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        豬附紅細(xì)胞體50S核糖體基因PCR檢測(cè)方法的建立及應(yīng)用*

        2011-05-31 06:55:38劉明明賈立軍薛書(shū)江梁晚?xiàng)?/span>張守發(fā)
        關(guān)鍵詞:檢測(cè)

        劉明明,賈立軍,薛書(shū)江,梁晚?xiàng)鳎瑥埵匕l(fā)

        (延邊大學(xué)農(nóng)學(xué)院動(dòng)物醫(yī)學(xué)系,吉林延吉 133002)

        豬附紅細(xì)胞體病是由豬附紅細(xì)胞體(Eperythrozoonsuis,E.suis)寄生于豬紅細(xì)胞表面、游離于血漿及骨髓中而引起仔豬發(fā)熱、貧血、黃疸,育肥豬生長(zhǎng)遲緩,母豬不孕、流產(chǎn)等癥狀為特征的人獸共患?。?-5]。目前針對(duì)豬附紅細(xì)胞體病的診斷,主要有病原體血液涂片染色鏡檢、血清學(xué)補(bǔ)體結(jié)合試驗(yàn)(complement fixation test,CFT)、間接血凝試驗(yàn)(indirect hemagglutination test,IHA)、酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)等抗體檢測(cè)以及聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)[6-7]。但血液涂片染色鏡檢常常受到血液里不明微生物、染料顆粒和非病原性物質(zhì)等因素的干擾[8];血清學(xué)方法存在抗原純度低、來(lái)源不足等缺點(diǎn);PCR方法均是以16SrRNA的基因序列來(lái)建立,由于各種原核生物之間16SrRNA同源性較高,而擴(kuò)增序列又多為保守性強(qiáng)的區(qū)域,因此建立的PCR方法特異性不強(qiáng)。本試驗(yàn)根據(jù)GenBank上最新發(fā)布的豬附紅細(xì)胞體基因組序列(NC-015155)設(shè)計(jì)引物[9],建立50S核糖體基因PCR檢測(cè)方法,以期為豬附紅細(xì)胞體的檢測(cè)提供更為敏感、特異的方法。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 樣品 豬附紅細(xì)胞體陽(yáng)性、陰性血液由延邊大學(xué)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室鑒定、保存;45份血液樣本采自吉林省延邊地區(qū)某養(yǎng)豬場(chǎng),頸靜脈無(wú)菌采集抗凝血,置-20℃保存,備用。

        1.1.2 主要試劑 pMD18-T 載體、rTaqDNA 聚合酶、限制性?xún)?nèi)切酶SalI和EcoR I、DNA提取試劑盒、DNA凝膠回收試劑盒、DNA分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)等均購(gòu)自寶生物工程(大連)有限公司;X-gal、LB培養(yǎng)基、大腸埃希菌感受態(tài)細(xì)胞DH5α由延邊大學(xué)農(nóng)學(xué)院預(yù)防獸醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室保存。

        1.2 方法

        1.2.1 豬附紅細(xì)胞體基因組DNA提取 按照全血基因組DNA提取試劑盒說(shuō)明書(shū)操作進(jìn)行。

        1.2.2 引物的設(shè)計(jì)與合成 根據(jù)GenBank中發(fā)布的豬附紅細(xì)胞體基因組序列Illinois(NC_015155),應(yīng)用Primer Premier 5.0和Oligo 6.0軟件設(shè)計(jì)1對(duì)引物,上游引物 P1:5′-TGGAGTTACTGGAGGTTCA-3′, 下 游 引 物 P2: 5′-GGTGGAGAAAATAAGAGTTGAG-3′。引物由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。

        1.2.3 PCR擴(kuò)增及最佳退火溫度的篩選 PCR反應(yīng)在25μL體系中進(jìn)行,包括10×buffer 2.5μL,dNTP 2μL,TaqDNA Polymerase 0.3μL,上下游引物 (10pmol/L)各 1.5μL,DNA 模板 2μL,ddH2O補(bǔ)到25μL。擴(kuò)增程序:95℃5min;94℃50 s,49.8℃~60.7℃退火50s,72℃延伸80s,共30個(gè)循環(huán);72℃延伸7min。

        1.2.4 PCR產(chǎn)物的回收與克隆 取PCR產(chǎn)物10 μL,進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳后,用DNA回收試劑盒回收目的條帶,回收產(chǎn)物連接到pMD18-T載體上,轉(zhuǎn)化到大腸埃希菌E.coliDH5α感受態(tài)細(xì)胞內(nèi),將其涂布于含有IPTG和X-Gal的氨芐LB平板上,37℃培養(yǎng)過(guò)夜。

        1.2.5 重組質(zhì)粒的鑒定、測(cè)序分析 經(jīng)藍(lán)白斑篩選,挑取白色單菌落擴(kuò)大培養(yǎng)后提取質(zhì)粒,進(jìn)行SalI和EcoRI雙酶切鑒定及PCR鑒定,將鑒定正確的重組質(zhì)粒送上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司測(cè)序。將測(cè)得核苷酸序列與GenBank中豬附紅細(xì)胞體基因組進(jìn)行同源性比較。

        1.2.6 特異性試驗(yàn) 豬源大腸埃希菌、豬鏈球菌、豬肺炎支原體、牛附紅細(xì)胞體的基因組DNA均由延邊大學(xué)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室提供。按照最佳退火溫度進(jìn)行PCR擴(kuò)增,瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果。

        1.2.7 敏感性試驗(yàn) 提取豬附紅細(xì)胞體血液基因組DNA,測(cè)定其OD260nm值,將模板DNA按1∶10比例連續(xù)稀釋后進(jìn)行PCR擴(kuò)增,以此來(lái)確定PCR方法的敏感性。

        1.2.8 臨床樣本的檢測(cè) 以建立的PCR方法對(duì)采自吉林省延邊地區(qū)的45份疑似豬附紅細(xì)胞體感染的血液樣本進(jìn)行PCR檢測(cè),同時(shí)進(jìn)行姬姆薩染色鏡檢,比較兩者的陽(yáng)性檢出率。

        2 結(jié)果

        2.1 豬附紅細(xì)胞體的PCR擴(kuò)增

        以豬附紅細(xì)胞體感染的陽(yáng)性血液提取的基因組DNA為模板,經(jīng)PCR擴(kuò)增出了大小為1 100bp左右的DNA片段。

        2.2 PCR最佳退火溫度的篩選

        以豬附紅細(xì)胞體感染的陽(yáng)性血液提取的基因組DNA為模板,應(yīng)用上述的PCR反應(yīng)體系,進(jìn)行溫度梯度PCR擴(kuò)增,篩選最佳的退火溫度。結(jié)果表明,在57℃時(shí)擴(kuò)增出的目的條帶最為清晰明亮。因此以57℃為最佳退火溫度(圖1)。

        2.3 目的基因的克隆及重組質(zhì)粒的鑒定

        將回收的目的片段克隆到pMD18-T vector載體上,用質(zhì)粒小量提取試劑盒提取質(zhì)粒DNA,對(duì)重組質(zhì)粒進(jìn)行PCR鑒定和限制性?xún)?nèi)切酶SalI、EcoR I的雙酶切鑒定,經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),出現(xiàn)與預(yù)期大小相符條帶(圖2)。

        2.4 序列分析

        將測(cè)序得到的豬附紅細(xì)胞體基因核苷酸序列與GenBank中豬附紅細(xì)胞體基因組Illinois(NC_015155)和KI_3806(NC_015153)序列進(jìn)行同源性比較,其中與模板序列Illinois型的同源性為93%,測(cè)序結(jié)果已上傳至NCBI(登錄號(hào)JN166805)。而KI_3806致病型的引物擴(kuò)增區(qū)間內(nèi)存在大小為129 bp的片段缺失,預(yù)期擴(kuò)增片段大小為970bp,這也正符合試驗(yàn)的最初設(shè)計(jì),通過(guò)PCR擴(kuò)增后得到的片段大小,來(lái)區(qū)分病豬被哪種致病型的病原體所感染,測(cè)得序列的BLAST結(jié)果見(jiàn)圖3。

        圖1 溫度梯度PCR結(jié)果Fig.1 Temperature gradient PCR results

        圖2 重組質(zhì)粒PCR鑒定和酶切鑒定Fig.2 Identification of recombinant plasmid by PCR and enzyme digestion

        圖3 序列同源性分析Fig.3 The analysis of sequence homology

        2.5 特異性試驗(yàn)

        分別以豬附紅細(xì)胞體、豬源大腸埃希菌、豬鏈球菌、豬肺炎支原體、牛附紅細(xì)胞體及健康豬血液的基因組DNA為模板,在已建立的擴(kuò)增體系和反應(yīng)條件下進(jìn)行PCR擴(kuò)增,瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。結(jié)果顯示,只有豬附紅細(xì)胞體DNA模板擴(kuò)增出目的條帶,表明建立的PCR方法具有較好的特異性(圖4)。

        圖4 特異性試驗(yàn)Fig.4 The specificity test of PCR

        2.6 敏感性試驗(yàn)

        取豬附紅細(xì)胞體標(biāo)準(zhǔn)品DNA(經(jīng)紫外分光光度計(jì)測(cè)得其含量為190ng/μL)按10倍倍比稀釋后,用上述PCR方法進(jìn)行檢測(cè)。結(jié)果表明該反應(yīng)體系檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)模板DNA的最大稀釋倍數(shù)為1×107,DNA最低檢測(cè)量為19fg/μL(圖5)。

        2.7 臨床樣品的檢測(cè)

        用建立的PCR方法對(duì)采自吉林省延邊地區(qū)的45份疑似豬附紅細(xì)胞體感染的血液樣本進(jìn)行PCR檢測(cè),同時(shí)進(jìn)行姬姆薩染色鏡檢。結(jié)果PCR檢測(cè)出38份陽(yáng)性樣本,而姬姆薩染色鏡檢則檢測(cè)出32份陽(yáng)性樣本,其中姬姆薩染色鏡檢為陽(yáng)性的32份樣本PCR檢測(cè)均為陽(yáng)性。檢測(cè)結(jié)果見(jiàn)圖6和表1。

        圖5 敏感性試驗(yàn)Fig.5 The sensitivity results of PCR

        圖6 PCR檢測(cè)部分臨床樣本Fig.6 The detection of some clinical samples by PCR

        表1 PCR和姬姆薩染色鏡檢對(duì)45份豬血液樣本的檢測(cè)結(jié)果Table 1 Detection results of PCR and Giemsa staining for pig blood from 45samples

        3 討論

        目前,針對(duì)附紅細(xì)胞體病建立的PCR診斷方法均是以16SrRNA基因序列設(shè)計(jì)引物,16SrRNA屬于30S核糖體亞基,而附紅細(xì)胞體16SrRNA的種間同源性較高,導(dǎo)致對(duì)豬附紅細(xì)胞體病的檢測(cè)存在一定誤差[10-12]。因此,本試驗(yàn)根據(jù)50S核糖體亞基基因序列設(shè)計(jì)引物建立PCR診斷方法,取得了預(yù)期的結(jié)果。該方法陽(yáng)性檢出率為86.7%,明顯高于姬姆薩染色鏡檢法的71.1%,而且姬姆薩染色鏡檢為陽(yáng)性的32份樣本PCR檢測(cè)均為陽(yáng)性,說(shuō)明建立的PCR檢測(cè)方法具有特異、敏感、準(zhǔn)確等優(yōu)點(diǎn),完全適用于豬附紅細(xì)胞體病的診斷。

        本試驗(yàn)在設(shè)計(jì)引物時(shí),是根據(jù)GenBank中最新發(fā)布的2個(gè)豬附紅細(xì)胞體基因組序列KI-3806(NC-015153)和Illinois(NC-015155)的保守區(qū)域而設(shè)計(jì)[9,13-14],該引物擴(kuò)增產(chǎn)物能夠區(qū)分豬附紅細(xì)胞體KI-3806和Illinois兩種致病型。其中在 KI-3806(NC-015153)致病型的引物擴(kuò)增區(qū)間內(nèi)存在129bp大小的片段缺失,預(yù)期擴(kuò)增 KI-3806(NC-015153)片段大小為970bp,擴(kuò)增Illinois(NC-015155)片段大小為1 099bp。遺憾的是本試驗(yàn)僅擴(kuò)增出了Illinois(NC-015155)致病型1 099bp的基因片段,這可能與采集樣本資源的地理區(qū)域局限性有關(guān),在后續(xù)研究中將擴(kuò)大采集樣本的區(qū)域范圍,以進(jìn)一步完善該引物的應(yīng)用價(jià)值。

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