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        SSR鑒定水稻兩系雜交種純度的運(yùn)用與探討I.親本和雜交種分別篩選引物的適用性

        2012-12-31 00:00:00熊先鋒涂書新林梅
        湖北農(nóng)業(yè)科學(xué) 2012年10期

        摘要:分別采用親本和雜交種為材料,從44對(duì)引物中篩選出適合于鑒定兩系雜交水稻品種兩優(yōu)17、苯兩優(yōu)639、天兩優(yōu)616的引物。結(jié)果表明,對(duì)同一品種用兩種方法篩選出的SSR引物相同。在沒有親本的情況下,僅用雜交種篩選得到的引物可用于室內(nèi)純度鑒定。

        關(guān)鍵詞:兩系雜交稻;SSR;純度鑒定;引物篩選

        中圖分類號(hào):Q789∶S511文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A文章編號(hào):0439-8114(2012)10-1965-03

        運(yùn)用SSR檢測(cè)水稻種子純度,以往的研究與應(yīng)用一般都是用親本種子來篩選引物[1-8]。通常情況下,種子經(jīng)銷商沒有掌握親本種子,生產(chǎn)商由于某種原因又不愿意提供親本種子用于種子檢驗(yàn)。在這種情況下,如能直接利用商品兩系雜交種子篩選SSR引物,則可為兩系雜交種子質(zhì)量監(jiān)督帶來方便。劉衛(wèi)今等[9]曾在無親本種子的條件下,用三系雜交水稻F1種子篩選引物進(jìn)行純度鑒定。但兩系雜交種子這方面的問題前人研究甚少[10-12],尤其是采用室內(nèi)與室外大群體比對(duì)的研究尚未見諸報(bào)道。研究的目的在于比較用親本種子篩選的引物與用雜交種篩選的引物是否具有一致性,用這些引物鑒別親本雜株是否具有可靠性,從而進(jìn)一步判斷用雜交種篩選出的SSR引物能否替代用親本種子篩選出的SSR引物,以提高引物篩選效率,降低檢測(cè)難度與成本。

        1材料與方法

        1.1材料

        試驗(yàn)所用品種天兩優(yōu)616、兩優(yōu)17、苯兩優(yōu)639及其親本均由湖北省種子管理局提供。所用引物及試劑均由北京鼎國生物有限公司提供。

        1.2方法

        1.2.1田間鑒定以上所有品種都設(shè)置田間正季鑒定,每品種一個(gè)小區(qū),每小區(qū)50行,編號(hào)為1~50;每行10株,編號(hào)為1~10,共500株,每株代號(hào)為4位數(shù),前兩位表示行序號(hào),后兩位數(shù)表示同一行的株序號(hào),例如2908表示第29行第8株。株距17cm,行距27cm。在各小區(qū)前端種植該樣品的不育系和恢復(fù)系各兩行(20株),作為SSR和田間雜株比對(duì)標(biāo)樣。鑒定方法根據(jù)GB/T 3543.5—1995執(zhí)行。

        1.2.2PCR反應(yīng)體系PCR擴(kuò)增反應(yīng)總體積10μL:10×buffer 1μL,10mmol/L dNTP 0.2μL,50ng/μL primer 0.2μL+0.2μL,2U/μL Taq酶0.6μL,25ng/μL DNA 1μL,ddH2O 6.8μL。PCR反應(yīng)條件為:94℃預(yù)變性4min;94℃、15s,55℃、15s,72℃、30s,35個(gè)循環(huán);最后在72℃下延伸7min。擴(kuò)增產(chǎn)物在含EB的3%瓊脂糖凝膠中進(jìn)行電泳后,應(yīng)用凝膠成像系統(tǒng)觀察記錄。

        1.2.3DNA模板制備和引物篩選DNA模板的制備采用農(nóng)業(yè)部推薦的簡(jiǎn)易法。試驗(yàn)采用10個(gè)單株幼苗抽提的DNA混合物做模板,以消除雜株可能對(duì)篩選結(jié)果的干擾。然后用農(nóng)業(yè)部推薦的兩系雜交稻種子適用的44對(duì)SSR引物分別對(duì)兩優(yōu)17、苯兩優(yōu)639、天兩優(yōu)616及其不育系、恢復(fù)系DNA進(jìn)行擴(kuò)增,從中篩選出多態(tài)性高、共顯性強(qiáng)、譜帶清晰,分別適合以上3個(gè)品種純度鑒定的引物。

        1.2.4純度結(jié)果比對(duì)室內(nèi)鑒定樣品為移栽20 d后的秧苗,將全部500株按植株編號(hào)逐株剪取雜交種及親本倒數(shù)第二葉,用于SSR室內(nèi)純度檢測(cè)。在齊穗期前后,分兩次進(jìn)行田間純度鑒定,并與SSR純度鑒定結(jié)果進(jìn)行比對(duì)。將室內(nèi)與室外兩種方法鑒定的所有雜株,再次抽樣進(jìn)行室內(nèi)SSR確認(rèn)。

        2結(jié)果與分析

        2.13個(gè)品種兩種方法的引物篩選結(jié)果

        試驗(yàn)分別用兩優(yōu)17、苯兩優(yōu)639、天兩優(yōu)616的親本和雜交種做材料,進(jìn)行引物篩選。結(jié)果表明,在農(nóng)業(yè)部推薦的44對(duì)引物中,每個(gè)品種用兩種材料都可篩選出多對(duì)引物,擴(kuò)增產(chǎn)物呈現(xiàn)雙親互補(bǔ)帶型,多態(tài)性明顯。試驗(yàn)從中分別優(yōu)選出能夠區(qū)分雜交種和親本的引物3~4對(duì),篩選結(jié)果見表1。

        由表1可知,用雜交種篩選的引物與用親本種子篩選的引物完全一致,這些SSR引物都能區(qū)分出父母本雜株。如果受檢樣品中混雜的雜株全部是親本種子,用雜交種子篩選出的SSR引物與用親本種子篩選的SSR引物對(duì)同一份兩系雜交稻種子樣品做純度鑒定,應(yīng)該可以得到一致的結(jié)果。不同的品種篩選出的適用引物可能相同。用兩種材料篩選的引物中,RM17可用于兩優(yōu)17、苯兩優(yōu)639、天兩優(yōu)616 三個(gè)品種的純度檢測(cè);RM263可用于苯兩優(yōu)639、天兩優(yōu)616兩個(gè)品種的純度檢測(cè)。

        2.2樣品不育系、恢復(fù)系雜株田間與室內(nèi)SSR譜帶對(duì)比

        由表2可知,田間表現(xiàn)為真實(shí)的恢復(fù)系和不育系類型的雜株,與室內(nèi)對(duì)應(yīng)編號(hào)植株的SSR譜帶特征具有一一對(duì)應(yīng)關(guān)系。田間鑒定圃中,親本和雜交種子的形態(tài)學(xué)特征和生物學(xué)特性與原品種相符,3個(gè)品種間差異明顯。通過田間與室內(nèi)比對(duì)發(fā)現(xiàn)雖然室內(nèi)鑒定的不育系與恢復(fù)系與田間并不完全吻合,但3個(gè)品種樣品田間鑒定的不育系及恢復(fù)系與室內(nèi)SSR的譜帶特征完全一致,即植株在田間表現(xiàn)為真實(shí)的母本特征,SSR必然顯現(xiàn)出母本特征譜帶,同理植株在田間表現(xiàn)為真實(shí)的父本特征,SSR譜帶必然顯現(xiàn)其父本的特征譜帶。

        1)田間鑒定兩優(yōu)17中株號(hào)為A1102、A2205、A3501的3個(gè)雜株為典型的恢復(fù)系,在室內(nèi)同時(shí)被4對(duì)引物鑒定,具有恢復(fù)系的特征譜帶,并被包含在SSR鑒定的16個(gè)具有恢復(fù)系譜帶的雜株群體中,用“3∈16”表示;代號(hào)為A1708、A1808、A1809、A1902、A2202、A2405、A2503、A3102、A3108的9個(gè)雜株為典型的不育系,在室內(nèi)同時(shí)被4對(duì)引物鑒定,具有不育系的特征譜帶,并被包含在SSR鑒定的67個(gè)具有不育系譜帶的雜株群體中,用“9∈67”表示。

        2)田間鑒定苯兩優(yōu)639中編號(hào)為B0910、B2402的兩個(gè)雜株為典型的不育系,在室內(nèi)同時(shí)被3對(duì)引物鑒定,具有不育系的特征譜帶,并被包含在SSR鑒定的7個(gè)具有不育系譜帶的雜株群體中,用“2∈7”表示。

        3)田間鑒定天兩優(yōu)616中編號(hào)為C0106、C0408、C1003的3個(gè)雜株為典型的不育系,在室內(nèi)同時(shí)被4對(duì)引物鑒定,具有不育系的特征譜帶,并被包含在SSR鑒定的15個(gè)具有不育系譜帶的雜株群體中,用“3∈15”表示。

        3結(jié)論與討論

        水稻SSR標(biāo)記具有豐富的多態(tài)性,利用已經(jīng)開發(fā)出的2 740多對(duì)水稻SSR引物[13],理論上可以篩選出適合任何一個(gè)兩系水稻雜交種純度鑒定的相應(yīng)的SSR引物。試驗(yàn)分別篩選了能夠用于兩優(yōu)17、苯兩優(yōu)639、天兩優(yōu)616雜交種純度鑒定的3~4對(duì)SSR引物。

        1)在沒有親本種子的情況下,無論用雜交種篩選出的引物,還是用親本種子篩選的引物來做純度鑒定,只要樣品來源于真實(shí)的品種,且混雜的雜株類型是該品種的恢復(fù)系和不育系,那么兩種方法篩選出的引物檢測(cè)出的純度結(jié)果應(yīng)該完全一致。從理論上看,這是由于兩系雜交水稻種子營養(yǎng)細(xì)胞中,每一條同源染色體上兩個(gè)單體DNA分別來自其制種的恢復(fù)系和不育系。那么用同一引物,從恢復(fù)系、不育系純合的染色體DNA上分別復(fù)制的兩個(gè)SSR片段,和從其雜交種上復(fù)制的兩條SSR片段,通過電泳得到的譜帶表現(xiàn)出的共顯性、多態(tài)性的特征應(yīng)該是一致的,否則,品種不真實(shí),或者親本不真實(shí)。

        2)試驗(yàn)中,若將用于篩選的引物數(shù)目增加,還可能找到更多的適宜某個(gè)品種檢測(cè)的引物。根據(jù)水稻基因測(cè)序,不同品種間DNA分子結(jié)構(gòu)的差異較小,而且當(dāng)前兩系品種遺傳基礎(chǔ)同質(zhì)化嚴(yán)重,但這些篩選出的引物是否對(duì)該品種具有特異性或者對(duì)該品種特定樣品的雜株類型是否具有針對(duì)性,還有待研究。

        3)試驗(yàn)中出現(xiàn)了同一引物適用于多個(gè)品種純度檢測(cè)的現(xiàn)象。當(dāng)樣品種子中混雜了可共用同一引物的品種時(shí),例如早稻雜交種子兩優(yōu)17與中稻雜交種天兩優(yōu)616,用共有引物RM17檢測(cè)是否影響純度結(jié)果的可靠性,將在下一步試驗(yàn)中探討。

        4)通過室內(nèi)與田間鑒定的比對(duì),真實(shí)的本品種親本都能被鑒定,但也有部分雜株田間表現(xiàn)出親本特征,在SSR檢測(cè)中卻不具有與親本對(duì)應(yīng)的特征譜帶。

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