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        內(nèi)臟轉(zhuǎn)移性去勢抵抗性前列腺癌患者的基因突變特征分析

        2021-07-19 10:04:24蔣斌浩林琦黃航陳偉
        浙江醫(yī)學 2021年12期
        關(guān)鍵詞:本院基因突變前列腺癌

        蔣斌浩 林琦 黃航 陳偉

        近年來我國前列腺癌發(fā)病率呈上升趨勢,據(jù)統(tǒng)計,2008—2012年期間年增長率為2.6%[1]。既往報道的前列腺癌基因組學研究多數(shù)是基于高加索人群的研究[2]。隨著第二代測序技術(shù)在前列腺癌診療中的廣泛應用[3],基于中國人群的前列腺癌基因突變特征研究也相繼開展[4],有研究發(fā)現(xiàn)我國前列腺癌患者的基因組改變與西方國家的患者存在明顯差異[5]。我國前列腺癌患者多數(shù)初診時已發(fā)生遠處轉(zhuǎn)移;當出現(xiàn)內(nèi)臟轉(zhuǎn)移時,患者的生存質(zhì)量明顯下降,生存期明顯減少[6]。目前關(guān)于內(nèi)臟轉(zhuǎn)移性去勢抵抗性前列腺癌(viscerally-metastatic castrationresistant prostate cancer,mCRPC-VM)患者的基因組學研究較為少見,故本研究基于本中心mCRPC-VM患者數(shù)據(jù)對其遺傳突變特征進行分析,以期為后續(xù)診療提供指導。

        1 對象和方法

        1.1 對象 選取2017年1月至2019年12月在溫州醫(yī)科大學附屬第一醫(yī)院泌尿外科確診為mCRPC-VM的患者 33 例,年齡 48~81(64.52±8.03)歲;初診時 Gleason評分≥8分23例;初診時前列腺特異抗原(prostate specific antigen,PSA)≥20 μg/L 31 例;所有患者存在骨轉(zhuǎn)移和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移,同時合并肝轉(zhuǎn)移12例(其中2例患者合并肺轉(zhuǎn)移,本研究根據(jù)Halabi等[7]的內(nèi)臟轉(zhuǎn)移分類標準“出現(xiàn)肝轉(zhuǎn)移的患者即使有其他轉(zhuǎn)移部位,均被歸類為肝轉(zhuǎn)移”進行分類),肺轉(zhuǎn)移17例,腦轉(zhuǎn)移2例,腹腔轉(zhuǎn)移1例,胸膜轉(zhuǎn)移1例。納入標準:(1)組織病理學證實為前列腺腺癌,且疾病進展至轉(zhuǎn)移性去勢抵抗性前列腺癌(metastatic castration-resistant prostate cancer,mCRPC)階段;(2)增強CT檢查證實為mCRPC-VM;(3)已完善前列腺易感基因二代測序。排除合并其他惡性腫瘤的患者。本研究經(jīng)醫(yī)院醫(yī)學倫理委員會審查通過,所有患者簽署知情同意書。

        1.2 基因測序及生物信息學分析 采集患者血液中的白細胞進行胚系基因檢測,采集患者循環(huán)腫瘤細胞和(或)腫瘤組織標本進行體系基因檢測。對所有患者的前列腺易感基因進行二代測序,胚系突變檢測深度2 500×,體系突變檢測深度10 000×;測序試劑盒為KAPA Hyper prep Kit二代測序文庫構(gòu)建試劑盒(美國Illumina公司),測序平臺為NextSeq CN500平臺(美國Illumina公司)。臨床醫(yī)生根據(jù)患者病情需要和經(jīng)濟能力推薦基因檢測組合,再由患方同意并選取,所檢測的目標基因數(shù)目50~642個。這些基因檢測組合為臨床上成熟應用的檢測基因組合,覆蓋絕大多數(shù)遺傳性腫瘤相關(guān)基因、免疫治療相關(guān)基因、靶向治療相關(guān)基因、化學治療相關(guān)基因等。33例患者的基因檢測組合覆蓋本研究所涉及的全部目標基因。

        1.3 統(tǒng)計學處理 采用SPSS 26.0統(tǒng)計軟件。計量資料以表示,組間比較采用兩獨立樣本t檢驗;計數(shù)資料組間比較采用χ2檢驗或Fisher確切概率法。P<0.05為差異有統(tǒng)計學意義。

        2 結(jié)果

        2.1 高頻率突變基因分析 33例mCRPC-VM患者突變頻率最高的基因為TP53,達45.45%(15/33);其次為AR,達 42.42%(14/33);再次為 NCOR2、PTEN、FOXA1、PIK3CA、RB1,均為 15.15%(5/33)。3例(9.09%)患者攜帶胚系突變,均發(fā)生于DNA損傷修復通路基因。12例肝轉(zhuǎn)移患者突變頻率較高的基因為AR(66.67%)、TP53(41.67%)、FOXA1(33.33%),其中 AR 突變頻率明顯高于非肝轉(zhuǎn)移患者的28.57%,F(xiàn)OXA1突變頻率明顯高于非肝轉(zhuǎn)移患者的4.76%,差異均有統(tǒng)計學意義(均P<0.05)。17例肺轉(zhuǎn)移患者中突變頻率較高的基因為TP53(52.94%)、AR(29.41%),見圖 1(插頁)。

        2.2 高頻率突變基因的類型分布 TP53突變類型占比最高為錯義突變(66.67%);AR突變類型包括基因擴增(57.14%)、錯義突變(42.86%);NCOR2、PTEN、FOXA1、PIK3CA突變類型占比最高均為錯義突變,分別占60.00%、40.00%、80.00%、100.00%;RB1突變類型占比最高為移碼突變(80.00%),見表1?;蛉笔蛔儍H發(fā)生于肺轉(zhuǎn)移患者(71.43%)和胸膜轉(zhuǎn)移患者(28.57%);基因擴增突變在肝、肺、腦轉(zhuǎn)移患者中均有發(fā)生,大多集中于肝轉(zhuǎn)移患者(66.67%),且88.89%的基因擴增發(fā)生于AR基因上,見圖2。

        圖2 不同基因突變類型的高頻分布情況

        表1 高頻率突變基因的類型分布[例(%)]

        2.3 本院與SU2C-PCF數(shù)據(jù)庫患者基因突變頻率比較 將本院33例mCRPC-VM患者數(shù)據(jù)與SU2C-PCF數(shù)據(jù)庫的444例mCRPC患者基因組數(shù)據(jù)[8]進行比較,發(fā)現(xiàn)本院患者PTEN突變頻率明顯較低(15.15%比32.66%),差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05);而 AR(42.42%比58.78%)、TP53(45.45%比40.09%)、NCOR2(15.15%比 8.78%)、FOXA1(15.15%比 13.96%)、PIK3CA(15.15%比 11.94%)、RB1(15.15%比 12.84%)等基因突變頻率比較,差異均無統(tǒng)計學意義(均P>0.05),見圖3。

        圖3 本院與SU2C-PCF數(shù)據(jù)庫患者基因突變頻率比較

        3 討論

        目前,第二代測序技術(shù)已在前列腺癌診療中得到廣泛應用[3]。隨著《中國前列腺癌患者基因檢測專家共識》的發(fā)布與更新,基于中國人群的前列腺癌精準治療時代已經(jīng)到來。專家共識推薦mCRPC患者完善二代基因測序,并指出檢測應至少包含HRR基因胚系及體系變異的檢測,同時可以考慮行微衛(wèi)星不穩(wěn)定性和DNA錯配修復缺陷檢測[8]。既往研究表明,mCRPC-VM患者的預后更差[7]、藥物治療獲益更小[9-10]?;诖耍狙芯繉Ρ局行膍CRPC-VM患者二代基因測序結(jié)果作一分析。

        本研究結(jié)果表明,mCRPC-VM患者突變頻率由高到低的基因為 TP53、AR、NCOR2、PTEN、FOXA1、PIK3CA、RB1,所有的胚系突變發(fā)生于DNA損傷修復通路基因,占9.09%。此外,肝轉(zhuǎn)移患者FOXA1、AR突變頻率均高于非肝轉(zhuǎn)移患者,差異均有統(tǒng)計學意義。Li等[5]研究顯示,41%的中國患者攜帶FOXA1突變,遠高于既往西方國家患者的比例。FOXA1是與AR受體通路相關(guān)的重要基因,F(xiàn)OXA1高表達與前列腺癌預后不良相關(guān)。肝轉(zhuǎn)移患者FOXA1、AR突變頻率均較高,這或許能從基因水平解釋肝轉(zhuǎn)移患者預后相對較差的原因。

        本研究進一步將本院33例mCRPC-VM患者數(shù)據(jù)與SU2C-PCF數(shù)據(jù)庫444例患者基因組數(shù)據(jù)進行對比,發(fā)現(xiàn)除PTEN外,本院患者與SU2C-PCF數(shù)據(jù)庫患者的高頻突變基因無明顯差異。但Li等[5]研究表明,中國患者與西方國家患者在前列腺癌基因組學方面存在顯著差異。分析原因可能有以下幾點:(1)單純與西方國家患者的mCRPC隊列進行對比,可能存在一定的誤差;(2)SU2C-PCF數(shù)據(jù)庫的mCRPC隊列未對患者是否存在內(nèi)臟轉(zhuǎn)移作進一步區(qū)分。研究表明,在接受一線治療前,約20%的mCRPC患者伴有內(nèi)臟轉(zhuǎn)移[11-12],隨著治療的進行,這個比例會不斷增加,臨終前3個月內(nèi)近50%的患者伴有內(nèi)臟轉(zhuǎn)移[13],故其中內(nèi)臟轉(zhuǎn)移患者的數(shù)據(jù)可能導致一定的偏倚。

        綜上所述,本研究揭示了真實世界單中心mCRPC-VM患者的基因突變特征,其高頻率突變基因為TP53和AR,其中肝轉(zhuǎn)移患者的AR和FOXA1基因突變頻率高于非肝臟轉(zhuǎn)移患者;高頻突變基因的類型以錯義突變?yōu)橹鳎慌cSU2C-PCF數(shù)據(jù)庫中mCRPC患者相比,本院mCRPC-VM患者的PTEN突變頻率明顯降低。但本研究存在一定的缺陷:(1)由于panel的設(shè)定限制,并非所有患者完成ETS、KMT2、KMT2D等SU2C-PCF數(shù)據(jù)庫中高頻率突變基因的檢測。在這個方面上不能很好地進行匹配對比。(2)樣本量較小,可能造成一定的偏倚。

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