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        豬附紅細胞體50S核糖體基因PCR檢測方法的建立及應(yīng)用*

        2011-05-31 06:55:38劉明明賈立軍薛書江梁晚楓張守發(fā)
        動物醫(yī)學(xué)進展 2011年12期
        關(guān)鍵詞:體病基因組質(zhì)粒

        劉明明,賈立軍,薛書江,梁晚楓,張守發(fā)

        (延邊大學(xué)農(nóng)學(xué)院動物醫(yī)學(xué)系,吉林延吉 133002)

        豬附紅細胞體病是由豬附紅細胞體(Eperythrozoonsuis,E.suis)寄生于豬紅細胞表面、游離于血漿及骨髓中而引起仔豬發(fā)熱、貧血、黃疸,育肥豬生長遲緩,母豬不孕、流產(chǎn)等癥狀為特征的人獸共患?。?-5]。目前針對豬附紅細胞體病的診斷,主要有病原體血液涂片染色鏡檢、血清學(xué)補體結(jié)合試驗(complement fixation test,CFT)、間接血凝試驗(indirect hemagglutination test,IHA)、酶聯(lián)免疫吸附試驗(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)等抗體檢測以及聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)[6-7]。但血液涂片染色鏡檢常常受到血液里不明微生物、染料顆粒和非病原性物質(zhì)等因素的干擾[8];血清學(xué)方法存在抗原純度低、來源不足等缺點;PCR方法均是以16SrRNA的基因序列來建立,由于各種原核生物之間16SrRNA同源性較高,而擴增序列又多為保守性強的區(qū)域,因此建立的PCR方法特異性不強。本試驗根據(jù)GenBank上最新發(fā)布的豬附紅細胞體基因組序列(NC-015155)設(shè)計引物[9],建立50S核糖體基因PCR檢測方法,以期為豬附紅細胞體的檢測提供更為敏感、特異的方法。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 樣品 豬附紅細胞體陽性、陰性血液由延邊大學(xué)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)實驗室鑒定、保存;45份血液樣本采自吉林省延邊地區(qū)某養(yǎng)豬場,頸靜脈無菌采集抗凝血,置-20℃保存,備用。

        1.1.2 主要試劑 pMD18-T 載體、rTaqDNA 聚合酶、限制性內(nèi)切酶SalI和EcoR I、DNA提取試劑盒、DNA凝膠回收試劑盒、DNA分子質(zhì)量標準等均購自寶生物工程(大連)有限公司;X-gal、LB培養(yǎng)基、大腸埃希菌感受態(tài)細胞DH5α由延邊大學(xué)農(nóng)學(xué)院預(yù)防獸醫(yī)學(xué)實驗室保存。

        1.2 方法

        1.2.1 豬附紅細胞體基因組DNA提取 按照全血基因組DNA提取試劑盒說明書操作進行。

        1.2.2 引物的設(shè)計與合成 根據(jù)GenBank中發(fā)布的豬附紅細胞體基因組序列Illinois(NC_015155),應(yīng)用Primer Premier 5.0和Oligo 6.0軟件設(shè)計1對引物,上游引物 P1:5′-TGGAGTTACTGGAGGTTCA-3′, 下 游 引 物 P2: 5′-GGTGGAGAAAATAAGAGTTGAG-3′。引物由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。

        1.2.3 PCR擴增及最佳退火溫度的篩選 PCR反應(yīng)在25μL體系中進行,包括10×buffer 2.5μL,dNTP 2μL,TaqDNA Polymerase 0.3μL,上下游引物 (10pmol/L)各 1.5μL,DNA 模板 2μL,ddH2O補到25μL。擴增程序:95℃5min;94℃50 s,49.8℃~60.7℃退火50s,72℃延伸80s,共30個循環(huán);72℃延伸7min。

        1.2.4 PCR產(chǎn)物的回收與克隆 取PCR產(chǎn)物10 μL,進行瓊脂糖凝膠電泳后,用DNA回收試劑盒回收目的條帶,回收產(chǎn)物連接到pMD18-T載體上,轉(zhuǎn)化到大腸埃希菌E.coliDH5α感受態(tài)細胞內(nèi),將其涂布于含有IPTG和X-Gal的氨芐LB平板上,37℃培養(yǎng)過夜。

        1.2.5 重組質(zhì)粒的鑒定、測序分析 經(jīng)藍白斑篩選,挑取白色單菌落擴大培養(yǎng)后提取質(zhì)粒,進行SalI和EcoRI雙酶切鑒定及PCR鑒定,將鑒定正確的重組質(zhì)粒送上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司測序。將測得核苷酸序列與GenBank中豬附紅細胞體基因組進行同源性比較。

        1.2.6 特異性試驗 豬源大腸埃希菌、豬鏈球菌、豬肺炎支原體、牛附紅細胞體的基因組DNA均由延邊大學(xué)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)實驗室提供。按照最佳退火溫度進行PCR擴增,瓊脂糖凝膠電泳檢測結(jié)果。

        1.2.7 敏感性試驗 提取豬附紅細胞體血液基因組DNA,測定其OD260nm值,將模板DNA按1∶10比例連續(xù)稀釋后進行PCR擴增,以此來確定PCR方法的敏感性。

        1.2.8 臨床樣本的檢測 以建立的PCR方法對采自吉林省延邊地區(qū)的45份疑似豬附紅細胞體感染的血液樣本進行PCR檢測,同時進行姬姆薩染色鏡檢,比較兩者的陽性檢出率。

        2 結(jié)果

        2.1 豬附紅細胞體的PCR擴增

        以豬附紅細胞體感染的陽性血液提取的基因組DNA為模板,經(jīng)PCR擴增出了大小為1 100bp左右的DNA片段。

        2.2 PCR最佳退火溫度的篩選

        以豬附紅細胞體感染的陽性血液提取的基因組DNA為模板,應(yīng)用上述的PCR反應(yīng)體系,進行溫度梯度PCR擴增,篩選最佳的退火溫度。結(jié)果表明,在57℃時擴增出的目的條帶最為清晰明亮。因此以57℃為最佳退火溫度(圖1)。

        2.3 目的基因的克隆及重組質(zhì)粒的鑒定

        將回收的目的片段克隆到pMD18-T vector載體上,用質(zhì)粒小量提取試劑盒提取質(zhì)粒DNA,對重組質(zhì)粒進行PCR鑒定和限制性內(nèi)切酶SalI、EcoR I的雙酶切鑒定,經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測,出現(xiàn)與預(yù)期大小相符條帶(圖2)。

        2.4 序列分析

        將測序得到的豬附紅細胞體基因核苷酸序列與GenBank中豬附紅細胞體基因組Illinois(NC_015155)和KI_3806(NC_015153)序列進行同源性比較,其中與模板序列Illinois型的同源性為93%,測序結(jié)果已上傳至NCBI(登錄號JN166805)。而KI_3806致病型的引物擴增區(qū)間內(nèi)存在大小為129 bp的片段缺失,預(yù)期擴增片段大小為970bp,這也正符合試驗的最初設(shè)計,通過PCR擴增后得到的片段大小,來區(qū)分病豬被哪種致病型的病原體所感染,測得序列的BLAST結(jié)果見圖3。

        圖1 溫度梯度PCR結(jié)果Fig.1 Temperature gradient PCR results

        圖2 重組質(zhì)粒PCR鑒定和酶切鑒定Fig.2 Identification of recombinant plasmid by PCR and enzyme digestion

        圖3 序列同源性分析Fig.3 The analysis of sequence homology

        2.5 特異性試驗

        分別以豬附紅細胞體、豬源大腸埃希菌、豬鏈球菌、豬肺炎支原體、牛附紅細胞體及健康豬血液的基因組DNA為模板,在已建立的擴增體系和反應(yīng)條件下進行PCR擴增,瓊脂糖凝膠電泳檢測。結(jié)果顯示,只有豬附紅細胞體DNA模板擴增出目的條帶,表明建立的PCR方法具有較好的特異性(圖4)。

        圖4 特異性試驗Fig.4 The specificity test of PCR

        2.6 敏感性試驗

        取豬附紅細胞體標準品DNA(經(jīng)紫外分光光度計測得其含量為190ng/μL)按10倍倍比稀釋后,用上述PCR方法進行檢測。結(jié)果表明該反應(yīng)體系檢測標準模板DNA的最大稀釋倍數(shù)為1×107,DNA最低檢測量為19fg/μL(圖5)。

        2.7 臨床樣品的檢測

        用建立的PCR方法對采自吉林省延邊地區(qū)的45份疑似豬附紅細胞體感染的血液樣本進行PCR檢測,同時進行姬姆薩染色鏡檢。結(jié)果PCR檢測出38份陽性樣本,而姬姆薩染色鏡檢則檢測出32份陽性樣本,其中姬姆薩染色鏡檢為陽性的32份樣本PCR檢測均為陽性。檢測結(jié)果見圖6和表1。

        圖5 敏感性試驗Fig.5 The sensitivity results of PCR

        圖6 PCR檢測部分臨床樣本Fig.6 The detection of some clinical samples by PCR

        表1 PCR和姬姆薩染色鏡檢對45份豬血液樣本的檢測結(jié)果Table 1 Detection results of PCR and Giemsa staining for pig blood from 45samples

        3 討論

        目前,針對附紅細胞體病建立的PCR診斷方法均是以16SrRNA基因序列設(shè)計引物,16SrRNA屬于30S核糖體亞基,而附紅細胞體16SrRNA的種間同源性較高,導(dǎo)致對豬附紅細胞體病的檢測存在一定誤差[10-12]。因此,本試驗根據(jù)50S核糖體亞基基因序列設(shè)計引物建立PCR診斷方法,取得了預(yù)期的結(jié)果。該方法陽性檢出率為86.7%,明顯高于姬姆薩染色鏡檢法的71.1%,而且姬姆薩染色鏡檢為陽性的32份樣本PCR檢測均為陽性,說明建立的PCR檢測方法具有特異、敏感、準確等優(yōu)點,完全適用于豬附紅細胞體病的診斷。

        本試驗在設(shè)計引物時,是根據(jù)GenBank中最新發(fā)布的2個豬附紅細胞體基因組序列KI-3806(NC-015153)和Illinois(NC-015155)的保守區(qū)域而設(shè)計[9,13-14],該引物擴增產(chǎn)物能夠區(qū)分豬附紅細胞體KI-3806和Illinois兩種致病型。其中在 KI-3806(NC-015153)致病型的引物擴增區(qū)間內(nèi)存在129bp大小的片段缺失,預(yù)期擴增 KI-3806(NC-015153)片段大小為970bp,擴增Illinois(NC-015155)片段大小為1 099bp。遺憾的是本試驗僅擴增出了Illinois(NC-015155)致病型1 099bp的基因片段,這可能與采集樣本資源的地理區(qū)域局限性有關(guān),在后續(xù)研究中將擴大采集樣本的區(qū)域范圍,以進一步完善該引物的應(yīng)用價值。

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