用戶在用一些殺毒軟件或木馬專殺工具查殺和清除木馬時可能會遇到兩個比較棘手的問題，一是一些殺毒軟件對部分木馬及木馬變種只能識別，卻不能徹底清除；二是對于使用共享版殺毒軟件或木馬專殺工具的用戶，一般會有只能掃描木馬，卻不能清除木馬的限制。