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        電裂解芯片及其在細(xì)菌核酸分析中的應(yīng)用

        2024-03-20 11:00:20蔡霜霜王其友陳纘光童艷麗
        分析測試學(xué)報 2024年3期
        關(guān)鍵詞:方法

        程 潔,蔡霜霜,王其友,陳纘光*,童艷麗

        (1.中山大學(xué) 藥學(xué)院,廣東 廣州 510006;2.南方醫(yī)科大學(xué)附屬第三醫(yī)院,廣東 廣州 510500;3.廣東省第二人民醫(yī)院,廣東 廣州 510310)

        核酸提取是病原體研究的基本步驟,而細(xì)菌裂解是第一步。細(xì)菌裂解可分為機械[1]、物理[2]、化學(xué)[3]或生物方法[4]。機械方法是使細(xì)胞膜通過機械剪切力被物理分解,常見的機械設(shè)備包括高壓均質(zhì)器和珠磨機[5-6]。物理方法[7]是一種利用外力破壞細(xì)胞膜的非接觸方法,這些力包括熱能[8]、高壓[9]、電能[10]和聲能[11]。化學(xué)方法是通過改變裂解緩沖液pH 來破壞細(xì)胞膜或在裂解緩沖液中加入表面活性劑,使膜蛋白溶解,并使膜破裂釋放其內(nèi)容物[12]。生物方法是通過酶解作用破壞細(xì)菌/細(xì)胞結(jié)構(gòu),常用的酶解酶包括溶菌酶、纖維素酶等[13]。

        然而傳統(tǒng)的裂解方法存在裝置復(fù)雜、化學(xué)試劑污染、成本高、樣品用量大等局限性。微流控芯片因其小型化、低消耗、集成化等優(yōu)點而被廣泛應(yīng)用于微生物分析。目前的裂解方法有:機械裂解[14]、熱裂解[15]、化學(xué)裂解[16]、光學(xué)裂解[17]、聲學(xué)裂解[18]和電裂解[19]。這些方法中,電裂解是通過在細(xì)胞膜上施加一個強電場,從而產(chǎn)生跨膜電位,當(dāng)電位高于閾值電位時,細(xì)胞膜上會形成孔,細(xì)胞外物質(zhì)可滲透過細(xì)胞膜,然后通過滲透沖擊破壞細(xì)菌結(jié)構(gòu)。電裂解是一種快速、無試劑的裂解方法,廣泛應(yīng)用于微流體領(lǐng)域。目前,常見的電裂解方法是利用高頻低壓交流電(AC)或高壓直流電(DC)對細(xì)菌施加強電場,產(chǎn)生跨膜電位。微流控芯片也成功地用于細(xì)胞/細(xì)菌裂解。Ameri 等[20]使用直流源裂解微流控芯片中的紅細(xì)胞,通過裂解前后阻抗值的下降證明細(xì)胞裂解,該裝置的裂解效率為87%。Escobedo等[21]設(shè)計了一種借助手持Corona裝置對微流控芯片中的細(xì)胞進(jìn)行裂解的電裂解方式,通過顯微鏡觀察和細(xì)胞活力熒光探針測定,比較細(xì)胞裂解前后的形態(tài)和活力變化共同證明該裝置的裂解性能。結(jié)果表明該裝置可以完全裂解多種細(xì)胞,且研究表明未產(chǎn)生焦耳熱效應(yīng)。Wei等[22]使用氧化銦錫(ITO)玻璃電極和聚二甲基硅氧烷(PDMS)設(shè)計了微流控電解芯片。該裝置可在16 V、10 kHz 低壓交流電下成功裂解多個細(xì)胞。然而,上述方法雖能高效裂解細(xì)菌或細(xì)胞,但尚未用于細(xì)菌核酸的提取。

        本文研究了一種利用帶有ITO 玻璃電極的微流控芯片同時進(jìn)行電裂解細(xì)菌和提取核酸的方法,研究了電場強度(E)、電極距離(d)、裂解時間和ITO 電極參數(shù)對核酸提取的影響,并實現(xiàn)了無污染、無試劑引入、低成本、操作簡單、快速方便地對多種細(xì)菌的電裂解和核酸提取。

        1 實驗部分

        1.1 試劑與材料

        聚二甲基硅氧烷(PDMS,Sylgard184)購自美國道康寧公司;卡那霉素、甘油、PBS 緩沖液(pH 7.4)購自生工生物工程(上海)有限公司;大腸桿菌DH5α 感受態(tài)細(xì)胞、大腸桿菌BL21(DE3)感受態(tài)細(xì)胞、異丙基-b-D-硫代半乳糖苷溶液(IPTG)、質(zhì)粒提取試劑盒購自天根生化科技(北京)有限公司;實時熒光定量PCR 擴增試劑盒BeyoFast SYBR Green qPCR Mix(2X)購自上海碧云天生物技術(shù)有限公司;營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基、LB 肉湯培養(yǎng)基購自廣東環(huán)凱微生物科技有限公司;Pet28a-EGFP 質(zhì)粒購自淼靈質(zhì)粒平臺;過氧化氫溶液、鹽酸購自國藥集團化學(xué)試劑有限公司;實驗所用其它試劑均為分析純,實驗用水均為超純水。實驗所用的DNA序列設(shè)計后委托生工生物工程(上海)有限公司合成并純化。

        1.2 儀器與設(shè)備

        THZ-100 恒溫震蕩搖床(上海葉拓科技有限公司);LRH-150 生化培養(yǎng)箱(上海一恒科學(xué)儀器有限公司);PDC-32G-2氧等離子體發(fā)生器(美國Harrick Plasma公司);LDZM-40L高壓滅菌鍋(上海申安醫(yī)療器械廠);lightCycler480Ⅱ?qū)崟r熒光定量PCR 儀(瑞士羅氏醫(yī)學(xué)儀器公司);H1850R 臺式高速冷凍離心機(湖南湘儀實驗室儀器開發(fā)有限公司);Nikon ECLIPSE Ti-S 熒光倒置顯微鏡(日本尼康株式會社);Olympus FV3000激光掃描共聚焦顯微鏡(日本奧林巴斯)。

        1.3 細(xì)菌培養(yǎng)

        通過熱激法將帶有卡那霉素抗性的Pet28a-EGFP 質(zhì)粒轉(zhuǎn)染至大腸桿菌DH5α感受態(tài)細(xì)胞中,37 ℃培養(yǎng)16 h 后,挑取單菌落,置于含有50 μg/mL 卡那霉素的LB 培養(yǎng)基中,200 r/min、37 ℃震蕩培養(yǎng)16 h,挑選單菌落培養(yǎng),提取質(zhì)粒,再通過熱激法轉(zhuǎn)染至大腸桿菌BL21(DE3)感受態(tài)細(xì)胞中,培養(yǎng)16 h后置于30%甘油中保種,后續(xù)復(fù)蘇取20 μL菌種置于5 mL LB 培養(yǎng)基振搖10 h后加入25 μL 50 mg/mL的異丙基-b-D-硫代半乳糖苷溶液(IPTG)繼續(xù)振搖10 h,得到實驗用大腸桿菌。轉(zhuǎn)染了增強型綠色熒光蛋白(EGFP)質(zhì)粒的大腸桿菌在488 nm 激發(fā)下發(fā)出綠色熒光,使用激光掃描共聚焦顯微鏡可以直觀、方便地觀察裂解情況。除去培養(yǎng)基上清(8 000 r/min,離心3 min),將細(xì)胞重懸于1 mL PBS 中,以獲得約109CFU/mL 的菌液濃度。使用平板計數(shù)法測定細(xì)菌濃度,用PBS連續(xù)稀釋細(xì)胞,然后將0.2 mL稀釋液涂在營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基上,37 ℃培養(yǎng)24 h,并手動細(xì)菌菌落計數(shù)。基于光密度測量的比濁法(OD600)也用于細(xì)菌計數(shù)。

        本研究使用的其余6 種細(xì)菌均購自廣東省微生物菌種保藏中心,包括金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis)、鼠傷寒沙門氏菌(Salmonella typhimurium)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。所有細(xì)菌均在37 ℃的LB培養(yǎng)基中培養(yǎng)20 h后使用。

        1.4 細(xì)菌核酸提?。?xì)菌電裂解)

        核酸提取在室溫(25 ℃)下進(jìn)行。細(xì)菌裂解芯片的裂解池依次用親水改性溶液(1.0%鹽酸和1.0%過氧化氫混合溶液)[23]、水洗滌,然后用潔凈的氮氣吹干后使用。以大腸桿菌為例,將20 μL細(xì)菌懸浮液(除另有說明,菌液濃度為1×109CFU/mL)置于裂解池中,然后通過直流電源發(fā)生器(實驗室自制[24])產(chǎn)生E為0.6~10 kV/mm的平行電場。裂解3 s后,無需進(jìn)一步純化DNA即可進(jìn)行PCR分析。

        1.5 細(xì)菌裂解微流控芯片的設(shè)計與制作

        細(xì)菌暴露在強電場中時,細(xì)胞膜內(nèi)外會形成跨膜電位(Δφg)。Δφg在0.2~1 V 時,細(xì)胞膜上會產(chǎn)生可逆的孔。Δφg大于1 V 時,會引起細(xì)胞膜通透性發(fā)生不可逆的變化,在強電場下,細(xì)菌的細(xì)胞膜發(fā)生電穿孔,細(xì)菌的細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞外介質(zhì)之間會發(fā)生滲透壓失衡,最終導(dǎo)致細(xì)菌破裂[25]。在直流電場中,Δφg由下式給出[26]:

        其中F由細(xì)菌細(xì)胞形狀決定[26]:

        式中l(wèi)是細(xì)胞長度,a是半徑。對于球形細(xì)胞F=1.5,l=2a;桿狀細(xì)胞F=1,l>>2a。E為電場強度,近似為E=U/d,其中U表示施加的電壓,d為電極間距。細(xì)胞偶極矩與電場方向間的角度α可以是0°或180°,因此cosα=1(α=0°)或 -1(α=180°)。

        基于上述概念,本實驗設(shè)計了微流控細(xì)菌核酸提取芯片(示意圖如圖1 所示),通過高壓直流電裂解細(xì)菌來提取DNA。該核酸提取芯片由雙層微流控芯片組合而成。上層裂解池由PDMS 制成,銅模上有一組直徑為4.5 mm、高3 mm 的圓柱,用于PDMS 注模成型。PDMS 以單體(C2H6OSi)與固化劑10∶1(w/w)的比例混合,并在40 Torr(1 Torr 即1mmHg)壓力下脫氣以除去殘留的氣泡,然后將PDMS 倒入銅模中,厚度為3 mm,在65 ℃下熱固化2 h,冷卻至室溫(25 ℃)后從銅模中取出,得到帶孔(直徑4.5 mm,高度3 mm)的裂解層。底層由光學(xué)透明的ITO 鍍膜玻璃制成,ITO 層的厚度約為1 200 nm,方阻(正方形導(dǎo)電薄膜邊到邊之間的電阻)值為1 ~ 2 Ω/cm2。通過激光蝕刻,在涂有ITO 的鍍膜玻璃上形成10組平行電極對,電極寬度為0.8 mm,電極間距為0.5 mm。使用氧等離子體發(fā)生器處理上層(PDMS)和底層(ITO 鍍膜玻璃),并在80 ℃下粘合3 h 形成不可逆鍵合的微流控芯片。PDMS 層中的孔和ITO 涂層玻璃中的電極構(gòu)成電裂解單元。

        圖1 細(xì)菌核酸提取芯片的原理圖Fig.1 Schematic diagram of a bacterial nucleic acid extraction chip

        將細(xì)菌放入裂解池中,將直流電源連接到一組平行電極對,在兩個電極之間產(chǎn)生強電場。維持該狀態(tài)幾秒。細(xì)菌細(xì)胞膜被電場擊穿,進(jìn)而造成細(xì)胞質(zhì)與細(xì)胞膜外介質(zhì)之間的滲透壓失衡,最終導(dǎo)致細(xì)菌破裂。細(xì)胞裂解液(包括DNA和蛋白質(zhì))被收集在裂解池中。裂解完成后,無需進(jìn)一步純化DNA,即可利用實時熒光聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)計算核酸的提取效率。

        1.6 實時熒光定量PCR

        采用實時熒光定量PCR(RT-PCR)定量分析細(xì)胞裂解效率和核酸提取效率。使用引物組[27](正向:5'- AGAAGCTTGCTCTTTGCTGA-3' 和反向:5'-CTTTGGTCTTGCGACGTTAT-3')擴增目標(biāo)120 bp DNA片段,該片段為16S rRNA 的核心區(qū)域基因(Genbank:NO. J01859.1)。實時熒光定量PCR 擴增反應(yīng)總體積為20 μL,包括10 μL BeyoFast SYBR Green qPCR Mix(2X),1 μL 10 mmol/L 上游引物、1 μL 10 mmol/L 下游引物、6 μL 無菌水、2 μL 合成質(zhì)粒作為DNA 模板。對于陰性對照,使用2 μL 無菌水代替DNA 模板。將該擴增體系在95 ℃下熱變性2 min,然后分別在95 ℃保持30 s、54 ℃保持30 s、72 ℃保持30 s 中進(jìn)行40 個循環(huán)。根據(jù)實時熒光定量PCR 儀測定的循環(huán)周期數(shù)(CT)值計算待測模板DNA 的濃度。

        2 結(jié)果與討論

        2.1 細(xì)菌電裂解效果的顯微觀察

        為驗證電裂解芯片對細(xì)菌的裂解能力,固定d為0.5 mm,裂解時間為3 s,在不同E值下裂解大腸桿菌,將裂解后的細(xì)菌稀釋1 000 倍,接種于營養(yǎng)瓊脂平板上37 ℃培養(yǎng)24 h 后,觀察菌落生長情況,結(jié)果如圖2所示。當(dāng)E小于1.5 kV/mm時,與對照組相比,僅有少量細(xì)菌被裂解,平板上的菌落數(shù)目雖明顯減少,但仍有大量菌落生長;當(dāng)E值大于1.5 kV/mm 時,平板培養(yǎng)的結(jié)果顯示:幾乎所有的大腸桿菌被裂解,僅有極少數(shù)菌落生長。圖2結(jié)果表明,電裂解芯片可實現(xiàn)對細(xì)菌的高效裂解。

        圖2 不同裂解條件下大腸桿菌的菌落培養(yǎng)結(jié)果Fig.2 Results of E.coli colony culture under different lysis conditions

        為更直觀地觀察電裂解芯片對細(xì)菌裂解效果,將裂解后的菌液置于激光共聚焦顯微鏡下觀察。由于所使用的大腸桿菌內(nèi)含有EGFP 熒光蛋白質(zhì)粒,其可在488 nm 的藍(lán)光激發(fā)下,發(fā)出綠色熒光,可在顯微鏡下更直觀地觀察到細(xì)菌裂解前后的變化。圖3結(jié)果表明,當(dāng)E值為2.0 kV/mm時,裂解芯片可以裂解約90%的細(xì)菌,細(xì)菌細(xì)胞膜的破裂使其表達(dá)的綠色熒光蛋白流出細(xì)胞,無法看到完整細(xì)菌形態(tài),顯微鏡下熒光消失。菌落的培養(yǎng)結(jié)果也可以直觀地觀察到菌落數(shù)目的大量減少。菌落培養(yǎng)和激光共聚焦顯微鏡下的實驗現(xiàn)象均證明了裂解芯片裂解細(xì)菌的能力。

        圖3 E為2.0 kV/mm時裂解大腸桿菌的菌落培養(yǎng)裂解效果Fig.3 Colony culture lysis effect of lysed E. coli at E of 2.0 kV/mm

        根據(jù)公式(1),在直流電場中,對于同一種細(xì)菌,跨膜電位的大小與電場強度E之間存在直接關(guān)系。隨著E的增加,跨膜電位隨之增加,導(dǎo)致電穿孔發(fā)生,細(xì)胞破裂,釋放出可被檢測的核酸。電裂解性能可通過計算核酸釋放量進(jìn)行表征。因此,本文研究了E對大腸桿菌電裂解性能及其核酸提取效率的影響。裂解效率的計算采用RT-PCR同時測定電裂解樣品中的核酸濃度(C)和未經(jīng)裂解(對照組)樣品的核酸濃度(C0),以C與C0的比值(C/C0)作為判斷電裂解效率的依據(jù)。結(jié)合圖2與圖4A可知,隨著E值的增大,大腸桿菌的裂解效果顯著提高,且當(dāng)E為1.5 kV/mm時,核酸的提取效率最高。

        圖4 電裂解核酸提取芯片的裂解條件優(yōu)化Fig.4 Optimization of lysis conditions for electrolysis of nucleic acid extraction chips

        根據(jù)公式E=U/d,當(dāng)電場強度(E)固定時,電壓U與電極間距(d)成正比。固定E為1.5 kV/mm,考察了不同d對核酸提取效率的影響(圖4B)所示。結(jié)果顯示d在0.2 ~ 3.5 mm 范圍內(nèi)均能高效地裂解細(xì)菌,當(dāng)d為0.5 mm 時核酸提取效率最高。這可能是由于d較小時,處于電場內(nèi)的細(xì)菌較少;但當(dāng)d較大時會導(dǎo)致電場強度較低。

        本實驗進(jìn)一步考察了ITO玻璃電極的方阻、ITO電極的寬度及裂解時間對核酸提取效率的影響。如圖4C 所示,方阻值為1 ~ 2 Ω/cm2的ITO 玻璃電極的核酸提取效率高于其他平方電阻值(方阻值為6 ~ 7 Ω/cm2)的提取效率。圖4D 表明,當(dāng)電極寬度為0.5 mm 時,核酸的提取效率較低,當(dāng)電極寬度增加到0.8 mm 和1.0 mm 時,核酸提取效率明顯提高,且二者的裂解效率無顯著差異。如圖4E 所示,當(dāng)裂解時間為3 s時得到的核酸量最高;縮短和延長裂解時間均會導(dǎo)致核酸裂解量的明顯減少,實驗結(jié)果與電場強度的優(yōu)化結(jié)果類似(圖4A)。這可能是由于長時間處于高電場中導(dǎo)致釋放的DNA 片段降解和破壞[28]。

        2.2 芯片用于提取多種類型細(xì)菌的核酸

        將優(yōu)化后制備的芯片,應(yīng)用于革蘭氏陽性菌:表皮葡萄球菌、金黃色葡萄球菌和枯草桿菌,以及革蘭氏陰性菌:鼠傷寒桿菌、肺炎克雷伯菌、銅綠假單胞菌、大腸桿菌等不同類型細(xì)菌的核酸提取,樣品體積為20 μL,裂解時間為3 s。實驗結(jié)果表明,該電裂解芯片能有效裂解多種細(xì)菌,并提取出包括革蘭氏陰性菌、革蘭氏陽性菌、球菌和桿菌在內(nèi)的核酸??疾旄黝惣?xì)菌在不同電場強度(E)下的核酸提取效率,通過RT-PCR 計算核酸提取量。實驗發(fā)現(xiàn),與大腸桿菌不同,金黃色葡萄球菌和枯草桿菌等細(xì)菌在PCR 熱循環(huán)中未被裂解,導(dǎo)致核酸無法被提取,因此未被電裂解的對照組的PCR 擴增實驗結(jié)果為陰性。造成這種差異的原因可能是兩種不同類型細(xì)菌的細(xì)胞壁厚度不同,革蘭氏陰性細(xì)菌的細(xì)胞壁厚度為10 ~ 15 nm,僅含有1 ~ 3 層肽聚糖,而革蘭氏陽性細(xì)菌的細(xì)胞壁厚度為15 ~ 80 nm,細(xì)胞壁含有多達(dá)50 層肽聚糖。由于肽聚糖層致密,革蘭氏陽性細(xì)菌更難溶解[29]。如圖5 所示,基于每種細(xì)菌的獨特性質(zhì)和細(xì)胞形態(tài),不同的細(xì)菌達(dá)到最高裂解效率所需的最佳E值也略有不同,當(dāng)E值為3.0 kV/mm 時,該芯片可以高效地提取上述7 種細(xì)菌的核酸。結(jié)果表明,本文的核酸提取芯片可用于多種細(xì)菌的裂解和核酸提取,提取的細(xì)菌核酸濃度從6.8 amol/L(金黃色葡萄球菌)到320 fmol/L(鼠傷寒沙門氏菌)不等,且各種細(xì)菌的核酸提取液可直接用于PCR 擴增,無需任何優(yōu)化。這也證明了該芯片對細(xì)菌核酸提取的通用性。

        2.3 不同裂解方式的裂解效果比較

        采用4 種不同方法對大腸桿菌進(jìn)行裂解:在冰浴中超聲45 min、傳統(tǒng)的熱裂解方法(20 個熱循環(huán),一個循環(huán)包括95 ℃,30 s和30 ℃,30 s)、細(xì)菌裂解液(上海貝博生物科技有限公司)和電裂解。圖6顯示了激光共聚焦顯微鏡觀察到的不同方法對大腸桿菌的裂解效果。結(jié)果顯示,超聲波幾乎能裂解所有細(xì)菌,而其余3種方法能裂解80%以上的細(xì)菌。4種方法的裂解性能相當(dāng),無顯著差異,但本文研制的電裂解芯片能在更短的時間內(nèi)(少于10 s)用更小的樣品體積(約20 μL)裂解細(xì)菌并提取核酸。后續(xù)的RT-PCR 結(jié)果也表明,電裂解的細(xì)菌裂解液可直接用于核酸擴增實驗,而無需單獨的核酸純化步驟。研究結(jié)果也表明,雖然該微流控芯片能實現(xiàn)對10份細(xì)菌樣品(芯片設(shè)計10個平行裂解池)中核酸的同時快速提取,但尚未能進(jìn)行更高通量的核酸提取。若想實現(xiàn)一次實驗中同時提取更多樣品的核酸,還需對芯片設(shè)計進(jìn)行后續(xù)優(yōu)化。

        圖6 不同細(xì)菌裂解方法下的大腸桿菌Fig.6 E. coli under different bacterial lysis methods

        2.4 與已有電裂解方法的對比

        將本方法與其他電裂解方法進(jìn)行比較(見表1)。從表中可以看出,研究者們選用直流或交流電實現(xiàn)平行電場下細(xì)菌或細(xì)胞裂解,所用電壓雖有明顯差異,但多數(shù)電裂解方法可實現(xiàn)1 min內(nèi)的細(xì)胞膜電穿孔,表明電裂解是一種高效且應(yīng)用廣泛的技術(shù)。雖然已有文獻(xiàn)將電裂解技術(shù)應(yīng)用于細(xì)菌和細(xì)胞的裂解,但目前仍少有將電裂解用于細(xì)菌核酸提取的研究,更未對細(xì)菌核酸提取效果進(jìn)行設(shè)計和優(yōu)化。電裂解技術(shù)有節(jié)能、高效、操作簡單的特點,本研究將電裂解技術(shù)與微流控芯片結(jié)合,為微量細(xì)菌核酸提取與分析提供了新方法。且相較于之前的研究,本研究使用多種類型的細(xì)菌驗證了電裂解芯片的核酸提取能力,證明了該芯片的通用性。

        表1 本研究與已有電裂解方法的對比Table 1 Comparison of this study with the existing electrolysis methods

        2.5 實時熒光定量PCR的線性范圍

        以原核生物共有的保守區(qū)基因16S rRNA 的120 bp 片段的質(zhì)粒作為模板DNA,將質(zhì)粒樣品逐級稀釋后用實時熒光定量PCR檢測(圖7A),確定該檢測方法對DNA的線性范圍為10-18~10-10mol/L,實時熒光擴增曲線與線性關(guān)系如圖7B 所示。該檢測方法線性關(guān)系良好,線性方程為Y=-3.295 8logCDNA-26.958,式中,Y 為CT值(實時熒光定量PCR 測定的循環(huán)周期數(shù));CDNA為待測模板DNA 的濃度,方法的線性系數(shù)(R)為0.999 6,檢出限為4.2×10-18mol/L。

        圖7 16S rRNA基因的實時熒光定量PCR檢測(A)及線性范圍對應(yīng)的熒光-時間曲線(B)Fig.7 RT-PCR assay of 16S rRNA gene(A) and fluorescence-time curve corresponding to the linear range(B)

        3 結(jié) 論

        本研究通過將ITO 電極與PDMS 基片結(jié)合構(gòu)建了一種可在直流電場中實現(xiàn)多種細(xì)菌裂解和核酸提取的微流控芯片。該芯片能在短時間內(nèi)裂解多種細(xì)菌(包括大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、枯草桿菌、肺炎雙球菌、傷寒桿菌和銅綠假單胞菌),釋放可被檢測的核酸。研究結(jié)果表明,適當(dāng)?shù)腅、d和裂解時間有利于核酸的提取,不同類型細(xì)菌提取核酸所需的最佳裂解條件略有不同,可根據(jù)特定細(xì)菌的特性進(jìn)行調(diào)整。與傳統(tǒng)的核酸提取方法相比,本方法適用于小體積樣品的核酸提取,無化學(xué)污染,獲得的裂解液無需純化即可用于核酸擴增。與其他的細(xì)菌電裂解方法相比,本文通過定量PCR 實驗驗證了該裝置在細(xì)菌裂解和核酸提取方面的性能。此外,該芯片與定量PCR 聯(lián)用可以實現(xiàn)10-18~ 10-10mol/L 范圍內(nèi)細(xì)菌核酸的定量檢測,而更好地應(yīng)用于細(xì)菌分析。該微流控芯片操作簡單、成本低廉、易于操作、提取速度快,能有效裂解多種細(xì)菌,適用于多種場景下的細(xì)菌檢測,為病原體分析和細(xì)菌感染的醫(yī)學(xué)診斷提供了一種簡單、快速、無化學(xué)試劑且高效的核酸提取方法。

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