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        基于16SrDNA序列的4株氣單胞菌屬細菌的分子鑒定

        2012-12-31 00:00:00譚鳳霞
        湖北農(nóng)業(yè)科學 2012年9期

        摘要:對分離自養(yǎng)殖水環(huán)境的4株氣單胞菌屬(Aeromonas)細菌的16 S rDNA序列進行PCR擴增并測定其核酸序列,通過BLAST軟件在GenBank中查找同源序列,應(yīng)用MegAlign軟件中的Jotun Hein、ClustalV以及ClustalW 3種方法進行序列差異和同源性分析,分別使用Mega 4.0軟件中的鄰接法(N-J)、最小進化法(ME)、最大簡約法(MP)、非加權(quán)組平均法(UPGMA)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。由Jotun Hein法可知,Aeromonas sp. T3與序列DQ817542.1、DQ817645.1以及HM127065.1相似度最高,均為99.2%,Aeromonas sp. T4與序列DQ816364.1、HM77846.1以及HM778618.1相似度最高,均為97.9%,Aeromonas sp. T5與序列GQ205446.1相似度最高,均為99.4%,Aeromonas sp. T6與序列GQ205446.1相似度最高,為99.6%;其他兩種方法的結(jié)果相似度略低。4種方法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹基本一致,可初步確立4株菌株的分類地位:Aeromonas sp. T3與序列DQ817542.1親緣關(guān)系最近,Aeromonas sp. T4與序列HM778618.1親緣關(guān)系最近,Aeromonas sp. T5與序列GQ232759.1親緣關(guān)系最近,Aeromonas sp. T6與序列GQ205446.1親緣關(guān)系最近。

        關(guān)鍵詞:氣單胞菌(Aeromonas);16 S rDNA;分子鑒定

        中圖分類號:Q939.1;S917.1文獻標識碼:A文章編號:0439-8114(2012)09-1837-07

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