作為一款玩家對抗類游戲，《超能戰(zhàn)聯(lián)》以發(fā)生在19世紀的一場巨大日食為故事開端。隨著日食出現(xiàn)，三座幻境之城和一批被稱作Cyphers的超能力孩童突然出現(xiàn)。這些超能力擁有者在經(jīng)歷了被利用、被秘密處決等一系列不公正待遇后，不得不抱團求暖，赫利俄斯公司和地下聯(lián)盟便是在這樣的背景下相繼成立的。遺憾的是，兩大超能力陣營很快因為觀念不同走向背道而馳的對立局面，在第三勢力安塔理烏斯挑起的“坎多勒”（第三幻境城市）事件結(jié)束后，曾短暫聯(lián)手的赫利俄斯公司和地下聯(lián)盟準(zhǔn)備在異空間里進行最后的對決，而玩家究竟要通過這場對決證明些什么呢？以及幕后操縱著一切的第三勢力安塔理烏斯又會有什么動作？看來一切都得在游戲中獲得解答。