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        貴州省3個(gè)地理種群大鯢的遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)

        2017-12-18 08:43:11吳俁學(xué)謝巧雄姚俊杰周紅霞李曉林
        水產(chǎn)科學(xué) 2017年2期
        關(guān)鍵詞:貴定松桃江口

        吳俁學(xué),謝巧雄,姚俊杰,崔 巍,周紅霞,李曉林

        ( 1.貴州大學(xué) 動(dòng)物科學(xué)學(xué)院 水產(chǎn)科學(xué)系,高原山地動(dòng)物遺傳育種與繁殖教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室, 貴州 貴陽(yáng) 550025; 2.貴州省水產(chǎn)技術(shù)推廣站,貴州 貴陽(yáng) 550025 )

        貴州省3個(gè)地理種群大鯢的遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)

        吳俁學(xué)1,謝巧雄2,姚俊杰1,崔 巍2,周紅霞1,李曉林1

        ( 1.貴州大學(xué) 動(dòng)物科學(xué)學(xué)院 水產(chǎn)科學(xué)系,高原山地動(dòng)物遺傳育種與繁殖教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室, 貴州 貴陽(yáng) 550025; 2.貴州省水產(chǎn)技術(shù)推廣站,貴州 貴陽(yáng) 550025 )

        測(cè)定了貴州省貴定縣、松桃縣和江口縣共36尾大鯢的mtDNA D-loop區(qū)部分序列,探究貴州省內(nèi)不同地理種群大鯢的遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)。結(jié)果顯示,36個(gè)序列的堿基平均組成為T(33.8%)、C(22.2%)、A(30.0%)、G(14.0%),其中T的含量最高,C的含量最低;A+T含量(63.8%)顯著高于G+C含量(36.2%)。江口種群核苷酸多樣性指數(shù)為0.00551,貴定種群及松桃種群的核苷酸多樣性指數(shù)均為0。3個(gè)地理種群相比,江口種群大鯢遺傳多樣性水平較高。3個(gè)種群的平均遺傳距離為0.00436,其中貴定種群與江口種群達(dá)到了種群的分化水平(P<0.01)。遺傳結(jié)構(gòu)分析結(jié)果表明,貴定種群先與松桃種群聚為一支,再與江口種群聚為一支。3個(gè)種群大鯢的整體遺傳多樣性水平低,遺傳分化程度也低。

        貴州??;大鯢;遺傳多樣性;遺傳結(jié)構(gòu)

        大鯢(Andriasdauidianus)曾在中國(guó)廣泛分布,主要分布區(qū)包括長(zhǎng)江、黃河及珠江流域的中上游地區(qū)及其支流的山溪河流,遍及華中、華北、華南和西南等17個(gè)省市地區(qū)[1]。隨著中國(guó)大鯢資源銳減,其分布區(qū)極大縮小,總體上帶狀和片狀的分布區(qū)已不復(fù)存在,轉(zhuǎn)變?yōu)椴贿B續(xù)的點(diǎn)狀分布格局,大鯢生境島嶼化嚴(yán)重[2-3]。中國(guó)大鯢的瀕危處境引起了眾多學(xué)者的關(guān)注。2003年,Peng等[4]對(duì)中國(guó)大鯢線粒體的基因組進(jìn)行了測(cè)序,確定其長(zhǎng)度為16 503 bp。同年,林茂等[5]對(duì)廣東珠海某養(yǎng)殖場(chǎng)的大鯢親本及其子二代進(jìn)行了RAPD分析,親本與子二代的平均遺傳距離分別為0.0497和0.0166,Shannon多樣性指數(shù)分別為0.237和0.078,表明子二代遺傳多樣性水平低于親代。2005年,陶峰勇等[6]通過對(duì)廣西、湖南、陜西、河南等地的大鯢進(jìn)行遺傳學(xué)研究,測(cè)得大鯢的mtDNA D-loop基因全序列長(zhǎng)度為771 bp。2006年,方耀林等[7]對(duì)漢水流域大鯢的研究顯示,單倍型多樣性指數(shù)和核苷酸多樣性指數(shù)分別為0.8230和0.00446,結(jié)論是該種群大鯢的遺傳多樣性水平低;之后,Murphy等[8]對(duì)安徽等地大鯢的mtDNA Cytb和ATP-6基因序列的分析也得到相同結(jié)果。2008年,方耀林等[9]對(duì)長(zhǎng)江中上游和漢水流域野生大鯢馴養(yǎng)群體及其人工繁殖子代mtDNA D-loop區(qū)進(jìn)行了研究,結(jié)果顯示野生親本的單倍型多樣性及核苷酸多樣性均略高于子代,子代的遺傳多樣性有所下降。孟彥等[10]發(fā)現(xiàn)人工養(yǎng)殖群體存在較大的等位基因丟失現(xiàn)象,且遺傳多樣性水平低于野生群體,也說明人工養(yǎng)殖導(dǎo)致大鯢群體的遺傳多樣性水平下降。2011年,楊麗萍等[11]采用AFLP技術(shù)對(duì)四川、貴州、湖北、陜西及河南5個(gè)野生大鯢種群的遺傳多樣性和遺傳分化水平進(jìn)行評(píng)估,認(rèn)為中國(guó)大鯢遺傳多樣性絕大部分位于種群內(nèi),種群間遺傳分化較弱。

        貴州是我國(guó)大鯢的主要優(yōu)生區(qū)之一,全省各市、州均有大鯢分布。黔東武陵山區(qū)曾是中國(guó)大鯢的主要產(chǎn)區(qū),各處溪河中經(jīng)??梢姶篥F。1980年以前銅仁市的年捕獲量3000~3500 kg;1986年全區(qū)捕獲量?jī)H有1000~1500 kg[12]。由于生態(tài)環(huán)境的破壞和人為影響,貴州大鯢資源也急劇下降。貴州省開展大鯢的人工養(yǎng)殖二十多年來,在人工繁殖及規(guī)?;庇夹g(shù)方面取得突破性進(jìn)展,種群數(shù)量也得到一定的恢復(fù)。由于對(duì)大鯢的遺傳背景缺乏了解,本研究對(duì)貴州省江口縣、松桃縣及貴定縣3個(gè)地理種群大鯢的遺傳多樣性進(jìn)行研究,測(cè)定和分析線粒體DNA控制區(qū)序列,檢測(cè)其遺傳多樣性水平,分析其遺傳結(jié)構(gòu),旨在為貴州大鯢種質(zhì)資源的保護(hù)、種群復(fù)壯以及大鯢養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展提供一定的基礎(chǔ)資料。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        共采集到野生大鯢36尾,其中來自貴州省貴定縣(N 26°23′34.35″、E 107°18′26.33″)6尾、江口縣(N 27°46′27.51″、E 108°47′20.74″)20尾和松桃縣(N 28°08′35.75″、E 108°52′9.84″)10尾。

        采集大鯢新鮮的蛻皮,置于1.5 mL離心管中-20 ℃保存?zhèn)溆?。用康為通用型柱式基因組提取試劑盒提取DNA,得到的DNA于-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2 PCR擴(kuò)增

        PCR引物根據(jù)大鯢mtDNA控制區(qū)(Genbank登錄號(hào):NC-004926)兩端的tRNA基因序列設(shè)計(jì),DUP:5′-TTTGGTGCCCTTCTGATT-3′,DDN:5′-CGTTGGGTAGGAAGAGTTATTGT-3′。

        PCR反應(yīng)在PTC-200型PCR儀(TECHNE公司)上進(jìn)行。反應(yīng)體系為40 μL:上下游引物各2 μL;模板DNA 4 μL,MIX 20 μL,加無菌去離子水至40 μL。反應(yīng)程序?yàn)椋?5 ℃預(yù)變性3 min;94 ℃變性45 s,56 ℃復(fù)性45 s,72 ℃延伸1 min,并進(jìn)行35個(gè)循環(huán);72 ℃延伸10 min。

        1.3 目的條帶檢測(cè)及測(cè)序

        PCR產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),在DYY-Ⅲ32型平板電泳槽上進(jìn)行。利用未加模板DNA的反應(yīng)液作為空白對(duì)照,以檢查是否有污染存在。點(diǎn)樣量為5 μL,電壓為100 V,時(shí)間35~40 min。PCR所得產(chǎn)物送上海英濰捷基公司進(jìn)行正反雙向測(cè)序。

        1.4 數(shù)據(jù)分析

        采用ClustalX軟件將測(cè)序結(jié)果進(jìn)行對(duì)位排序。用Mega 4.0軟件中的Kimura雙參數(shù)法計(jì)算各種群間的遺傳距離;并使用鄰近距離法及最大簡(jiǎn)約法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,同時(shí)應(yīng)用自舉檢驗(yàn)估計(jì)系統(tǒng)樹中節(jié)點(diǎn)的置信度。用DnaSP軟件計(jì)算各地理種群的核苷酸多樣性、單倍型多樣性。

        2 結(jié) 果

        2.1 貴州3個(gè)地理種群mtDNA D-loop的序列特征

        對(duì)貴州36尾大鯢的D-loop區(qū)532 bp序列分析顯示,36個(gè)序列的堿基組成平均為T(33.8%)、C(22.2%)、A(30.0%)、G(14.0%),其中T的含量最高,C的含量最低;A+T含量63.8%,顯著高于G+C含量(36.2%),表現(xiàn)出堿基組成偏向性(表1)。保守位點(diǎn)519個(gè),約占核苷酸總數(shù)的97.56%;變異位點(diǎn)12個(gè);簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)5個(gè);單態(tài)突變位點(diǎn)7個(gè);其中轉(zhuǎn)換位點(diǎn)8個(gè),顛換位點(diǎn)4個(gè),插入或缺失位點(diǎn)2個(gè)。

        表1 大鯢各群體線粒體D-Loop區(qū)堿基組成 %

        2.2 貴州3個(gè)地理種群mtDNA D-loop的遺傳多樣性

        3個(gè)種群的總體平均核苷酸多樣性指數(shù)為0.00435;單倍型多樣性指數(shù)為0.7365(表2)。36尾個(gè)體分6種單倍型,3個(gè)群體間沒有共享的單倍型,Hap 1、Hap 2、Hap 5、Hap 6為江口種群特有(表3)。其中單倍型頻率最大的是Hap 4,有10個(gè)個(gè)體,占33.33%,其次是Hap 1,有10個(gè)個(gè)體,占27.78%。貴州3個(gè)地理種群各單倍型的平均遺傳距離為0.00809。

        表2 貴州3個(gè)地理種群大鯢的核苷酸多樣性、單倍型多樣性和單倍型數(shù)

        2.3 貴州3個(gè)地理種群的遺傳結(jié)構(gòu)

        3個(gè)種群間的遺傳距離見表4,江口種群與松桃種群間的遺傳距離達(dá)到0.00473,貴定種群與江口種群間的遺傳距離達(dá)到0.00531,貴定種群與松桃種群間的遺傳距離為0.00189。以隱鰓鯢(Cryptobranchusalleganiensis)的同源序列(GenBank登錄號(hào):AB445803.1)為外群序列,構(gòu)建了鄰近距離樹(圖1)和最大簡(jiǎn)約樹(圖2)。兩圖中各節(jié)點(diǎn)的布展值均在50%以上,最高98%。觀察發(fā)現(xiàn),兩圖聚類趨勢(shì)一致,Hap 4、Hap 5聚為一支,Hap 1、Hap 2聚為一支,Hap 3與Hap 4、Hap 5的距離較近。對(duì)所有36個(gè)大鯢個(gè)體進(jìn)行鄰近距離法聚類分析(圖3),貴定、松桃群體能各自聚為一個(gè)群體,江口種群的個(gè)體則在各分支都有分布。

        表3 各單倍型多態(tài)性位點(diǎn)分布及單倍型分布

        表4 各種群間遺傳距離

        圖1 大鯢單倍型鄰近距離樹以隱鰓鯢(GenBank登錄號(hào):AB445803.1)作外群.

        圖2 大鯢單倍型最大簡(jiǎn)約樹以隱鰓鯢(GenBank登錄號(hào):AB445803.1)作外群.

        圖3 所有個(gè)體鄰近距離聚類C(隱鰓鯢,GenBank登錄號(hào):AB445803.1)作外群.

        3 討 論

        3.1 貴州大鯢mtDNA D-loop區(qū)的堿基組成

        貴州3個(gè)種群共36尾大鯢的線粒體DNA D-loop區(qū)的平均堿基組成為T(33.8%)、C(22.2%)、A(30.0%)、G(14.0%),與脊椎動(dòng)物mtDNA堿基組成相似[13-14],體現(xiàn)在(A+T)>(G+C);其中G含量顯著低于其他堿基含量,表現(xiàn)出明顯的反G偏倚,體現(xiàn)了線粒體DNA的堿基組成特點(diǎn)[15]。兩棲類線粒體DNA D-loop區(qū)已有的研究結(jié)果顯示,掛榜山小鯢(Hynobiusguabangshanensis)G+C(33.4%)[16]、新疆北鯢(Ranodonsibiricus)G+C(33.4%)[17]、尾斑瘰螈(Paramesotritoncaudopunclatus)G+C(36.4%)[18]、貴州疣螈(Tylototritonkweichowensis)G+C(37.9%)[19],本試驗(yàn)所測(cè)的貴州大鯢線粒體DNA D-loop區(qū)G+C含量是36.2%,高于小鯢科的小鯢和新疆北鯢,略低于蠑螈科的尾斑瘰螈和疣螈,但大致符合兩棲類線粒體DNA D-loop序列的堿基組成特點(diǎn)。

        貴州大鯢的堿基組成中,G+C(36.2%)含量比漢水流域大鯢(35.2%)高[7],這可能與所分析的D-loop區(qū)的片段長(zhǎng)度有關(guān),本研究分析了大鯢D-loop區(qū)的532 bp序列,另一研究中則分析了漢水流域大鯢D-loop區(qū)的757 bp序列。除此之外,堿基的替換和變異速率也會(huì)影響堿基組成的分析。

        3.2 貴州3個(gè)種群大鯢的遺傳多樣性

        已有對(duì)長(zhǎng)江流域、黃河流域、珠江流域和漢水流域大鯢種群的研究表明,遺傳多樣性均處于較低水平[6-7]。本研究中貴州省3個(gè)地理種群大鯢整體遺傳多樣性(核昔酸多樣性=0.00435,具6種單倍型)也處于較低水平相比,只是相對(duì)來說江口種群大鯢的遺傳多樣性較豐富(核昔酸多樣性=0.00551,具6種單倍型),貴定和松桃種群大鯢的遺傳多樣性則極度貧乏(核昔酸多樣性=0,只1種單倍型)。而楊麗萍等[10]采用AFLP標(biāo)記對(duì)四川、貴州、湖北、陜西及河南5個(gè)野生大鯢種群的遺傳多樣性和遺傳分化水平進(jìn)行的評(píng)估顯示大鯢的遺傳多樣性高,孟彥等[10,21]采用微衛(wèi)星技術(shù)對(duì)不同群體大鯢的分析顯示其遺傳多樣性比較豐富。這與所用的遺傳多樣性分析方法及分析的DNA片段有一定關(guān)系,AFLP標(biāo)記可獲得豐富的多態(tài)位點(diǎn)[21],微衛(wèi)星標(biāo)記同樣具有較豐富的多態(tài)性[20],且其研究分析的是大鯢整個(gè)基因組,本研究則只對(duì)mtDNA D-loop區(qū)進(jìn)行分析,所獲的多樣性信息含量相對(duì)少很多。大鯢是兩棲類動(dòng)物,其線粒體DNA為母性遺傳。相對(duì)來說,線粒體DNA呈母系遺傳,幾乎無重組,比核基因有更高的變異[22],較二者更適合作為大鯢遺傳多樣性分析的標(biāo)記。而D-loop區(qū)為非編碼區(qū),保留突變的可能性大,且是mtDNA中進(jìn)化速率最快的區(qū)域[23],適合種以下遺傳多樣性的研究。mtDNA D-loop區(qū)作為遺傳學(xué)分子標(biāo)記已廣泛應(yīng)用于研究許多物種的遺傳管理、瀕危物種的保護(hù)、種群結(jié)構(gòu)和進(jìn)化史等方面。

        另一方面,研究的樣品數(shù)量也可能影響分析的結(jié)果,本研究中貴定種群與松桃種群的樣本量不到江口種群的一半。目前貴州境內(nèi)能找到純種野生大鯢的地方少之又少,有條件應(yīng)增加研究對(duì)象,更進(jìn)一步地探究貴州大鯢的遺傳多樣性。

        3.3 貴州3個(gè)種群大鯢的遺傳分化及遺傳結(jié)構(gòu)

        根據(jù)Shaklee等[24]提出的屬、種和種群三級(jí)水平上的遺傳距離分別為0.90、0.30及0.05的分類依據(jù),本研究中3個(gè)大鯢種群間均未達(dá)到種群分化的水平。貴州3個(gè)種群的6種單倍型間的平均遺傳距離為0.00809(P<0.01),也說明3個(gè)種群間的遺傳分化程度低。貴州省這3個(gè)種群的親緣關(guān)系表現(xiàn)為貴定種群先與松桃種群聚為一支,然后再與江口種群聚為一支。對(duì)所有個(gè)體的鄰近距離聚類結(jié)果同樣顯示貴定種群與松桃種群親緣關(guān)系較近,與江口種群的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。對(duì)3個(gè)種群間遺傳距離的分析也得出相同結(jié)論。

        貴州3個(gè)種群的地理分布中,江口種群與松桃種群較近,與貴定種群較遠(yuǎn)。分析結(jié)果卻出現(xiàn)了地理位置近,遺傳距離相對(duì)卻遠(yuǎn)的情況,且地理位置較遠(yuǎn)的松桃種群和貴定種群親緣關(guān)系卻較近。大鯢對(duì)水的依賴性強(qiáng),而2006年貴州省貴定縣巖下大鯢資源的調(diào)查顯示,巖下野生大鯢種群棲息地已經(jīng)由地下(洞穴)與地面水域廣布縮小到以地下水域?yàn)橹鱗25]。貴州獨(dú)特的喀斯特地形對(duì)省內(nèi)不同地域的大鯢種群形成了小范圍的地理隔離,使江口種群與松桃種群形成實(shí)際上的空間隔離,而貴定種群與松桃種群可能通過地下暗河還有一定基因交流。另一方面,在長(zhǎng)期的進(jìn)化過程中,3個(gè)種群的大鯢種群分化受遺傳多樣性影響,江口種群因遺傳多樣性較豐富,使其積累了一定的分化水平,而貴定種群和松桃種群低水平的遺傳多樣性也限制了2個(gè)種群分化可能,親緣關(guān)系也就相對(duì)較近。

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        [20] 郭文韜. 大鯢遺傳多樣性及皮膚附屬物特性研究[D]. 武漢:華中科技大學(xué), 2013.

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        [24] Shaklee J B, Tamaru C S, Waples R S. Speciation and evolution of marine fishes studied by the electrophoretic analysis of proteins[J]. Pacificence, 1982, 36(2):141-157.

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        GeneticDiversityandGeneticStructureofGiantSalamanderfromThreeGeographicalPopulationsinGuizhouProvince

        WU Yuxue1, XIE Qiaoxiong2, YAO Junjie1, CUI Wei2, ZHOU Hongxia1, LI Xiaolin1

        ( 1.Breeding and Reproduction in the Plateau Mountainous Region, Ministry of Education, Key Laboratory of Animal Genetics, Department of Aquatic Science, Guizhou University,Guiyang 550025,China;2.Aquaculture Technology Extending Stations in Guizhou Province,Guiyang 550025,China )

        A research on mtDNA D-loop region partial sequence was studied in 36 giant salamandersAndriasdaudianussamples collected from Guiding county, Songtao county and Jiangkou county in Guizhou province. The results showed that the average contents of the four bases were 33.8% in T,22.2% in C,30.0% in A and G in 14.0%, with the maximal T content, and the minimal C content; A+T content was 63.8%, significantly higher than that in G+C content (36.2%). The nucleotide diversity(π) of the Jiangkou populations were 0.00551, and the nucleotide diversity(π) of the Guiding and Songtao population was 0. Compared with the three geographical populations, the genetic diversity level of giant salamander in Jiangkou county population was higher. The average genetic distance of three populations was 0.00436, and the Guiding and the Jiangkou population reached the population differentiation level(P<0.01). Analysis of the genetic structure indicated that Guiding and Songtao populations were clustered for first, and then clustered with Jiangkou popultion. The overall genetic diversity of these populations of giant salamander was low, and the genetic differentiation of these populations was low.

        Guizhou province;Andriasdaudianus; genetic diversity; genetic structure

        10.16378/j.cnki.1003-1111.2017.02.016

        2016-03-31;

        2016-06-29.

        貴州省農(nóng)委資助項(xiàng)目(黔財(cái)農(nóng)【2014】233);貴州省水產(chǎn)養(yǎng)殖特色專業(yè)項(xiàng)目(80113610201);貴州大學(xué)創(chuàng)新基金資助項(xiàng)目(研農(nóng)2016023).

        吳俁學(xué)(1992-),男,碩士研究生;研究方向:水生動(dòng)物繁殖與發(fā)育生物學(xué). E-mail:745893505@qq.com. 通訊作者: 姚俊杰(1968-),男,教授,博士,碩士生導(dǎo)師;研究方向:水生動(dòng)物繁殖與發(fā)育生物學(xué). E-mail:junjieyao@163.com.

        S917.4

        A

        1003-1111(2017)02-0207-05

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