體系中包含2×QIA-GEN Multiplex PCR Master Mix 25μL,10μmol/L上游引物1μL,10μmol/L下游引物1μL,無核酸酶的水13μL,模板10μL。于ABI verity PCR儀進行PCR擴增。反應(yīng)程序如下:94℃4min,94℃30s,56℃60s,72℃60s,32個循環(huán);72℃7min。分別以TEM ESBLs基因型菌株和CTX-M ESBLs基因型菌株核酸為模板進行檢測,同時將TEM ESBLs基因型菌株和CTX-M ESBLs基因型菌株混合后抽提核酸進行雙重PCR檢測,同時設(shè)置陰性對照。

        1.2.4 PCR檢測方法靈敏性試驗 將TEM ES-BLs基因型菌株和CTX-M ESBLs基因型菌株進行10倍系列稀釋,同時進行單重PCR檢測和混合后雙重PCR檢測,確定所建PCR檢測方法單重檢測的靈敏度和雙重檢測的靈敏度。

        1.2.5 PCR檢測方法特異性試驗 利用建立的檢測方法對TEM ESBLs基因型菌株、SHV ESBLs基因型菌株、CTX-M ESBLs基因型菌株、OXA ESBLs基因型菌株、O157∶H7大腸埃希菌、沙門菌、單增李斯特菌等菌株進行檢測,確定所建立方法的特異性。

        1.2.6 冷凍畜禽肉樣品的檢測 為了驗證所建方法的實用性,隨機抽取623份冷凍畜禽肉樣品進行檢測。無菌操作取25g剪碎的樣品(或取血樣)加入到225mL緩沖蛋白胨水中進行預(yù)增菌,將預(yù)增菌液接種ChromIDESBL顯色平板,36℃±1℃培養(yǎng)18h~24h;挑取酒紅色可疑菌落,革蘭染色陰性的桿菌接種血瓊脂平板,36℃±1℃培養(yǎng)18h~24h,保存,用建立的方法進行檢測。同時用VITEK-2細菌鑒定系統(tǒng)和NCCLSM100-S10法對樣品進行檢測,并將檢測結(jié)果進行比較,確定所建立的方法與經(jīng)典檢測方法的符合率,評價其可靠性及臨床實用性。

        1.2.6.1 PCR篩選檢測 抽提上述純化的可疑菌株的DNA,利用建立的CTX-M和TEM兩種基因型ESBLs菌株P(guān)CR快速檢測方法進行檢測。

        1.2.6.2 VITEK-2細菌鑒定系統(tǒng)檢測 將上述純培養(yǎng)的菌株按實驗要求稀釋后,按照VITEK-2細菌鑒定系統(tǒng)操作說明書,放入VITEK-2細菌鑒定系統(tǒng)中同時進行生化鑒定及藥敏檢測。

        1.2.6.3 NCCLSM100-S10分離法鑒定 對所有PCR篩選陽性和VITEK-2細菌鑒定系統(tǒng)鑒定為陽性的可疑菌株按照2000年NCCLSM100-S10推薦的方法進行復(fù)核確證,分離方法為:將純培養(yǎng)的菌株按試驗要求稀釋后涂布于MH平板上,同時采用紙片擴散法初篩和雙紙片試驗確證。

        (1)紙片篩選試驗:按標準紙片擴散法的規(guī)定進行,選用 CTX-M、CAZ、ATM、CRO 4種藥敏紙片做篩選試驗,37℃經(jīng)18h觀察結(jié)果。CAZ大腸埃希菌、肺炎克雷伯菌抑菌環(huán)直徑≤22mm,CRO≤25mm,CTX-M 和 ATM 抑 菌 環(huán) 直 徑≤27mm的細菌懷疑為產(chǎn)ESBLs菌株。

        (2)確認試驗:按標準紙片擴散法的規(guī)定進行,用CAZ和 CAZ/clav,CTX-M 和 CTX-M/clav,兩組藥敏紙片分別做確認試驗。

        (3)結(jié)果判讀:含克拉維酸的藥敏紙片與其相應(yīng)不含克拉維酸的藥敏紙片抑菌環(huán)直徑的差值≥5mm,確定為產(chǎn)ESBLs菌株[4]。

        2 結(jié)果

        2.1 產(chǎn)CTX-M和TEM基因型ESBLs菌PCR擴增結(jié)果

        在50μL反應(yīng)體系中,以針對CTX-M基因型ESBLs的引物檢測CTX-M基因型ESBLs菌株,可特異性擴增出544bp的目的片段;以針對TEM基因型ESBLs的引物檢測TEM ESBLs基因型菌株,可特異性擴增出717bp的目的片段;將產(chǎn)CTX-M和TEM兩種基因型ESBLs菌株引物混合,同時檢測CTX-M ESBLs基因型菌株和TEM ESBLs基因型菌株混合樣品,可特異性擴增出544bp和717bp的兩條目的片段。對其他菌株進行PCR單重擴增和雙重擴增檢測時,結(jié)果全部為陰性(圖1)。說明所建立的CTX-M和TEM兩種基因型ESBLs菌株P(guān)CR擴增方法特異。

        圖1 產(chǎn)CTX-M和TEM兩種基因型ESBLs菌株P(guān)CR檢測電泳圖Fig.1 PCR amplification results of CTX-M & TEM gene type of ESBLs

        2.2 PCR方法靈敏度試驗結(jié)果

        將TEM ESBLs基因型菌株和CTX-M ESBLs基因型菌株進行10倍系列稀釋,于EZ1儀器上自動抽提核酸。用所建立的PCR方法,同時進行單重PCR檢測和混合后雙重PCR檢測,進行靈敏度檢測。結(jié)果顯示,產(chǎn)CTX-M基因型ESBLs菌株P(guān)CR方法檢測CTX-M ESBLs基因型菌株的靈敏度為10-5,產(chǎn)TEM 基因型ESBLs菌株P(guān)CR方法檢測TEM ESBLs陽性菌株靈敏度為10-4,雙重PCR方法檢測CTX-M基因型耐藥菌株靈敏度為10-4,檢測TEM ESBLs基因型耐藥菌株靈敏度為10-4(圖2)。

        圖2 兩種基因型PCR敏感性試驗結(jié)果Fig.2 Sensitivity test results of PCR for two gene types

        2.3 PCR方法特異性試驗結(jié)果

        用所建立的PCR方法,對TEM ESBLs基因型菌株和SHV ESBLs基因型菌株分別進行單重PCR檢測,對CTX-M ESBLs菌株、OXA ESBLs菌株、O157∶H7大腸埃希菌、沙門菌、單增李斯特菌等進行雙重檢測,結(jié)果相應(yīng)的ESBLs基因型引物只特異性地擴增出相應(yīng)基因型的耐藥菌株(圖3),證明所建立的方法具有特異性。

        2.4 冷凍畜禽肉樣品的檢測結(jié)果

        采用本研究建立的CTX-M ESBLs和TEM ESBLs兩種基因型菌株P(guān)CR檢測方法,對623份冷凍畜禽肉樣品進行檢測。共檢測出產(chǎn)CTX-M ESBLs基因型菌株13株,產(chǎn)TEM ESBLs基因型菌株1株,產(chǎn)CTX-M和TEM兩種基因ESBLs菌株9株。

        所有樣品經(jīng)VITEK-2細菌鑒定系統(tǒng)鑒定,確定可疑產(chǎn)ESBLs菌株為10株,經(jīng)VITEK2Compact應(yīng)用軟件分析確定為產(chǎn)CTX-M基因型菌株。檢測結(jié)果見表2。

        圖3 CTX-M和TEM兩種基因型雙重PCR特異性試驗結(jié)果Fig.3 Specificity test results of the duplex PCR for two gene types

        表2 VITEK-2細菌鑒定系統(tǒng)鑒定的陽性輸出結(jié)果Table 2 Identification of ten E.coli from VITEK-2

        采用NCCLSM100-S10推薦的紙片擴散法初篩試驗和雙紙片確證試驗。對照菌大腸埃希菌ATCC25922和肺炎克雷伯菌ATCC700603的質(zhì)控結(jié)果均在規(guī)定的質(zhì)控允許范圍內(nèi),用CTX-M、CAZ、ATM、CRO 4種藥敏紙片篩選產(chǎn)ESBLs菌株時,若抑菌環(huán)直徑CAZ≤22mm,CRO≤25mm,CTX-M≤27mm,ATM≤27mm時,為可疑產(chǎn)ESBLs大腸埃希菌。再用CAZ和CAZ/clav,CTX-M和CTX-M/clav組藥敏紙片分別做確認試驗。結(jié)果13株細菌在含克拉維酸的藥敏紙片與其相應(yīng)不含克拉維酸的藥敏紙片抑菌環(huán)直徑的差值≥5mm。因此,13株可疑陽性菌株全部為產(chǎn)ESBLs大腸埃希菌菌株。

        3 討論

        大腸埃希菌中產(chǎn)ESBLs的檢出率較高,其比例有逐年上升趨勢。產(chǎn)ESBLs菌株多數(shù)對青霉素類,第1、2、3代頭孢菌素,喹諾酮類,磺胺類及氨基糖苷類等抗菌藥物呈多重耐藥[5]。ESBLs由普通β-內(nèi)酰胺酶TEM-1、TEM-2和SHV-1經(jīng)個別氨基酸突變形成,由質(zhì)粒介導(dǎo),易在同種屬甚至不同種屬細菌間傳遞造成暴發(fā)流行。目前已發(fā)現(xiàn)有300多種,根據(jù)其質(zhì)粒編碼的基因和酶底物的不同,ESBLs基因型有TEM型、SHV型、CTX-M型、OXA型及其他型共5種,每個基因型又有很多亞型。細菌及其所受抗生素選擇壓力不同,其產(chǎn)生的ESBLs基因型、基因亞型亦不同[6]。大腸埃希菌中ESBLs以TEM基因型和CTX-M基因型為主,產(chǎn)PER型(PERβlactamases)、VEB 型(VEBβ-lactamases)、GES 型(GESβ-lactamases)和 BES型(BESβ-lactamases)等少見類型ESBLs菌株也在不斷增加。苑麗等[1]對河南省耐藥菌株普查監(jiān)測表明,產(chǎn)ESBLs耐藥大腸埃希菌占54.7%(35/64),其中38株攜帶 TEM基因ESBLs,19株攜帶CTX-M基因ESBLs,說明產(chǎn)TEM和CTX-M型ESBLs耐藥菌株仍然是目前流行的主要耐藥菌株。各個國家和地區(qū)使用的抗菌藥物不同,流行的ESBLs基因型各不相同。ESBLs的傳播及它們造成的多重耐藥性給臨床抗生素治療造成了極大困難,及時準確檢出ESBLs基因型對防止產(chǎn)ESBLs菌株流行、控制醫(yī)院內(nèi)感染和指導(dǎo)臨床治療有著非常重要的意義[7-8]。

        鑒于TEM和CTX-M基因型耐藥菌株仍然是目前耐藥菌株的主要亞型,在進出口檢疫中,對進口畜禽凍肉產(chǎn)品中耐藥菌株的檢測和監(jiān)測就顯得尤為重要和迫切。由于人為因素等原因,采用國際上通用的NCCLSM100-S10推薦方法——雙紙片法進行鑒定時耗時耗力,有時會產(chǎn)生人為誤差,易導(dǎo)致細菌漏檢。我國盡管已經(jīng)高度關(guān)注耐藥菌株造成的公共衛(wèi)生問題和食品安全問題,但目前尚無一種快速方便的檢測方法。本研究建立的產(chǎn)ESBLs菌株快速檢測方法為實際檢測提供有效的工具。而對耐藥菌株不斷增加的嚴峻形勢,有必要盡快開展相關(guān)監(jiān)測工作和技術(shù)儲備,以便應(yīng)對國際貿(mào)易中耐藥性細菌對我國食品安全的沖擊。

        綜上所述,本研究建立了兩種常見的產(chǎn)TEM和CTX-M基因型ESBLs大腸埃希菌的分子生物學(xué)快速檢測方法,其突出的優(yōu)點,一是針對性強,能有效地對產(chǎn)TEM和CTX-M基因型ESBLs大腸埃希菌進行特異性檢測和監(jiān)測;二是檢測效率高,可大大縮短檢測周期,提高通關(guān)速度。

        [1] 苑 麗,劉建華,胡功政,等.30株雞大腸桿菌ESBLs基因型檢測及耐藥性分析[J].中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報,2009,31(6):438-442.

        [2] Yuan L,Liu J H,Hu G Z,et al.Molecular characterization of extended-spectrum-beta-lactamase-producing E. coliisolates from chickens in Henan Province,China[J].J Med Microbiol,2009,58:1449-1453.

        [3] Johnson J R,Urban C,Weissman S J,et al.Molecular epidemi-ological analysis of Escherichia coli sequence type ST131(O25∶H4)and blaCTX-M-15among[J].Antimicrob Agents Chemother,2012,56(5):2364-2370.

        [4] Centers for disease control and prevention.Laboratory Detection of Extended-Spectrumβ-Lactamases(ESBLs)[EB/OL].[2013-03-01].http://www.cdc.gov/hai/settings/lab/lab_esbl.html.

        [5] 裴亞玲.雞源大腸桿菌ESBLs基因型檢測[D].河南鄭州:河南農(nóng)業(yè)大學(xué),2009.

        [6] 胡功政,孫亞偉,陳紅英,等.雞志賀氏菌產(chǎn)超廣譜β內(nèi)酰胺酶(ESBLs)的基因分型[C]//河南省畜牧獸醫(yī)學(xué)會第七屆理事會第二次會議暨2008年學(xué)術(shù)研討會論文集.2008.

        [7] Hansen K H,Damborg P,Andreasen M,et al.A carriage and fecal counts of cefotaxime M-producing Escherichia coli in pigs:a longitudinal study[J].Appl Environ Microbiol,2011,79(3):794-798.

        [8] Chemother J A.CTX-M:changing the face of ESBLs in Europe[J].J Antimicrob Chemother,2007,59(2):165-174.

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