故宮博物院的86年歷史中，有5位院長，其中有2位院長被迫下野，1位院長在故宮先賢榜中被抹去，另外2位院長吳仲超、鄭欣淼均為政工干部。1952年-1954年，1984－1988年以及1991年-2002年三個時間段，故宮博物院沒有正院長一職。
　　
　　兩個下野的院長
　　故宮博物院自1925年10月10日成立后，在八十六年光陰中，共經(jīng)歷了五任院長的輪替。
　　前兩任院長易培基、馬衡都是被迫“下野”，首任院長易培基遭人陷害，跌入了“故宮盜竊案”的無妄之災中，后來只得掛印棄官；繼任者馬衡自1933年上任后，主持故宮博物院長達20年，這位拒走臺灣、堅守故宮的兩朝元老，在“三反運動”中難逃厄運，多次挨斗，最終被迫下臺。
　　作為開館元老的易培基是章太炎的弟子，故宮博物院甫一創(chuàng)立，就建立了包括于右任、蔡元培以及蔣介石在內(nèi)的陣容強大的理事會，德高望重的易培基被推舉為首任院長，全面主持故宮博物院事務。
　　在易培基的任期內(nèi)，內(nèi)戰(zhàn)頻仍，城頭變幻大王旗，北京城在各路軍隊手中幾度易手。但故宮卻免于戰(zhàn)火的洗劫和毀壞，進城的軍隊皆會派警衛(wèi)部隊來駐扎保衛(wèi)故宮，軍閥如此“禮遇”，應與易培基坐鎮(zhèn)不無關系。
　　易培基因“故宮盜竊案”請辭后，原古物館館長馬衡接任易培基行代理之職。在此之前，馬衡任職于北京大學研究所，擔任國學門考古研究室主任兼導師，1924年11月，受剛成立的清室善后委員會之邀，馬衡開始參與故宮文物的清點工作。在金石考古學上卓有成就的馬衡，從1934年4月正式任故宮博物院院長，到1952年調(diào)任北京文物整理委員會主任委員，前后長達18年，這其間，馬衡熬過了八年抗戰(zhàn)的晦暗時光，也見證了大軍進城、北平解放。
　　上任之初的馬衡，在1934年6月呈行政院及本院理事會的報告中說：“院中最困難問題，厥惟文物之整理與保管。蓋十年以來，半在風雨飄搖之中，點查則本甚粗疏，整理亦僅及局部，保管更責任難專；非有根本改進之決心，難樹永久不拔之基礎。譬之故家田產(chǎn)，略無統(tǒng)計，試詢其子姓以田畝四至，率茫然不能置對，乃欲責其管理難矣。”
　　相對應的，馬衡牽頭制定了與文物保管有關的“出組規(guī)則”，針對各館處科組制定分門別類的規(guī)章制度，成立“文物分類整理委員會”，頒布“專門委員會設立章程”。專門委員會包括書畫、陶瓷、銅器、美術品、圖書、史料、戲曲樂器以及宗教經(jīng)像、法器、建筑物保存設計等委員會。馬衡還聘任了各專業(yè)內(nèi)的學者擔當委員。
　　在院長任期內(nèi)，馬衡的一大舉動是和文化部文物局副局長王冶秋去香港購回《中秋帖》、《伯遠帖》，它倆和《快雪晴時帖》合成清宮“三?！?。他們花了35萬港幣從一家英國銀行贖回。
　　正當馬衡大展拳腳時，1952年的三反運動將他和一批干部斗了下臺，長日困在昏天暗地的審查交代中。審查者理所當然地認為馬衡掌管故宮近30年，與價值連城的文物相伴，經(jīng)手之間肯定有貪腐之事。同事中有人實在受不了審問加捆綁毆打，就信口開河給馬衡編織了罪名。馬衡因此遭解職，被迫離開故宮。
　　馬衡在1948年到1952年期間的日記，已由故宮所屬的紫禁城出版社出版，這是一段耐人尋味的時光碎片拾頡，盡管日記的主人在文字里沒有流露出個人的喜怒哀樂，但身為新政權下首任故宮博物院院長的馬衡，已經(jīng)很少有時間來埋首他的專業(yè)，在日記里，記敘最多的是沒完沒了的會議。
　　任期最長的吳仲超
　　繼馬衡之后，擔任院長職務的是吳仲超，其任期從1954年到1984年。從馬衡卸任到吳仲超接任，院長職位在中間兩年一直空缺。
　　吳仲超是一名標準的老資歷革命家。1927年9月曾就讀于上海法科大學政治經(jīng)濟專科，1928年入黨，長期從事江南地區(qū)的地下工作，曾擔任江蘇南匯縣委書記、皖南新四軍戰(zhàn)地服務團副團長、蘇皖邊區(qū)區(qū)委書記、中共華東分局秘書長等多項職務。這些職務中，惟一與文物有關聯(lián)的，是他曾任職山東省文物管理委員會主任。
　　作為一名忠誠的政工干部，吳仲超努力建立起自己開明的形象。吳仲超剛接手的故宮博物院，面臨人力匱乏、財政緊缺、保護不周等局面，比起處處受限的馬衡，吳仲超最顯著的成就，是利用自己在體制內(nèi)受信任、威望高、地位穩(wěn)的優(yōu)勢，對故宮博物院的組織機構作了一系列調(diào)整和擴大。到任之后，他首先從文物整理入手，經(jīng)過六年的整理，所有文物分級登記在冊。
　　此時的故宮，在全能的政府權力配套下，開始大規(guī)模的文物回收、征集工作。為了鑒別更多回收物品的真?zhèn)?，故宮也開始擴招人馬。在1953年，參加過朝鮮戰(zhàn)爭的復員軍人們，被充實到職工群體中，他們被安排到安全保衛(wèi)和維修工作的崗位上。
　　馬衡時期，沒有副院長一職。副院長一職，最先就是出現(xiàn)在吳仲超時期，陳喬作為首位副院長，在1953年1月上任，在1959年3月離任。陳喬是書法愛好者，1931年參加左聯(lián)，擔任過八路軍總政文工團團長、河北軍區(qū)文化部長，成長路線類似吳仲超。
　　1975年10月，故宮博物院設立了第一副院長一職，老革命者彭炎擔任，彭炎在1980年接替吳仲超主持實際院務工作。此時，吳仲超雖是院長，但已患病住院，身體狀況從此不允許工作。
　　吳仲超是故宮博物院任期最長的院長，前后長達30年，并且跨越了十年“文革浩劫”。在“文革”開始后，由于周恩來作出了關閉故宮的決定，故宮才免遭沖擊，1970年7月5日重新開放，吳仲超隨著故宮大門的開啟而復出，但仍處于革命委員會的領導下。一直到1973年1月，故宮才恢復“文革”前的領導建制。
　　
　　“失蹤”的院長張忠培
　　接任吳仲超院長一職的是張忠培，張忠培1956年畢業(yè)于北京大學考古專業(yè)本科，1961年北大考古專業(yè)博士研究生畢業(yè)，被分配到吉林大學執(zhí)教鞭。從副教授一路到歷史系主任、教授、研究生院副院長、校學術委員會副主任、學位委員會副主席。他主持過元君廟仰韶墓地的考古發(fā)掘工作，著有《中國北方考古文集》、《元君廟仰韶墓地》、《中國考古學：實踐·理論·方法》等書。
　　張忠培的任期是1988年10月到1991年9月，是故宮歷任院長時間最短的一位，記者在查找資料時也發(fā)現(xiàn)，在故宮網(wǎng)站的“先賢榜”中，其他幾任院長都位列其中，獨獨未見張忠培的名字。
　　在張忠培的任期內(nèi)，一批復轉(zhuǎn)軍人被安排到故宮高層領導的崗位上，其中就包括空軍上將裴煥祿；創(chuàng)作“老子英雄兒好漢，老子反動兒混蛋”對聯(lián)的譚斌，譚斌原名譚立夫，他于1997年上任黨委書記兼副院長，2003年卸任。
　　
　　大手筆的鄭欣淼
　　現(xiàn)任故宮博物院院長鄭欣淼，畢業(yè)于西北大學黨政專修科，曾任中共陜西省委研究室副處長、處長、副主任、主任，中共陜西省委副秘書長，中共中央政策研究室文化組組長，青海省人民政府副省長，國家文物局黨組副書記、副局長，文化部副部長。
　　2002年上任的鄭欣淼，在他之前有11年沒有院長，比1952年-1954年的空檔期更為漫長。
　　鄭欣淼上任后，在牛氣十足的國家財政支撐下，故宮開始大修，按計劃從2002年到2020年，19年內(nèi)每年投入一億元。
　　2003年1月9日，鄭欣淼首次提出了“故宮學”的概念，主張以此連接“一個故宮”和“兩個博物院”，將海峽兩岸故宮博物院的藏品放在一起研究。在鄭欣淼的主持下，海峽兩岸故宮的交流日趨頻繁。
　　在鄭欣淼的任職期，副院長數(shù)量驟增，由張忠培時期的4位上升至6位，與吳仲超時期相等。后來因為給北京公安局送錦旗而廣為人知的副院長紀天斌，與上任黨委書記譚斌一樣，系行伍出身。