本刊前身為《南京鐵道醫(yī)學(xué)院學(xué)報》,1960年創(chuàng)刊,1964年?？?1983年復(fù)刊。復(fù)刊前學(xué)報作為第1卷,復(fù)刊后從第2卷起連續(xù)出刊,為半年刊。1987年起為季刊,1989年獲準(zhǔn)公開發(fā)行。隨著南京鐵道醫(yī)學(xué)院與東南大學(xué)合并,原刊于2001年9月更名為《東南大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版)》,2003年改為雙月刊。本刊現(xiàn)由教育部主管、東南大學(xué)主辦,為綜合性醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)期刊,主要刊登基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、藥學(xué)等方面的研究成果及新技術(shù)新方法,病例報告以及綜述等;并以分子遺傳、影像醫(yī)學(xué)、心臟介入、急診醫(yī)學(xué)為辦刊特色?！稏|南大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版)》為中國科技論文統(tǒng)計源期刊,即中國科技核心期刊,多年來,該刊一直被《中國核心期刊(遴選)數(shù)據(jù)庫》、《中國學(xué)術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫》、《中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫》、《中國期刊網(wǎng)》、《中國學(xué)術(shù)期刊(光盤版)》、《中文科技期刊數(shù)據(jù)庫》、《萬方數(shù)據(jù)資源系統(tǒng)》、《天元數(shù)據(jù)網(wǎng)》全文收錄,同時被《中國藥學(xué)文摘》、《中國醫(yī)學(xué)文摘》各分冊收錄。2000年在首屆《CAJ-CD規(guī)范》執(zhí)行評優(yōu)活動中獲“執(zhí)行優(yōu)秀獎”。