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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接分析芪參益氣滴丸治療急性冠脈綜合征的作用機制*

        2021-07-25 11:43:12王朔杜雪晨趙佳周伽李春潔
        天津中醫(yī)藥 2021年7期
        關(guān)鍵詞:網(wǎng)絡(luò)圖靶點心肌細胞

        王朔 ,杜雪晨 ,趙佳 ,周伽 ,李春潔

        (1.天津中醫(yī)藥大學(xué),天津 301617;2.天津市胸科醫(yī)院,天津 300222)

        《中國心血管健康與疾病報告2019》指出,中國心血管患病率仍呈持續(xù)上升態(tài)勢,推算冠心病患者約占心血管患病總數(shù)的3.33%,且心血管病死率仍占首位,而急性冠脈綜合征(ACS)是導(dǎo)致心血管病死率居高不下的重要原因[1]。ACS是以冠狀動脈粥樣硬化斑塊破裂、侵襲,繼發(fā)完全或不完全閉塞性血栓形成為病例基礎(chǔ)的一組臨床征象,主要包括急性ST段抬高性心肌梗死(AMI),急性非ST段抬高性心肌梗死以及不穩(wěn)定型心絞痛(UA)[2]。

        對于ACS的治療以經(jīng)皮冠狀動脈介入治療(PCI)為常見方案,但PCI術(shù)后易造成血管機械性損傷及再狹窄等事件,導(dǎo)致繼發(fā)性心絞痛[3]。目前,臨床對于PCI術(shù)后藥物治療以抗血小板聚集、降脂類藥物為主,但治療效果相對有限。

        中醫(yī)學(xué)將ACS歸屬于胸痹、心痛范疇?!夺t(yī)林改錯》有云“元氣既虛,必不能達于血管,血管無氣,必停留而瘀”,認為其病位在于心,基本病機為瘀血內(nèi)停、日久氣虛,病性總屬本虛標實,以氣虛為本,血瘀為標,治當扶正祛邪,益氣活血[4]。芪參益氣滴丸(QSYQ)是中醫(yī)臨床上常見的治療氣虛血瘀型胸痹的推薦中成藥,具有益氣通脈,活血止痛的功效。臨床研究表明,QSYQ可有效改善AMI患者PCI術(shù)后血清炎癥水平,減輕心梗面積,改善心功能及內(nèi)皮功能[5-6]。此外,QSYQ聯(lián)合西藥可有效緩解UA患者的癥狀,降低心絞痛發(fā)作頻率,減少主要心血管不良事件發(fā)生率[7-8]。

        然而,中藥復(fù)方具有化學(xué)成分復(fù)雜、作用機制多樣的特點,QSYQ治療ACS的物質(zhì)基礎(chǔ)及作用機制尚不明確。因此,利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接的方法對QSYQ治療ACS的活性成分和作用靶點進行分析,對于解釋其治療ACS的作用機制并拓寬臨床思路有重要意義。

        1 材料與方法

        1.1 QSYQ有效成分及核心作用靶點篩選的方法分別以QSYQ的藥物組成黃芪、丹參、三七、降香為關(guān)鍵詞,按照口服生物利用度(OB)≥30%和類藥性(DL)≥0.18為篩選標準,在 TCMSP(http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)及 Batman(http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/)平臺分別檢索有效成分,并提取對應(yīng)作用靶點。

        1.2 AMI和UA靶點的收集的方法 通過Gene Cards (https://www.genecards.org/),OMIM(https://omim.org/),drugbank(https://go.drugbank.com/),pharmGKB(https://www.pharmgkb.org/),TTD(http://db.idrblab.net/ttd/),CTD(http://ctdbase.org/)平臺,分別以“Acute myocardial infarction”、“Unstable angina pectoris”為關(guān)鍵詞進行檢索,明確疾病相關(guān)靶點。

        1.3 QSYQ治療AMI和UA的潛在作用靶點確定的方法 將QSYQ與AMI和UA疾病靶點取交集,得到二者的交集靶點,即QSYQ治療AMI和UA的潛在作用靶點。

        1.4 “藥物-有效成分-作用靶點-疾病”網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的方法 將藥物、有效成分、作用靶點、疾病的相關(guān)數(shù)據(jù)信息導(dǎo)入Cytoscape3.7.2軟件并建立網(wǎng)絡(luò)圖。

        1.5 PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及分析的方法 將作用靶點上傳至STRING數(shù)據(jù)庫,導(dǎo)入Cytoscape3.7.2軟件,繪制PPI網(wǎng)絡(luò)圖,以≥2倍DC中位數(shù)21,再取≥2倍BC中位21.3數(shù)作為篩選標準,得到關(guān)鍵靶點。

        1.6 GO功能富集分析和KEGG通路富集分析的方法 將作用靶點上傳至DAVID平臺,對潛在有效靶點進行GO和KEGG注釋分析。

        1.7 關(guān)鍵活性成分-關(guān)鍵靶點分子對接的方法 下載小分子配體文件2D結(jié)構(gòu),下載核心靶點蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),除去水分子,分離原配體,加氫、格式化后保存大分子受體,利用Autodock Tools 1.5.6確定受體和配體結(jié)合的可能區(qū)域。進行分子對接,以結(jié)合能≤-5.0 kJ/mol作為篩選標準,建立對接相互作用模式圖。

        2 結(jié)果

        2.1 QSYQ有效成分及核心作用靶點篩選 利用TCMSP及Batman平臺,分別以黃芪、丹參、三七、降香為關(guān)鍵詞,檢索有效成分,共得到有效成分130個,其中黃芪20個、丹參65個、三七8個、降香37個。利用TCMSP平臺檢索有效成分對應(yīng)靶點,其中黃芪943個、丹參2 652個、三七709個、降香965個,經(jīng)去重后得到作用靶點2 022個,以O(shè)B值大小排序,列出前10位有效化學(xué)成分,見表1。

        表1 QSYQ有效成分信息表Tab.1 Active ingredient information of QSYQ

        2.2 AMI和UA的相關(guān)靶點 分別以“Acute myocardial infarction”“Unstable angina pectoris”為關(guān)鍵詞檢索,分別得到相關(guān)靶點747個、155個。

        2.3 QSYQ治療AMI和UA的潛在作用靶點 將QSYQ作用靶點分別與AMI和UA相關(guān)靶點進行交集,得到共同作用靶點36個,見圖1。

        圖1 “藥物-有效成分-作用靶點-疾病”互作網(wǎng)絡(luò)圖Fig.1 Interaction network diagram of“drug-active ingredient-target-disease”

        2.4 PPI網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建及分析 將共同作用靶點導(dǎo)入STRING平臺,得到蛋白互作信息,見圖2。建立PPI網(wǎng)絡(luò)圖,見圖3。篩選出關(guān)鍵靶點7個:IL-6、SERPINE1、IL-1B、TP53、NOS3、FOS、F3。

        圖2 蛋白質(zhì)相互作用圖Fig.2 Protein interaction diagram

        圖3 PPI網(wǎng)絡(luò)圖Fig.3 PPI network diagram

        2.5 GO功能富集分析和KEGG通路富集分析GO功能富集分析經(jīng)篩選共得到217條,其中生物過程180條,分子功能18條,細胞組分19條,見圖4。KEGG通路富集分析經(jīng)篩選共得到69條,見圖5。

        圖4 GO功能富集分析Fig.4 GO function enrichment analysis

        圖5 KEGG通路富集分析Fig.5 KEGG pathway enrichment analysis

        2.6 關(guān)鍵活性成分-關(guān)鍵靶點分子對接 以PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)選取7個關(guān)鍵靶點與相應(yīng)關(guān)鍵活性成分進行分子對接,見表2。建立分子對接互作模式圖,結(jié)果顯示所有關(guān)鍵靶點與關(guān)鍵活性成分均可自發(fā)結(jié)合,形成較為穩(wěn)定的構(gòu)象,說明QSYQ關(guān)鍵活性成分與治療AMI、UA的關(guān)鍵作用靶點具有較好的結(jié)合活性,見圖6。

        圖6 QSYQ關(guān)鍵活性成分與關(guān)鍵靶點分子對接互作模式圖Fig.6 Interaction diagram of QSYQ key active ingredients and key target molecules

        表2 QSYQ關(guān)鍵活性成分與關(guān)鍵靶點結(jié)合能Tab.2 Binding energy of QSYQ key active ingredients and key target

        3 討論

        本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)篩選得到QSYQ的成分主要有槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇、芒柄花素、丹參酮ⅡA、人參皂苷rh2等。研究顯示,槲皮素可通過上調(diào)SIRT1降低心肌梗死的微血管通透性[9]。木犀草素發(fā)揮抗心肌損傷的作用可能與NF-κB通路相關(guān)[10]。β-谷甾醇通過ERKI/2信號通路發(fā)揮抗心肌氧化應(yīng)激和炎癥損傷,減輕心肌細胞凋亡[11]。芒柄花素可調(diào)節(jié)TNF-α、IL-1β水平,發(fā)揮抗心肌缺血的作用[12]。丹參酮ⅡA通過調(diào)節(jié)AngⅡ-(AT-1R)-Cx43信號通路,發(fā)揮抗冠心病血瘀證再灌注損傷的作用[13]。人參皂苷rh2可明顯改善氧化應(yīng)激及炎癥水平,增加心肌缺血再灌注后血EPCs[14]。

        通過“藥物-有效成分-作用靶點-疾病”的網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn) PTGS2、NOS2、CASP3、TNF、CCND1、ICAM1、IFNG、MMP9、TP53、CD40LG 等核心靶點而達到治療ACS的作用。PTGS2(COX2)是NF-κB的下游因子,NF-κB活化后,啟動COX2的轉(zhuǎn)錄,上調(diào)TNF-α,IL-1β,IL-6,ICAM1 的表達,在機體免疫、炎癥中發(fā)揮作用,并且可升高Caspase3水平,誘導(dǎo)心肌細胞凋亡[15]。CD40L是活化的CD40細胞,在心臟功能異常情況下大量分泌,與炎細胞水平呈正相關(guān)[16]。NOS2通過cGMP途徑對下游靶蛋白進行磷酸化等多種翻譯及修飾,引起心肌損傷[17]。TP53INP1介導(dǎo)p53的抗氧化活性,表達升高易導(dǎo)致心肌細胞自噬小體的破裂,加重心肌損傷[18]。

        GO富集分析發(fā)現(xiàn),QSYQ治療ACS的生物學(xué)功能主要體現(xiàn)在一氧化氮生物合成過程的正調(diào)控、對缺氧的反應(yīng)、細胞對脂多糖的反應(yīng)、細胞外間隙等方面。KEGG通路顯示,QSYQ各關(guān)鍵靶點主要涉及TNF信號通路、NF-κB信號通路、NOD樣受體信號通路、HIF-1信號通路等。缺血時HIF-1α的表達是內(nèi)源性保護機制的始動因子和共同途徑,此時HIF-1α表達降低,加重心肌損傷程度,降低心功能[19]。NOD樣受體蛋白3調(diào)節(jié)心肌細胞焦亡,而由其介導(dǎo)的心肌損傷可能與調(diào)控NLRP3相關(guān),同時研究表明改善NF-κB信號通路、TNF信號通路相關(guān)的IL-6,IL-1β,Caspase1等炎癥因子水平,有利于減輕心肌細胞損傷[20]。

        綜上,本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)聯(lián)合分子對接的方法,發(fā)現(xiàn)槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇、芒柄花素、丹參酮ⅡA、人參皂苷rh2等為QSYQ的主要活性成分,PTGS2、NOS2、CASP3、TNF、CCND1、ICAM1、IFNG、MMP9、TP53、CD40LG為主要作用靶標,主要與TNF信號通路、NF-κB信號通路、NOD樣受體信號通路、HIF-1信號通路等通路相關(guān),分子對接驗證了木犀草素、槲皮素、人參皂苷rh2、丹參酮ⅡA的化合物與 IL-6、SERPINE1、IL-1B、TP53、NOS3、FOS、F3 的核心靶點。鑒于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接的局限性,后期需對本研究結(jié)果進行,為QSYQ治療ACS提供實驗和臨床依據(jù)。

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