王飛飛,吳豪益,林 晨,張 巖,傅玲琳,王彥波,
(1.浙江工商大學(xué)食品與生物工程學(xué)院,浙江 杭州 310018;2.河北省食品檢驗(yàn)研究院,河北 石家莊 050091)
細(xì)菌生物膜廣泛存在于各種食品和食品加工表面,研究發(fā)現(xiàn)細(xì)菌生物膜不僅可以引起食源性疾病爆發(fā),與食品腐敗也有著顯著的相關(guān)性,嚴(yán)重制約了食品工業(yè)的健康發(fā)展[1]。鑒于此,食源性細(xì)菌生物膜的控制引起了廣泛的關(guān)注。研究表明,細(xì)菌生物膜是細(xì)菌在生長(zhǎng)過程中,為了適應(yīng)生存環(huán)境,由細(xì)菌自身分泌的多糖、DNA、蛋白質(zhì)等胞外多聚物(extracellular polymeric substances,EPS)組成的一個(gè)具有三維立體空間結(jié)構(gòu)的生態(tài)群落[2]。在生物膜的保護(hù)下,細(xì)菌能耐受高濃度的抗菌劑和食品防腐劑,顯著增加食品安全風(fēng)險(xiǎn)[3]。進(jìn)一步探究發(fā)現(xiàn),群體感應(yīng)(quorum sensing,QS)系統(tǒng)在食源性細(xì)菌生物膜形成的各階段起著關(guān)鍵調(diào)控作用,因此,通過特定的方法有效阻斷細(xì)菌Q S 系統(tǒng)即群體淬滅(q u o r u m quenching,QQ),成為一種新型的控制細(xì)菌生物膜的手段,得到了廣泛研究[4]。
當(dāng)細(xì)菌細(xì)胞接觸到食品或食品加工表面時(shí),通過鞭毛、菌毛和一些表面蛋白等進(jìn)行細(xì)胞的初始附著,逐漸形成生物膜微菌落,微菌落通過細(xì)胞增殖生長(zhǎng)并產(chǎn)生大量EPS,負(fù)責(zé)細(xì)胞間的黏附并形成細(xì)胞支架,從而維持生物膜的三維結(jié)構(gòu)。細(xì)胞被緊密地包裹在生物膜中,逐漸實(shí)現(xiàn)信號(hào)分子的積累,并通過QS信號(hào)分子進(jìn)行交流。反過來,響應(yīng)種群密度閾值觸發(fā)的QS參與調(diào)節(jié)生物膜形成的各個(gè)階段,從而形成一個(gè)完整的“附著-微菌落形成-成熟-分散”生物膜生命周期[1](圖1)。
圖1 QS系統(tǒng)調(diào)控細(xì)菌生物膜生命周期Fig. 1 Regulation of the QS system on the biofilm life cycle
細(xì)菌QS系統(tǒng)依賴于細(xì)胞外化學(xué)信號(hào)分子即自誘導(dǎo)因子的產(chǎn)生、釋放和檢測(cè)。這些信號(hào)分子在環(huán)境中進(jìn)行局部積累,當(dāng)達(dá)到適當(dāng)?shù)拈撝禎舛群?,與受體蛋白相互作用,導(dǎo)致細(xì)菌特定基因的表達(dá)發(fā)生相應(yīng)變化。在革蘭氏陰性菌中,?;呓z氨酸內(nèi)酯(acylhomoserine lactones,AHLs)信號(hào)分子由一種LuxI型酶合成。在AHLs達(dá)到適當(dāng)?shù)拈撝禎舛群蠹せ頛uxR受體蛋白,使靶效應(yīng)基因得以轉(zhuǎn)錄[5-7]。革蘭氏陽性菌可以產(chǎn)生AIP,并通過ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白運(yùn)輸?shù)郊?xì)胞外,由膜結(jié)合的激酶受體傳感器和細(xì)胞質(zhì)應(yīng)答調(diào)節(jié)蛋白組成的雙組分以及調(diào)節(jié)效應(yīng)器RNAIII來改變靶基因表達(dá)。AI-2則被認(rèn)為是種間通用的信號(hào)分子,廣泛存在于革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌中,而LuxS是合成AI-2的關(guān)鍵酶,LuxS催化S-核糖同型半胱氨酸裂解為同型半胱氨酸和4,5-二羥基-2,3-戊二酮(4,5-dihydroxy-2,3-pentanedione,DPD),DPD隨后進(jìn)行自發(fā)重排和修飾,形成一種分子混合物,統(tǒng)稱為AI-2[8]。
研究表明,QS系統(tǒng)信號(hào)分子的合成在食源性細(xì)菌生物膜形成中起著重要作用。首先是負(fù)責(zé)編碼AHLs信號(hào)分子合成酶的luxI型基因,洋蔥伯克霍爾德菌(Burkholderia cenocepacia)具有兩套QS系統(tǒng)cepIR和cciIR,其中,基因cepI和cciI分別編碼合成C6-HSL和C8-HSL信號(hào)分子的LuxI型信號(hào)分子合成酶。研究發(fā)現(xiàn)Burkholderia cenocepaciaK56-2的cepI和B. cenocepaciaJ2315的cepI和cciI突變株在生物膜形成方面存在缺陷[9-10]。同樣地,編碼合成AHLs信號(hào)分子的luxI型基因ahyI和swrI突變分別導(dǎo)致嗜水氣單胞菌(Aeromonas hydrophila)和液化沙雷氏菌(Serratia liquefaciens)形成缺乏微菌落的未成熟生物膜[11]。此外,luxS基因缺失會(huì)影響AI-2的合成從而影響弧菌屬(Vibriospp.)、鏈球菌屬(Streptococcusspp.)、葡萄球菌屬(Staphylococcusspp.)生物膜的形成[12-13]。AIP和調(diào)節(jié)效應(yīng)器RNAIII生成能力缺失影響金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的生物膜形成[14]。由此可見,不管是革蘭氏陰性菌還是陽性菌,信號(hào)分子合成酶基因的缺失或突變都可以通過阻礙信號(hào)分子合成,從而影響信號(hào)傳導(dǎo)進(jìn)而影響生物膜形成。
近年來,研究進(jìn)一步闡明了QS系統(tǒng)調(diào)控細(xì)菌生物膜形成的分子機(jī)制。在生物膜形成的初始階段,QS系統(tǒng)通過調(diào)節(jié)黏附素和鞭毛等相關(guān)基因的表達(dá)來調(diào)控細(xì)菌與表面的附著能力。研究發(fā)現(xiàn),luxR基因缺失導(dǎo)致波羅的海希瓦氏菌(Shewanella baltica)鞭毛馬達(dá)基因pomA表達(dá)下調(diào),從而導(dǎo)致生物膜形成能力受損[15];S. aureus的luxS突變體通過改變r(jià)fb基因的表達(dá)來調(diào)節(jié)依賴于多糖黏附素的生物膜形成[16]。此外,QS系統(tǒng)可以通過調(diào)節(jié)EPS的分泌來調(diào)控生物膜的成熟。泰蘭伯克霍爾德氏菌(Burkholderia thailandensis)luxR的同源基因btaR1突變體通過降低EPS中的巖藻糖含量,從而形成喪失穹頂結(jié)構(gòu)的生物膜[17];Pseudomonas aeruginosa的3 個(gè)QS系統(tǒng)(las、rhl和pqs)均可通過調(diào)節(jié)EPS中eDNA的釋放,從而影響生物膜結(jié)構(gòu)[18];pqsQS系統(tǒng)還能通過調(diào)控前噬菌體進(jìn)而誘導(dǎo)細(xì)胞裂解,引起eDNA釋放,影響生物膜形成[18];此外,生物膜約30%的EPS蛋白來自膜泡(membrane vesicle,MV),而MV的產(chǎn)生受las和pqsQS系統(tǒng)調(diào)控[19];同樣地,枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis)QS系統(tǒng)oppA、oppF、comX、comP和comA的基因突變,也能導(dǎo)致EPS中eDNA的釋放缺陷,從而影響生物膜形成[20]。QS系統(tǒng)在生物膜的分散階段也起著重要的調(diào)控作用。在生物膜成熟后期,創(chuàng)傷弧菌(Vibrio vulnificus)的LuxR同源蛋白SmcR通過誘導(dǎo)莢膜多糖基因簇的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生莢膜多糖,其親水性促進(jìn)了生物膜結(jié)構(gòu)的分散[21];S. aureus的agrQS系統(tǒng)通過控制psm基因的表達(dá)產(chǎn)生表面活性劑從而促進(jìn)生物膜分散以及生物膜的傳播定植[22]。
目前,食品工業(yè)仍在使用常規(guī)的細(xì)菌生物膜控制手段,包括良好的生產(chǎn)衛(wèi)生、合理生產(chǎn)線的運(yùn)行以及有效使用清潔消毒劑等[1]。隨著生物膜對(duì)常規(guī)消毒劑的抵抗力日益增強(qiáng),為了滿足食品加工系統(tǒng)對(duì)食品安全的要求,需要一種更有效、更環(huán)保的控制手段。QS淬滅劑是一類在不影響細(xì)菌生長(zhǎng)的情況下,以QS系統(tǒng)為作用靶點(diǎn),通過干擾、阻斷細(xì)菌QS系統(tǒng)從而達(dá)到有效控制生物膜的新型化合物;因此,基于QQ的生物膜控制還可以最大限度地減少細(xì)菌耐藥性的產(chǎn)生。根據(jù)QS調(diào)控細(xì)菌生物膜形成的分子機(jī)制,目前QQ機(jī)制主要有以下幾種:抑制信號(hào)分子的合成、信號(hào)分子酶解失活、與信號(hào)分子受體結(jié)合(比如阻斷信號(hào)分子-受體復(fù)合物的形成)[23-24]。
在信號(hào)分子合成階段,抑制信號(hào)分子合成過程酶的活性、抑制信號(hào)分子前體物質(zhì)的合成、添加前體物質(zhì)類似物等都可以起到抑制信號(hào)分子合成的作用。AHL是由LuxI家族蛋白將一個(gè)酰基載體蛋白的脂肪?;苌镛D(zhuǎn)移到S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine,SAM)的氨基上而形成的。因此,SAM或脂肪酸生物合成抑制劑可用作AHL信號(hào)產(chǎn)生的抑制劑;另外,腺苷同型半胱氨酸和5-甲基硫代腺苷等各種SAM類似物通過競(jìng)爭(zhēng)SAM催化位點(diǎn)也可以抑制AHL信號(hào)的產(chǎn)生[8]。Christensen等[25]利用高通量酶聯(lián)體外篩選技術(shù)得到一系列AHL合成酶的潛在抑制劑,其中化合物1~3(化合物篩選結(jié)果見Pubchem數(shù)據(jù)庫(kù),http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/assay/assay.cgi?aid=720554,accession no. AID 720554)可以顯著抑制鼻疽伯克霍爾德氏菌(Burkholderia mallei)BmaI1和鼠疫耶爾森氏菌(Yersinia pestis)YspI的AHL信號(hào)分子合成活性。肉桂醛可以與信號(hào)分子合成酶LasI和RhlI的底物結(jié)合位點(diǎn)相互作用,抑制P. aeruginosaQS系統(tǒng)關(guān)鍵下游基因lasB、rhlA和pqsA的表達(dá),從而影響生物膜形成[26]。同樣地,真菌次生代謝物氨丁酸可以通過抑制信號(hào)分子合成酶AgrB的活性來抑制不同革蘭氏陽性菌AIP的生物合成[27]。此外,有研究表明與LuxS催化位點(diǎn)同源的小分子肽5411(MHTLEHLFAGFM)和5906(MLFAGFM)通過與LuxS特異性結(jié)合從而抑制遲緩愛德華氏菌(Edwardsiella tarda)AI-2的產(chǎn)生,進(jìn)而使生物膜得到控制[28]。
合成的QS信號(hào)分子可以通過酶進(jìn)行降解,以防止其積累和隨后的QS系統(tǒng)激活。這些酶通過降解產(chǎn)生的信號(hào)分子,進(jìn)而控制生物膜形成。目前,關(guān)于酶解QS信號(hào)分子的研究主要集中在AHL信號(hào)分子。AHL內(nèi)酯酶和?;阜謩e水解AHL分子的高絲氨酸內(nèi)酯(homoserine lactone,HSL)環(huán)和?;鶄?cè)鏈的酰胺鍵從而直接降解AHL信號(hào)分子[29],AHL分子氧化還原酶可以將信號(hào)分子中的羰基還原成羥基從而使其失活[8]。從鼠尾菌Muricauda oleariaTh120中分離出來的內(nèi)酯酶MomL具有同等降解長(zhǎng)鏈和短鏈AHL的能力[30],但是其對(duì)生物膜形成的影響有待驗(yàn)證。蠟狀芽孢桿菌VT96(Bacillus cereusVT96)產(chǎn)生的AHL內(nèi)酯酶AiiA可直接控制P. aeruginosaPAO1中胞外多糖的產(chǎn)生及生物膜的形成[31]。芽孢桿菌產(chǎn)生的AHL內(nèi)酯酶AiiAAI96通過酶解威隆氣單胞菌LP-11(Aeromonas veroniiLP-11)產(chǎn)生的AHL,從而降低其蛋白酶活性和細(xì)胞泳動(dòng)性[32]。丁香假單胞菌(Pseudomonas syringae)能產(chǎn)生AHL?;窰acA和HacB,P. syringaeHacA和HacB缺失株的生物膜形成能力明顯增強(qiáng)[33],說明HacA和HacB能夠破壞AHL分子的酰胺鍵從而控制生物膜形成。目前,還鮮有涉及AHL信號(hào)分子氧化還原酶在控制生物膜形成中的研究,此外,AIP和AI-2信號(hào)分子的降解酶有待挖掘。雖然這些酶的酶解作用是降解信號(hào)分子的主要途徑,但這些酶普遍活性偏低、專一性不夠高、活性受環(huán)境影響大,因此,在信號(hào)分子降解酶的篩選優(yōu)化以及分子改造方面需要進(jìn)一步研究。
根據(jù)QS系統(tǒng)響應(yīng)機(jī)制,達(dá)到閾值濃度的信號(hào)分子與相應(yīng)受體蛋白特異結(jié)合后,通過信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)從而激活細(xì)菌生物膜形成相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄,最終影響生物膜形成。基于此,一些人工合成或天然化合物可通過與信號(hào)分子競(jìng)爭(zhēng)受體結(jié)合位點(diǎn),也可以通過非競(jìng)爭(zhēng)性的方式與受體結(jié)合,阻斷信號(hào)向細(xì)胞內(nèi)傳遞,從而達(dá)到控制生物膜的目的。
目前,關(guān)于AHL信號(hào)分子的競(jìng)爭(zhēng)性受體,研究主要集中于其?;鶄?cè)鏈或內(nèi)酯部分的修飾,以及其中心酰胺結(jié)構(gòu)的改變,用以開發(fā)分子類似物,以達(dá)到控制生物膜形成的目的[34]。研究表明,采用環(huán)戊基或環(huán)己酮環(huán)取代內(nèi)酯環(huán)得到的AHL類似物(C9-CPA和C10-CPA)可以顯著影響粘質(zhì)沙雷氏菌(Serratia marcescens)和P. aeruginosa的生物膜形成[35-36]。在酰基側(cè)鏈修飾芳香基團(tuán)而得到的AHL類似物(苯丙酰高絲氨酸內(nèi)酯和苯氧乙酰高絲氨酸內(nèi)酯)則可以抑制P. aeruginosa生物膜的形成[37]。此外,鄰氨基苯甲酸甲酯能與C4-HSL競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合LuxR受體,進(jìn)一步抑制luxI和luxR基因表達(dá),從而影響溫和氣單胞菌(Aeromonas sobria)生物膜形成[38]。薄荷醇可以通過與LasR和PqsR受體相互作用分別抑制las和pqsQS系統(tǒng)-調(diào)控的下游轉(zhuǎn)錄,從而干擾P. aeruginosa的生物膜形成[39]。
對(duì)于AI-2型QS系統(tǒng),AI-2和DPD類似物都可以競(jìng)爭(zhēng)性地抑制信號(hào)分子與受體結(jié)合,從而阻斷QS通路。DPD衍生物包括Ac2-DPD、烷基-DPD和DPD碳酸鹽,以及DPD結(jié)構(gòu)類似物如5-羥基-2,3-戊烷二酮和4-羥基-5-甲基-3-(2H)-呋喃酮都可以干擾AI-2型QS系統(tǒng);一些含二醇化合物(包括鄰苯三酚)、硼酸和砜已被證明可以有效拮抗AI-2與周質(zhì)受體LuxP的結(jié)合[8,40];惡唑硼酸鹽(含負(fù)電荷硼原子的雜環(huán)水合物)和吩噻嗪也能干擾AI-2型QS系統(tǒng)[41-42],但是這些化合物在生物膜控制方面的應(yīng)用鮮有報(bào)道。在生物膜控制方面,熊果酸、異丁基-DPD、異丁基-DPD與慶大霉素聯(lián)用、苯基-DPD以及苯基-DPD與慶大霉素聯(lián)用能抑制大腸桿菌(Escherichia coli)和P. aeruginosa生物膜的形成,并能清除預(yù)先形成的生物膜[43-44]。此外,信號(hào)類似物4-甲氧羰基苯基硼酸和SAM腺苷衍生物L(fēng)MC-21在不影響細(xì)菌生長(zhǎng)的同時(shí),可降低鰻弧菌(Vibrio anguillarum)和創(chuàng)傷弧菌(Vibrio vulnificus)的生物膜總量[45]。
對(duì)于AIP型QS系統(tǒng),包括截短類似物(Tr-AIP-I、Tr-AIP-II和Tr-AIP-IV)和N-乙酰化的類似物Tr-(Ala)-AIP-I在內(nèi)的AIP信號(hào)的類似物對(duì)Staphylococcus spp.的QS系統(tǒng)均有抑制作用[46]。另外,發(fā)光桿菌屬(Photobacterium)產(chǎn)生的環(huán)縮肽磺酰胺A和B,以及羅伊氏乳桿菌RC-14產(chǎn)生的環(huán)二肽L-Tyr-L-Pro和L-Phe-L-Pro能干擾agr QS系統(tǒng)[47-48]。然而,目前關(guān)于這些化合物在生物膜控制中的研究很少。在生物膜控制方面,研究最廣泛的AIP型QS系統(tǒng)抑制肽是RNAIII抑制肽,該抑制肽及其類似物和非肽類似物金縷梅單寧能干擾RAP/TRAP QS系統(tǒng)[49-51]。進(jìn)一步的研究表明,金縷梅單寧可以通過與QS受體TraP結(jié)合,改變S. aureus細(xì)胞壁合成和eDNA的釋放,從而影響生物膜的形成及其抗生素敏感性[52]。
雖然目前已逐漸將QS淬滅劑作為新型的生物膜清除劑,并提出將兩種或兩種以上不同的控制技術(shù)相結(jié)合的方法來控制生物膜形成,比如QS淬滅劑和傳統(tǒng)抗生素聯(lián)用,利用納米技術(shù)對(duì)QS淬滅劑進(jìn)行改造等產(chǎn)生的協(xié)同效應(yīng)可以顯著增加生物膜消除效率,并在一定程度上避免細(xì)菌耐藥性的產(chǎn)生。隨著對(duì)新鮮食品、即食食品、加工食品的需求增加和對(duì)食品安全性要求的提高,仍有必要開展以下幾方面研究。
目前,大量研究發(fā)現(xiàn)天然植物和微生物提取物可以作為QS淬滅劑,但其淬滅機(jī)制還有待研究確認(rèn)。例如,Choi等[53]發(fā)現(xiàn)山茱萸提取物具有抗QS活性,并顯著抑制P. aeruginosa、小腸結(jié)腸炎耶爾森菌(Yersinia enterocolitica)和A. tumefaciens生物膜的形成。百里香精油、香芹酚和百里酚能顯著抑制P. fluorescens KM121 AHLs的產(chǎn)生,降低細(xì)胞泳動(dòng)性和鞭毛基因的mRNA水平[54]。黑衣草提取物合成的氧化鋅納米顆粒展現(xiàn)出了廣譜AHL型QS抑制能力,并通過降低細(xì)胞群集運(yùn)動(dòng)和EPS產(chǎn)生從而廣譜抑制4 種食物致病菌的生物膜形成,還可以清除預(yù)先形成的生物膜[55]。極端嗜鹽古生菌提取物反式4-(2-羧基-乙烯基)苯甲酸在lasB-gfp、rhlA-gfp和pqsA-gfp生物傳感菌株上顯示出了QS淬滅性能,并且顯著抑制了P. aeruginosa生物膜形成[56]。Prateeksha等[57]發(fā)現(xiàn)地衣內(nèi)生菌提取物可以淬滅QS信號(hào)分子,從而減少P. aeruginosa PAO1胞外多糖和微菌落的形成。解析這些天然提取物的化學(xué)結(jié)構(gòu),進(jìn)一步挖掘其作用靶點(diǎn),有助于豐富群體淬滅機(jī)制,為QS淬滅劑的產(chǎn)業(yè)化合成提供理論基礎(chǔ)。
目前僅已知一小部分細(xì)菌的QS系統(tǒng)調(diào)控生物膜形成的分子機(jī)制,且細(xì)菌間的QS調(diào)控網(wǎng)絡(luò)仍然不清晰。闡明各食源性致病菌和特定腐敗菌的QS機(jī)制,以及QS對(duì)其生物被膜形成的調(diào)控機(jī)制,有利于為特異性篩選QS淬滅劑提供靶點(diǎn)。
由于不同階段的生物膜形成調(diào)控機(jī)制不同,相應(yīng)生物膜控制策略的選擇也不同;因此,研究需致力于確定生物膜階段特異性轉(zhuǎn)錄組,以鑒定參與生物膜發(fā)育不同階段的基因以及各種調(diào)控型RNA,并提供生物膜階段特異性防控靶點(diǎn),從而達(dá)到更高效的生物膜控制效果。
生物膜中的細(xì)菌基因表達(dá)是異質(zhì)的,并且會(huì)隨著外界環(huán)境的改變分化出不同表型的亞群,而目前大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室都是在靜態(tài)條件下進(jìn)行生物膜研究的,對(duì)這種異質(zhì)基因表達(dá)如何在變化的環(huán)境中促進(jìn)生物膜的靈活性和可塑性的貢獻(xiàn)知之甚少,新興單細(xì)胞分析等技術(shù)的發(fā)展為探索單細(xì)胞生物的多細(xì)胞性提供了可能,對(duì)其進(jìn)行闡明有助于擴(kuò)展生物膜形成調(diào)控理論知識(shí)和開發(fā)生物膜消除的新方法。