瑞士衛(wèi)兵成為梵蒂岡教皇的警衛(wèi)隊始于16世紀初。1505年6月，當時的羅馬教皇尤里奧二世將在歐洲各地以驍勇善戰(zhàn)聞名的200名強壯的瑞士雇傭兵帶到羅馬，并正式?jīng)Q定讓他們來守衛(wèi)梵蒂岡。以前，雖然瑞士雇傭兵也曾執(zhí)行過守衛(wèi)梵蒂岡的任務，但都只是臨時性的。因此，瑞士衛(wèi)兵作為梵蒂岡常駐部隊執(zhí)行任務，是從教皇尤里奧二世開始的。第二年，也就是1506年的1月22日夜里，受教皇邀請的瑞士雇傭兵到達梵蒂岡，受到站在圣彼得羅大教堂門口的教皇的親自迎接。

數(shù)年后，這支衛(wèi)兵隊救了教皇的命。那是一位以膽小多疑而優(yōu)柔寡斷著稱的教皇——克列門斯七世。1527年5月，神圣羅馬帝國卡爾五世率領軍隊侵入羅馬，對羅馬城實施大肆破壞和殺戮。教皇克列門斯七世讓衛(wèi)兵守住皇宮，并且下令打開秘密通道，逃到圣安杰羅城去避難。那時，為了保衛(wèi)教皇的生命安全，許多衛(wèi)兵因此犧牲，本來189人的衛(wèi)兵隊最后只剩下42人。

此次事件發(fā)生20年后，教皇保羅三世被瑞士衛(wèi)兵隊不顧生命危險保護教皇的忠誠行為所感動，不僅重建衛(wèi)兵隊，而且還將衛(wèi)兵人數(shù)增至225人。1571年，奧斯曼帝國軍隊登上了威尼斯共和國統(tǒng)治下的塞浦路斯島，他們迅速占領了首都尼科西亞和港口城市法馬古斯塔，教皇皮奧五世為了保護威尼斯，派遣瑞士衛(wèi)兵隊前往基布羅斯島增援。在后來的幾個月時間里，由瑞士衛(wèi)兵隊組成的基督教聯(lián)合艦隊還參加了著名的“勒班陀海戰(zhàn)”，與奧斯曼帝國軍隊展開了殊死戰(zhàn)斗。這次海戰(zhàn)，聯(lián)合艦隊最終獲勝，并結束了歐洲的伊斯蘭化。

但是，這些忠誠無二、值得信賴的瑞士衛(wèi)兵，也曾經(jīng)舉起過反對教皇的旗幟。事件發(fā)生在1878年，當時正處于前教皇去世，而由紅衣主教吉奧阿基諾·維琴佐·佩奇當選新教皇，成為利奧十三世。在這期間，雖然瑞士衛(wèi)兵隊出色地完成了警衛(wèi)任務，但卻沒有得到新教皇的慰勞金，因此，他們感到不滿。

這次抗議，有30名衛(wèi)兵和幾名校官參與。他們用萊福槍襲擊關有兩名衛(wèi)兵的監(jiān)獄，并與教皇憲兵隊發(fā)生沖突，使教皇利奧十二世處于被動地位：如果不平息這一沖突，教皇利奧十三世不僅要向衛(wèi)隊支付慰勞金，而且還得讓出前教皇皮奧九世苦心經(jīng)營了30多年的教皇領地，這樣就會使教皇內部陷入嚴重的財政危機。然而，雖然新教皇利奧十三世準備了大量的紅酒犒勞衛(wèi)兵隊，并想以此平息“叛亂”衛(wèi)兵們心中的怒火，但卻遭到衛(wèi)兵隊的拒絕。此后的3天里，利奧十三世進行了徹底反省，并通過法國紅衣主教傳達他的意思：只要衛(wèi)兵隊放下武器，將給他們發(fā)放慰勞金。

新任衛(wèi)兵隊長的魯朋上校，隨即對瑞士衛(wèi)兵隊進行了改組。具有熱血忠誠氣質的他，制定了嚴格的衛(wèi)兵制度，將非瑞士籍衛(wèi)兵悉數(shù)趕出衛(wèi)兵隊，其中包括與意大利女子結婚并且居住在意大利的瑞士衛(wèi)兵的后代。此前，瑞士衛(wèi)兵隊曾因隊中混雜著非日爾曼籍衛(wèi)兵而被一些人嘲笑，而且還遭到居住在梵蒂岡周邊居民的冷嘲熱諷，但自從魯朋上校將這支衛(wèi)兵隊徹底改編后，就再也聽不到這樣的嘲笑聲了。

而且，魯朋上校還重新啟用了由米開朗基羅設計的藍、紅和橙色相間的軍服。這種軍服于16世紀使用。法國文豪弗雷德里克·司湯達稱其為“奇裝異服”，哲學家和史學家泰納則稱其為“歌劇服裝”。同時，魯朋上校廢除了自19世紀以來一直沿用的圍兜，取而代之的是名為“黑水晶”的半圓形圍兜，并且用羽毛裝飾在上面。

可以這么說，魯朋上校是瑞士衛(wèi)兵隊的第二創(chuàng)始人。他成功地改編了衛(wèi)兵隊，并徹底地執(zhí)行了教皇皮奧十世所規(guī)定的制度：嚴密規(guī)定那些需要警戒的場所，衛(wèi)兵人數(shù)定為130人，每人手執(zhí)長戟，由軍官帶領，衛(wèi)兵隊長則由上校擔任。但從1970年開始，由于教皇保羅六世廢除了教皇騎兵隊和宮殿衛(wèi)兵隊等，并將保護教皇的任務交給了瑞士衛(wèi)兵隊，因此說，瑞士衛(wèi)兵隊的制度是隨著時代的變化而變化的。

衛(wèi)兵隊的任務之一是跟隨教皇到各地訪問。約翰尼·保羅二世也好，現(xiàn)任教皇本篤十六世也好，都是帶著衛(wèi)兵隊訪問各地。在教皇本篤十六世訪問意大利南部的巴里市時，隨行的瑞士衛(wèi)兵受到前所未有的注目，因為與教皇同時出現(xiàn)在飛機上的瑞士衛(wèi)兵，身穿的并非與前教皇保羅二世同行時所穿的便服，而是禮服。

不僅如此，聚集在機場的人們，包括意大利當?shù)氐木於几?，到驚奇，這些保護教皇的瑞士衛(wèi)兵，竟然個個手執(zhí)長戟，衛(wèi)兵隊事先并沒有通知意大利警方他們將手執(zhí)長戟護衛(wèi)教皇。

以前，瑞士衛(wèi)兵要達到的條件是：身高在1.74米以上，年齡在30歲以下，并且已經(jīng)在瑞士服完兵役，受意大利文化影響很深的獨身男子，出身于提契諾州以外的瑞士人。然而，現(xiàn)在對出身地的限制條件已經(jīng)廢除。雖然有規(guī)定，在下達命令時必須使用德語，但是到兵營去視察時，仍然可以聽到德語以外的語言，如法語和意大利語等。

而且，對于獨身這一條件也有所改變。上世紀70年代初，在羅伯特上校臨近結束40年的衛(wèi)兵隊隊長職務時，教皇方面就同意，不僅校官可以結婚，而且普通士兵都可以結婚。只有一個條件，那就是必須留在衛(wèi)兵隊。當時衛(wèi)兵隊的日志上這么寫著：這個規(guī)定的受益者是班長海因茨·福洛，他有幸在梵蒂岡的圣·馬丁教堂舉行婚禮。

作為現(xiàn)存的最古老的軍隊，瑞士衛(wèi)兵隊與創(chuàng)立時大不相同?雖然他們在16世紀時作為教皇軍，有過與奧斯曼軍隊交戰(zhàn)的歷史，但現(xiàn)在他們并不攜帶實戰(zhàn)武器。他們手持的長戟充其量只不過是一種裝飾，并不是為了實際作戰(zhàn)。這種長久以來形成的習慣，即使在1981年約翰尼·保羅二世遭到暗殺襲擊未遂事件后，仍然沒有改變。不過，這件事發(fā)生后，每當教皇出現(xiàn)在眾多信徒面前時，瑞士衛(wèi)兵就會隨身攜帶催淚噴霧器，以此為教皇充當警衛(wèi)。