劉 瑩,厲建中,張俊平
(第二軍醫(yī)大學(xué)藥學(xué)院生化藥學(xué)教研室,上海 200433)
·論著·
人的核糖體蛋白S3a基因克隆、表達(dá)、純化與亞細(xì)胞定位
劉 瑩,厲建中,張俊平
(第二軍醫(yī)大學(xué)藥學(xué)院生化藥學(xué)教研室,上海 200433)
目的克隆人核糖體蛋白S3a (Ribosomal protein S3a, RPS3a)基因,并表達(dá)、純化其蛋白,分析RPS3a蛋白的細(xì)胞定位,為其功能研究奠定基礎(chǔ)。方法應(yīng)用RT-PCR從人胚腎HEK293細(xì)胞的總RNA中反轉(zhuǎn)錄并擴(kuò)增出RPS3a基因,克隆到原核表達(dá)載體PET-21a中,轉(zhuǎn)化大腸桿菌(Escherichiacoli)BL21(DE3)進(jìn)行蛋白表達(dá)。在異丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)誘導(dǎo)下,PET21a-RPS3a融合表達(dá)載體在大腸桿菌菌株BL21(DE3)中以可溶性蛋白的形式高效表達(dá)RPS3a蛋白,超聲破碎細(xì)胞,通過Ni2+-NTA親和層析柱初步純化,再應(yīng)用50 kD超濾膜進(jìn)一步純化。用Western Blot印跡實驗檢測純化后的蛋白。構(gòu)建綠色熒光蛋白(Enhanced Green Fluorescent Protein,EGFP )的pEGFP-N1-RPS3a表達(dá)載體,轉(zhuǎn)染HEK293細(xì)胞,通過熒光顯微鏡觀察RPS3a重組熒光蛋白在細(xì)胞內(nèi)的分布。結(jié)果獲得了較高純度的RPS3a蛋白,亞細(xì)胞定位分析表明RPS3a蛋白主要分布于細(xì)胞質(zhì)。結(jié)論成功克隆了RPS3a基因并表達(dá)純化了其蛋白,確定其亞細(xì)胞分布,為進(jìn)一步研究RPS3a蛋白的性質(zhì)和功能奠定了基礎(chǔ)。
核糖體蛋白S3a;原核表達(dá);蛋白純化;亞細(xì)胞定位
核糖體蛋白是核糖體的重要組成部分。近年來核糖體蛋白的核糖體外功能研究備受矚目。核糖體蛋白除了在蛋白合成中起重要作用外,不同的核糖體蛋白還有獨(dú)特的核糖體外功能[1],如RPL11與MyC結(jié)合抑制基因轉(zhuǎn)錄,RPS29通過下調(diào)Bcl-2和激活p53誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡、RPS3與NFkB p65結(jié)合促進(jìn)NFkB-DNA結(jié)合和基因轉(zhuǎn)錄等。核糖體蛋白RPS3a是一個高度保守的蛋白,組成核糖體40S亞基,分子量為29.8 kD。從人、大鼠和小鼠不同細(xì)胞克隆分離的基因RPS3a、Fte-1、TU-11、13T和nbl基因序列完全一致[2~6]。研究表明,核糖體蛋白S3a也具有核糖體外功能,如RPS3a能與轉(zhuǎn)錄因子CHOP、Bcl-2、EB病毒編碼的EBNA-5等相互作用調(diào)控紅細(xì)胞生成[7]、調(diào)節(jié)p53通路[8]和抑制多聚(ADP-核糖)聚合酶活性[9,10]。為了研究RPS3a的功能,我們通過RT-PCR從人的HEK293細(xì)胞中克隆得到RPS3a基因,表達(dá)并且純化了RPS3a重組蛋白,同時構(gòu)建了含綠色熒光蛋白( Enhanced Green Fluorescent Protein,EGFP) 的RPS3a重組表達(dá)載體,通過亞細(xì)胞定位實驗,發(fā)現(xiàn)RPS3a重組熒光蛋白主要分布在細(xì)胞質(zhì)內(nèi),為RPS3a功能研究打下基礎(chǔ)。
1.1實驗材料 質(zhì)粒PET-21a、菌株BL21(DE3)和人胚腎HEK293細(xì)胞均為本實驗保存。限制性核酸內(nèi)切酶EcoR I、Hind III、Taq DNA和T4 DNA連接酶購自TaKaRa公司;TRIzol購自Invitrogen公司;RT-PCR試劑盒購自Promega公司;IPTG購自Sigma公司;胰蛋白胨、酵母提取物、丙烯酰胺和N,N-亞甲雙丙烯酰胺購自上海生工生物工程有限公司;Ni2+-NTA親和層析柱和填料購自Pharmacia公司;硝酸纖維素膜購自Amershia公司;引物合成及基因測序由上海生工生物工程有限公司完成;質(zhì)粒抽提試劑盒,DNA膠回收試劑盒購自上海華舜生物工程有限公司。
1.2TRIzol法提取總RNA 用PBS漂洗人胚腎HEK293細(xì)胞后,直接加1 ml TRIzol試劑,混勻,移入 1.5 ml離心管中,用氯仿抽提,異丙醇沉淀,75% 的乙醇充分洗滌沉淀,離心后去除上清,干燥后用DEPC水溶解,-70 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.3引物設(shè)計和RT-PCR 1 μg總RNA為模板在反轉(zhuǎn)錄體系中,以隨機(jī)引物合成cDNA,取 2 μl cDNA產(chǎn)物為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增。擴(kuò)增引物根據(jù)RPS3a mRNA序列(GenBank基因登錄號NM_001006),利用Primer Premier 5.0軟件設(shè)計PCR擴(kuò)增引物, 并分別在正義鏈引物5′端加EcoR I 酶切位點,反義鏈5′端加Hind III 酶切位點,RPS3a正義鏈引物:5′-GGC GAA TTC ATG GCG GTT GGC AAG AAC AA-3′;反義鏈引物:5′-CAG AAG CTT AAC AGA TTC TTG GAC TGG TGG-3′。PCR擴(kuò)增條件:94 ℃熱啟動5 min后,94 ℃變性30 s,退火30 s,72 ℃延伸40 s,30個循環(huán)后,72 ℃反應(yīng)5 min。 RT-PCR產(chǎn)物用l% 瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行鑒定。
1.4重組質(zhì)粒的構(gòu)建和鑒定 用限制性內(nèi)切酶Hind III,EcoR I對RPS3a的RT-PCR產(chǎn)物和PET-21a載體質(zhì)粒進(jìn)行雙酶切,37 ℃酶切 2~3 h后,進(jìn)行 1% 瓊脂糖凝膠電泳,并膠回收PET-21a載體質(zhì)粒和RPS3a,用T4連接酶16 ℃過夜連接,將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α菌株,涂氨芐青霉素(Amp)抗性LB平板,37 ℃過夜,挑取單克隆分別在LB中37 ℃培養(yǎng),用堿法提質(zhì)粒,進(jìn)行PCR和酶切鑒定并送上海生工生物工程公司進(jìn)行基因測序。
1.5重組蛋白的表達(dá) 將測序正確的PET21a-RPS3a重組質(zhì)粒分別轉(zhuǎn)化大腸桿菌BL21(DE3)菌株和BL21菌株,挑取單克隆,接種到 3 ml含氨芐青霉素(Amp)的LB培養(yǎng)基中,于37 ℃,250 r/min 振蕩培養(yǎng)至對數(shù)中期(OD600=0.6),加入終濃度 1 mmol/L 的IPTG時,菌液分為四組:第一組在大腸桿菌菌株BL21(DE3)中32 ℃誘導(dǎo)培養(yǎng),分別于 4、9 h取樣離心收集菌體,第二組在大腸桿菌菌株BL21(DE3)中25 ℃誘導(dǎo)培養(yǎng),分別于 4、9 h取樣離心收集菌體,第三組在大腸桿菌菌株BL21中32 ℃誘導(dǎo)培養(yǎng),分別于 4、9 h取樣離心收集菌體,第四組在大腸桿菌菌株BL21中25 ℃誘導(dǎo)培養(yǎng),分別于 4、9 h取樣離心收集菌體32 ℃誘導(dǎo)培養(yǎng),4 ℃,4 500 r/min 離心 5 min收集菌體,PBS重懸菌體,超聲,4℃,10 000 g 20 min 收集菌體,進(jìn)行 12% SDS-PAGE。
1.6目的蛋白的分離純化 取培養(yǎng)菌裂解液上清,離心(10 000 g、20 min、4℃)。用5倍柱體積的裂解緩沖液(Na3PO420 mmol/L、NaCl 500 mmol/L,咪唑 20 mmol/L ,pH8.0)平衡Ni2+-NTA親和層析柱,加入 20 ml裂解液上清,用洗脫緩沖液洗滌層析柱,去除結(jié)合在凝膠上的非特異性蛋白,之后用含有 400 mmol/L 咪唑的洗脫緩沖液將目的蛋白洗脫下來。應(yīng)用50 kD超濾膜,4 ℃,7 000 r/min 離心 5 min。收集濃縮液,進(jìn)行SDS-PAGE。融合蛋白純度用計算機(jī)灰度掃描確定。
1.7Western Blot鑒定 誘導(dǎo)表達(dá)的菌體總蛋白和純化后的融合蛋白PET21a-RPS3a經(jīng) 12% SDS-PAGE凝膠電泳后,4 ℃,360 mA,1 h,電轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素膜,以 5% 脫脂奶粉4℃封閉過夜,棄去封閉液,用PBST(含0.05% Tween-20)漂洗3次,加入鼠抗His-tag單克隆抗體,室溫孵育 2 h后,棄去一抗,用PBST(含 0.05% Tween-20)漂洗3次,加入HRP標(biāo)記的羊抗鼠IgG二抗,室溫孵育 l h用PBST(含 0.05% Tween-20)洗硝酸纖維素膜3次,最后加入顯色液,X光片曝光。
1.8RPS3a重組熒光蛋白的亞細(xì)胞定位 根據(jù)GenBank中人RPS3a的序列,以5′-GGC GAA ATG GCG GTT GGC AAG AAC AA-3′(Forward);5′-CAG AAG CTT AAC AGA TTC TTG GAC TGG TGG-3′(Reverse)為引物,選擇EcoR I 和BamH I為酶切位點,PCR 擴(kuò)增人全長RPS3a序列(95 ℃ 3 min,變性95 ℃ 30 s,退火55 ℃ 30 s,延伸72 ℃ 40 s,共30個循環(huán)),PCR產(chǎn)物膠回收后,和EGFP載體都經(jīng)EcoR I 和BamH I雙酶切后,T4連接酶連接,構(gòu)建為EGFP-N1-RPS3a重組質(zhì)粒,重組質(zhì)粒經(jīng)酶切鑒定和測序均無誤。
將生長狀態(tài)良好的HEK293細(xì)胞按每孔1.0×104個的密度轉(zhuǎn)移到預(yù)先置有載玻片的24孔板中,在37 ℃ ,5% CO2,10%含胎牛血清的DMEM培養(yǎng)基中培養(yǎng)至80%左右的鋪板密度,用脂質(zhì)體Lipofectamine 2000將pEGFP-N1-RPS3a質(zhì)粒和對照空載體pEGFP-N1分別轉(zhuǎn)染到細(xì)胞中, 轉(zhuǎn)染48 h后 ,吸去培養(yǎng)基,用PBS漂洗1次,加入4%多聚甲醛固定15 min,吸去多聚甲醛,加入0.5% Triton X-100,室溫放置10 min,加入0.01 μg/ml DAPI染色5 min,PBS洗滌三次,甘油封片進(jìn)行Axiovert 40倒置熒光顯微鏡下觀察,以RGB濾鏡對EGFP-NI和DAPI熒光分別記錄圖像,激發(fā)EGFP的激光波長為488 nm,激發(fā)DAPT的激光波長為340 nm。
2.1重組質(zhì)粒的構(gòu)建與鑒定 RPS3a基因片段的克隆與擴(kuò)增以HEK293細(xì)胞中提取的總RNA為模板,經(jīng)RT-PCR擴(kuò)增后,于 1% 瓊脂糖凝膠電泳上獲得一條約 800 bp的特異性條帶(圖1)。PCR產(chǎn)物經(jīng)雙酶切,膠回收亞克隆到原核表達(dá)載體PET-21a的EcoR I與Hind III位點上,得到重組質(zhì)粒PET21a-RPS3a。經(jīng)PCR與酶切鑒定正確的陽性克隆送往上海生工生物公司測序,測序結(jié)果表明所獲得的RPS3a基因序列與GenBank(NM_001006)登錄序列一致。
圖1RPS3a基因RT-PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠電泳分析
1-RPS3a基因RT-PCR擴(kuò)增產(chǎn)物;M-DNA Marker(DL2000)
2.2重組蛋白的表達(dá)及其誘導(dǎo)條件的優(yōu)化 對轉(zhuǎn)入宿主菌的重組表達(dá)質(zhì)粒PET21a-RPS3a進(jìn)行表達(dá)條件的優(yōu)化,12% SDS-PAGE分析結(jié)果,誘導(dǎo)后的重組蛋白在大約 30 kD 處出現(xiàn)一明顯條帶。PET21a-RPS3a重組蛋白在宿主菌BL21(DE3)的表達(dá)量約占全菌總蛋白50%,明顯高于宿主菌BL21的10%,所以選擇在宿主菌BL21(DE3)中表達(dá)重組蛋白。PET21a-RPS3a重組蛋白分別隨著OD值及誘導(dǎo)時間的增加,表達(dá)量逐漸加大;當(dāng)OD600達(dá)0.6,誘導(dǎo)時間為 9 h,重組蛋白的表達(dá)量最大,此后不再明顯升高(圖2)。
2.3重組蛋白的純化和Western Blot 12% SDS-PAGE分析超聲破碎后上清沉淀, 發(fā)現(xiàn)表達(dá)產(chǎn)物以可溶性蛋白的形式存在于裂解上清中,而非存在包涵體內(nèi)。PET-21a載體表達(dá)的目的蛋白應(yīng)用鎳親和層析梯度洗脫的方法,先用30、40、50、60、70 mmol/L 等低濃度咪唑洗滌非特異性結(jié)合的雜質(zhì)蛋白后,用 400 mmol/L 咪唑洗脫,計算機(jī)灰度掃描蛋白純度達(dá) 80% 以上。再應(yīng)用50 kD超濾膜進(jìn)一步純化(圖3)。
圖2PET21a-RPS3a在不同宿主菌的表達(dá)產(chǎn)物SDS-PAGE分析
1~2-32 ℃ 誘導(dǎo)前后 4 h BL21-PET21a-RPS3a;3~4-32℃ 誘導(dǎo)前后 9 h BL21-PET21a-RPS3a;M-蛋白 Marker;5~6-22 ℃ 誘導(dǎo)前后 4 h BL21(DE3)-PET21a-RPS3a;7~8-22 ℃ 誘導(dǎo)前后 9 h BL21(DE3)- PET21a-RPS3a
圖3PET21a-RPS3a重組蛋白純化的SDS-PAGE和WesternBlot鑒定
A-PET21a-RPS3a重組蛋白通過親和層析純化的SDS-PAGE;B-PET21a-RPS3a重組蛋白通過超濾膜純化的SDS-PAGE;C-PET21a-RPS3a重組蛋白Western Blot鑒定 M-蛋白 Marker;1-未誘導(dǎo)PET21a-RPS3a;2-誘導(dǎo)PET21a-RPS3a;3-PET21a-RPS3a裂解液上清;4~5-400 mmol/L咪唑洗脫產(chǎn)物。
為進(jìn)一步鑒定表達(dá)的蛋白,進(jìn)行Western Blot分析,結(jié)果顯示,IPTG誘導(dǎo)前無目的蛋白表達(dá),誘導(dǎo)后和親和層析純化后在分子量為30 kD 處均可見一明顯的條帶,進(jìn)一步證實所表達(dá)的蛋白為RPS3a。
2.4RPS3a重組熒光蛋白在細(xì)胞內(nèi)的定位分析 通過倒置熒光顯微鏡在488 nm激發(fā)光下對pEGFP-N1進(jìn)行直接觀察,以340 nm激發(fā)光分析DAPI的熒光。在表達(dá)pEGFP-N1-RPS3a融合蛋白的細(xì)胞中,可見EGFP的綠色熒光分布在細(xì)胞質(zhì);同時,觀察DAPI的藍(lán)色熒光布滿細(xì)胞核,EGFP產(chǎn)生的綠色熒光分布在DAPI藍(lán)色熒光的周圍,表明pEGFP-N1-RPS3a融合蛋白主要表達(dá)于細(xì)胞質(zhì)。對照組pEGFP-N1轉(zhuǎn)染細(xì)胞發(fā)出的綠色熒光均勻地分布在整個細(xì)胞中(圖4)。
圖4倒置熒光顯微鏡觀察RPS3a重組熒光蛋白在細(xì)胞內(nèi)的分布情況
A-pEGFP-N1對照質(zhì)粒轉(zhuǎn)染細(xì)胞;B-pEGFP-N1-RPS3a轉(zhuǎn)染細(xì)胞;a,b,c分別為綠色熒光,DAPI核熒光染色和a,b圖像的疊加重合
在20世紀(jì)90年代就有人提出核糖體蛋白S3a作為一個多功能蛋白在細(xì)胞凋亡中有重要作用[9]。Naora等人發(fā)現(xiàn)在凋亡早期RPS3a的表達(dá)水平降低[10]。此外,由依托泊苷誘導(dǎo)的HL-60細(xì)胞凋亡早期RPS3a的水平也降低。研究表明,RPS3a可以與Bcl-2聯(lián)合作用于聚腺苷酸二磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶[poly(ADP-ribose) polymerase,PARP]從而顯著抑制后者的活性,已知PARP可啟動由一系列藥物(如烷化劑,活性氧化劑,拓?fù)洚悩?gòu)酶II抑制劑和多柔比星等)引起的細(xì)胞凋亡,是重要的凋亡調(diào)節(jié)子。Song等[11]發(fā)現(xiàn)PRS3a和Bcl-2共同作用抑制PARP的活性從而抑制細(xì)胞凋亡,在缺少RPS3a的情況下, Bcl-2不能抑制PARP的活性。說明RPS3a在Bcl-2與PARP的相互作用中作為橋梁蛋白,易化了Bcl-2對PARP的抑制作用從而阻止凋亡。這些結(jié)果為我們了解凋亡的機(jī)制提供了新視野。
為了研究RPS3a的功能,我們成功克隆了RPS3a基因,并構(gòu)建了PET21a-RPS3a重組表達(dá)載體,經(jīng)優(yōu)化表達(dá)條件,使其在上清中高表達(dá),然后用Ni2+-NTA金屬螯合層析柱,以梯度洗脫的方法洗脫目的蛋白,即先用30、40、50 、60、70 mmol/L 等低濃度咪唑洗滌非特異性結(jié)合的雜質(zhì)蛋白,每個濃度洗脫20個柱體積,再用 400 mmol/L咪唑洗脫目的蛋白,脫鹽,得到大量的可溶性的PET21a-RPS3a重組蛋白,建立了高效的表達(dá)和純化方案,獲得了可溶性好,穩(wěn)定性高的PET21a-RPS3a重組蛋白。
加強(qiáng)型綠色熒光蛋白(Enhanced Green Fluorescent Protein,EGFP ) 能夠自身催化形成發(fā)色結(jié)構(gòu)并在藍(lán)光激發(fā)下發(fā)出綠色熒光,易于構(gòu)建載體且對活細(xì)胞無毒害,對目的基因的功能也沒有影響,檢測方便,熒光穩(wěn)定。因此本實驗選用EGFP基因作為報告基因,利用基因工程技術(shù)構(gòu)建pEGFP-N1-RPS3a融合蛋白的哺乳動物表達(dá)載體,并在HEK293細(xì)胞中進(jìn)行表達(dá)。我們將pEGFP-N1-RPS3a重組體轉(zhuǎn)染到狀態(tài)良好的HEK293細(xì)胞,為了確定pEGFP-N1-RPS3a 融合蛋白是定位在細(xì)胞核還是細(xì)胞質(zhì),轉(zhuǎn)染48 h后用特異性的細(xì)胞核染色劑DAPI進(jìn)行核染色,在倒置熒光顯微鏡下觀察,結(jié)果顯示轉(zhuǎn)染進(jìn)細(xì)胞并表達(dá)的pEGFP-N1-RPS3a融合蛋白主要分布于細(xì)胞質(zhì),位于細(xì)胞核的周圍。亞細(xì)胞定位研究表明RPS3a主要存在于細(xì)胞質(zhì)中,為進(jìn)行下一步功能研究奠定基礎(chǔ)。
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2010-06-09
[修回日期] 2010-09-12
Cloning,expression,purificationandsubcellularlocalizationofhumanribosomalproteinS3a
LIU Ying,LI Jian-zhong,ZHANG Jun-ping
(School of pharmacy ,Second military medical university ,Shanghai 200433, China)
ObjectiveTo express and purify the human ribosomal protein S3a and study the subcellular localization of human ribosomal protein S3a.MethodsThe RPS3a gene was obtained by RT-PCR, total RNA extracted from human HEK293 cell as the template,and cloned into the prokaryotic expressing vector PET-21a to form PET21a-RPS3a, then transferred into (Escherichia coli)BL21(DE3). PET21a-RPS3a was highly expressed in (Escherichiacoli)BL21(DE3) in the presence of isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) and most products existed in a soluble form. After ultrasonication, recombinant fusion proteins were purified by Ni2+-NTA affinity chromatography and 50 kD ultrafiltration membrane, the purity of RPS3a was further confirmed by Western Blot analysis. The full sequence of RPS3a gene was recombined in the downstream of the green fluorescent protein gene in the EGFP-N1 vector.The recombined pEGFP-N1-RPS3a vector was transfected into human kidney epithelial cells (293 cells), through the subcellular localization, which was observed RPS3a recombinant fluorescent protein in the cell distribution.ResultsThe higher purity of recombinant fusion protein was obtained. Subcellular localization analysis confirmed that RPS3a recombinant fluorescent protein distributed mainly in the cytoplasm.ConclusionThe recombinant fusion protein PET21a-RPS3a was successfully cloned, expressed, purified. Application of subcellular localization raises the foundation to the study on nature and function of human RPS3a protein.
ribosomal protein S3a(RPS3a);prokaryotic expression;protein purification;subcellular localization
國家自然科學(xué)基金(30600766和30871353).
劉 瑩(1984-),女,碩士研究生.E-mail:liuchanger1984@163.com.
張俊平.E-mail:jpzhang08@hotmail.com.
Q78
A
1006-0111(2011)02-0097-04