惲壽平藝術(shù)天賦很高，早年向伯父惲向(明末山水畫家)學(xué)畫山水，取法元代王蒙、黃公望、倪瓚，并上溯董源、巨然。得名甚早，但中年以后(約40歲左右)轉(zhuǎn)為以畫花卉為主。他從明代沈周、陸治、孫隆等人的作品中吸取創(chuàng)作經(jīng)驗，再參考畫史文獻資料，“酌論古今，參之造化”，從而創(chuàng)造出一種名為“仿北宋徐崇嗣”的“沒骨”花卉畫法。其特點是拋開院體畫先勾勒輪廓后填彩敷色的方法，而以瀟灑秀逸的用筆直接點蘸顏色敷染成畫。在造型上注重對客觀對象的觀察體驗，提倡“對花臨寫”，因而講究形似，但又不以形似為滿足，有文人畫的情調(diào)、韻味。惲壽平的這種畫法，在康熙中葉以來，曾經(jīng)風(fēng)靡一時，尤以常州一帶學(xué)他的為最多，形成了一個以他為首的常州派，主要畫家有馬元馭、惲冰等。他的“沒骨畫”，不用墨筆勾勒，只用色彩點染出花卉的濃談深淺與陰陽向背，曲盡其態(tài)，被譽為“超于法外，合于自然，寫生之極致也”，“別開生面，令人耳目一新”。

清人對其花卉評價甚高。不少清人如秦祖永說：“南田翁天姿超妙，落畫獨具靈巧秀逸之趣，為當代第一”，又云：“南田翁秀逸之趣的六大家中第一”(《桐蔭畫訣》)。錢松更指出：“南田風(fēng)淡青緣，風(fēng)致蕭散，似趙大年，勝石谷多矣”(《松壺畫憶》)。近人鄭午昌又曰：“惲壽平一丘一壑，超逸高妙，石染纖塵，其氣味之雋雅，實勝石谷。(《中國畫面全史》)”。黃賓虹說得更為明確：“南田山水浸謠宋元山水諸家，得其精蘊，每于荒率秀潤之致，逸韻天成，非石谷所能及”(《古畫微》)。方薰在《山靜居論畫》中，更認為惲壽平對明末清初的花鳥畫有“起衰之功”。

從中國繪畫史的進化發(fā)展的角度來看，惲壽平在“沒骨”花卉畫的成就，值得我們關(guān)注。大盛于宋代的花鳥畫，主流一直是在帝皇宮廷內(nèi)。在當時皇宮所創(chuàng)辦的宮廷畫院的一些御用畫家筆下，其基本的描述技法是以纖細柔弱的墨筆線條勾勒物象的輪廓之后，再用鮮麗的彩色渲染其中。但據(jù)史傳記載，有一位北宋初年的宮廷畫家徐崇嗣，卻獨創(chuàng)了一種與眾不同的新方法，當時的評論家稱之為：“沒骨”法。宋·沈括的《夢溪筆談》卷17中描述它：“不用墨筆(勾勒)，直以彩色圖之，謂之‘沒骨圖’……”然而，這種所謂“沒骨”畫法的古代(宋代)作品早已湮失無存，而所謂不用墨筆，其真面目已不得而知。而發(fā)軔于元明以來“文人”的“寫意”花鳥畫則大都以水墨淡彩、草筆抒寫的方法為之。在明代一些文人畫家筆下，這種所謂“鉤花點葉”的方法已構(gòu)成了一種定式，陳陳相因而易使人厭倦。因此到了清代初年，惲壽平欲另辟蹊徑，別出心裁，就想起了宋代人的“沒骨”法。當時，這種既“舊”還“新”的“沒骨”法，確使人眼目一新而產(chǎn)生了很大的影響。

惲壽平不單以畫花卉著名，山水畫亦有很高成就。他中年后雖然聲稱恥為“天下第二手”，改畫花卉以讓王翠，但實際上，直至晚年他未間斷過山水畫的創(chuàng)作。他的山水畫以多變的筆墨和章法顯示出他深厚的傳統(tǒng)功力和駕馭筆墨的能力，在繼承與師法造化的過程中，形成了瀟灑超逸的個人風(fēng)格。由此，惲壽平與王時敏、王鑒、王翌、王原祁、吳歷一起，并稱“清初六家”。有《紅梅山茶圖》、《玉堂富貴圖》、《桃花圖》、《三友圖》等作品傳世。2007年，嘉德春季拍賣會上，惲壽平的《仿古山水冊》成交價高達1232萬元，超出估價約4倍。

惲壽平又善詩文和書法，詩被譽為“毗陵六逸之冠”：書法主要學(xué)褚遂良，被稱為“惲體”。在繪畫理論上亦甚有建樹，后人在道光(1821－1850)年間收集他的題畫跋語300多條，編成了《南田畫跋》一書，其中有不少論畫的精辟見解?？幸詠?，一直受到后人重視，在清代汗牛充棟的畫論著作中是一本頗有價值的著作。另著有《甌香館集》。